HMG20A
Visokomobilni protein grupe 20A je protein koji je kod ljudi kodiran genom HMG20A.[5][6]
Sumoy et al. (2000) potvrdili su mapiranje gena HMG20A u hromosomu 15q24, fluoroscentnom in situ hibridizacijom i hibridnom radijacijskom analizom.[7]
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Pretragom baze podataka EST pomoću sekvence dobijene iz klona na hromosomu 15q24, Sumoy et al. (2000) identificirali su novog člana porodice HMG, kojeg su označili kao HMG20A. cDNK HMG20A pune dužine kodira izvedeni protein od 347 aminokiselina.[7] Northern blot analizom otkriveni su dvas glavna transkripta od približno 4 i 9 kb i jedva uočljivi transkript od 1,5 kb. Transkript od 4 kb eksprimira se gotovo posvuda, sa najvećom ekspresijom u slezeni, sjemenicima i srcu i nižim nivoima u leukocitima periferne krvi. Ekspresija mozga je uglavnom jednolična, sa većom ekspresijom u malom mozgu i nižim nivoima u kičmenoj moždini u subtalamusnom jezgru. Transkript od 9 kb različito se eksprimira u slezini, testisima, leukocitima i mozgu i jedva ga je moguće otkriti u drugim tkivima.
Pored toga, Sumoy et al. (2000) utvrdili su da gen HMG20A sadrži 10 egzona.[7]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 47 aminokiselina, a molekulska težina 40.144 Da.[8].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MENLMTSSTL | PPLFADEDGS | KESNDLATTG | LNHPEVPYSS | GATSSTNNPE | ||||
FVEDLSQGQL | LQSESSNAAE | GNEQRHEDEQ | RSKRGGWSKG | RKRKKPLRDS | ||||
NAPKSPLTGY | VRFMNERREQ | LRAKRPEVPF | PEITRMLGNE | WSKLPPEEKQ | ||||
RYLDEADRDK | ERYMKELEQY | QKTEAYKVFS | RKTQDRQKGK | SHRQDAARQA | ||||
THDHEKETEV | KERSVFDIPI | FTEEFLNHSK | AREAELRQLR | KSNMEFEERN | ||||
AALQKHVESM | RTAVEKLEVD | VIQERSRNTV | LQQHLETLRQ | VLTSSFASMP | ||||
LPGSGETPTV | DTIDSYMNRL | HSIILANPQD | NENFIATVRE | VVNRLDR |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140382 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000032329 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Sumoy L, Carim L, Escarceller M, Nadal M, Gratacòs M, Pujana MA, Estivill X, Peral B (Jun 2000). "HMG20A and HMG20B map to human chromosomes 15q24 and 19p13.3 and constitute a distinct class of HMG-box genes with ubiquitous expression". Cytogenetics and Cell Genetics. 88 (1–2): 62–7. doi:10.1159/000015486. PMID 10773667.
- ^ "Entrez Gene: HMG20A high-mobility group 20A".
- ^ a b c Sumoy, L., Carim, L., Escarceller, M., Nadal, M., Gratacos, M., Pujana, M. A., Estivill, X., Peral, B. (2000). "HMG20A and HMG20B map to human chromosomes 15q24 and 19p13.3 and constitute a distinct class of HMG-box genes with ubiquitous expression". Cytogenet. Cell Genet. Zanemaren tekst "pages 62-67" (pomoć); Zanemaren tekst "PubMed: 10773667" (pomoć); Nepoznati parametar
|Volume=
zanemaren (prijedlog zamjene:|volume=
) (pomoć)CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link) - ^ "UniProt, Q9NP66". Pristupljeno 14. 7. 2021.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Colland F, Jacq X, Trouplin V, Mougin C, Groizeleau C, Hamburger A, Meil A, Wojcik J, Legrain P, Gauthier JM (juli 2004). "Functional proteomics mapping of a human signaling pathway". Genome Research. 14 (7): 1324–32. doi:10.1101/gr.2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (oktobar 1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Maruyama K, Sugano S (januar 1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
V anjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- HMG20A lokacija ljudskog genoma UCSC Genome Browser.
HMG20A detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.