U jednoj studiji iz 2019, navodi se sui prethodne studije asocijacije na nivou genoma (GWAS) identifikovale da je nekoliko jednonukleotidnih polimorfizama (SNP) uključeno u rizik od raka želuca (GC). Međutim, višestruka statistička poređenja GWAS-a mogu odbaciti neke istinske biološke pozitivne vrijednosti sa p vrijednostima ispod praga.
Ova studija je označila genomske lokacije svih CpG ostrva u genomu koristeći Enciklopediju DNK elemenata (ENCODE). SNP-ovi u regijama su potom genotipizirani pomoću Ilumina 660W Quad čipa. Efekti izraženih varijacija na GC rizik su dalje potvrđeni u drugim nezavisnim kohortama.
Dobijeni rezultati potvrdili su da je SNP rs2990245, koji se nalazi u promotorupseudogena GBAP1, povezan sa GC rizikom koristeći GWAS podatke. Dodatna kohorta od 1.275 pacijenata sa GC i 1.424 kontrolne grupe potvrdila je da su osobe sa CC genotipom imale 62% smanjeni rizik od GC u poređenju sa onima koji su nosili TT genotip (p = 2,01E-04) u kodominantnom modelu. Značajna povezanost uočena je u modelima adicije, dominantosti i recesivnosti. Metaanaliza koja kombinuje rezultate GWAS i studija replikacije otkrila je da je rs2990245 značajno povezan sa smanjenim GC rizikom (p = 5,59E-12). Važno je da rs2990245 može regulisati ekspresiju GBAP1 utječući na status metilacije GBAP1 promotora. GBAP1 može djelovati kao konkurentska endogenaRNK, tako što se kompetitivno vezuje za mikro-RNK-212-3p i zatim promovira ekspresiju GBA.[4]
Zaključeno je da je rs2990245 jznačajno povezan sa smanjenim rizikom od GC. Pseudogen[] GBAP1 doprinosi razvoju i napredovanju GC-a sekvestrirajući miR-212-3p od vezivanja za GBA.
^Gaoxiang Ma, Hanting Liu, Mulong Du, Gang Zhang, Yadi Lin, Yuqiu Ge, Meilin Wang, Guangfu Jin , Qinghong Zhao, Haiyan Chu, Weida Gong, Zhengdong Zhang (2019): A genetic variation in the CpG island of pseudogene GBAP1 promoter is associated with gastric cancer susceptibility. Cancer, 15;125(14):2465-2473; pmid: 30951202; doi: 10.1002/cncr.32081
Horowitz M, Wilder S, Horowitz Z, Reiner O, Gelbart T, Beutler E (1989). "The human glucocerebrosidase gene and pseudogene: structure and evolution". Genomics. 4 (1): 87–96. doi:10.1016/0888-7543(89)90319-4. PMID2914709.
Imai K, Nakamura M, Yamada M, Asano A, Yokoyama S, Tsuji S, Ginns EI (1994). "A novel transcript from a pseudogene for human glucocerebrosidase in non-Gaucher disease cells". Gene. 136 (1–2): 365–8. doi:10.1016/0378-1119(93)90497-Q. PMID8294033.
Martínez-Arias R, Bertranpetit J, Comas D (2002). "Determination of haploid DNA sequences in humans: application to the glucocerebrosidase pseudogene". DNA Seq. 13 (1): 9–13. doi:10.1080/10425170290019847. PMID12180141. S2CID30055342.
