CCDC138
CCDC138 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | CCDC138 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 1923388 HomoloGene: 44912 GeneCards: CCDC138 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 2: 108.79 – 108.89 Mb | Chr 10: 58.5 – 58.58 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Protein 138 sa upredenom zavojnicom, znan i kao CCDC138, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC138 sa hromosoma 2. Njegova tačna funkcija nije poznata.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 665 aminokiselina, a molekulska težina 76.219 Da.[5]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MEPRVVKPPG | QDLVVESLKS | RYGLGGSCPD | EYDFSNFYQS | KYKRRTLTSP | ||||
GDLDIYSGDK | VGSSLKYSDE | SKHCRTPLGS | LFKHVNVNCL | DDELDSFHDL | ||||
KKQETEEELI | ENDYRVSTSK | ITKQSFKEIE | KVALPTNTTS | SRPRTECCSD | ||||
AGDSPLKPVS | CPKSKASDKR | SLLPHQISQI | YDELFQIHLK | LQCETAAQQK | ||||
FAEELQKRER | FLLEREQLLF | RHENALSKIK | GVEEEVLTRF | QIIKEQHDAE | ||||
VEHLTEVLKE | KNKETKRLRS | SFDALKELND | TLKKQLNEAS | EENRKIDIQA | ||||
KRVQARLDNL | QRKYEFMTIQ | RLKGSSHAVH | EMKSLKQEKA | PVSKTYKVPL | ||||
NGQVYELLTV | FMDWISDHHL | SKVKHEESGM | DGKKPQLKFA | SQRNDIQEKC | ||||
VKLLPLMTEQ | LQWMPFVNIK | LHEPFVKFIY | WSLRQLDAGA | QHSTMTSTLR | ||||
RLGEDIFKGV | VTKGIQDNSP | QHSVENKPKT | AAFFKSSNLP | LRFLSTLIVL | ||||
KTVTQADYLA | QAFDSLCLDL | KTEEGKTLFL | EYQAVPVILS | HLRISSKGLL | ||||
SNVIDSLLQM | TVESKSLQPF | LEACSNSLFF | RTCSVLLRAP | KLDLQILEKL | ||||
SIILQKLSKI | KSNKKLFELF | TIHLMLQEIQ | RTTNPEHAFL | CINLNSTLFN | ||||
LGLTKCNSLV | SSASP |
Gen
[uredi | uredi izvor]Gen CCDC138 nalazi swe na pozitivnom lancu hromosoma 2.[6] Llociran je na dugom (q) kraku, pozicija 12.13,[7] ili na sekvenci 2q12.3. Proteže se između baznih parova 108,786,752 i 108,876.591.[8] The DNA sequence is 89,840bp long.
Uobičajeni aliasi
[uredi | uredi izvor]CCDC138 je jedini uspostavljeni zajednički alijas.
Protein
[uredi | uredi izvor]Predviđa se da protein CCDC138 ima molekulsku težinu od 76,2Kda[9] i izoelektričnu tačku od 8,614.[10] Kompozicijska analiza pokazuje da postoji mala upotreba AGP grupiranja u CCDC138, te da nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih klastera naelektrisanja. Protein nema motiv zadržavanja ER u C-terminalu ni motiv za vezanje RNK.[11] Predviđeno je i da je topljivi jedarni protein sa leucinskim zatvaračem (PS00029) na poziciji 205 nadalje sa sekvencom LQKRERFLLEREQLLFRHENAL.
Primarne sekvence i varijante/izoforme
[uredi | uredi izvor]Postoje dvije izoforme proteina CCDC138. Primarna izoforma ima 665 aminokiselina[12] while the secondary isoform has 577 amino acids,[12] i nedostaje joj 88 aminokiselina na C-kraju.
Slika prikazuje poravnavanje sekvenci u paru upoređujući primarnu izoformu (Izoforma 1) sa sekundarnom izoformom (izoforma 2).
Domen i motivi
[uredi | uredi izvor]Domen nepoznate funkcije (DUF2317) na proteinu na lokaciji 212 – 315 okarakteriziran je u bakterija.TMHMM[13] and TMAP[14] suggests that there are no predicted transmembrane domain. SOSUI[15] dalje predviđa da je CCDC138 rastvorljivi protein bez transmembranskog domena.
Prema SUMOplot Analysis Programu,[16] there are 7 predicted sumoylation at lysine residues K7, K207, K336, K374, K383, K521, and K591. NetPhos[17] predviđeno je da postoje 44 mjesta fosforilacije, uključujući 29 ostataka serina, 10 ostataka treonina i pet ostataka tirozina.
Nema daljih post-translacijskih modifikacija kako predviđa NetNGlyc,[18] NetOGlyc,[19] SignalP,[20] Sulfinator,[21] and Myristoylator.[22]
CCDC138 protein sadrži više alfa heliksa, beta listova i namotanih zavojnica kako su predvideli PELE, CHOFAS i GOR4.
Žuta prikazuje upredenu zavojnicu, plava alfa-heliks, a crvena beta-list. Većina sekvenci su upredene zavojnice i alfa-heliksi.
Strukture 3° i 4°
[uredi | uredi izvor]Ne postoje predviđene strukture od 3° i 4° za protein CCDC138. Međutim, postoji slična struktura koja ima 29% identiteta.[23] Predviđena struktura je lanac A, analiza kristalne strukture Clpb, proteina koji kodira ATP zavisnu proteazu i šaperon. Ovaj protein ima usklađenu dužinu od 144 aminokiseline, a poravnanje se nalazi u domenu nepoznate funkcije CCDC138.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Gen je eksprimiran na niskim razinama u gotovo svim ljudskim tkivima, ali su viši nivoi uočeni u određenim tkivima kancera. CCDC138 je rastvorljivi protein za koji je predviđeno da se nalazi u ćelijskom jedru.
Obrasci ekspresije tkiva procijenjeni mikromrežom preko GEO profila pokazuju da je CCDC138 eksprimiran u umjerenim razinama u različitim tkivima uključujući limfocite periferne krvi, fetusni timus, timus odraslih, sjemenike, jajnike, zadnji mozak, debelo crijevo, mliječne žlijezde i koštanu srž.[24]
Promotor
[uredi | uredi izvor]Regija promotora CCDC138 je prikazan na slici ispod.
Postoje dvije najznačajnije alternativne varijante transkripta za CCDC138 iRNK. Prva varijanta kao što je prikazano na donjoj slici pronađena je u plućima, krvi i ljudskim embrionskim matičnim ćelijama.[25] Druga varijanta je pronađena kod adenokarcinoma, prostate, pluća i primarnih epitelnih ćelija pluća.[26]
Prvi transkript pokazuje kompletan transkript iRNK. Drugi transkript je prva varijanta, dok je transkript ? druga varijanta.[27]
Funkcija i biohemija
[uredi | uredi izvor]Tačna funkcija CCDC138 tek treba biti upoznata.
Interakcija proteina
[uredi | uredi izvor]Utvrđeno je da protein CCDC138 stupa u interakciju sa ubikvitinom C,[28] proteinom uključenim u ubikvinaciju i na kraju u razgradnju proteina.
Faktori transkripcije koji se mogu vezati za regulatornu sekvencu
[uredi | uredi izvor]Tabela ispod pokazuje neke transkripcijske faktore koje je predvidio Genomatix, a koji se vezuju za regulatornu sekvencu gena CCDC138.[29]
Detalju o porodici | Detalji o matriksu | Tkivo |
---|---|---|
GC-kutijski faktori SP1/GC | Stimulirajući protein 1, sveprisutni transkripcijski faktor cinkovih prstiju | Sveprisutan |
Receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom | Gama receptor aktiviran peroksisomskim proliferatorom, mjesto DR1 | Masno tkivo, vezivno tkivo, probavni sistem, jetra |
MYT1 C2HC protein cinkovog prsta | MyT1 faktor transkripcije cinkovog prsta uključen u primarnu neurogenezu | Centralni i periferni nervni sistem, neuroglija, neuroni |
Elementi odgovora NGFI-B, potporodica nur jedarnih receptora | Monomere potporodice nur jedarnih receptora (nur77, nurr1, nor-1) | Mozak, centralni nervni sistem, endokrini sistem, imunski sistem, Leydigove ćelije, nervni sistem, neuroni, sjemenici, timusna žlijezda, urogenitalni sistem |
Krueppeloliki transkripcijski faktori | Protein koji veže jezgarni promotor (CPBP) sa tri cinkova prsta Krueppelovog tipa (KLF6, ZF9) | Krvne ćelije, ćelije koštane srži, probavni sistem, embrionske strukture, eritrociti, hematopoetski sistem, jetra |
Zrnoglavi transkripcijski faktori | Znoglavi faktor 3 (sestrinski zrnoglavog faktora sisara – SOM) | Embrionske strukture, integumentni sistem |
Porodica gena CTCF i BORIS , transkripcijski regulatori sa 11 visoko konzerviranih domena cinkovih prstiju | Insulatorski protein CTCF (CCCTC-vezujući faktor) | Krvne ćelije, embrionske strukture, endokrini sistem, eritrociti, zametne ćelije, sjemenici, urogenitalni sistem |
Motiv deset elemenata sržnog preomotora | Deset elemenata ljudskih motiva | – |
Transkripcijski faktori homeodomena abdomenskog tipa B | Homeoboks C13 / Hox-3gamma | Ćelije koštane srži, kosti i skelet, centralni nervni sistem, vezivno tkivo, embrionske strukture, hematopoetski sistem, integumentni sistem, bubrezi, nervni sistem, neuroni, prostata, kičmena moždina, urogenitalni sistem |
E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa | E2F transkripcijski faktor 2 | Sveprisutan |
PAX-3 vezna mjesta | Pax-3 protein uparenog domena, izražen u embriogenezi, mutacije koreliraju sa Waardenburgovim sindromom | Embrionske strukture, mišići, skelet, skeletni mišići |
ZF5 POZ domen cinkovog prsta | Protein 161 ZF5 POZ domena cinkovog prsta | – |
Kičmenjački TATA-vezujući proteinski faktor | Ćelijski i virusni elementi TATA kutije | – |
CCAAT-vezujući faktori | Ptičji C-tip LTR CCAAT-kutije | Sveprisutan |
Ccaat/pojačivač-vezujući protein | CCAAT/pojačivač vezujući protein alfa | Masno tkivo, ćelije koštane srži, vezivno tkivo, probavni sistem, hematopoetski sistem, imunski sistem, jetra, mijeloidne ćelije, fagociti |
Aktivator-, medjiator- iTBP-ovisni jezgarni promotoraki element transkripcije RNK polimeraze II Promotori bezTATA-kutije | Element 1 X gena jezgarnog promotora | – |
Paralozi=
[uredi | uredi izvor]Nisu identifikovani paralozi CCDC138.
Homologija i evolucija
[uredi | uredi izvor]Ortolozi
[uredi | uredi izvor]CCDC138 je konzerviran u različitim organizmima kao što je prikazano u tabeli ispod.
Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Datiranje divergencije od ljudske loze (u milionima godina)[30] |
Dužina sekvence | Identitet sekvence sa ljudkim RNK/proteinima | Sličnost sekvence sa ljudskim RNK/proteinima |
---|---|---|---|---|---|
Mus musculus | Kućni miš | 92,3 | 2466 bp | 77% | 65,7% |
Columbia livia | Golub ksmenjar | 296 | 1863 bp | 61% | 59.4% |
Xenopus laevis | Afrička kandžasta žaba | 371,2 | 2634 bp | 52% | 40,1% |
Anolis carolinensis | Crvenogrla anola | 296 | 9588 bp | 78% | 46,3% |
Latimeria chalumnae | Zapadni indijskookeanski celakant | 414,9 | 1838 bp | 71% | 38,1% |
Strongylocentrotus purpuratus | Ljubičasti morski jež | 742,9 | 2047 bp | 59% | 14,5% |
Ciona intestinalis | Vrčolika tunikata | 722,5 | 2420 bp | 56% | 23,8% |
Aplysia californica | Kalifornijski morski puž | 782,7 | 2103 bp | 49% | 17,2% |
Hydra vulgaris | Slatkovodni polip | 855,3 | 1482 bp | 46% | 13,7% |
Chrysemys picta bellii | Zapadna obojena kornjača | 296 | 700 bp | 36% | 15,9% |
Alligator mississippiensis | Američki aligator | 296 | 2089 bp | 76% | 38,4% |
Melopsittacus undulatus | Pupavac | 296 | 1764 bp | 73% | 40,3% |
Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | 296 | 1980 bp | 75% | 44,2% |
Lepisosteus oculatus | Pjegava riba gar | 400,1 | 1269 bp | 65% | 30,9% |
Saccoglossus kowalevskii | Žirasta glista | 661,2 | 2515 bp | 42% | 24,1% |
Branchiostoma floridae | Floridska kopljača | 713,2 | 1758 bp | 55% | 27,0% |
Maylandia zebra | Zebrica mbuna | 400,1 | 4815 bp | 58% | 21.4% |
Trichoplax adhaerens | Trihoplaks | 800 | 1605 bp | 56% | 10,3% |
Pelodiscus sinensis | Kineska mehkooklopna kornjača | 296 | 2895 bp | 77% | 33,9% |
Falco cherrug | Saker-soko | 296 | 1866 bp | 73% | 48,9% |
Udaljeni homolozi
[uredi | uredi izvor]Najudaljeniji homolog otkriven ili predviđen je Trichoplax adhaerans. Ima očuvan CCDC138 gen i evoluirao je 800 miliona godina prije ljudske loze.
Homologni domeni
[uredi | uredi izvor]Među gore navedenim ortolozima, postoje različiti homologni konzervirani regioni, prikazani na slikama ispod.
Zelena boja pokazuje potpuno konzervirane ostatke, žuta identične ostatke, cijan pokazuje slične ostatke, a bijela različite ostatke.
Filogenija
[uredi | uredi izvor]Uočena filogenija gena CCDC138 gore pomenutih ortologa rekapitulira evolucijsku historiju.[31]
Slika iznad pokazuje evolucijske odnose ortologa CCDC138 .
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]CCDC138 je identifikovan kao jedan od mnogih gena uključenih u iniciranje terminskih porođaja u miometriju.[32]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000163006 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038010 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q96M89" (jezik: engleski). Pristupljeno 16. 11. 2021.
- ^ "Homo sapiens coiled-coil domain containing 138 (CCDC138), mRNA". Pristupljeno 2 Feb 2014.
- ^ "CCDC138 - GeneCards". Pristupljeno 2 Feb 2014.
- ^ "CCDC138 coiled-coil domain containing 138 [ Homo sapiens (human) ]". Pristupljeno 2 Feb 2014.
- ^ "SAPS". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 10. 4. 2014.
- ^ "pI". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 10. 4. 2014.
- ^ "PSORT WWW Server". Nepoznati parametar
|pristup -date=
zanemaren (pomoć) - ^ a b "Coiled-coil domain-containing protein 138 - CCDC138 - Homo sapiens (Human)". Pristupljeno 10. 2. 2014.
- ^ "TMHMM". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ^ "TMAP". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ^ "Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins". Arhivirano s originala, 5. 5. 2016. Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "SUMOplot™ Analysis Program". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "NetPhos 2.0 Server". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "NetNGlyc 1.0 Server". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "NetOGlyc 4.0 Server". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "SignalP 4.1 Server". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "The Sulfinator". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "Myristoylator". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ^ "CBLAST". Pristupljeno 22. 4. 2014.
- ^ "GDS3113 / 172084 / CCDC138". Pristupljeno 29. 3. 2014.
- ^ "AHomo sapiens coiled-coil domain containing 138 (65.7 kD) (CCDC138) alternative variant dAug10, complete mRNA". Pristupljeno 30. 3. 2014.
- ^ "Homo sapiens coiled-coil domain containing 138 (47.0 kD) (CCDC138) alternative variant fAug10, complete mRNA". Pristupljeno 30. 3. 2014.
- ^ "AceView: Gene:CCDC138, a Comprehensive Annotation of Human, Mouse and Worm Genes with mRNAs or ESTs". Pristupljeno 30. 3. 2014.
- ^ "CCDC138 protein (Homo sapiens) - STRING network view". Pristupljeno 22. 4. 2014.
- ^ "Transcription Factors". Pristupljeno 27. 3. 2014.[trajno mrtav link]
- ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". Pristupljeno 5. 3. 2014.
- ^ "CLUSTALW". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 3. 2014.
- ^ Weiner CP, Mason CW, Dong Y, Buhimschi IA, Swaan PW, Buhimschi CS (maj 2010). "Human effector/initiator gene sets that regulate myometrial contractility during term and preterm labor". American Journal of Obstetrics and Gynecology. 202 (5): 474.e1–20. doi:10.1016/j.ajog.2010.02.034. PMC 2867841. PMID 20452493.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma CCDC138 i stranica sa detaljima o genu CCDC138 u UCSC Genome Browseru.