C3orf70

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
C3orf70
Identifikatori
AliasiC3orf70
Vanjski ID-jeviMGI: 1919440 HomoloGene: 78167 GeneCards: C3orf70
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)[1]
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za C3orf70
Genomska lokacija za C3orf70
Bend3q27.2Početak185,076,838 bp[1]
Kraj185,153,060 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 16 (miš)
Hrom.Hromosom 16 (miš)[2]
Hromosom 16 (miš)
Genomska lokacija za C3orf70
Genomska lokacija za C3orf70
Bend16|16 B1Početak21,467,795 bp[2]
Kraj21,513,415 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

285382

72190

Ensembl

ENSG00000187068

ENSMUSG00000043391

UniProt

A6NLC5

Q6GQU0

RefSeq (mRNK)

NM_001025266

NM_001001881

RefSeq (bjelančevina)

NP_001020437

NP_001001881

Lokacija (UCSC)Chr 3: 185.08 – 185.15 MbChr 16: 21.47 – 21.51 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

C3orf70, znan i kao otvoreni okvir čitanja 70 hromosoma 3, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C3orf70 sa hromosoma 3. Predviđeno je da je kodirani protein jedarni protein; međutim, njegova tačna funkcija još nije poznata.[5] C3orf70 može se identificirati s poznatim aliasima: AK091454, UPF0524 i LOC285382.[5][6]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 250 aminokiselina, а molekulska težina 27.769 Da.[7].

1020304050
MSAAASPASERGWKSEKLDEAQALARSCAARRPDFQPCDGLSICATHSHG
KCFKLHWCCHLGWCHCKYMYQPMTPVEQLPSTEIPARPREPTNTIQISVS
LTEHFLKFASVFQPPLPPDSPRYCMISDLFIDNYQVKCINGKMCYVQKQP
APHSHRMSPEEVSAHDALISKESNTPKIDHCSSPSSSEDSGINAIGAHYV
ESCDEDTEEGAELSSEEDYSPESSWEPDECTLLSPSQSDLEVIETIETTV

Gen[uredi | uredi izvor]

Kod ljudi, C3orf70 nalazi se na obrnutom lancu [[hromosom]a 3, pozicija 3q27.2 (vidi sliku 1).[8] Ovo identifikuje njegovu lokaciju počevši od baznog para 184,795.838 i završavajući sa bp 184,870.802 lokusa PTER, kraja kratkog (p) kraka hromosoma 3. C3orf70 obuhvata 74.964 baza koje sadrže po dva egzona i [intron]]a.

iRNK[uredi | uredi izvor]

Transkribovana iRNK je transkript 5.901 baznog para. C3orf70 se sastoji od jedne poznate prerađene varijante transkripta sa dva egzona od 388, odnosno 5.512 baznih parova (vidi sliku 2); lokacija prerade je na 67. aaC.[5] Identifikovani su jedan 5' kapa i tri moguća 3’ poliadenilacijska signala.[5]

Protein[uredi | uredi izvor]

Kompozicija[uredi | uredi izvor]

Prevedeni protein je proizvod od 250 aminokiselina. Prekursorski protein je predviđen sa molekulskom težinom od 27,8 kdal i izoelektričnom tačkom od 4,67.[9] Sa 33 serina i 8 glizina, protein C3orf70 je i Serin bogat i Glicin siromašan.[9]

Domeni[uredi | uredi izvor]

C3orf70 protein nema poznate signalne peptide ili domene.

Homologija[uredi | uredi izvor]

C3orf70 nema poznatih paraloga kod ljudi; međutim ima konzervirane homologe. Visoko je konzerviran među vrstama, isključujući beskičmenjake, biljke, gljive i bakterije, C3orf70 pokazuje umjerenu stopu evolucije.[10]

Prikupljeni podaci za odabrane ortologe C3orf70 po vrstama
Slika 2: Divergencija homologa proteina C3orf70, od Homo sapiens. Identifikacija boja specifična za vrste. Vrijeme divergencije izračunato prema programu timetree.org. Neidentitet izračunat na osnovu (identitet sekvence 1-NCBI).
Slika 3: Stopa divergencije C3orf70 u odnosu na citohrom C i fibrinogen pokazuje umjerenu do sporu stopu divergencije.

Regulacija[uredi | uredi izvor]

Transkripcija[uredi | uredi izvor]

Promotor[uredi | uredi izvor]

Postoji samo jedan poznati promotor koji je predvidio Genomatix za protein C3orf70, na minus lancu hromosoma 3, na lokaciji 184870702 – 184871302 bp, prema tome identifikovan sa dužinom od 600 bp.[11] Uočena je visoka očuvanost kod sisara za identifikovanu promotorsku sekvencu.

Faktori transkripcije[uredi | uredi izvor]

Slika 4: Uopćena lista odabira mjesta vezanja faktora transkripcije u promotoru C3orf70

Korištenjem Genomatixa, napravljena je tabela 20 najboljih transkripcijskih faktora i njihovih vezivnih mesta u promotoru C3orf70).[11]

Translacija[uredi | uredi izvor]

Posttranslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]

Koristeći NetPhos, predviđeno je ukupno 25 lokacija fosforilacije (20 serinskih, tri treoninska i dva tirozinska) kojiase javljaju u cijelom proteinu ukazujući na unutarćelijsku lokalizaciju.[12] Slike precizno ukazuju na lokaciju 25 potencijalnih mjesta fosforilacije. Dodatno, predviđena su dva mjesta N-miriizolacije na poziciji aminokiselina 40–45 i 210–215, što ukazuje na mogući N– i C-terminalno sidreni region membrane.[13] U ljudskom C3orf70, također postoji 28 potencijalnih misens mutacija.[14]

Subćelijska lokalizacija[uredi | uredi izvor]

PSORT II ukazuje na subćelijsku lokalizaciju C3orf70 u jedru.[15] Pored toga, prema SAPS kNN-prediction SDSC-ovog Biology Workbench-a, ljudski protein C3orf70 ima 60,9% vjerovatnoće da će završiti u jedarnoj regiji ćelije, što je određeno aminokiselinskim sastavom C3orf70.[9] Homolozi, uključujući čimpanze, miša, aligatora i zebrice imaju istu jedarnu regiju s vjerovatnoćom >60%.[15] Mjesto jedarne lokalizacije u sekvenci C3orf70 nije identificirano.

Ekspresija[uredi | uredi izvor]

Prema Unigene-ovom EST cDNK prikazu obilja tkiva (pogledajte sliku 8), C3orf70 nije sveprisutno eksprimiran i ima relativno niske nivoe ekspresije sa nešto višim nivoima u mozgu.[16] Također, profil podataka mikromreža GDS426 (pogledajte sliku 9) pokazuje ekspresiju C3orf70 u normalnim tkivima sa značajno visoko prisustvom u mozgu, kičmenoj moždini i tkivu prostate.[17]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000187068 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000043391 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d NCBI AceView. "Homo sapiens gene C3orf70, encoding chromosome 3 open reading frame 70". Pristupljeno 10. 4. 2015.
  6. ^ NCBI. "C3orf70 chromosome 3 open reading frame 70 [ Homo sapiens (human) ]". Pristupljeno 10. 4. 2015.
  7. ^ "UniProt, A6NLC5" (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 11. 2021.
  8. ^ "NCBI C3orf70 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  9. ^ a b c Department of Bioengineering. "SDSC Biology Workbench". University of California, San Diego. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  10. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  11. ^ a b Genomatix Software. "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  12. ^ Blom, N.; Gammeltoft, S.; Brunak, S. (1999). "Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  13. ^ Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N. "a protein domain database for functional characterization and annotation". Nucleic Acids Res. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  14. ^ "dbSNP". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  15. ^ a b Paul Horton. "PSORT II". Psort.hgc.jp. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  16. ^ "Unigene". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  17. ^ "C3orf70 –Normal human tissue expression profiling". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 19. 4. 2015.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C3orf70&oldid=3490608"