ARL6IP4

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
ARL6IP4
Identifikatori
AliasiARL6IP4
Vanjski ID-jeviOMIM: 607668 MGI: 1929500 HomoloGene: 9606 GeneCards: ARL6IP4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za ARL6IP4
Genomska lokacija za ARL6IP4
Bend12q24.31Početak122,980,060 bp[1]
Kraj122,982,913 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 5 (miš)
Hrom.Hromosom 5 (miš)[2]
Hromosom 5 (miš)
Genomska lokacija za ARL6IP4
Genomska lokacija za ARL6IP4
Bend5|5 FPočetak124,254,152 bp[2]
Kraj124,256,259 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
RNA binding
Ćelijska komponenta nuclear speck
Jedarce
Jedro
Biološki proces mRNA processing
Prerada RNK
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001002251
NM_001002252
NM_001278378
NM_001278379
NM_001278380

NM_016638
NM_018694

NM_144509

RefSeq (bjelančevina)
NP_001002251
NP_001002252
NP_001265307
NP_001265308
NP_001265309

NP_057722
NP_061164

NP_653092

Lokacija (UCSC)Chr 12: 122.98 – 122.98 MbChr 5: 124.25 – 124.26 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Interaktivni protein 4ADP-ribozilaciolikog faktora 6 (ARL6IP4), znan i kao SRp25 je proizvod gena ARL6IP4, lociranog na gene hromosomu 12, sekvenca q24.31. Njegova funkcija nije poznata.

Lokacija[uredi | uredi izvor]

Editiranje se događa na mjestu K/R unutar aminokiselinske pozicije 225 konačnog proteina. Koristeći RT-PCR i sekvenciranje 100 pojedinačnih klonova, 7% izoformi tri proteina, na ovom položaju, tokom sekvenciranja, pokazalo je G umjesto A. Za editiranje, mogu biti potencijalno prisutna druga manja mjesta, uključujući neke u istom egzonu, kao i glavno mjesto za editiranje. Kao što je to slučaj sa IGFBP7, pre-iRNK, editiranje je neuobičajeno, jer se struktura nabora RNK sastoji samo od egzonake sekvence.

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, a molekulska težina 44.915 Da.[5]

1020304050
MPRCTYQLEQNPGFLPDGPGVHARAHCQDLSGPYGHEFATSESLGGRVGK
TRAPQSGARSRMERAGPAGEEGGAREGRLLPRAPGAWVLRACAERAALEV
GAASADTGVRGCGARGPAPLLASAGGGRARDGTWGVRTKGSGAALPSRPA
SRAAPRPEASSPPLPLEKARGGLSGPQGGRARGAMAHVGSRKRSRSRSRS
RGRGSEKRKKKSRKDTSRNCSASTSQGRKASTAPGAEASPSPCITERSKQ
KARRRTRSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSDGRKKRGKYKDKRRKKKK
KRKKLKKKGKEKAEAQQVEALPGPSLDQWHRSAGEEEDGPVLTDEQKSRI
QAMKPMTKEEWDARQSIIRKVVDPETGRTRLIKGDGEVLEEIVTKERHRE
INKQATRGDCLAFQMRAGLLP
Simboli

Struktura[uredi | uredi izvor]

Prema drugom izvoru, dužina molekuke je 360 aminokiselina. Eksprimira se sveprisutno, ali samo u G1/S fazi ćelijskog ciklusa.[6] Ljudskia i mišja iRNK ovog proteina imaju 77% homologije.[7]

Uočena su dva tipa klastera aminokiselina: klaster serina i bazni klaster.[7]

Funkcija[uredi | uredi izvor]

Njegove funkcije nisu poznate. Međutim, zbog homologije sekvenci proteina sa faktorima prerade SR, široko se vjeruje da je protein jedarni i da može imati ulogu u regulaciji prerade.[7] Vjeruje se da je protein posrednik u signalnom putu RAC1.[8]

Editiranje RNK[uredi | uredi izvor]

Pre-iRNK genskog produkta ARL6IP4 je podložna editiranju RNK.[9]

Tip[uredi | uredi izvor]

Editiranje RNK, od A do I, katalizira porodica adenozin-deaminaza koje djeluju na RNK (ADAR) koje specifično prepoznaju adenozine unutar dvolančanih regiona pre-iRNK i deaminira ih u inozin. Inozini su prepoznati kao gvanozini, pomoću ćelijskog translacijskog mehanizma. ADAR 1 i ADAR 2 jedini su enzimski aktivni članovi porodice. Smatra se da ADAR3 ima regulatornu ulogu u mozgu. ADAR1 i ADAR 2 široko su eksprimirani u tkivima, dok je ADAR 3 ograničen na mozak. Dvolančane regije RNK nastaju uparivanjem baza između ostataka, u regiji blizu mjesta editiranja, s ostacima obično u susjednom intronu, ali mogu biti egzonska sekvenca. Područje uparivanja baza sa editirajućon regijom poznato je kao komplementarna sekvenca editiranja (ECS).

Učinci na strukturu proteina[uredi | uredi izvor]

Editiranje na ovom mjestu rezultira promjenom kodona. iz lizina u arginin. To se događa u visoko baznoj regiji proteina.[9]

Učinci na funkciju proteina[uredi | uredi izvor]

Funkcija needsitiranog proteina uglavnom je nekarakteristična. Stoga je i učinak editiranja na pre-iRNK na funkciju proteina također nepoznat. Promjena aminokiselina je konzervativna i nije vjerojatno da će masivno promijeniti funkciju proteina. Međutim, mjesto editiranja može biti važno, jer je aminokiselina koja se mijenja lizin, koji može biti uključen u regulaciju ekspresije proteina. Lizini mogu biti mjesta posttranslacijske modifikacije, a konverzija lizina u arginin može uticati na posttranslacijsku modifikaciju.[9]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182196 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029404 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, Q66PJ3". Pristupljeno 6. 8. 2021.
  6. ^ "Archived copy". Arhivirano s originala, 26. 7. 2011. Pristupljeno 14. 2. 2011.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
  7. ^ a b c Sasahara K, Yamaoka T, Moritani M, Tanaka M, Iwahana H, Yoshimoto K, Miyagawa J, Kuroda Y, Itakura M (mart 2000). "Molecular cloning and expression analysis of a putative nuclear protein, SR-25". Biochem. Biophys. Res. Commun. 269 (2): 444–50. doi:10.1006/bbrc.2000.2301. PMID 10708573.
  8. ^ Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (mart 2002). "An SR-protein induced by HSVI binding to cells functioning as a splicing inhibitor of viral pre-mRNA". J. Mol. Biol. 316 (4): 887–94. doi:10.1006/jmbi.2001.5318. PMID 11884129.
  9. ^ a b c Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (oktobar 2008). "Screening of human SNP database identifies recoding sites of A-to-I RNA editing". RNA. 14 (10): 2074–85. doi:10.1261/rna.816908. PMC 2553741. PMID 18772245.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]