DNK barkodiranje

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na: navigaciju, pretragu
Translation Latin Alphabet-cs.svg Ovaj članak nije preveden ili je djelimično preveden.
Ako smatrate da ste ga sposobni prevesti, kliknite na "Uredi" i prevedite ga vodeći računa o enciklopedijskom stilu pisanja i pravopisu bosanskog jezika.
Gnome-edit-clear.svg Ovaj članak zahtijeva čišćenje.
Molimo Vas da pomognete u poboljšavanju članka pišući ili ispravljajući ga u enciklopedijskom stilu.
Preferences-system.svg Ovom članku potrebna je jezička standardizacija, preuređivanje ili reorganizacija.
Pogledajte kako poboljšati članak, kliknite na link uredi i doradite članak vodeći računa o standardima Wikipedije.
Spelling icon.svg Moguće je da ovaj članak ne poštuje standarde Wikipedije na bosanskom jeziku
kao što su upotreba afrikata, pravopis, pisanje riječi u skladu sa standardima, te način pisanja članaka.

DNK barkodiranje je taksonomski metod koji koristi kratke genetičkie marker e u DNK organizma da ga identificira kao pripadnika određene vrste.[1] Razlikuje se od molekularne filogenije po tome što glavni cilj nije da se utvrde obrasci srodnosti, već i identificiranje nepoznatiog uzoraka u smislu već postojeće klasifikacije. Iako se bar kodovi ponekad koriste u naporu da se identificiraju nepoznate vrste ili u procjenma da li vrstu treba kombinirati (sa nekom drugom) ili odvojiti.[2]Primjerna DNK kodiranja za ove potrebe je predmet raspreva.[3]

Najčešće korištena veličina barkod regija, za životinje, u najmanju ruku je segment od oko 600 baznih parova u mitohondrijskom genu citohrom c oksidaze (citohrom c oksidaza I: COI).

Aplikacije uključuju, naprimjer, prepoznavanje biljnih ostataka čak i kada cvijet ili plod nisu dostupni, identifikaciju larvi insekata (koji mogu imati manje i često manje poznatih dijagnostičke znakova od odraslih), identifikaciju ishrane životinja, na osnovu sadržaja stomaka ili izmeta[4] and provide a large variation between species yet a relatively small amount of variation within a species.[5]Primjenjuje se i u identifikaciji komercijalnih proizvoda (naprimjer, biljni dodaci, drvo ili koža i drugi dijelovi životinja.

Izbor lokusa[uredi | uredi izvor]

Poželjno mjesto za DNK barkodiranje treba bitin standardizirano (tako da se mogu razviti velike baze podataka za date lokuse), koje je prisutnu u većini taksona od interesa i moguće za sekvenciranje bez specifičnih PCR prajmera, a dovoljno kratko da se lahko sekvencira sa sadašnjom tehnologijom.[6]

Iako je predloženo nekoliko lokusa, zajednički skup standardiziranih regija su odabrali nadležni odbori:

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ Paul DN Hebert et al. (2003). "Biological identifications through DNA barcodes". Proceedings of the Royal Society B 270: 313–321. PMC 1691236. PMID 12614582. doi:10.1098/rspb.2002.2218. 
  2. ^ Koch, H. (2010). [1]"Combining morphology and DNA barcoding resolves the taxonomy of Western Malagasy Liotrigona Moure, 1961" (PDF). African Invertebrates 51 (2): 413–421. doi:10.5733/afin.051.0210. 
  3. ^ Seberg O, Petersen G. (2009). Stout, Jane Catherine, ur. "How Many Loci Does it Take to DNA Barcode a Crocus?". PLoS ONE 4 (2): e4598. PMC 2643479. PMID 19240801. doi:10.1371/journal.pone.0004598.  publikacija otvorenog pristupa - besplatna za čitanje
  4. ^ Kress WJ, Erickson DL (2008). "DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics". PNAS 105 (8): 2761–2762. PMC 2268532. PMID 18287050. doi:10.1073/pnas.0800476105. 
  5. ^ Renaud Lahaye et al. (2008-02-26). "DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots". Proc Natl Acad Sci USA 105 (8): 2923–2928. PMC 2268561. PMID 18258745. doi:10.1073/pnas.0709936105. 
  6. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8. 
  7. ^ CBOL Plant Working Group (August 4, 2009). "A DNA barcode for land plants". PNAS 106 (31): 12794–12797. PMC 2722355. PMID 19666622. doi:10.1073/pnas.0905845106. 
  8. ^ Dong, W.; Xu, C.; Li, C.; Sun, J.; Zuo, Y.; Shi, S.; Cheng, T.; Guo, J.; Zhou, S. (2015), "ycf1, the most promising plastid DNA barcode of land plants", Scientific Reports 5: 8348, doi:10.1038/srep08348 
  9. ^ a b China Plant, B.O.L.G.; Li, D.-Z.; Gao, L.-M.; Li, H.-T.; Wang, H.; Ge, X.-J.; Liu, J.-Q.; Chen, Z.-D.; Zhou, S.-L.; Chen, S.-L.; Yang, J.-B.; Fu, C.-X.; Zeng, C.-X.; Yan, H.-F.; Zhu, Y.-J.; Sun, Y.-S.; Chen, S.-Y.; Zhao, L.; Wang, K.; Yang, T.; Duan, G.-W. (2011), "Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants", Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (49): 19641–19646, doi:10.1073/pnas.1104551108 
  10. ^ Fungal Barcoding Consortium (February 24, 2012). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi". PNAS 109 (16): 6241–6246. PMC 3341068. PMID 22454494. doi:10.1073/pnas.1117018109. 

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]