Idi na sadržaj

COMMD4

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
COMMD4
Identifikatori
AliasiCOMMD4
Vanjski ID-jeviOMIM: 616701 MGI: 1913449 HomoloGene: 9865 GeneCards: COMMD4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za COMMD4
Genomska lokacija za COMMD4
Bend15q24.2Početak75,336,020 bp[1]
Kraj75,343,224 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za COMMD4
Genomska lokacija za COMMD4
Bend9|9 BPočetak57,062,319 bp[2]
Kraj57,065,615 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta citoplazma
jedro
Biološki proces transcription, DNA-templated
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001284377
NM_001284378
NM_001284379
NM_017828
NM_001321844

NM_001321845
NM_001321846
NM_001321847
NM_001321848

NM_025417

RefSeq (bjelančevina)
NP_001271306
NP_001271307
NP_001271308
NP_001308773
NP_001308774

NP_001308775
NP_001308776
NP_001308777
NP_060298

NP_079693

Lokacija (UCSC)Chr 15: 75.34 – 75.34 MbChr 9: 57.06 – 57.07 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

COMM protein 4 sa domenom jest protein koji je kod ljudi kodiran genom COMMD4.[5][6]

Hartz (2015) mapirala je gen COMMD4 u hromosomskoj poziciji 15q24.2, na osnovu poravnanja sekvence COMMD4 (GenBank AK000459) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 199 aminokiselina, a molekulska težina 21.764 Da.[8].

1020304050
MRFRFCGDLDCPDWVLAEISTLAKMSSVKLRLLCSQVLKELLGQGIDYEK
ILKLTADAKFESGDVKATVAVLSFILSSAAKHSVDGESLSSELQQLGLPK
EHAASLCRCYEEKQSPLQKHLRVCSLRMNRLAGVGWRVDYTLSSSLLQSV
EEPMVHLRLEVAAAPGTPAQPVAMSLSADKFQVLLAELKQAQTLMSSLG
Simboli

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Masenom spektrometrijskom analizom proteina koji su povezani sa MURR1 (COMMD1) u liziranim ćelijaama HEK293, nakon čega slijede analiza baze podataka i PCR amplifikacija, Burstein et al. (2005) klonirali su COMMD4. Izvedeni protein ima domen metabolizma bakra MURR1 (COMM) koji je bogat leucinom i za koji je predviđeno da stvara beta-listove. Analiza baze podataka otkrila je ekspresiju COMMD4 u svih 13 ispitanih ljudskih tkiva, s najvećom ekspresijom u sjemenicim, plućima i timusu, a najmanjom u jajnicima, koži i pankreasu.

Funkcija gena

[uredi | uredi izvor]

Analizom koimunoprecipitacije, Burstein et al. (2005) otkrili su da je COMMD4 komunicirao s endogenim COMMD1 iz ćelija HEK293. COMMD4 je snažno inhibirao TNF, posredovanu aktivaciju NF-kappa-B. Analize proteina pokazale su da je COMMD4 povezan sa NF-kappa-B podjedinicama RELA, RELB i p105 (NFKB1), ali ne i sa p100 (NFKB2) ili CREL (REL ). Nokdaun endogenog COMMD4 putem interferencijske RNK povisio je TNF-zavisnu aktivaciju gena CIAP2 (BIRC3), koji reaguje na NF-kappa-B. Mao et al. (2011) otkrili su da je COMMD4 stupio u interakciju s nizom specifičnih kulina označenih epitopom, komponentama multimernih kompleksa ubikvitin-ligaze poznatih kao kulin RING-ligaze (CRL). COMMD4 koji je taložen iz ljudskih ćelijskih linija podržavao je poliubikvitinaciju in vitro, vjerovatno zbog svoje interakcije s CRL.[9][10]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140365 - Ensembl, maj 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000032299 - Ensembl, maj 2017
  3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. Burstein E, Hoberg JE, Wilkinson AS, Rumble JM, Csomos RA, Komarck CM, Maine GN, Wilkinson JC, Mayo MW, Duckett CS (Jun 2005). "COMMD proteins, a novel family of structural and functional homologs of MURR1". J Biol Chem. 280 (23): 22222–32. doi:10.1074/jbc.M501928200. PMID 15799966.
  6. "Entrez Gene: COMMD4 COMM domain containing 4".
  7. Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 12/17/2015.
  8. "UniProt, Q9H0A8". Pristupljeno 13. 7. 2021.
  9. Burstein, E., Hoberg, J. E., Wilkinson, A. S., Rumble, J. M., Csomos, R. A., Komarck, C. M., Maine, G. N., Wilkinson, J. C., Mayo, M. W., Duckett, C. S. COMMD proteins, a novel family of structural and functional homologs of MURR1. J. Biol. Chem. 280: 22222-22232, 2005. PubMed: 15799966
  10. Mao, X., Gluck, N., Chen, B., Starokadomskyy, P., Li, H., Maine, G. N., Burstein, E. COMMD1 (copper metabolism MURR1 domain-containing protein 1) regulates cullin RING ligases by preventing CAND1 (cullin-associated Nedd8-dissociated protein 1) binding. J. Biol. Chem. 286: 32355-32365, 2011. PubMed: 21778237

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]