DDX3X

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu
DDX3X
Protein DDX3X PDB 2i4i.png
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2I4I, 2JGN, 3JRV, 4O2C, 4O2E, 4O2F, 4PX9, 4PXA, 5E7J, 5E7M, 5E7I

Identifikatori
AliasiDDX3X
Vanjski ID-jeviOMIM: 300160 MGI: 103064 HomoloGene: 3425 GeneCards: DDX3X
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom X
Hrom.Hromosom X[1]
Hromosom X
Genomska lokacija za DDX3X
Genomska lokacija za DDX3X
BendXp11.4Početak41,333,348 bp[1]
Kraj41,364,472 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom X (miš)
Hrom.Hromosom X (miš)[2]
Hromosom X (miš)
Genomska lokacija za DDX3X
Genomska lokacija za DDX3X
BendX A1.1|X 8.17 cMPočetak13,280,970 bp[2]
Kraj13,294,052 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
PBB GE DDX3X 201210 at fs.png

PBB GE DDX3X 212514 x at fs.png

PBB GE DDX3X 201211 s at fs.png
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija DNA binding
nucleotide binding
nucleoside-triphosphatase activity
CTPase activity
GO:0008026 helicase activity
poly(A) binding
ribosomal small subunit binding
RNA stem-loop binding
GO:0004003 DNA helicase activity
transcription factor binding
ATPase activity
GO:0001948 protein binding
GO:0006184 GTPase activity
eukaryotic initiation factor 4E binding
RNA binding
nucleic acid binding
mRNA 5'-UTR binding
translation initiation factor binding
hydrolase activity
ATP binding
RNA strand annealing activity
cadherin binding
protein serine/threonine kinase activator activity
Ćelijska komponenta citoplazma
eukaryotic translation initiation factor 3 complex
nuclear speck
membrana
mitochondrial outer membrane
cytosolic small ribosomal subunit
mitohondrija
cytoplasmic stress granule
Egzosom
Jedro
extracellular region
citosol
secretory granule lumen
ficolin-1-rich granule lumen
Jedarce
Biološki proces stress granule assembly
Apoptoza
negative regulation of translation
negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
GO:0007243 intracellular signal transduction
regulation of transcription, DNA-templated
ribosome biogenesis
negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway
immune system process
chromosome segregation
negative regulation of protein-containing complex assembly
response to virus
negative regulation of apoptotic process
Wnt signaling pathway
positive regulation of translation
protein localization to cytoplasmic stress granule
transcription, DNA-templated
cellular response to osmotic stress
positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle
intrinsic apoptotic signaling pathway
positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
positive regulation of cell growth
positive regulation of gene expression
mature ribosome assembly
cellular response to arsenic-containing substance
negative regulation of cell growth
positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production
RNA secondary structure unwinding
positive regulation of apoptotic process
positive regulation of viral genome replication
GO:0022415 viral process
Urođeni imunski sistem
positive regulation of translational initiation
regulation of translation
extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
positive regulation of transcription by RNA polymerase II
positive regulation of interferon-beta production
DNA duplex unwinding
neutrophil degranulation
positive regulation of protein serine/threonine kinase activity
positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
translational initiation
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001193416
NM_001193417
NM_001356
NM_024005
NM_001363819

NM_010028

RefSeq (bjelančevina)

NP_001180345
NP_001180346
NP_001347
NP_001350748

NP_034158

Lokacija (UCSC)Chr X: 41.33 – 41.36 MbChr X: 13.28 – 13.29 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

ATP-ovisna RNK-helikaza DDX3X je enzim koji je kod ljudi kodiran genom DDX3X.[5][6][7]

Funkcija[uredi | uredi izvor]

Proteini DEAD-boksa, karakterizirani konzerviranim motivom Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), navodna su RNK helikaza. Uključeni su u brojne ćelijske procese u izmjeni sekundarne strukture RNK, kao što su eukariotska inicijacija translacije, jedarna i mitohondrijska prerada i ribosomni i splajsosomni sklop. Na osnovu njihovih obrazaca distribucije, vjeruje se da su neki članovi ove porodice uključeni u embriogenezu, spermatogenezu i ćelijski rast i diobu. Ovaj gen kodira protein DEAD kutije, koji specifično komunicira s proteinskim jedrom virusa hepatitisa C, što rezultira promjenom unutarćelijske lokacije. Ovaj gen ima homolog smješten u nerekombinirajućem području hromooma Y. Proteinska sekvenca je 91% identična između ovog gena i Y-vezanog homologa.[7]

Subćelijski promet[uredi | uredi izvor]

DDX3X obavlja svoje funkcije u ćelijskom jedru i citoplazmi, izlazeći iz jedra putem eksportina-1 /CRM1 jedarnog eksportnog puta. U početku je objavljeno da je za ovu interakciju neophodan domen helikaze DDX3X, dok su kanonske karakteristike prometnog puta kod ljudi, nisu bili potrebni jedarni ekspotni rni signal (NES) na DDX3X i Ran-GTP koji se vežu za exportin-1,[8] DDX3X od kada je pokazano da vezanje i promet eksportina-1 ne zahtijeva DDX3X domen helikaze i da eksplicitno ovisi o NES i Ran-GTP.[9]

Uloga u kanceru[uredi | uredi izvor]

DDX3X je uključen u mnogo različitih tipova karcinoma. Naprimjer, nenormalno se ispoljava u ćelijama epitelnog karcinoma dojke u kojima se njegova ekspresija aktivira pomoću HIF1A tokom hipoksije.[10] Povećana ekspresija DDX3X pomoću HIF1A u hipoksiji pokreće se direktnim vezanjem HIF1A za HIF1A element odgovora, kako je verifikovano imunoprecipitacijom hromatina i testom reportera luciferaze. Budući da na ekspresiju DDX3X utiče aktivnost HIF1A, kolokalizacija ovih proteina je također demonstrirana u MDA-MB-231 ksenotransplantu uzorka tumora.

Izviješteno je da HeLa ćelije DDX3X-a kontroliraju napredovanje ćelijskog ciklusa pomoću ciklina E1.[11] Preciznije, pokazano je da se DDX3X direktno veže za 5´ UTR ciklina E1 i na taj način olakšava translaciju proteina. Pokazano je da povećani nivo proteina cikklin E1 posreduje u tranziciji ulaska u [[S -faza|S-fazu]].

DDX3X utječe na aktivnost preživljavanja, migraciju i proliferaciju melanoma.[12] Ćelije melanoma s niskom ekspresijom DDX3X pokazuju visok migracijski kapacitet, nisku stopu proliferacije i smanjenu osjetljivost na vemurafenib. Iako su ćelije sa visokim ekspresijom DDX3X osjetljive na lijekove, proliferativnije i manje migratorne. Ovi fenotipovi se mogu objasniti translacijskim efektima na faktor transkripcije melanoma MITF.[12]MITF iRNK 5'UTR sadrži složeni RNK regulon (IRES) koji je vezan i aktiviran putem DDX3X. Aktivacija IRES-a dovodi do translacije mITF MITF. Miševi kojima su ubrizgane ćelije melanoma sa deletiranim IRES pokazuju agresivniju progresiju tumora, uključujući povećane metastaze pluća.[12] Zanimljivo je da na DDX3X u melanomu vemurafenib utječe putem neotkrivenog mehanizma transdukcije signala. Nepoznato je kako prisustvo DDX3X regulira prisustvo vemurafeniba. Međutim, smanjeni nivoi DDX3X tokom uzimanja lijekova objašnjavaju razvoj ćelija otpornih na lijekove koji se često otkrivaju s niskom ekspresijom MITF.[12][13][14]

Klinički značaj[uredi | uredi izvor]

Mutacije gena DDX3X povezane su sa medulloblastomom.[15][16][17] U melanomu je niska ekspresija gena povezana sa lošim preživljavanje bez udaljenih metastaza.[12] Pored toga, nivo iRNK DDX3X je niži u podudarnim biopsijama melanoma nakon recidiva kod pacijenata koji primaju vemurafenib i kod tumora koji napreduju.

Također pogledajte[uredi | uredi izvor]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000215301 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000000787 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Lahn BT, Page DC (oktobar 1997). "Functional coherence of the human Y chromosome". Science. 278 (5338): 675–80. doi:10.1126/science.278.5338.675. PMID 9381176.
  6. ^ Park SH, Lee SG, Kim Y, Song K (Oct 1998). "Assignment of a human putative RNA helicase gene, DDX3, to human X chromosome bands p11.3→p11.23". Cytogenetics and Cell Genetics. 81 (3–4): 178–9. doi:10.1159/000015022. PMID 9730595.
  7. ^ a b "Entrez Gene: DDX3X DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 3, X-linked".
  8. ^ Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Kleiman L, Jeang KT (oktobar 2004). "Requirement of DDX3 DEAD box RNA helicase for HIV-1 Rev-RRE export function". Cell (jezik: engleski). 119 (3): 381–92. doi:10.1016/j.cell.2004.09.029. PMID 15507209.
  9. ^ Heaton SM, Atkinson SC, Sweeney MN, Yang SN, Jans DA, Borg NA (septembar 2019). "Exportin-1-Dependent Nuclear Export of DEAD-box Helicase DDX3X is Central to its Role in Antiviral Immunity". Cells. 8 (10): 1181. doi:10.3390/cells8101181. PMID 31575075.
  10. ^ Botlagunta M, Krishnamachary B, Vesuna F, Winnard PT, Bol GM, Patel AH, Raman V (mart 2011). "Expression of DDX3 is directly modulated by hypoxia inducible factor-1 alpha in breast epithelial cells". PLOS ONE. 6 (3): e17563. doi:10.1371/journal.pone.0017563. PMC 3063174. PMID 21448281.
  11. ^ Lai MC, Chang WC, Shieh SY, Tarn WY (novembar 2010). "DDX3 regulates cell growth through translational control of cyclin E1". Molecular and Cellular Biology. 30 (22): 5444–53. doi:10.1128/MCB.00560-10. PMC 2976371. PMID 20837705.
  12. ^ a b c d e Phung B, Cieśla M, Sanna A, Guzzi N, Beneventi G, Cao Thi Ngoc P, et al. (juni 2019). "The X-Linked DDX3X RNA Helicase Dictates Translation Reprogramming and Metastasis in Melanoma". Cell Reports. 27 (12): 3573–3586.e7. doi:10.1016/j.celrep.2019.05.069. PMID 31216476.
  13. ^ Müller J, Krijgsman O, Tsoi J, Robert L, Hugo W, Song C, et al. (decembar 2014). "Low MITF/AXL ratio predicts early resistance to multiple targeted drugs in melanoma". Nature Communications. 5 (1): 5712. doi:10.1038/ncomms6712. PMC 4428333. PMID 25502142.
  14. ^ Konieczkowski DJ, Johannessen CM, Abudayyeh O, Kim JW, Cooper ZA, Piris A, et al. (juli 2014). "A melanoma cell state distinction influences sensitivity to MAPK pathway inhibitors". Cancer Discovery. 4 (7): 816–27. doi:10.1158/2159-8290.CD-13-0424. PMC 4154497. PMID 24771846.
  15. ^ Robinson G, Parker M, Kranenburg TA, Lu C, Chen X, Ding L, et al. (august 2012). "Novel mutations target distinct subgroups of medulloblastoma". Nature. 488 (7409): 43–8. doi:10.1038/nature11213. PMC 3412905. PMID 22722829.
  16. ^ Jones DT, Jäger N, Kool M, Zichner T, Hutter B, Sultan M, et al. (august 2012). "Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma". Nature. 488 (7409): 100–5. doi:10.1038/nature11284. PMC 3662966. PMID 22832583.
  17. ^ Pugh TJ, Weeraratne SD, Archer TC, Pomeranz Krummel DA, Auclair D, Bochicchio J, et al. (august 2012). "Medulloblastoma exome sequencing uncovers subtype-specific somatic mutations". Nature. 488 (7409): 106–10. doi:10.1038/nature11329. PMC 3413789. PMID 22820256.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

PDB {{{1}}}