C11orf54
Otvoreni okvir čitanja 54 hromosoma 11 (C11orf54) je protein koji je kod ljudi kodiran genom C11orf54.[5] Ljudski gen C11orf54. poznat je i kao PTD012 i PTOD12. C11orf54 eksprimira hidrolaznu aktivnost na p-nitrofenil acetatu i djeluje na esterske veze, iako sveukupna funkcija u naučnoj zajednici još uvijek nije u potpunosti shvaćena. Protein je visoko konzerviran, a najudaljeniji homolog nalazi se u bakterijama.[6]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 315 aminokiselina, a molekulska težina 35.117 Da.[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MACAEFSFHV | PSLEELAGVM | QKGLKDNFAD | VQVSVVDCPD | LTKEPFTFPV | ||||
| KGICGKTRIA | EVGGVPYLLP | LVNQKKVYDL | NKIAKEIKLP | GAFILGAGAG | ||||
| PFQTLGFNSE | FMPVIQTESE | HKPPVNGSYF | AHVNPADGGC | LLEKYSEKCH | ||||
| DFQCALLANL | FASEGQPGKV | IEVKAKRRTG | PLNFVTCMRE | TLEKHYGNKP | ||||
| IGMGGTFIIQ | KGKVKSHIMP | AEFSSCPLNS | DEEVNKWLHF | YEMKAPLVCL | ||||
| PVFVSRDPGF | DLRLEHTHFF | SRHGEGGHYH | YDTTPDIVEY | LGYFLPAEFL | ||||
| YRIDQPKETH | SIGRD |
Gen[uredi | uredi izvor]
C11orf54 se nalazi na hromosomu 11, sekvenca 11q21. Uobičajeni alijasi gena su PTD012 i PT0D12. Sastoji od 13 egzona i obuhvata 23730 bp. C11orf54 okružen je genima TAF1D i MED17.[6]
iRNK[uredi | uredi izvor]
Proteinska ester-hidrolaza c11orf54 postoji kao monomer i sastoji se od 315 aminokiselina. Postoji šest izoformi C11orf54 (tabela 1).[6]
Tablala 1: Izoforme C11orf54
| Varijanta | Izoforma | Dužina (bp) | Pristupni broj |
|---|---|---|---|
| 1 | Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 | 2726 | NM_001286067.1 |
| 2 | Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 | 2589 | NM_001286068.1 |
| 3 | Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 | 2594 | NM_001286069.1 |
| 4 | Izoforma b ester-hidrolaze C11orf54 | 2444 | NM_014039.3 |
| 5 | Izoforma c ester-hidrolaze C11orf54 | 2442 | NM_001286070.1 |
| 6 | Izoforma d ester-hidrolaze C11orf54 | 2417 | NM_001286071.1 |
Aminokiselinska sekvenca sadrži domen nepoznate funkcije 1907. U ovom transkriptu nalazi se motiv HxHxxxxxxxxxH koji koordinira cinkov ion uključen u hidrolaznu aktivnost.[8] Motiv LR gnijezda nalazi se na lys262 i arg263. Motiv gnijezda LR tvori vodikove veze između NH grupa i aniona; acetatni anion koordiniran je sa LR gnijezdom.[9]
Protein[uredi | uredi izvor]
Primarna sekvenca[uredi | uredi izvor]
Tabela 2: Različite karakteristike proteinske sekvence kod ljudi i drugih ortologa[10]
| Organizam | Molekulska težina (kD) | Izoelektrična tačka | Aminokiseline visoke pristrasnosti | Ponavljanja |
|---|---|---|---|---|
| Čovjek | 35,1 | 5,9 | F | AEFS |
| Miš | 35,0 | 5,9 | H | Nema |
| Trinaestoprugasta prizemna vjeverica | 35,1 | 6,0 | F,H | PAEF |
| Gigantska panda | 35,2 | 6,5 | F | PAEF |
Sekundarna struktura[uredi | uredi izvor]
Protein C11orf54 postoji kao monomer u otopini. Protein poprima globularni oblik od 20 beta niti i četiri alfa-heliks, koji sadrže po devet antiparalelnih beta-lanaca koji tvore područje beta-lista. Regija β-heliksa C11orf54 strukturno liči na domen vezanja cikličnog adenozina 3′, 5′-monofosfata (cAMP) regulatorne podjedinice protein-kinaze A. Ion cinka vezan je za motiv HxHxxxxxxxxxH koji se nalazi u sekvenci.[8]
Subćelijska lokalizacija[uredi | uredi izvor]
Predviđa se da je C11orf54 lokaliziran 60,9% u citoplazmi, 21,7% u jedru, 13,0% mitohondrijama i 4,3% u Golgijevom aparatu.[11]
Ekspresija i posttranslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]
Protein je visoko eksprimiran u bubrezima, a umjereno u nadbubrežnim žlijezdama, debelom crijevu, jetri, sjemenicima i štitnoj žlijezdi.[14]
Homologija[uredi | uredi izvor]
Paralozi[uredi | uredi izvor]
Nema paraloga za C11orf54.[5]
Ortolozi[uredi | uredi izvor]
Protein ester-hidrolaza C11orf54 ima mnogo ortologa (vidi tabelu.) Vrlo je konzerviran (60-100% identiteta) kod sisara, gmizavaca, ptica i riba. Protein je umjereno konzerviran (30-59,99% identiteta) u beskičmenjaka, vodozemaca, knidarija, mehkušaca, gljiva i bakterija. Nije konzervijan u arhejama.[10] Najudaljenij ortolozi su kod bakterija. Na slici prikazano je neukorijenjeno filogenetsko stablo ortologa of C11orf54.[5]
| Vrsta | Uobičajeno ime | Razred | Pristupni broj | Identitet (%) | Datiranje divergencije (milioni godina) |
|---|---|---|---|---|---|
| Microtus ochrogaster | Prerijska voluharica | Mammalia | XP_005346877.1 | 87,0 | 88 |
| Chelonia mydas | Zelena morska kornjača | Reptilia | XP_007069537.1 | 72,8 | 320 |
| Xenopus tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | Reptilia | XP_007434894.1 | 70,9 | 320 |
| Python bivittatus | Burmanski piton | Reptilia | NP_001264206.1 | 73,4 | 320 |
| Gallus gallus | Obična kokoš | Aves | XP_009564677.1 | 72,5 | 320 |
| Cuculus canorus | Južna platiriba | Actinopterygii | XP_005800827.1 | 65,2 | 432 |
| Xiphophorus maculatus | Žirasta glista | Enteropneusta | NP_997781.1 | 62,4 | 432 |
| Danio rerio | Zebrica | Actinopterygii | XP_002738479.1 | 55,6 | 627 |
| Saccoglossus kowalevskii | Poluhordat | Hemichordata | XP_013785734.1 | 56,6 | 758 |
| Limulus polyphemus | Atlantski kopitasti rak | Merostomata | XP_012812415.1 | 55,1 | 353 |
| Crassostrea gigas | Pacifička ostriga | Bivalvia | XP_011412414.1 | 50,0 | 758 |
| Tribolium castaneum | Crvena brašnena buba | Insecta | XP_968861.1 | 49.0 | 758 |
| Drosophila bipectinata | Vinska mušica | Insecta | XP_017103988.1 | 46.0 | 758 |
| Megachile rotundata | Alfalfa listosjekačka pčela | Insecta | XP_003702672.1 | 44,8 | 758 |
| Zymoseptoria brevis | Gljiva | Dothideomycetes | KJX93246.1 | 36,5 | 1150 |
| Cladophialophora carrionii | Gljiva | Dothideomycetes | OCT48531.1 | 35,8 | 1150 |
| Alternaria alternata | Gljiva | Dothideomycetes | XP_018384285.1 | 36,2 | 1150 |
| Candidatus Pelagibacter ubique | Bakterija | Bacteria | WP_075504325.1 | 34,5 | 4090 |
| Pelagibacteraceae bacterium | Bakterija | Bacteria | OCW82973.1 | 34,1 | 4090 |
Funkcija[uredi | uredi izvor]
Koordinacija C11orf54 sa ionom cinka preko tri histidina i acetatni anion vjerovatno ukazuju na funkciju proteinske enzimske reakcije kao ester-hidrolaze. Protein ima veliki broj fluktuacija kada reagira s p-nitrofenil acetatom (0,042 sec − 1) u usporedbi s brzinom fluktuacije od 1 sec − 1 koja se nalazi u drugom enzimu (goveđa karboanhidraza II), koji reagira s p -nitrofenil acetatom.[8]
Interaktivni proteini[uredi | uredi izvor]
| Naziv | Skraćenica |
|---|---|
| Ubikvitin C | UBC |
| Kolagen, tip IV, alfa 3 | COL4A3 |
| Interaktor 13 receptora tireoidnog hormona | TRIP13 |
| DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp)-boksni polipeptidoliki 60 | DDX60L |
| Glutamin-fruktoza-6-fosfat transaminaza 2 | GFPT2 |
| 2-lika superubijska viralicidna aktivnost (S. cerevisiae) | SKIV2L |
| Ubikvitin-aldehid vezujući domen OTU 1 | OTUB1 |
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182919 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031938 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c "Entrez Gene: C11orf54 chromosome 11 open reading frame 54".
- ^ a b c d "C11orf54". NCBI Gene. NCBI (National Center for Biotechnology Information).
- ^ "UniProt, Q9H0W9". Pristupljeno 18. 8. 2021.
- ^ a b c Manjasetty BA, Büssow K, Fieber-Erdmann M, Roske Y, Gobom J, Scheich C, Götz F, Niesen FH, Heinemann U (april 2006). "Crystal structure of Homo sapiens PTD012 reveals a zinc-containing hydrolase fold". Protein Science. 15 (4): 914–20. doi:10.1110/ps.052037006. PMC 2242484. PMID 16522806.
- ^ Langton MJ, Serpell CJ, Beer PD (2016). "Anion Recognition in Water: Recent Advances from a Supramolecular and Macromolecular Perspective". Angewandte Chemie International Edition. 55 (6): 1974–87. doi:10.1002/anie.201506589. PMC 4755225. PMID 26612067.
- ^ a b Subramaniam S (1998). "The Biology Workbench--a seamless database and analysis environment for the biologist". Proteins. 32 (1): 1–2. doi:10.1002/(SICI)1097-0134(19980701)32:1<1::AID-PROT1>3.0.CO;2-Q. PMID 9672036.
- ^ Briesemeister S, Rahnenführer J, Kohlbacher O (2010). "Going from where to why–interpretable prediction of protein subcellular localization". Bioinformatics. 26 (9): 1232–8. doi:10.1093/bioinformatics/btq115. PMC 2859129. PMID 20299325.
- ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Gupta R, Brunak S (2002). "Prediction of glycosylation across the human proteome and the correlation to protein function". Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
- ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. (januar 2015). "Proteomics. Tissue-based map of the human proteome". Science. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126/science.1260419. PMID 25613900. S2CID 802377.
- ^ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). "STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D808–15. doi:10.1093/nar/gks1094. PMC 3531103. PMID 23203871.
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Maruyama K, Sugano S (januar 1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (oktobar 1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (mart 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Research. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (septembar 2000). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Reports. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Wan D, Gong Y, Qin W, Zhang P, Li J, Wei L, Zhou X, Li H, Qiu X, Zhong F, He L, Yu J, Yao G, Jiang H, Qian L, Yu Y, Shu H, Chen X, Xu H, Guo M, Pan Z, Chen Y, Ge C, Yang S, Gu J (novembar 2004). "Large-scale cDNA transfection screening for genes related to cancer development and progression". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (44): 15724–9. Bibcode:2004PNAS..10115724W. doi:10.1073/pnas.0404089101. PMC 524842. PMID 15498874.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (oktobar 2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]
- Lokacija ljudskog genoma C11orf54 i stranica sa detaljima o genu C11orf54 u UCSC Genome Browseru.
- Q9H0W9