Idi na sadržaj

Biljna mikrobiota

Nepregledano
S Wikipedije, slobodne enciklopedije

Biljni mikrobiom, također poznat kao fitomikrobiom, ima ulogu u zdravlju i produktivnosti biljaka i posljednjih godina privukao je značajnu pažnju.[1][2] Mikrobiom je definisan kao "karakteristična mikrobna zajednica koja zauzima razumno dobro definirano stanište koje ima različita fizičko-hemijska svojstva. Termin se stoga ne odnosi samo na uključene mikroorganizme, već obuhvata i područje njihovog djelovanja".[3][4]

Biljke žive u zajednici s raznolikim mikrobnim konzorcijima. Ovi mikrobi, koji se nazivaju biljnim mikrobiotom, žive i unutar (endosfere) i izvan (episfere) biljnog tkiva i imaju važnu ulogu u ekologiji i fiziologiji biljaka.[5] "Smatra se da osnovni biljni mikrobiom obuhvata ključne mikrobne taksone koji su važni za sposobnost biljke da se prilagodi njenoj kondiciji, a uspostavljeni su evolucijskim mehanizmima selekcije i obogaćivanja mikrobnih taksona koji sadrže esencijalne funkcije gena za sposobnost biljke da se prilagodi holobiontu."[6]

Biljne mikrobiome oblikuju faktori povezani sa samom biljkom, kao što su genotip, organ, vrsta i zdravstveno stanje, kao i faktori povezani sa okruženjem biljke, kao što su upravljanje, korištenje zemljišta i klima.[7] U nekim studijama je navedeno da se zdravstveno stanje biljke odražava ili je povezano s njenim mikrobiomom.[1][2][8][9]

Pregled

[uredi | uredi izvor]
Mikrobiom u biljnom ekosistemu: Shematski prikaz biljke i mikrobiote povezane s biljkama koje koloniziraju različite niše na i unutar biljnog tkiva. Svi nadzemni dijelovi biljke zajedno, nazvani filosfera, predstavljaju stalno promjenjivo stanište zbog ultraljubičastog (UV) zračenja i promjenjivih klimatskih uvjeta. Prvenstveno se sastoji od lišća. Podzemni dijelovi biljke, uglavnom korijenje, uglavnom su pod utjecajem svojstava tla. Štetne interakcije utiču na rast biljaka putem patogenih aktivnosti nekih članova mikrobiote (lijeva strana). S druge strane, korisne mikrobne interakcije potiču rast biljaka (desna strana).[10]

Proučavanje povezanosti biljaka s mikroorganizmima prethodi proučavanju životinjskih i ljudskih mikrobioma, posebno uloga mikroba u unosu dušika i fosfora. Najznačajniji primjeri su biljni korijen-arbuskularna mikoriza (AM) i simbioze mahunarki i rizobija, od kojih oba uveliko utiču na sposobnost korijena da apsorbira različite hranjive tvari iz tla. Neki od ovih mikroba ne mogu preživjeti u odsustvu biljke domaćina (obavezni simbionti uključuju viruse i neke bakterije i gljive), koji mikroorganizmima osigurava prostor, kisik, proteine i ugljikohidrate. Povezanost AM gljiva s biljkama poznata je od 1842., a preko 80% kopnenih biljaka pronađeno je povezano s njima.[11] Smatra se da su AM gljive pomogle u domestikaciji biljaka.[5]

U ovoj animaciji gomoljskog korijena kolonizira arbuskularna mikorizna gljiva (AMF)

Tradicionalno, studije interakcije biljaka i mikroba bile su ograničene na mikrobe koje se mogu kultivirati. Brojni mikrobi koji se nisu mogli kultivirati ostali su neistraženi, tako da je znanje o njihovim ulogama uglavnom nedovoljno.[5] Mogućnosti otkrivanja vrsta i ishoda ovih interakcija biljaka i mikroba izazvale su znatno zanimanje među ekolozima, evolucijskim, biljnim biolozima i agronomima.[1][8][12] Nedavni razvoj u multiomici i uspostavljanje velikih kolekcija mikroorganizama dramatično su povećali znanje o sastavu i raznolikosti biljnog mikrobioma. Sekvennsiranje markerskih gena cijelih mikrobnih zajednica, poznato kao metagenomika, baca svjetlo na filogenetsku raznolikost mikrobioma biljaka. Također doprinosi znanju o glavnim biotskim i abiotskim faktorima odgovornim za oblikovanje biljnog mikrobioma zajednice.[5][12]

Sastav mikrobnih zajednica povezanih s različitim biljnim vrstama korelira s filogenetskom udaljenošću između biljnih vrsta, odnosno blisko srodne biljne vrste imaju tendenciju da imaju sličnije mikrobne zajednice od udaljenih vrsta.[13] Sastav ovih mikrobioma je dinamičan i može se modulirati okolinom i klimatskim uslovima.[14] Fokus studija biljnog mikrobioma usmjeren je na modelne biljke, kao što je Arabidopsis thaliana, kao i na važne ekonomski vrijedne vrste usjeva, uključujući ječam (Hordeum vulgare), kukuruz (Zea mays), pšenicu (Triticum aestivum), rižu (Oriza sativa), soju (Glycine max), dok je manje pažnje posvećeno voćnim kulturama i drvenastim vrstama.[2][15]

Biljna mikrobiota

[uredi | uredi izvor]

Cijanobakterije su primjer mikroorganizma koji široko interaguje na simbiotski način sa kopnenim biljkama.[16][17][18][19] Cijanobakterije mogu ući u biljku kroz stome i kolonizirati međućelijski prostor, formirajući petlje i unutarćelijske spirale.[20] Anabaena spp. koloniziraju korijenje biljaka pšenice i pamuka.[21][22][23] Calothrix sp. također je pronađen na korijenovom sistemu pšenice.[22][23] Monokotiledonske biljke, poput pšenice i riže, kolonizirane su vrstama Nostoc sp.[24][25][26][27] U 1991, Ganther i drugi su izolovali različite heterocistne cijanobakterije koje fiksiraju azot, uključujući Nostoc, Anabaena i Cylindrospermum, iz korijena biljke i tla. Procjena korijena sadnica pšenice otkrila je dva tipa obrazaca povezanosti: labavu kolonizaciju korijenovih dlačica od strane Anabaena i čvrstu kolonizaciju površine korijena unutar ograničene zone od strane vrsta roda Nostoc.[24][28]

Mikrobna kolonizacija filosfere i rizosfere[29]
Mikrobna kolonizacija se odvija i u nadzemnom dijelu biljke (filosfera), kao i u podzemnom dijelu (rizosfera). (A) Mikrobna kolonizacija na listu odvija se na površini lista (epifit) iz zračnih i plinskih inokula i unutrašnjeg dijela lista (endofit). Mikrobna kolonizacija može dovesti do egzogenog intraspecijskog formiranje biofilma na površini lista. (B) Interakcije mikroba i mikroba se javljaju između međuvrsno i međucarstveno, što se naziva kvorumski konsenzus. Kvorum-konsenzusne molekule utiču na prepoznavanje mikroba i formiranje biofilma na listovima. (C) Patogeni mikrobi koloniziraju biljke domaćine putem svoje virulencije. Genetički sastav i domaćina i patogena doprinosi napredovanju bolesti. Međutim, drugi mikrobi u filosferi domaćina mogu uticati na ovu interakciju biljke i patogena, bilo olakšavanjem ili antagonizmom. (D) Imunski odgovori biljaka su od posebnog interesa jer interakcije domaćina i mikroba oblikuju mikrobiom filosfere. Patogeni koji nisu prilagođeni domaćinu uključeni su u PAMP-imunost pokrenuta efektorom (PTI) i prepoznaju se putem receptora za prepoznavanje obrazaca (PRR). Mikrobi prilagođeni domaćinu prepoznaju se putem receptora bogatih leucinom (NLR) koji se vežu za nukleotide, sažeto u imunost pokrenutu efektorom (ETI).[29]
Biljni mikrobiom
Simbioza cijanobakterija sa kopnenim biljkama[28]}}

Rizosfera obuhvata zonu tla od 1–10 mm koja neposredno okružuje korijenje, a koja je pod utjecajem biljke putem taloženja eksudata korijena, sluzi i mrtvih biljnih ćelija.[30] Raznolik niz organizama specijaliziran je za život u rizosferi, uključujući bakterije, gljive, oomicete, nematode, alge, protozoe, viruse i Archaea.[31]

citat

"Eksperimentalni dokazi naglašavaju važnost korijenskog mikrobioma za zdravlje biljaka i sve je jasnije da je biljka u stanju kontrolirati sastav svog mikrobioma. Logično je da će one biljke koje upravljaju svojim mikrobiomom na način koji je koristan za njihov reproduktivni uspjeh biti favorizirane tokom evolucijske selekcije. Čini se da je takav selektivni pritisak doveo do mnogih specifičnih interakcija između biljaka i mikroba, a gomilaju se dokazi da biljke traže mikrobnu pomoć u vrijeme potrebe.."izvor – Berendsen et al, 2012[8]

Mikrobni konzorciji prirodno formirani na korijenu Arabidopsis thaliana}} Slike skenirajuće elektronske mikroskopije površina korijena iz prirodnih populacija A. thaliana koje prikazuju kompleksne mikrobne mreže formirane na korijenu.
a) Pregled korijena A. thaliana (primarni korijen) s brojnim korijenovim dlačicama. b) Bakterije formiraju biofilm. c) Gljivske ili oomicetne hife koje okružuju površinu korijena. d) Primarni korijen gusto prekriven sporama i protistima. e, f) Protisti, koji najvjerovatnije pripadaju klasi Bacillariophyceae. g) Bakterije i bakterijski filamenti. h, i) Različite bakterijske jedinke koje ispoljavaju veliku raznolikost oblika i morfoloških karakteristika.[32]

Mikorizne gljive su brojni članovi rizosferne zajednice i pronađene su u preko 200.000 biljnih vrsta, a procjenjuje se da su povezane s preko 80% svih biljaka.[33] Recent studies of arbuscular mycorrhizal fungi using sequencing technologies show greater between-species and within-species diversity than previously known.[5][34]

Najčešće proučavani korisni organizmi rizosfere su mikoriza, bakerije rizobija, rizobakterije koje podstiču rast biljaka]] (PGPR) i biokontrolni mikrobi. Projicira se da jedan gram tla može sadržavati više od milion različitih bakterijskih genoma,[35] i preko 50.000 OTU-a (operativnih taksonomskih jedinica) pronađeno je unutar rizosfere krompira.[36] Među prokariotima u rizosferi, najčešće bakterije su unutar Acidobacteriota, Pseudomonadota, Planctomycetota, Actinomycetota, Bacteroidota i Bacillota.[37][38] U nekim studijama nisu zabilježene značajne razlike u sastavu mikrobne zajednice između rasiotog tla (zemljište koje nije pričvršćeno za korijen biljke) i tla rizosfere.[39][40] Određene bakterijske grupe (npr. Actinomycetota, Xanthomonadaceae) su manje zastupljene u rizosferi nego u obližnjem tlu.[5][37]

Mikrobiom endosfere

[uredi | uredi izvor]

Neki mikroorganizmi, poput endofita, prodiru i zauzimaju unutrašnja tkiva biljaka, formirajući mikrobiom endosfere. Arbuskularna mikoriza i druge endofitske gljive su dominantni kolonizatori endosfere.[41] Bakterije, a do određene mjere i arheje, važni su članovi endosfernih zajednica. Neki od ovih endofitskih mikroba stupaju u interakciju sa svojim domaćinom i pružaju očigledne koristi biljkama.[37][42][43] Za razliku od rizosfere i rizoplana, endosfere sadrže vrlo specifične mikrobne zajednice. Endofitska zajednica korijena može se vrlo razlikovati od zajednice susjednog tla. Općenito, raznolikost endofitske zajednice je niža od raznolikosti mikrobne zajednice izvan biljke.[40] Identitet i raznolikost endofitskog mikrobioma nadzemnih i podzemnih tkiva također se mogu razlikovati unutar biljke.[5][41][44]

U 2025., "mikrobiom drveća" predstavljen je u članku u časopisu Nature. Fokus je bio na mikrobnim simbiontima koji se redovno nalaze u drvetu čak i s vrlo velikim promjerima debla. Izrazito različiti mikrobi pronađeni su ne samo u različitim vrstama drveća, već i jer su se razlikovali između bjeljike i duboke srččike.[45] Kako je objavljeno u New York Times, " u liku dominiraju mikrobi kojima je potreban kisik, dok srži dominiraju oni kojima to nije potreban. Studija je otkrila da veliki dio metana koji proizvodi drvo potiče iz srži."[46]

Filosferni mikrobiom

[uredi | uredi izvor]
List zdrave biljke Arabidopsis (lijevo) i list biljke mutanta s disbiozom (desno)[47]

Nadzemna površina biljke (stabljika, list, cvijet, plod) naziva se filosfera i smatra se relativno siromašnom hranjivim tvarima u poređenju sa rizosferom i endosferom. Okruženje u filosferi je dinamičnije od okruženja u rizosferi i endosferi. Mikrobni kolonizatori su izloženi dnevnim i sezonskim fluktuacijama toplote, vlage i zračenja. Osim toga, ovi elementi okoline utiču na fiziologiju biljaka (kao što su fotosinteza, disanje, unos vode itd.) i indirektno utiču na sastav mikrobioma.[5] Kiša i vjetar također uzrokuju vremenske varijacije mikrobioma filosfere.[48]

Interakcije između biljaka i njihovih pridruženih mikroorganizama u mnogim od ovih mikrobiomima mogu igrati ključnu ulogu u zdravlju, funkciji i evoluciji biljke domaćina.[49] Površina lista, ili filosfera, sadrži mikrobiom koji se sastoji od različitih zajednica bakterija, gljivica, algi, arheja i virusa.[50][51] Interactions between the host plant and phyllosphere bacteria have the potential to drive various aspects of host plant physiology.[52][53][54] Međutim, od 2020. godine znanje o ovim bakterijskim asocijacijama u filosferi ostaje relativno skromno i postoji potreba za unapređenjem temeljnih spoznaja o dinamici mikrobioma filosfere.[55][56]

Sveukupno, filosferske zajednice i dalje imaju visoku raznolikost vrsta. Gljivične zajednice su vrlo varijabilne u filosferi umjerenih regija i raznolikije su nego u tropskim regijama.[57] Na površini listova biljaka može biti prisutno i do 107 mikroba po kvadratnom centimetru, a bakterijska populacija filosfere na globalnoj razini procjenjuje se na 1026 ćelija.[58] Veličina populacija gljivične filosfere je vjerovatno manja.[59]

Mikroorganizmi filosfere iz različitih biljaka izgledaju donekle slični na visokim nivoima taksona, ali na nižim nivoima taksona ostaju značajne razlike. To ukazuje na to da mikroorganizmi mogu zahtijevati fino podešeno metaboličko prilagođavanje kako bi preživjeli u okruženju filosfere.[57] Čini se da su Pseudomonadota dominantni kolonizatori, dok su Bacteroidota i Actinomycetota također predominantni u filosferama.[60] Iako postoje sličnosti između mikrobnih zajednica rizosfere i tla, vrlo malo sličnosti je pronađeno između zajednica filosfere i mikroorganizama koji plutaju na otvorenom (aeroplankton).[5][41]

Sastav mikrobioma filosfere, koji se može strogo definirati kao zajednice epifitskih bakterija na površini lista, može biti oblikovan mikrobnim zajednicama prisutnim u okolnom okruženju (tj. stohastičke kolonije) i biljkom domaćinom (tj. selekcija biotska).[50][56][58] Međutim, iako se površina lista općenito smatra zasebnim mikrobnim staništem,[61][62] ne postoji konsenzus o dominantnom pokretaču stvaranja zajednica u mikrobiomima filosfere. Naprimjer, bakterijske zajednice specifične za domaćina zabilježene su u filosferi biljnih vrsta koje se istovremeno pojavljuju, što ukazuje na dominantnu ulogu selekcije domaćina.[41][56][62][63]

S druge strane, mikrobiomi okolnog okruženja također su navedeni kao primarni odrednik sastava zajednice filosfere.[57][61][64][65] Kao rezultat toga, procesi koji pokreću formiranje filosferskih zajednica nisu dobro shvaćeni, ali je malo vjerovatno da su univerzalni među biljnim vrstama. Međutim, postojeći dokazi ukazuju na to da mikrobiomi filosfere koji pokazuju asocijacije specifične za domaćina imaju veću vjerovatnoću interakcije s domaćinom nego oni koji se primarno regrutuju iz okolnog svijeta.[52][56][66][67][68]

Potraga za osnovnim mikrobiomom u mikrobnim zajednicama povezanim s domaćinom koristan je prvi korak u pokušaju razumijevanja interakcija koje se mogu događati između domaćina i njegovog mikrobioma.[69][70] Prevladavajući koncept osnovnog mikrobioma zasnovan je na ideji da opstanak taksona preko prostorno-vremenskih granica ekološke niše direktno odražava njegov funkcionalni značaj unutar niše koju zauzima; stoga pruža okvir za identifikaciju funkcionalno kritičnih mikroorganizama koji se dosljedno povezuju s vrstom domaćina.[39][56][69][71]

U naučnoj literaturi pojavile su se različite definicije "osnovnog mikrobioma", pri čemu istraživači variraju u identifikaciji "osnovnih taksona" kao onih koji perzistentno postoje u različitim mikrostaništima domaćina.[72][73] pa čak i različite vrste.[63][66] S obzirom na funkcionalnu divergenciju mikroorganizama među različitim vrstama domaćinaŠablon:Hsp[63] u mikrostaništa ta,[74] Definisanje osnovnih taksona sensu atricto kao onih koji perzistentno opstaju na širokim geografskim udaljenostima unutar tkivno i vrstno specifičnih mikrobioma domaćina, predstavlja biološki i ekološki najprikladniju primjenu ovog konceptnog okvira.[56][75] Osnovni mikrobiomi specifični za tkivo i vrstu u populacijama domaćina razdvojenim velikim geografskim udaljenostima nisu široko opisani za filosferu, koristeći strogu definiciju koju je uspostavio Ruinen.[53][56]

Primjer: Filosfera manuka

[uredi | uredi izvor]

Cvjetajuće drvo čaja, poznato kao mānuka, porijeklom je iz Novog Zelanda.[76] Mānuka med, proizveden od nektara cvjetova manuke, poznat je po svojim antibakterijskim svojstvima, koja ne sadrže peroksid.[77][78] Mikroorganizmi su proučavani u rizosferi i endosferi manuka.[79][80][81] Ranije studije su se prvenstveno fokusirale na gljive, a studija iz 2016. pružila je prvo istraživanje endofitskih bakterijskih zajednica iz tri geografski i ekološki različite populacije manuka, korištenjem tehnika otiska prsta i otkrila tkivno specifične središnje endomikrobiome.[56][82]

(A) Toplotna mapa s lijeve strane ilustruje kako se sastav OTU-a u filosferi manuka i pridruženim zajednicama tla značajno razlikovao. Nije detektovan mikrobiom jezgra tla.
(B) Grafikon s desne strane pokazuje kako su se OTU-i u filosferi i pridruženim zajednicama tla razlikovali u relativnoj zastupljenosti.[56]

Studija iz 2020. identificirala je specifičan za stanište i relativno obilan mikrobiom jezgra u filosferi manuka, koji je bio postojan u svim uzorcima. Nasuprot tome, mikroorganizmi koji ne pripadaju jezgru filosfere pokazali su značajne varijacije među pojedinačnim stablima domaćinima i populacijama, što je bilo snažno uzrokovano faktorima okoline i prostora. Rezultati su pokazali postojanje dominantnog i sveprisutnog mikrobioma jezgra u filosferi manuka.[56]

Relativna zastupljenost taksona središnje filosfere u manuki
Mānuka je cvjetnica. Grafikon prikazuje distribuciju brojnosti i zastupljenosti koja identificira taksone osnovne filosfere u nerazrijeđenim (zeleno) i razrijeđenim (ljubičasto) skupovima podataka. Svaka tačka predstavlja takson prikazan prema njegovoj srednjoj logaritamskoj relativnoj brojnosti i zastupljenosti. Taksoni (ružičasto) sa zastupljenošću od 1 (tj. otkriveni u svih 89 uzoraka filosfere) smatrani su članovima osnovnog mikrobioma.[56]

Mikrobiom sjemena

[uredi | uredi izvor]

Sjeme biljaka može poslužiti kao prirodni vektori za vertikalni prijenos njihovih korisnih endofita, poput onih koji daju otpornost na bolesti. Istraživački rad iz 2021. godine objasnio je: "Ima smisla da se njihovi najvažniji simbionti vertikalno prenose putem sjemena, a ne kockanje da bi svi ispravni mikrobi koji žive u tlu mogli biti dostupni na mjestu klijanja."[83]

Nova paradigma u vezi s mutualističkim prijenosom gljiva i bakterija putem sjemena biljaka domaćina uglavnom je podstaknuta istraživanjima koja se odnose na biljke poljoprivredne vrijednosti.[83][84] Utvrđeno je da sjemenke riže imaju visoku mikrobnu raznolikost, s najvećom raznolikošću koja nastanjuje embrion, a ne perikarp.[85] Utvrđeno je da su gljive roda Fusarium koje se prenose putem sjemena dominantni članovi mikrobioma unutar stabljika kukuruza.[83] Ovaj aspekt biljnog mikrobioma postao je poznat kao mikrobiom sjemena.[86]

šumarstveni istraživači su također počeli identificirati članove sjemenskog mikrobioma koji se odnose na vrijedne vrste drveća. Vertikalni prijenos gljivičnih i bakterijskih mutualista potvrđen je 2021. za hrastov žir.[44][87] Ako se istraživanje hrastova pokaže primjenjivim i na druge vrste drveća, shvatit će se da nadzemni dijelovi biljke (filosfera) gotovo sve svoje korisne gljive dobivaju iz onih koje se nalaze u sjemenu.[44] Nasuprot tome, korijenje (rizosfera) dobiva samo mali dio svojih mutualista iz sjemena. Većina stiže preko okolnog tla, a to uključuje i njihove vitalne veze sa arbuskularnim mikoriznim gljivama.[84]

Mikrobne vrste koje se konstantno nalaze u sjemenkama biljaka poznate su kao "jezgreni mikrobiom".[83][88] Koristi za biljku domaćina uključuju njihovu sposobnost da pomognu u proizvodnji antimikrobnih spojeva, detoksikaciji, unosu hranjivih tvari i aktivnostima koje potiču rast.[44] Razumijevanje funkcija simbiotskih mikroba u sjemenu pomiče poljoprivrednu paradigmu dalje od uzgoja i pripreme sjemena koja je tradicionalno nastojala minimizirati prisutnost gljivičnih i bakterijskih propagula. Vjerovatnoća da je mikrob pronađen unutar sjemena mutualizamaki sada je rutinska pretpostavka. Takvi partneri mogu doprinijeti "mirovanju i klijanju sjemena, prilagođavanju okolišu, otpornosti i toleranciji na bolesti i podsticanju rasta".[88]

Primjena novog razumijevanja korisnih mikroba koji nastanjuju sjeme predložena je za upotrebu izvan poljoprivrede i za očuvanje biodiverziteta.[84] Građanska grupa koja se zalaže za potpomognutu migraciju ugroženog drveta prema sjeveru u SAD-u ukazala je na promjenu paradigme mikrobioma sjemena kao razlog zašto su zvanične institucije ukinule zabranu transfera sjemena izvan zasada u sjevernoj Georgiji, gdje je očuvanje ex situ završeno.[89]

Biljni holobiont

[uredi | uredi izvor]

Od kolonizacije kopna od strane predačkih biljnih loza prije 450 miliona godina, biljke i s njima povezani mikrobi međusobno su djelovali, formirajući skup vrsta koji se često naziva holobionti. Selekcijski pritisak koji djeluje na holobiontske komponente vjerovatno je oblikovao mikrobne zajednice povezane s biljkama i selektirao mikroorganizme prilagođene domaćinu koji utiču na sposobnost biljke da se prilagodi. Međutim, visoke mikrobne gustine otkrivene na biljnim tkivima, zajedno s brzim vremenom generacije mikroba i njihovim starijim porijeklom u poređenju s njihovim domaćinom, sugeriraju da su interakcije mikroba i mikroba također važne selektivne sile koje oblikuju kompleksne mikrobne skupove u odjeljcima filosfera, rizosfere i biljne endosfere.[32]

Također pogledajte

[uredi | uredi izvor]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. 1 2 3 Turner, Thomas R.; James, Euan K.; Poole, Philip S. (2013). "The plant microbiome". Genome Biology. 14 (6): 209. doi:10.1186/gb-2013-14-6-209. PMC 3706808. PMID 23805896.
  2. 1 2 3 Purahong, Witoon; Orrù, Luigi; Donati, Irene; Perpetuini, Giorgia; Cellini, Antonio; Lamontanara, Antonella; Michelotti, Vania; Tacconi, Gianni; Spinelli, Francesco (2018). "Plant Microbiome and Its Link to Plant Health: Host Species, Organs and Pseudomonas syringae pv. Actinidiae Infection Shaping Bacterial Phyllosphere Communities of Kiwifruit Plants". Frontiers in Plant Science. 9: 1563. doi:10.3389/fpls.2018.01563. PMC 6234494. PMID 30464766.. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  3. ↑ Whipps, J. M.; Lewis, Karen; Cooke, R. C. (1988). "Mycoparasitism and plant disease control". u Burge, Michael N. (ured.). Fungi in biological control systems. Manchester, UK New York: Manchester University Press. str. 161–187. ISBN 978-0-7190-1979-1.
  4. ↑ Berg, Gabriele; Rybakova, Daria; Fischer, Doreen; Cernava, Tomislav; Vergès, Marie-Christine Champomier; Charles, Trevor; Chen, Xiaoyulong; Cocolin, Luca; Eversole, Kellye; Corral, Gema Herrero; Kazou, Maria; Kinkel, Linda; Lange, Lene; Lima, Nelson; Loy, Alexander; et al. (decembar 2020). "Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges". Microbiome. 8 (1): 103. doi:10.1186/s40168-020-00875-0. hdl:1822/65842. PMC 7329523. PMID 32605663. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  5. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Dastogeer, K.M., Tumpa, F.H., Sultana, A., Akter, M.A. and Chakraborty, A. (2020) "Plant microbiome–an account of the factors that shape community composition and diversity". Current Plant Biology: 100161. doi:10.1016/j.cpb.2020.100161. Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan pod Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  6. ↑ Compant, Stéphane; Samad, Abdul; Faist, Hanna; Sessitsch, Angela (2019). "A review on the plant microbiome: Ecology, functions, and emerging trends in microbial application". Journal of Advanced Research (jezik: engleski). 19: 29–37. doi:10.1016/j.jare.2019.03.004. PMC 6630030. PMID 31341667.
  7. ↑ Bringel, Françoise; Couée, Ivan (2015). "Pivotal roles of phyllosphere microorganisms at the interface between plant functioning and atmospheric trace gas dynamics". Frontiers in Microbiology. 06: 486. doi:10.3389/fmicb.2015.00486. PMC 4440916. PMID 26052316.
  8. 1 2 3 Berendsen, Roeland L.; Pieterse, Corné M.J.; Bakker, Peter A.H.M. (2012). "The rhizosphere microbiome and plant health". Trends in Plant Science. 17 (8): 478–486. Bibcode:2012TPS....17..478B. doi:10.1016/j.tplants.2012.04.001. hdl:1874/255269. PMID 22564542. S2CID 32900768.
  9. ↑ Berg, Gabriele; Grube, M.; Schloter, M.; Smalla, K. (2014). "The plant microbiome and its importance for plant and human health". Frontiers in Microbiology. 5: 491. doi:10.3389/fmicb.2014.00491. PMC 4166366. PMID 25278934.
  10. ↑ Shelake, R.M., Pramanik, D. and Kim, J.Y. (2019) "Exploration of plant-microbe interactions for sustainable agriculture in CRISPR era". Microorganisms, 7(8): 269. doi:10.3390/microorganisms7080269. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  11. ↑ Koide, Roger T.; Mosse, Barbara (2004). "A history of research on arbuscular mycorrhiza". Mycorrhiza. 14 (3): 145–163. Bibcode:2004Mycor..14..145K. doi:10.1007/s00572-004-0307-4. PMID 15088135. S2CID 1809402.
  12. 1 2 Bulgarelli, Davide; Schlaeppi, Klaus; Spaepen, Stijn; Van Themaat, Emiel Ver Loren; Schulze-Lefert, Paul (2013). "Structure and Functions of the Bacterial Microbiota of Plants". Annual Review of Plant Biology. 64 (1): 807–838. Bibcode:2013AnRPB..64..807B. doi:10.1146/annurev-arplant-050312-120106. PMID 23373698.
  13. ↑ Abdelfattah, Ahmed; Tack, Ayco J. M.; Wasserman, Birgit; Liu, Jia; Berg, Gabriele; Norelli, John; Droby, Samir; Wisniewski, Michael (2021). "Evidence for host–microbiome co-evolution in apple". New Phytologist (jezik: engleski). 234 (6): 2088–2100. doi:10.1111/nph.17820. ISSN 1469-8137. PMC 9299473 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34823272 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć). S2CID 244661193 Provjerite vrijednost parametra |s2cid= (pomoć).
  14. ↑ Saati-Santamaría, Zaki; Vicentefranqueira, Rocío; Kolařik, Miroslav; Rivas, Raúl; García-Fraile, Paula (22. 7. 2023). "Microbiome specificity and fluxes between two distant plant taxa in Iberian forests". Environmental Microbiome. 18 (1): 64. Bibcode:2023EMicb..18...64S. doi:10.1186/s40793-023-00520-x. hdl:10366/154277. ISSN 2524-6372. PMC 10363313 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 37481564 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
  15. ↑ Busby, Posy E.; Soman, Chinmay; Wagner, Maggie R.; Friesen, Maren L.; Kremer, James; Bennett, Alison; Morsy, Mustafa; Eisen, Jonathan A.; Leach, Jan E.; Dangl, Jeffery L. (2017). "Research priorities for harnessing plant microbiomes in sustainable agriculture". PLOS Biology. 15 (3). doi:10.1371/journal.pbio.2001793. PMC 5370116. PMID 28350798. S2CID 6434145. Nepoznati parametar |article-number= zanemaren (pomoć)
  16. ↑ Gantar, M.; Elhai, J. (1999). "Colonization of wheatpara-nodules by the N2-fixing cyanobacterium Nostoc sp. Strain 2S9B". New Phytologist. 141 (3): 373–379. doi:10.1046/j.1469-8137.1999.00352.x.
  17. ↑ Gantar, M. (2000). "Mechanical damage of roots provides enhanced colonization of the wheat endorhizosphere by the dinitrogen-fixing cyanobacterium Nostoc sp. Strain 2S9B". Biology and Fertility of Soils. 32 (3): 250–255. Bibcode:2000BioFS..32..250G. doi:10.1007/s003740000243. S2CID 7590731.
  18. ↑ Treves, Haim; Raanan, Hagai; Kedem, Isaac; Murik, Omer; Keren, Nir; Zer, Hagit; Berkowicz, Simon M.; Giordano, Mario; Norici, Alessandra; Shotland, Yoram; Ohad, Itzhak; Kaplan, Aaron (2016). "The mechanisms whereby the green alga Chlorella ohadii , isolated from desert soil crust, exhibits unparalleled photodamage resistance". New Phytologist. 210 (4): 1229–1243. Bibcode:2016NewPh.210.1229T. doi:10.1111/nph.13870. PMID 26853530.
  19. ↑ Zhu, Huan; Li, Shuyin; Hu, Zhengyu; Liu, Guoxiang (2018). "Molecular characterization of eukaryotic algal communities in the tropical phyllosphere based on real-time sequencing of the 18S rDNA gene". BMC Plant Biology. 18 (1): 365. Bibcode:2018BMCPB..18..365Z. doi:10.1186/s12870-018-1588-7. PMC 6299628. PMID 30563464.
  20. ↑ Krings, Michael; Hass, Hagen; Kerp, Hans; Taylor, Thomas N.; Agerer, Reinhard; Dotzler, Nora (2009). "Endophytic cyanobacteria in a 400-million-yr-old land plant: A scenario for the origin of a symbiosis?". Review of Palaeobotany and Palynology. 153 (1–2): 62–69. Bibcode:2009RPaPa.153...62K. doi:10.1016/j.revpalbo.2008.06.006.
  21. ↑ Karthikeyan, N.; Prasanna, R.; Sood, A.; Jaiswal, P.; Nayak, S.; Kaushik, B. D. (2009). "Physiological characterization and electron microscopic investigation of cyanobacteria associated with wheat rhizosphere". Folia Microbiologica. 54 (1): 43–51. doi:10.1007/s12223-009-0007-8. PMID 19330544. S2CID 23420342.
  22. 1 2 Babu, Santosh; Prasanna, Radha; Bidyarani, Ngangom; Singh, Rajendra (2015). "Analysing the colonisation of inoculated cyanobacteria in wheat plants using biochemical and molecular tools". Journal of Applied Phycology. 27 (1): 327–338. Bibcode:2015JAPco..27..327B. doi:10.1007/s10811-014-0322-6. S2CID 17353123.
  23. 1 2 Bidyarani, Ngangom; Prasanna, Radha; Chawla, Gautam; Babu, Santosh; Singh, Rajendra (2015). "Deciphering the factors associated with the colonization of rice plants by cyanobacteria". Journal of Basic Microbiology. 55 (4): 407–419. doi:10.1002/jobm.201400591. PMID 25515189. S2CID 5401526.
  24. 1 2 Gantar, M.; Kerby, N. W.; Rowell, P. (1991). "Colonization of wheat (Triticum vulgare L.) by N2-fixing cyanobacteria: II. An ultrastructural study". New Phytologist. 118 (3): 485–492. doi:10.1111/j.1469-8137.1991.tb00031.x.
  25. ↑ Ahmed, Mehboob; Stal, Lucas J.; Hasnain, Shahida (2010). "Association of non-heterocystous cyanobacteria with crop plants". Plant and Soil. 336 (1–2): 363–375. Bibcode:2010PlSoi.336..363A. doi:10.1007/s11104-010-0488-x. S2CID 21309970.
  26. ↑ Hussain, Anwar; Hamayun, Muhammad; Shah, Syed Tariq (2013). "Root Colonization and Phytostimulation by Phytohormones Producing Entophytic Nostoc sp. AH-12". Current Microbiology. 67 (5): 624–630. doi:10.1007/s00284-013-0408-4. PMID 23794014. S2CID 14704537.
  27. ↑ Hussain, Anwar; Shah, Syed T.; Rahman, Hazir; Irshad, Muhammad; Iqbal, Amjad (2015). "Effect of IAA on in vitro growth and colonization of Nostoc in plant roots". Frontiers in Plant Science. 6: 46. doi:10.3389/fpls.2015.00046. PMC 4318279. PMID 25699072.
  28. 1 2 Lee, Sang-Moo; Ryu, Choong-Min (4 Feb 2021). "Algae as New Kids in the Beneficial Plant Microbiome". Frontiers in Plant Science. Frontiers Media SA. 12. doi:10.3389/fpls.2021.599742. ISSN 1664-462X. PMC 7889962. PMID 33613596. (1) Cijanobakterije ulaze u tkivo lista kroz stome i koloniziraju međućelijski prostor, formirajući cijanobakterijsku petlju.
    (2) Na površini korijena, cijanobakterije pokazuju dva tipa obrasca kolonizacije; u korijenovoj dlačici, filamenti vrsta Anabaena i Nostoc formiraju labave kolonije, a u ograničenoj zoni na površini korijena, specifične vrste Nostoc formiraju cijanobakterijske kolonije.
    (3) Koinokulacija sa 2,4-D i Nostoc spp. povećava formiranje para-čvorića i fiksaciju dušika. Veliki broj izolata Nostoc spp. kolonizira korijensku endosferu i formira paračvoriće.]]

    Rizosferni mikrobiom

    [[Slika:Associations in the rhizosphere between plant roots, microbes and root exudates.jpg|thumb|upright=1.7|right| Veze u rizosferi između korijena biljaka, mikroba i korijenskih eksudata<ref name=Vishwakarma2020>Vishwakarma, Kanchan; Kumar, Nitin; Shandilya, Chitrakshi; Mohapatra, Swati; Bhayana, Sahil; Varma, Ajit (2020). "Revisiting Plant–Microbe Interactions and Microbial Consortia Application for Enhancing Sustainable Agriculture: A Review". Frontiers in Microbiology. 11. doi:10.3389/fmicb.2020.560406. PMC 7779480. PMID 33408698. Nepoznati parametar |article-number= zanemaren (pomoć) <ref>Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  29. 1 2 Chaudhry, Vasvi; Runge, Paul; Sengupta, Priyamedha; Doehlemann, Gunther; Parker, Jane E; Kemen, Eric (10. 9. 2020). Kopriva, Stanislav (ured.). "Shaping the leaf microbiota: plant–microbe–microbe interactions". Journal of Experimental Botany. Oxford University Press (OUP). 72 (1): 36–56. doi:10.1093/jxb/eraa417. ISSN 0022-0957. PMC 8210630 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 32910810. Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan pod licencom Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  30. ↑ Hinsinger, Philippe; Bengough, A. Glyn; Vetterlein, Doris; Young, Iain M. (2009). "Rhizosphere: Biophysics, biogeochemistry and ecological relevance". Plant and Soil. 321 (1–2): 117–152. Bibcode:2009PlSoi.321..117H. doi:10.1007/s11104-008-9885-9. S2CID 8997382.
  31. ↑ Bonkowski, Michael; Villenave, Cécile; Griffiths, Bryan (2009). "Rhizosphere fauna: The functional and structural diversity of intimate interactions of soil fauna with plant roots". Plant and Soil. 321 (1–2): 213–233. Bibcode:2009PlSoi.321..213B. doi:10.1007/s11104-009-0013-2. S2CID 35701713.
  32. 1 2 Hassani, M. Amine; Durán, Paloma; Hacquard, Stéphane (mart 2018). "Microbial interactions within the plant holobiont". Microbiome. 6 (1): 58. doi:10.1186/s40168-018-0445-0. PMC 5870681. PMID 29587885. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  33. ↑ Van Der Heijden, Marcel G. A.; Martin, Francis M.; Selosse, Marc-André; Sanders, Ian R. (2015). "Mycorrhizal ecology and evolution: The past, the present, and the future". New Phytologist. 205 (4): 1406–1423. Bibcode:2015NewPh.205.1406V. doi:10.1111/nph.13288. hdl:1874/329560. PMID 25639293.<ref>Udruženja mikorize i korijena imaju važnu ulogu u kopnenim ekosistemima regulirajući nutrijente i ciklus ugljika. Mikorize su sastavni dio zdravlja biljaka jer osiguravaju do 80% potreba za dušikom i fosforom. Zauzvrat, gljive dobivaju ugljikohidrate i lipide od biljaka domaćina.<ref>Rich, Mélanie K.; Nouri, Eva; Courty, Pierre-Emmanuel; Reinhardt, Didier (2017). "Diet of Arbuscular Mycorrhizal Fungi: Bread and Butter?" (PDF). Trends in Plant Science. 22 (8): 652–660. Bibcode:2017TPS....22..652R. doi:10.1016/j.tplants.2017.05.008. PMID 28622919.
  34. ↑ Lee, Eun-Hwa; Eo, Ju-Kyeong; Ka, Kang-Hyeon; Eom, Ahn-Heum (2013). "Diversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi and Their Roles in Ecosystems". Mycobiology. 41 (3): 121–125. doi:10.5941/MYCO.2013.41.3.121. PMC 3817225. PMID 24198665.
  35. ↑ Gans, J.; Wolinsky, M.; Dunbar, J. (2005). "Computational Improvements Reveal Great Bacterial Diversity and High Metal Toxicity in Soil". Science. 309 (5739): 1387–1390. Bibcode:2005Sci...309.1387G. doi:10.1126/science.1112665. PMID 16123304. S2CID 130269020.
  36. ↑ i̇Nceoğlu, Özgül; Al-Soud, Waleed Abu; Salles, Joana Falcão; Semenov, Alexander V.; Van Elsas, Jan Dirk (2011). "Comparative Analysis of Bacterial Communities in a Potato Field as Determined by Pyrosequencing". PLOS ONE. 6 (8). Bibcode:2011PLoSO...623321I. doi:10.1371/journal.pone.0023321. PMC 3158761. PMID 21886785. Nepoznati parametar |article-number= zanemaren (pomoć)
  37. 1 2 3 Bulgarelli, Davide; Rott, Matthias; Schlaeppi, Klaus; Ver Loren Van Themaat, Emiel; Ahmadinejad, Nahal; Assenza, Federica; Rauf, Philipp; Huettel, Bruno; Reinhardt, Richard; Schmelzer, Elmon; Peplies, Joerg; Gloeckner, Frank Oliver; Amann, Rudolf; Eickhorst, Thilo; Schulze-Lefert, Paul (2012). "Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota". Nature. 488 (7409): 91–95. Bibcode:2012Natur.488...91B. doi:10.1038/nature11336. PMID 22859207. S2CID 4393146.
  38. ↑ Uroz, Stéphane; Buée, Marc; Murat, Claude; Frey-Klett, Pascale; Martin, Francis (2010). "Pyrosequencing reveals a contrasted bacterial diversity between oak rhizosphere and surrounding soil". Environmental Microbiology Reports. 2 (2): 281–288. Bibcode:2010EnvMR...2..281U. doi:10.1111/j.1758-2229.2009.00117.x. PMID 23766079.
  39. 1 2 Lundberg, Derek S.; Lebeis, Sarah L.; Paredes, Sur Herrera; Yourstone, Scott; Gehring, Jase; Malfatti, Stephanie; Tremblay, Julien; Engelbrektson, Anna; Kunin, Victor; Rio, Tijana Glavina del; Edgar, Robert C.; Eickhorst, Thilo; Ley, Ruth E.; Hugenholtz, Philip; Tringe, Susannah Green; Dangl, Jeffery L. (2012). "Defining the core Arabidopsis thaliana root microbiome". Nature. 488 (7409): 86–90. Bibcode:2012Natur.488...86L. doi:10.1038/nature11237. PMC 4074413. PMID 22859206.
  40. 1 2 Schlaeppi, K.; Dombrowski, N.; Oter, R. G.; Ver Loren Van Themaat, E.; Schulze-Lefert, P. (2014). "Quantitative divergence of the bacterial root microbiota in Arabidopsis thaliana relatives". Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (2): 585–592. Bibcode:2014PNAS..111..585S. doi:10.1073/pnas.1321597111. PMC 3896156. PMID 24379374. S2CID 13806811.
  41. 1 2 3 4 Vokou, Despoina; Vareli, Katerina; Zarali, Ekaterini; Karamanoli, Katerina; Constantinidou, Helen-Isis A.; Monokrousos, Nikolaos; Halley, John M.; Sainis, Ioannis (2012). "Exploring Biodiversity in the Bacterial Community of the Mediterranean Phyllosphere and its Relationship with Airborne Bacteria". Microbial Ecology. 64 (3): 714–724. Bibcode:2012MicEc..64..714V. doi:10.1007/s00248-012-0053-7. PMID 22544345. S2CID 17291303.
  42. ↑ Dastogeer, Khondoker M.G.; Li, Hua; Sivasithamparam, Krishnapillai; Jones, Michael G.K.; Du, Xin; Ren, Yonglin; Wylie, Stephen J. (2017). "Metabolic responses of endophytic Nicotiana benthamiana plants experiencing water stress". Environmental and Experimental Botany. 143: 59–71. Bibcode:2017EnvEB.143...59D. doi:10.1016/j.envexpbot.2017.08.008.
  43. ↑ Rodriguez, R. J.; White Jr, J. F.; Arnold, A. E.; Redman, R. S. (2009). "Fungal endophytes: Diversity and functional roles". New Phytologist. 182 (2): 314–330. Bibcode:2009NewPh.182..314R. doi:10.1111/j.1469-8137.2009.02773.x. PMID 19236579.
  44. 1 2 3 4 Abdelfattah, Ahmed; Wisniewski, Michael; Schena, Leonardo; Tack, Ayco J. M. (2021). "Experimental evidence of microbial inheritance in plants and transmission routes from seed to phyllosphere and root". Environmental Microbiology (jezik: engleski). 23 (4): 2199–2214. Bibcode:2021EnvMi..23.2199A. doi:10.1111/1462-2920.15392. ISSN 1462-2920. PMID 33427409.
  45. ↑ Arnold, Wyatt; et al. (28. 8. 2025). "A diverse and distinct microbiome inside living trees". Nature. 644: 1039–1048. doi:10.1038/s41586-025-09316-0.
  46. ↑ Robles-Gil, Alexa (27. 8. 2025). "In Every Tree, a Trillion Tiny Lives". New York Times.
  47. ↑ He, Sheng-Yang (28. 8. 2020). "When plants and their microbes are not in sync, the results can be disastrous". The Conversation.
  48. ↑ Lindow, Steven E. (1996). "Role of Immigration and Other Processes in Determining Epiphytic Bacterial Populations". Aerial Plant Surface Microbiology. str. 155–168. doi:10.1007/978-0-585-34164-4_10. ISBN 978-0-306-45382-3.
  49. ↑ Friesen, Maren L.; Porter, Stephanie S.; Stark, Scott C.; von Wettberg, Eric J.; Sachs, Joel L.; Martinez-Romero, Esperanza (2011). "Microbially Mediated Plant Functional Traits". Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics. 42: 23–46. doi:10.1146/annurev-ecolsys-102710-145039.
  50. 1 2 Leveau, Johan HJ (2019). "A brief from the leaf: Latest research to inform our understanding of the phyllosphere microbiome". Current Opinion in Microbiology. 49: 41–49. doi:10.1016/j.mib.2019.10.002. PMID 31707206. S2CID 207946690.
  51. ↑ Ruinen, J. (februar 1956). "Occurrence of Beijerinckia Species in the 'Phyllosphere'". Nature (jezik: engleski). 177 (4501): 220–221. Bibcode:1956Natur.177..220R. doi:10.1038/177220a0. ISSN 1476-4687.
  52. 1 2 Vogel, Christine; Bodenhausen, Natacha; Gruissem, Wilhelm; Vorholt, Julia A. (2016). "The Arabidopsis leaf transcriptome reveals distinct but also overlapping responses to colonization by phyllosphere commensals and pathogen infection with impact on plant health" (PDF). New Phytologist. 212 (1): 192–207. Bibcode:2016NewPh.212..192V. doi:10.1111/nph.14036. hdl:20.500.11850/117578. PMID 27306148.
  53. 1 2 Cid, Fernanda P.; Maruyama, Fumito; Murase, Kazunori; Graether, Steffen P.; Larama, Giovanni; Bravo, Leon A.; Jorquera, Milko A. (2018). "Draft genome sequences of bacteria isolated from the Deschampsia antarctica phyllosphere". Extremophiles. 22 (3): 537–552. doi:10.1007/s00792-018-1015-x. PMID 29492666. S2CID 4320165.
  54. ↑ Kumaravel, Sowmya; Thankappan, Sugitha; Raghupathi, Sridar; Uthandi, Sivakumar (2018). "Draft Genome Sequence of Plant Growth-Promoting and Drought-Tolerant Bacillus altitudinis FD48, Isolated from Rice Phylloplane". Genome Announcements. 6 (9). doi:10.1128/genomeA.00019-18. PMC 5834328. PMID 29496824.
  55. ↑ Laforest-Lapointe, Isabelle; Whitaker, Briana K. (2019). "Decrypting the phyllosphere microbiota: Progress and challenges". American Journal of Botany. 106 (2): 171–173. doi:10.1002/ajb2.1229. PMID 30726571.
  56. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Noble, Anya S.; Noe, Stevie; Clearwater, Michael J.; Lee, Charles K. (2020). "A core phyllosphere microbiome exists across distant populations of a tree species indigenous to New Zealand". PLOS ONE. 15 (8). Bibcode:2020PLoSO..1537079N. doi:10.1371/journal.pone.0237079. PMC 7425925. PMID 32790769. Nepoznati parametar |article-number= zanemaren (pomoć) Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan pod Creative Commons Attribution 4.0 International License. Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan pod Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  57. 1 2 3 Finkel, Omri M.; Burch, Adrien Y.; Lindow, Steven E.; Post, Anton F.; Belkin, Shimshon (2011). "Geographical Location Determines the Population Structure in Phyllosphere Microbial Communities of a Salt-Excreting Desert Tree". Applied and Environmental Microbiology. 77 (21): 7647–7655. Bibcode:2011ApEnM..77.7647F. doi:10.1128/AEM.05565-11. PMC 3209174. PMID 21926212.
  58. 1 2 Vorholt, Julia A. (2012). "Microbial life in the phyllosphere". Nature Reviews Microbiology. 10 (12): 828–840. doi:10.1038/nrmicro2910. hdl:20.500.11850/59727. PMID 23154261. S2CID 10447146.
  59. ↑ Lindow, Steven E.; Brandl, Maria T. (2003). "Microbiology of the Phyllosphere". Applied and Environmental Microbiology. 69 (4): 1875–1883. Bibcode:2003ApEnM..69.1875L. doi:10.1128/AEM.69.4.1875-1883.2003. PMC 154815. PMID 12676659. S2CID 2304379.
  60. ↑ Bodenhausen, Natacha; Horton, Matthew W.; Bergelson, Joy (2013). "Bacterial Communities Associated with the Leaves and the Roots of Arabidopsis thaliana". PLOS ONE. 8 (2). Bibcode:2013PLoSO...856329B. doi:10.1371/journal.pone.0056329. PMC 3574144. PMID 23457551.
  61. 1 2 Stone, Bram W. G.; Jackson, Colin R. (2016). "Biogeographic Patterns Between Bacterial Phyllosphere Communities of the Southern Magnolia (Magnolia grandiflora) in a Small Forest". Microbial Ecology. 71 (4): 954–961. Bibcode:2016MicEc..71..954S. doi:10.1007/s00248-016-0738-4. PMID 26883131. S2CID 17292307.
  62. 1 2 Redford, Amanda J.; Bowers, Robert M.; Knight, Rob; Linhart, Yan; Fierer, Noah (2010). "The ecology of the phyllosphere: Geographic and phylogenetic variability in the distribution of bacteria on tree leaves". Environmental Microbiology. 12 (11): 2885–2893. Bibcode:2010EnvMi..12.2885R. doi:10.1111/j.1462-2920.2010.02258.x. PMC 3156554. PMID 20545741.
  63. 1 2 3 Laforest-Lapointe, Isabelle; Messier, Christian; Kembel, Steven W. (2016). "Host species identity, site and time drive temperate tree phyllosphere bacterial community structure". Microbiome. 4 (1): 27. doi:10.1186/s40168-016-0174-1. PMC 4912770. PMID 27316353.
  64. ↑ Zarraonaindia, Iratxe; Owens, Sarah M.; Weisenhorn, Pamela; West, Kristin; Hampton-Marcell, Jarrad; Lax, Simon; Bokulich, Nicholas A.; Mills, David A.; Martin, Gilles; Taghavi, Safiyh; Van Der Lelie, Daniel; Gilbert, Jack A. (2015). "The Soil Microbiome Influences Grapevine-Associated Microbiota". mBio. 6 (2). doi:10.1128/mBio.02527-14. PMC 4453523. PMID 25805735.
  65. ↑ Finkel, Omri M.; Burch, Adrien Y.; Elad, Tal; Huse, Susan M.; Lindow, Steven E.; Post, Anton F.; Belkin, Shimshon (2012). "Distance-Decay Relationships Partially Determine Diversity Patterns of Phyllosphere Bacteria on Tamrix Trees across the Sonoran Desert". Applied and Environmental Microbiology. 78 (17): 6187–6193. Bibcode:2012ApEnM..78.6187F. doi:10.1128/AEM.00888-12. PMC 3416633. PMID 22752165.
  66. 1 2 Kembel, S. W.; O'Connor, T. K.; Arnold, H. K.; Hubbell, S. P.; Wright, S. J.; Green, J. L. (2014). "Relationships between phyllosphere bacterial communities and plant functional traits in a neotropical forest". Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (38): 13715–13720. Bibcode:2014PNAS..11113715K. doi:10.1073/pnas.1216057111. PMC 4183302. PMID 25225376. S2CID 852584.
  67. ↑ Innerebner, Gerd; Knief, Claudia; Vorholt, Julia A. (2011). "Protection of Arabidopsis thaliana against Leaf-Pathogenic Pseudomonas syringae by Sphingomonas Strains in a Controlled Model System". Applied and Environmental Microbiology. 77 (10): 3202–3210. Bibcode:2011ApEnM..77.3202I. doi:10.1128/AEM.00133-11. PMC 3126462. PMID 21421777.
  68. ↑ Lajoie, Geneviève; Maglione, Rémi; Kembel, Steven W. (2020). "Adaptive matching between phyllosphere bacteria and their tree hosts in a neotropical forest". Microbiome. 8 (1): 70. doi:10.1186/s40168-020-00844-7. PMC 7243311. PMID 32438916.
  69. 1 2 Shade, Ashley; Handelsman, Jo (2012). "Beyond the Venn diagram: The hunt for a core microbiome". Environmental Microbiology. 14 (1): 4–12. Bibcode:2012EnvMi..14....4S. doi:10.1111/j.1462-2920.2011.02585.x. PMID 22004523.
  70. ↑ Berg, Gabriele; Rybakova, Daria; Fischer, Doreen; Cernava, Tomislav; Vergès, Marie-Christine Champomier; Charles, Trevor; Chen, Xiaoyulong; Cocolin, Luca; Eversole, Kellye; Corral, Gema Herrero; Kazou, Maria; Kinkel, Linda; Lange, Lene; Lima, Nelson; Loy, Alexander; et al. (2020). "Microbiome definition re-visited: Old concepts and new challenges". Microbiome. 8 (1): 103. doi:10.1186/s40168-020-00875-0. PMC 7329523. PMID 32605663.
  71. ↑ Turnbaugh, Peter J.; Hamady, Micah; Yatsunenko, Tanya; Cantarel, Brandi L.; Duncan, Alexis; Ley, Ruth E.; Sogin, Mitchell L.; Jones, William J.; Roe, Bruce A.; Affourtit, Jason P.; Egholm, Michael; Henrissat, Bernard; Heath, Andrew C.; Knight, Rob; Gordon, Jeffrey I. (2009). "A core gut microbiome in obese and lean twins". Nature. 457 (7228): 480–484. Bibcode:2009Natur.457..480T. doi:10.1038/nature07540. PMC 2677729. PMID 19043404.
  72. ↑ Hamonts, Kelly; Trivedi, Pankaj; Garg, Anshu; Janitz, Caroline; Grinyer, Jasmine; Holford, Paul; Botha, Frederik C.; Anderson, Ian C.; Singh, Brajesh K. (2018). "Field study reveals core plant microbiota and relative importance of their drivers". Environmental Microbiology. 20 (1): 124–140. Bibcode:2018EnvMi..20..124H. doi:10.1111/1462-2920.14031. PMID 29266641. S2CID 10650949.
  73. ↑ Cernava, Tomislav; Erlacher, Armin; Soh, Jung; Sensen, Christoph W.; Grube, Martin; Berg, Gabriele (2019). "Enterobacteriaceae dominate the core microbiome and contribute to the resistome of arugula (Eruca sativa Mill.)". Microbiome. 7 (1): 13. doi:10.1186/s40168-019-0624-7. PMC 6352427. PMID 30696492.
  74. ↑ Leff, Jonathan W.; Del Tredici, Peter; Friedman, William E.; Fierer, Noah (2015). "Spatial structuring of bacterial communities within individual Ginkgo bilobatrees". Environmental Microbiology. 17 (7): 2352–2361. Bibcode:2015EnvMi..17.2352L. doi:10.1111/1462-2920.12695. PMID 25367625.
  75. ↑ Hernandez-Agreda, Alejandra; Gates, Ruth D.; Ainsworth, Tracy D. (2017). "Defining the Core Microbiome in Corals' Microbial Soup". Trends in Microbiology. 25 (2): 125–140. doi:10.1016/j.tim.2016.11.003. PMID 27919551.
  76. ↑ Stephens, J. M. C.; Molan, P. C.; Clarkson, B. D. (2005). "A review of Leptospermum scoparium(Myrtaceae) in New Zealand". New Zealand Journal of Botany. 43 (2): 431–449. Bibcode:2005NZJB...43..431S. doi:10.1080/0028825X.2005.9512966. S2CID 53515334.
  77. ↑ Cooper, R.A.; Molan, P.C.; Harding, K.G. (2002). "The sensitivity to honey of Gram-positive cocci of clinical significance isolated from wounds". Journal of Applied Microbiology. 93 (5): 857–863. doi:10.1046/j.1365-2672.2002.01761.x. PMID 12392533. S2CID 24517001.
  78. ↑ Rabie, Erika; Serem, June Cheptoo; Oberholzer, Hester Magdalena; Gaspar, Anabella Regina Marques; Bester, Megan Jean (2016). "How methylglyoxal kills bacteria: An ultrastructural study". Ultrastructural Pathology. 40 (2): 107–111. doi:10.3109/01913123.2016.1154914. hdl:2263/52156. PMID 26986806. S2CID 13372064.
  79. ↑ Johnston, Peter R. (1998). "Leaf endophytes of manuka (Leptospermum scoparium)". Mycological Research. 102 (8): 1009–1016. doi:10.1017/S0953756297005765.
  80. ↑ McKenzie, E. H. C.; Johnston, P. R.; Buchanan, P. K. (2006). "Checklist of fungi on teatree (Kunzeaand Leptospermumspecies) in New Zealand". New Zealand Journal of Botany. 44 (3): 293–335. Bibcode:2006NZJB...44..293M. doi:10.1080/0028825X.2006.9513025. S2CID 84538904.
  81. ↑ Wicaksono, Wisnu Adi; Sansom, Catherine E.; Eirian Jones, E.; Perry, Nigel B.; Monk, Jana; Ridgway, Hayley J. (2018). "Arbuscular mycorrhizal fungi associated with Leptospermum scoparium (Mānuka): Effects on plant growth and essential oil content". Symbiosis. 75 (1): 39–50. Bibcode:2018Symbi..75...39W. doi:10.1007/s13199-017-0506-3. S2CID 4819178.
  82. ↑ Wicaksono, Wisnu Adi; Jones, E. Eirian; Monk, Jana; Ridgway, Hayley J. (2016). "The Bacterial Signature of Leptospermum scoparium (Mānuka) Reveals Core and Accessory Communities with Bioactive Properties". PLOS ONE. 11 (9). Bibcode:2016PLoSO..1163717W. doi:10.1371/journal.pone.0163717. PMC 5038978. PMID 27676607. Nepoznati parametar |article-number= zanemaren (pomoć)
  83. 1 2 3 4 Johnston-Monje, David; Gutierrez, Janneth P; Lopez-Lavalle, Luis A B (2021). "Seed-Transmitted Bacteria and Fungi Dominate Juvenile Plant Microbiomes". Frontiers in Microbiology. 12. doi:10.3389/fmicb.2021.737616. PMC 8569520 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34745040 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
  84. 1 2 3 War, Aadil Farooq; Bashir, Iqra; Reshi, Zafar A.; Kardol, Paul; Rashid, Irfan (april 2023). "Insights into the seed microbiome and its ecological significance in plant life". Microbiological Research. 269. doi:10.1016/j.micres.2023.127318. PMID 36753851 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć). S2CID 256563377 Provjerite vrijednost parametra |s2cid= (pomoć).
  85. ↑ Matsumoto, Haruna; Fan, Xiaoyan; Wang, Yue; Kusstatscher, Peter; Duan, Jie; Wu, Sanling; Chen, Sunlu; Qiao, Kun; Wang, Yiling; Ma, Bin; Zhu, Guonian; Hashidoko, Yasuyuki; Berg, Gabriele; Cernava, Tomislav; Wang, Mengcen (4. 1. 2021). "Bacterial seed endophyte shapes disease resistance in rice". Nature Plants. 7 (1): 60–72. Bibcode:2021NatPl...7...60M. doi:10.1038/s41477-020-00826-5. PMID 33398157. S2CID 230508404.
  86. ↑ Nelson, Eric B (2018). "REVIEW: The seed microbiome: Origins, interactions, and impacts". Plant and Soil. 422: 7–34. doi:10.1007/s11104-017-3289-7.
  87. ↑ "Seeds transfer their microbes to the next generation". EurekAlert! AAAS (jezik: engleski). Pristupljeno 21. 1. 2021.
  88. 1 2 Abdelfattah, Ahmed; Tack, Ayco J.M.; Lobato, Carolina; Wassermann, Birgit; Berg, Gabriele (april 2023). "From seed to seed: the role of microbial inheritance in the assembly of the plant microbiome". Trends in Microbiology. 31 (4): 346–355. doi:10.1016/j.tim.2022.10.009. PMID 36481186 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
  89. ↑ Barlow, Connie. "Published Documents on Endangerment Causes of Torreya taxifolia in Florida". Torreya Guardians. Pristupljeno 22. 2. 2024.

Referentne knjige

[uredi | uredi izvor]

Šablon:Mikroorganizmi

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=Biljna_mikrobiota&oldid=3789005"