FiloKod

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu

Međunarodni kodeks filogenetičke nomenklature, poznat po skraćenici FiloKod (engleski: PhyloCode), je nacrt za formalni skup pravila koji reguliraju filogenetičku nomenklaturu. Njegova sadašnja verzija posebno je dizajnirana da regulira imenovanje kladusa, ostavljajući upravljanje imenima vrsta do ranga Nomenklaturnih kodeksa (Međunarodni kodeks nomenklature algi, gljiva i biljaka (CN), Međunarodni kodeks zoološke nomenklature (ICZN), Međunarodni kodeks nomenklature bakterija (ICNB), Međunarodni komitet za taksonomiju virusa (ICTV).

FiloKod povezan je s Međunarodnim društvom za filogenetičku nomenklaturu (ISPN).[1] Njegov prateći volumen, Filonimi, uspostavit će prva taksonska imena pod FiloKod-om, posluživši kao primjer onima koji nisu s upoznati s kodom.[2] RegNum je povezana internetska baza podataka za filogenska imena.[3]

FiloKod predlaže da se regulira filogenetička nomenklatura osiguravanjem pravila za odlučivanje koje će se asocijacije imena i definicija smatrati uspostavljenim,[4] koji će se od njih smatrati homonimima[5] or synonyms,[6] i koji će se iz skupa sinonima ili homonima smatrati prihvaćenim (uglavnom onaj koji je prvi registrovan; vidi dolje). FiloKod će dopustiti samo imenovanje kladusa,[7] ali ne iz parafilskih ili polifiletnih grupa, i dozvolit će upotrebu primjeraka, vrsta i apomorfija kao specifera (sidra).[8]

Filogenetička nomenklatura[uredi | uredi izvor]

Za razliku od rangirane nomenklature kodova (ICN, ICZN, ICNB), FiloKod ne zahtijeva upotrebu rangova, iako po želji dopušta njihovu upotrebu.[9] Kodovi temeljeni na rangu definiraju taksone koristeći rang (kao što su rod, porodica, itd), a u mnogim slučajevima i tip ili tipski podtakson. Tačan sadržaj taksona, osim vrste, nije naveden kodovima koji se temelje na rangu.

Suprotno tome, pod filogenetskom nomenklaturom sadržaj taksona razgraničava se definicijom koja je zasnovana na filogeniji (tj. precima i potomcima) i koristi specifikatore (npr. vrste, primjerke, apomorfije) za označavanje stvarnih organiama. Formula definicije ukazuje na pretka. Definirani takson je, dakle, taj predak i svi njegovi potomci. Stoga se sadržaj filogenetički definiranog taksona oslanja na filogenetičku hipotezu.

Slijede primjeri tipova filogenetičke definicije (velika slova označavaju specifikatore):[10]

  • Temeljen na koljenu: kladus koji potiče od najbližeg drevnog zajedničkog pretka za A i B ili "najmanje uključiv kladus koja sadrži A i B
  • Temeljen na grani: kladus koji se sastoji od A i svih organizama ili vrsta koji imaju najbližeg zajedničkog pretka s A a ne sa Z ili najobuhvatniji kladus koji sadrži A, ali ne i Z. Još jedan pojam za definicije ove vrste je temeljen na izvorima.
  • Na bazi apomorfije: kladus koji potiče od prvog organizma ili vrste koja posjeduje apomorfiju M nasljeđenu od A.

Moguće su i druge vrste definicije uzimajući u obzir ne samo filogenetičke odnose organizma i apomorfije, već i jesu li povezani organizmi ili nisu postojeći.

Sljedeća tabela sadrži primjere filogenetičkih definicija razreda koji također imaju rang u tradicijskoj nomenklaturi. Kad su svi specifikatori u definiciji utemeljenoj na koljenima postojeći primjerci ili vrste, kao što je u sljedećoj definiciji Mammalia, definirana je krunska grupa. (Uobičajena definicija sisara je manje restriktivna, uključujući neke fosilne grupe izvan krunske grupe.)[11]

Ime Rang Tip Moguća filogenetička definicija
Tyrannosauridae Porodica Tyrannosaurus
Osborn 1905
Posljednji uključujući kladus koji sadrži i Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914, i Albertosaurus sarcophagus Osborn 1905
Mammalia Razred N/A Kladus koji potiče s najbližim zajedničkim pretkom ljudi, Homo sapiens Linnaeus 1758, kljunara Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799
Rodentia Red N/A Najobuhvatniji kladus koja sadrži kućnog miša, Mus musculus Linnaeus 1758, ali ne i istočni pamučasti rep, Sylvilagus floridanus Allen 1890
Neornithes
(Moderne ptice)
Podrazred N/A Kladus koji potiče sa najbrižim recentnim zajedničkim pretkom najobuhvatnijeg kladusa koji uključuj vrapca Passer domesticus Linnaeus 1758 ali ne dinosaura Stegosaurus armatus Marsh 1887
Tetrapoda Nadrazred N/A Kladus koji potiče sa najranijim pretkom sa Homo sapiens Linnaeus 1758 sa naslijeđenim udovima s prstima ili nožnim prstima

Verzije[uredi | uredi izvor]

Nacrt /draft) FiloKoda prošao je kroz nekoliko revizija. Sve starije verzije se mogu na sajtu [1]. Od januara 2020., sadašnja verzija je 5., finalizirana januara 2014., a važi 21. Januara 2019.

Organizacija[uredi | uredi izvor]

Kao i kod drugih nomenklaturnih kodeksa, pravila FiloKoda su organizirana kao članci, koji su zauzvrat organizirani kao poglavlja. Svaki članak može sadržavati i bilješke, primjere i preporuke.

Tabela sadržaja[uredi | uredi izvor]

Registracijska baza podataka[uredi | uredi izvor]

Jednom implementiran, FiloKod će biti povezan s registracijom baze podataka zvanom RegNum, koja će pohraniti sva imena kladusa i definicije koje će se smatrati prihvatljivim.[12] Očekuje se da će ovo pružiti javno upotrebljiv alat za pridruživanje imena kladusa definicijama, koji se zatim mogu povezati sa grupsms subtakson ili primjercima putem filogenijske baze podataka stabala (poput TreeBASE).

Kao što je planirano, međutim. najvažnija upotreba RegNum-a bit će odluka koja će se smatrati prihvaćenom jednog od niza sinonima ili homonima: onaj s najmanjim registracijskim brojem, osim u slučajevima konzervacije.

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "International Society for Phylogenetic Nomenclature (website)". Phylonames.org. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  2. ^ Laurin, M.; Bryant, H. N. (2009). "Third Meeting of the International Society for Phylogenetic Nomenclature: a Report". Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x.
  3. ^ "RegNum". Florida Museum. Pristupljeno 4. 4. 2019.
  4. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Chapter II. Publication". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  5. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 13: Homonymy". ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  6. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature Version 4b, Article 14: Synonymy". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  7. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Rule 1.1". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  8. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 11. Specifiers and Qualifying Clauses". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  9. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 3. Hierarchy and Rank". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  10. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 9. General Requirements for Establishment of Clade Names". Ohiou.edu. Pristupljeno 7. 7. 2010.
  11. ^ Anderson, Jason S. (2002). "Use of Well-Known Names in Phylogenetic Nomenclature: A Reply to Laurin" (PDF). Systematic Biology. 51 (5): 822–827. doi:10.1080/10635150290102447. PMID 12396594. Pristupljeno 28. 12. 2011.
  12. ^ "The PhyloCode: Article 8".

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkoivi[uredi | uredi izvor]