DNK barkodiranje

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Jump to navigation Jump to search

DNK barkodiranje je taksonomska metoda kojom se koristi kratki genetički marker u DNK organizmima da ih identificira kao pripadnike određene vrste.[1] Razlikuje se od molekularne filogenije po tome što glavni cilj nije da se utvrde obrasci srodnosti, već identifikuju nepoznati uzorci u smislu već postojeće klasifikacije. Iako se bar kodovi ponekad koriste prilikom pokušaja da se identifikuju nepoznate vrste ili u procjenama da li neku određenu vrstu treba kombinovati (sa nekom drugom) ili odvojiti.[2]Primjena DNK kodiranja za ove potrebe je predmet rasprava.[3]

Najčešće korištena barkod regija kod životinja je segment veličine oko 600 baznih parova u mitohondrijskom genu citohrom c oksidaze (citohrom c oksidaza I: COI).

Primjena ove metode uključuje, naprimjer, prepoznavanje biljnih ostataka čak i kada cvijet ili plod nisu dostupni, identifikaciju larvi insekata (koji često imaju manje poznatih dijagnostičkih karakteristika od odraslih)[4], identifikaciju ishrane životinja, na osnovu sadržaja stomaka ili izmeta[5] i obezbjeđuje veliku varijaciju između vrsta, a ipak relativno mali broj varijacija u okviru datih vrsta.[6]Primjenjuje se i u identifikaciji komercijalnih proizvoda kao naprimjer, biljni dodaci, drvo ili koža i drugi dijelovi životinja.

Izbor lokusa[uredi | uredi izvor]

Poželjno mjesto za DNK barkodiranje treba biti standardizirano (tako da se mogu razviti velike baze podataka za date lokuse), prisutno u većini taksona od interesa i moguće za sekvenciranje bez specifičnih PCR prajmera, a dovoljno kratko da se lahko sekvencira sa sadašnjom tehnologijom.[7]

Iako je predloženo nekoliko lokusa, zajednički skup standardiziranih regija su odabrali nadležni odbori:

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ Paul DN Hebert et al. (2003). "Biological identifications through DNA barcodes". Proceedings of the Royal Society B 270: 313–321. PMC 1691236. PMID 12614582. doi:10.1098/rspb.2002.2218. 
  2. ^ Koch, H. (2010). [1]"Combining morphology and DNA barcoding resolves the taxonomy of Western Malagasy Liotrigona Moure, 1961" (PDF). African Invertebrates 51 (2): 413–421. doi:10.5733/afin.051.0210. 
  3. ^ Seberg O, Petersen G. (2009). Stout, Jane Catherine, ur. "How Many Loci Does it Take to DNA Barcode a Crocus?". PLoS ONE 4 (2): e4598. PMC 2643479. PMID 19240801. doi:10.1371/journal.pone.0004598.  publikacija otvorenog pristupa - besplatna za čitanje
  4. ^ Kalamujić Stroil, Belma; Lasić, Lejla; Hanjalić, Jasna; Mačar, Sonja; Vesnić, Adi (2018-12-25). "The first DNA barcode record for Rhyacophila bosnica Schmid, 1970 and pairing of adult and larval life stages". Genetics & Applications 2 (2): 20. ISSN 2566-431X. doi:10.31383/ga.vol2iss2pp20-27. 
  5. ^ Kress WJ, Erickson DL (2008). "DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics". PNAS 105 (8): 2761–2762. PMC 2268532. PMID 18287050. doi:10.1073/pnas.0800476105. 
  6. ^ Renaud Lahaye et al. (2008-02-26). "DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots". Proc Natl Acad Sci USA 105 (8): 2923–2928. PMC 2268561. PMID 18258745. doi:10.1073/pnas.0709936105. 
  7. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8. 
  8. ^ CBOL Plant Working Group (August 4, 2009). "A DNA barcode for land plants". PNAS 106 (31): 12794–12797. PMC 2722355. PMID 19666622. doi:10.1073/pnas.0905845106. 
  9. ^ Dong, W.; Xu, C.; Li, C.; Sun, J.; Zuo, Y.; Shi, S.; Cheng, T.; Guo, J.; Zhou, S. (2015), "ycf1, the most promising plastid DNA barcode of land plants", Scientific Reports 5: 8348, doi:10.1038/srep08348 
  10. ^ a b China Plant, B.O.L.G.; Li, D.-Z.; Gao, L.-M.; Li, H.-T.; Wang, H.; Ge, X.-J.; Liu, J.-Q.; Chen, Z.-D.; Zhou, S.-L.; Chen, S.-L.; Yang, J.-B.; Fu, C.-X.; Zeng, C.-X.; Yan, H.-F.; Zhu, Y.-J.; Sun, Y.-S.; Chen, S.-Y.; Zhao, L.; Wang, K.; Yang, T.; Duan, G.-W. (2011), "Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants", Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (49): 19641–19646, doi:10.1073/pnas.1104551108 
  11. ^ Fungal Barcoding Consortium (February 24, 2012). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi". PNAS 109 (16): 6241–6246. PMC 3341068. PMID 22454494. doi:10.1073/pnas.1117018109. 

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]