Pseudogen grupe 4 11HLA kompleksa, znan i kao HCG4P11, je ljudski gen.
Intenzivno proučavani kommpleks histokompatibilnosti MHC postao je paradigma za razumijevanje arhitektonske evolucije višegenskih porodica kičmenjaka. Ljudski MHC od 4 Mb (poznat i kao HLA kompleks) kodira gene koji su kritično uključeni u imunski odgovor, odbacivanje transplantata i osjetljivost na bolesti. U dvije od studija s kraja 20. stoljeća, referirano je o kontinuiranoj genomskoj sekvenci od 1,796.938 bp regije HLA klase I, koja povezuje gene između MICB i HLA-F. U analiziranoj sekvenci prepoznato je ukupno 127 gena ili potencijalno kodirajućih sekvenci, čime je uspostavljena velika gustoća gena od po jednog na svakih 14,1 kb. Identifikacija 758 mikrosatelita pruža alate za mapiranje gena bolesti povezanih s HLA klasom I visoke rezolucije. Ono što je najvažnije, utvrdili su da je ponovljeno dupliranje i naknadna diverzifikacija minimalnog gradivnog bloka, MIC-HCGIX-3.8-1-P5-HCGIV-HLA klase I-HCGII, inicirala današnji MHC. Da su sada nebitni geni HLA-F i MICE djelovali kao prethodnici današnjih imunokompetentnih gena HLA-ABC i MICA/B, pruža eksperimentalne dokaze za evoluciju "rođenjem i smrću", koja ima opću važnost za razumijevanje evolucijskih sila vođenja multigenskog koljena kičmenjaka.[2]
Druga studija pokušava razjasniti potpunu strukturu gena i identificirati nove gene uključeni u razvoj HLA klase I, povezanih s antigenom bolesti u regiji klase I glavnog kompleksa ljudske histokompatibilnosti na hromosomu 6, klon YAC (745D12), koji pokriva segment od 146 kb oko lokusa IkBL i MICA. Izoliran je iz YAC biblioteke izgrađene od B-ćelijske linije, BOLETH. Fizička karta ove regije izgrađena je izolacijom preklapajućih kozmidnih klonova izvedenih iz 745D12. Od njih, pet susjednih kozmida odabrano je za sekvenciranje DNK, strategijom sačmarice (slučajnog pogotka), kako bi se dobio jedan jedini spoj od 146.601 bp sa 2,8 kb telomernim genom IkBL do egzona 6 MICA. Potvrđeno je da ovo područje sadrži pet poznatih gena, IkBL, BAT1, MICB, P5-1 i HLA-X (fragment klase I), od centromere do telomera, te je određena njihova egzonsko-intronska organizacija. Homologni gen 3,8-1 (3,8-1-hom) koji pokazuje 99,7% identiteta sa 3,8-1 cDNK klonom, koji je izvorno izoliran korištenjem 3,8-kb EcoRI fragmenta između gena HLA-54/H i HLA-G, otkriven je između MICA i MICB i predloženo je da predstavlja srodnu genomsku sekvencu 3.8-1 iz koje je izveden klon cDNK. Homologijom i EST pretraživanjem ili kodiranjem i analizama predviđanja egzona ne mogu se dobiti nikakvi dokazi o prisutnosti eksprimiranih novih gena.
Jedno mikrosatelitsko ponavljanje TA koje obuhvata 2.545 baza sa čak 913 ponavljanja pronađeno je na centromernoj strani gena MICA; pokazalo se da je to potencijalno žarište genetičke rekombinacije. Dva segmenta od otprilike po 35 kb uzvodno od gena MICA i MICB pokazali su visoku homologiju sekvenci (oko 85%) jedan prema drugom, što ukazuje na to da je do evolucije ljudskog MHC moralo doći do duplikacije genoma, uključujući gene MICA i MICB. [3]
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ T Shiina, G Tamiya, A Oka, N Takishima, T Yamagata, E Kikkawa, K Iwata, M Tomizawa, N Okuaki, Y Kuwano, K Watanabe, Y Fukuzumi, S Itakura, C Sugawara, A Ono, M Yamazaki, H Tashiro, A Ando, T Ikemura, E Soeda, M Kimura, S Bahram, H Inoko (1999): Molecular dynamics of MHC genesis unraveled by sequence analysis of the 1,796,938-bp HLA class I regionP. roc Natl Acad Sci USA, 9;96(23):13282-7; pmid: 10557312; pmcid: pmc23939: doi: 10.1073/pnas.96.23.13282
- ^ T Shiina , G Tamiya, A Oka, T Yamagata, N Yamagata, E Kikkawa, K Goto, N Mizuki, K Watanabe, Y Fukuzumi, S Taguchi, C Sugawara, A Ono, L Chen, M Yamazaki, H Tashiro, A Ando, T Ikemura, M Kimura, H Inoko (1998): Nucleotide sequencing analysis of the 146-kilobase segment around the IkBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class I region. Genomics, 47(3):372-82; pmid: 9480751: doi: 10.1006/geno.1997.5114
