CDC42EP4

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
CDC42EP4
Identifikatori
AliasiCDC42EP4
Vanjski ID-jeviOMIM: 605468 MGI: 1929760 HomoloGene: 8110 GeneCards: CDC42EP4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za CDC42EP4
Genomska lokacija za CDC42EP4
Bend17q25.1Početak73,283,624 bp[1]
Kraj73,312,005 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za CDC42EP4
Genomska lokacija za CDC42EP4
Bend11|11 E2Početak113,617,676 bp[2]
Kraj113,642,707 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0005097, GO:0005099, GO:0005100 GTPase activator activity
RNA binding
Ćelijska komponenta Endomembranski sistem
Ćelijska membrana
citoskelet
microtubule cytoskeleton
membrana
actin cytoskeleton
citoplazma
phagocytic vesicle
Biološki proces positive regulation of actin filament polymerization
positive regulation of pseudopodium assembly
regulation of cell shape
Rho protein signal transduction
GO:0032320, GO:0032321, GO:0032855, GO:0043089, GO:0032854 positive regulation of GTPase activity
cellular response to interferon-gamma
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_012121

NM_001163346
NM_020006

RefSeq (bjelančevina)

NP_036253

NP_001156818
NP_064390

Lokacija (UCSC)Chr 17: 73.28 – 73.31 MbChr 11: 113.62 – 113.64 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Protein 4 efektora Cdc42 je protein koji je kod ljudi kodiran genom CDC42EP4.[5][6][7]

Proizvod ovog gena član je porodice CDC42 koja veže proteine. Članovi ove porodice komuniciraju sa GTPazama porodice Rho i reguliraju organizaciju aktinskog citoskeleta. Pokazalo se da ovaj protein veže i CDC42 i TC10 GTPaze na GTP-ovisan način. Kada je prekomerno eksprimiran u fibroblastima, ovaj protein može da inducira stvaranje pseudopodija, što sugerira ulogu u induciranju sklopa aktinskih filamenata i kontroli oblika ćelije.[7]

Članovi porodice Rho gvanozin trifosfataza (GTPaze) imaju važnu ulogu u modeliranju citoskeleta. Joberty et al. (1999) identificirali su porodicu proteina, koju su nazvali Borg (prema engleskom nazivu „vezivo Rho GTPaza“), koja stupa u interakciju sa Cdc42 i TC10. Proteini iz ove porodice, poput CDC42EP4, dijele nekoliko domena, uključujući domen CRIB (Cdc42, Rac interaktivno vezanje) i domen 3 BH (Borgova homologija). Dobili su djelimičnu cDNK koja kodira BORG4.

Fluorescentnom hibridizacijom in situ, Osada et al. (2000) mapirali su mišji Borg4 na hromosomu 11E, a ljudski homolog na hromosomu 17, sekvnca q24-q25.

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 356 aminokiselina, a molekulska težina 37.980 Da.[8].

1020304050
MPILKQLVSSSVHSKRRSRADLTAEMISAPLGDFRHTMHVGRAGDAFGDT
SFLNSKAGEPDGESLDEQPSSSSSKRSLLSRKFRGSKRSQSVTRGEREQR
DMLGSLRDSALFVKNAMSLPQLNEKEAAEKGTSKLPKSLSSSPVKKANDG
EGGDEEAGTEEAVPRRNGAAGPHSPDPLLDEQAFGDLTDLPVVPKATYGL
KHAESIMSFHIDLGPSMLGDVLSIMDKEEWDPEEGEGGYHGDEGAAGTIT
QAPPYAVAAPPLARQEGKAGPDLPSLPSHALEDEGWAAAAPSPGSARSMG
SHTTRDSSSLSSCTSGILEERSPAFRGPDRARAAVSRQPDKEFSFMDEEE
EDEIRV
Simboli

Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]

Osada et al. (2000) klonirali su mišji gen pune dužine i cDNK ljudskog BORG4 iz mozga, odnosno biblioteke cDNK ileumske sluznice odraslih. BORG4 dijeli visoko konzervirane domene CRIB, BH1 i BH3 i manje dobro konzervirani domen BH2. RT-PCR analiza pokazala je da se Borg4 sveprisutno eksprimira na niskim nivoima u tkivima odraslih miševa.[9]

Klonirali su mišje sekvence pune dužine i ljudske BORG4 cDNK iz mozga, odnosno pregledali biblioteku cDNK ileumske sluznice odraslih. RT-PCR analiza pokazala je da se Borg4 sveprisutno eksprimira na niskim nivoima u tkivima odraslih miševa.

Hirsch i dr. (2001) identificirali su cDNA pune dužine koja kodira BORG4, a koju su nazvali CEP4. Utvrdili su da poput CEP1, CEP2 (606132) i CEP3, protein CEP4 sa 356 aminokiselina sadrži konzervirani domen BH2 ili CI; veže se kroz svoju CRIB domenu sa CDC42, ali ne i sa RAC (602048); izaziva stvaranje pseudopodija; a izražava se u citoplazmi i membrani fibroblasta.[10]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000179604 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000041598 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Hirsch DS, Pirone DM, Burbelo PD (Mar 2001). "A new family of Cdc42 effector proteins, CEPs, function in fibroblast and epithelial cell shape changes". J Biol Chem. 276 (2): 875–83. doi:10.1074/jbc.M007039200. PMID 11035016.
  6. ^ Joberty G, Perlungher RR, Macara IG (Feb 2000). "The Borgs, a new family of Cdc42 and TC10 GTPase-interacting proteins". Mol Cell Biol. 19 (10): 6585–97. doi:10.1128/MCB.19.10.6585. PMC 84628. PMID 10490598.
  7. ^ a b "Entrez Gene: CDC42EP4 CDC42 effector protein (Rho GTPase binding) 4".
  8. ^ "UniProt, Q9H3Q1". Pristupljeno 25. 6. 2021.
  9. ^ Osada, N., Kusuda, J., Suzuki, Y., Sugano, S., Hashimoto, K. Sequence analysis, gene expression, and chromosomal assignment of mouse Borg4 gene and its human orthologue. J. Hum. Genet. 45: 374-377, 2000. [PubMed]: 11185749
  10. ^ Hirsch, D. S., Pirone, D. M., Burbelo, P. D. A new family of Cdc42 effector proteins, CEPs, function in fibroblast and epithelial cell shape changes. J. Biol. Chem. 276: 875-883, 2001. PubMed: 11035016

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]