INAVA
INAVA, ponekad označavan kao hipotetski protein LOC55765, jest protein nrepoznate funkcije koji je kod ljudi kodiran genom INAVA sa hromosoma 1.[5] Manje uobičajeni aliasi gena uključuju oznake FLJ10901 i MGC125608.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 663 aminokiseline, a molekulska težina 72.914 Da.[6]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLQMPKLNEI | PPGRAGRREA | RGEGRWPGQT | GPEAARLEWR | AQGQAGGARA | ||||
| PWDSWGSSRL | PTQPGPGWSR | CPPSLLCALS | FQKSTMESKD | EVSDTDSGII | ||||
| LQSGPDSPVS | PMKELTHAVH | KQQRALEARL | EACLEELRRL | CLREAELTGT | ||||
| LPAEYPLKPG | EKAPKVRRRI | GAAYKLDDWA | LHREDPLSSL | ERQLALQLQI | ||||
| TEAARRLCLE | ENLSRQARRQ | RKHSMLQEEK | KLQELQRCLV | ERRRNSEPPP | ||||
| AAALPLGREL | SASDDSSLSD | GLLLEEEESQ | VPKPPPESPA | PPSRPLPPQT | ||||
| LEGLQPTGPE | AGSPERAPVQ | NSPWKETSLD | HPYEKPRKSS | EPWSESSSPA | ||||
| TTPQDGPSAS | SLWLLEPASY | HVVPIRGVPG | QWQGRTSAPA | TPEIQGRRGQ | ||||
| SQSLRVDSFR | AGPEGRGRSA | FPRRRPTHYT | VTVPDSCFPA | TKPPLPHAAC | ||||
| HSCSEDSGSD | VSSISHPTSP | GSSSPDISFL | QPLSPPKTHR | HRGAWVPAGS | ||||
| RELVAHHPKL | LLPPGYFPAG | RYVVVAESPL | PPGEWELRRA | APGPAYEEEG | ||||
| TPLRYQRLVP | SRSRIVRTPS | LKDSPAGRGL | SKAAVSEELK | WWHERARLRS | ||||
| TRPHSLDRQG | AFRVRSLPLG | REGFGRALGP | RAQVPTVCVL | RRSPDGAPVQ | ||||
| VFVPEKGEII | SQV |
Struktura
[uredi | uredi izvor]Predviđeno je da se uoredene zavojnice nalale izmešu ostatka 130–160 i 200–260.[7] Predviđeno je da sekundarni sastav bude oko 60% opredenih zavojnica, 30% alfa-heliksa i 10% beta-listova.[8]
Gen
[uredi | uredi izvor]
Kod ljudi, INAVA se nalazi na dugom kraku hromosoma 1, na lokusu 1q32.1. Proteže se na plus lancu, od pp 200,891.499 do bp 200,915.736 (24,238 kb).[5]
Gensko susjedstvo
[uredi | uredi izvor]
INAVA je okružen genoma za receptor 25, spojenim sa G-proteinskim (uzvodno) i glavnog člana porodice 3 koji je sličan toplotnom (MROH3P), predviđenim nizvodnim pseudogenom. Ribosomni pseudogenski 6 protein L34 (RPL34P6) je dalje uzvodno, a član porodice kinezina 21B je dalje nizvodno.[5]
Promotor
[uredi | uredi izvor]
Postoji sedam predviđenih promotora za INAVA, a eksperimentalni dokazi sugeriraju da se izoforme 1 i 2, kao najčešće, transkribiraju korištenjem različitih promotora.[9] MatInspector, alat dostupan preko Genomatixa, korišten je za predviđanje mjesta vezanja transkripcijskih faktora unutar potencijalnih promotorskih regija. Transkripcijski faktori za koje se predviđa da ciljaju na očekivani promotor za izoformu 1 eksprimirani su u nizu tkiva. Najčešća ekspresijska tkiva su urogenitalni i nervni sistem, te koštana srž. Ovo se poklapa sa podacima o ekspresiji za protein INAVA, koji je visoko eksprimiran u bubrezima i koštanoj srži.[10] Dijagram predviđenog promotorskog regiona, sa istaknutim mestima vezivanja faktora transkripcije, prikazan je desno. Faktori za koje se predviđa da će se vezati za promotorsku regiju izoforme 2 se razlikuju, a 12 od prvih 20 predviđenih faktora izraženo je u krvnim ćelijama i/ili tkivima kardiovaskularnog sistema.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]C1orf106 eksprimira se u širokom spektru tkiva. Podaci o ekspresiji iz GEO profila prikazani su ispod. Mjesta najveće ekspresije su navedena u tabeli. Ekspresija je umjerena u placenti, prostati, sjemenicima, plućima, pljuvačnim žlijezdama i dendritskim ćelijama. Niska razu+inaa mu je u mozgu, većini imunskih ćelija, nadbubrežnim žlijezdamya, maternici, srcu i adipocitima.[10] Podaci o ekspresiji, iz različitih eksperimenata, pronađeni na GEO profilima, sugeriraju da je ekspresija INAVA pojačano regulirana u nekoliko karcinoma uključujući: rak pluća, jajnika, kolorektumski i dojke
| Tkivo | Rang (percentili) |
|---|---|
| B-limfociti | 90 |
| Traheja | 89 |
| Koža | 88 |
| Ćelije ljudskog bronhijskog epitela | 88 |
| Kolorektumski adenokarcinom | 87 |
| Bubreg | 87 |
| Jezik | 85 |
| Gušterača | 84 |
| Crvuljak | 82 |
| Koštana srž | 80 |
iRNK
[uredi | uredi izvor]Izoforme
[uredi | uredi izvor]Proizvedeno je devet navodnih izoformi gena INAVA, od kojih se predviđa da sedam kodira proteine.[11] Izoforme 1 i 2, prikazane u nastavku, najčešće su izoforme.
Izoforma 1, koja je najduža, prihvaćena je kao kanonska izoforma. Sadrži deset egzona, koji kodiraju protein dug 677 aminokiselina, ovisno o izvoru. Neki izvori navode da se protein sastoji od samo 663 aminokiseline, zbog upotrebe startnog kodona koji se nalazi nizvodno 42 nukleotida. Prema NCBI, ova izoforma je predviđena samo računarski.[5] Ovo može biti zato što je Kozak sekvenca koja okružuje nizvodni start kodon sličnija konsenzusnoj Kozakovoj sekvenci, kao što je prikazano u tabeli ispod. Za dobianje sekvence predviđene izoforme korišten je Softberry program.[12] Izoforma 2 je kraća zbog skraćenog N-kraja. Obje izoforme imaju alternativna mjesta poliadenilacija.[11]
Regulacija miRNK
[uredi | uredi izvor]
miRNK-24 identificirana je kao mikroRNK koja bi potencijalno mogla ciljati INAVA iRNK.[13] Prikazano je mjesto vezivanja koje se nalazi u 5' neprevedenoj regiji.
Protein
[uredi | uredi izvor]Opća svojstva
[uredi | uredi izvor]
Izoforma 1, dijagram ispod, sadrži domen DUF3338, dvije regije niske složenosti i regiju bogatu prolinom. Protein je bogat argininom i prolinom i ima manju od prosječne količine asparagina i hidrofobnih aminokiselina, posebno fenilalanina i izoleucina.[14] Izoelektrična tačka je 9,58, a molekulska težina nemodifikovanog proteina je 72,9 kDa.[15] Nije predviđeno da protein ima N-terminalni signalni peptid, ali postoje predviđeni signali jedarne lokalizacije (NLS) i leucinom bogat jedarni eksportni signal.[16][17][18]
Modifikacije
[uredi | uredi izvor]Predviđa se da je INAVA visoko fosforiliran.[19][20] Mjesta fosfoilacije koja predviđa PROSITE prikazana su u tabeli ispod. NETPhos predviđanja ilustrovana su na dijagramu. Svaka linija ukazuje na predviđeno mjesto fosforilacije i povezuje se sa slovom koje predstavlja ili serin (S), treonin (T) ili tirozin (Y).
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Proteini sa kojima INAVA protein interraguje nisu dobro okarakterisani. Dokazi sugeriraju da INAVA može stupiti u interakciju sa sljedećim proteinima: DNAJC5G, SLC7A13, PIEZO2, MUC19.[21] Eksperimrntalni dokazi, prema pregledu dvohibridnog kvasca, sugeriraju da protein INAVA ima interakcije sa proteinom 14-3-3 sigma, koji je adapterski protein.[22]
Homologija
[uredi | uredi izvor]INAVA je dobro konzervirana kod kičmenjaka kao što je prikazano u tabeli ispod. Sekvence su preuzete sa BLAST-a.[23] i BLAT-a.[24]
| Sekvenca | Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristup za NCBI | Dužinma (aa) | Identitet sekvence | Datiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina prije današnjice) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| * | C1orf106 | Homo sapiens | Čovjek | NP_060735.3 | 667 | 100% | N/A |
| * | C1orf106 | Macaca fascicularis | Rakojedi makak | XP_005540414.1 | 703 | 97% | 29,0 |
| * | LOC289399 | Rattus norvegicus | Smeđi pacov | NP_001178750.1 | 667 | 86% | 92,3 |
| * | Predviđeni homolog C1orf106-a | Odobenus rosmarus divergens | Morž | XP_004392787.1 | 672 | 85% | 94.2 |
| * | C1orf106-oliki | Loxodonta africana | Afrički slon | XP_003410255.1 | 663 | 84% | 98,7 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Dasypus novemcinctus | Devetoprigi armadilo | XP_004478752.1 | 676 | 81% | 104,2 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Ochotona princeps | Američki pika | XP_004578841.1 | 681 | 78% | 92,3 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Monodelphis domestica | Sivi kratkorepi oposum | XP_001367913.2 | 578 | 76% | 162,2 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Chrysemys picta bellii | Obojena kornjača | XP_005313167.1 | 602 | 56% | 296,0 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Geospiza fortis | Srednjeprizemna zeba | XP_005426868.1 | 542 | 50% | 296,0 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Alligator mississippiensis | Aligator | XP_006278041.1 | 547 | 49% | 296,0 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Ficedula albicollis | Ogrličasta muharica | XP_005059352.1 | 542 | 49% | 296,0 |
| Predviđeni C1orf106 homolog | Latimeria chalumnae | Latimerija zapadnoindijskog okeana | XP_005988436.1 | 613 | 46% | 414.9 | |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Lepisosteus oculatus | Pjegava riba gar | XP_006628420.1 | 637 | 44% | 400.1 |
| * | FERM sa domenom 4A | Xenopus (Silurana) tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | XP_002935289.2 | 695 | 43% | 371,2 |
| * | Predviđeni C1orf106 homolog | Oreochromis niloticus | Nilska tilapija | XP_005478188.1 | 576 | 40% | 400.1 |
| Predviđeni C1orf106 homolog | Haplochromis burtoni | Burtonova astatotilapija | XP_005914919.1 | 576 | 40% | 400,1 | |
| Predviđeni C1orf106 homolog | Pundamilia nyererei | Haplohromis riba | XP_005732720.1 | 577 | 40% | 400,1 | |
| * | LOC563192 | Danio rerio | Zebrica | NP_001073474.1 | 612 | 37% | 400,1 |
| LOC101161145 | Oryzias latipes | Riba japanskih rižinih polja | XP_004069287.1 | 612 | 33% | 400,1 | |
Grafikon identiteta sekvence u odnosu na vrijeme od divergencije za unose označene zvjezdicom prikazan je ispod. Boje odgovaraju stepenu srodnosti (zelena = blisko srodna, ljubičasta = udaljeni srodnik).
Paralozi
[uredi | uredi izvor]Proteini koji se smatraju INAVA paralozima nisu konzistentni između baza podataka. Napravljeno je višestruko poravnavanje sekvenci (MSA) potencijalno paralognih proteina kako bi se utvrdila vjerovatnoća prave paralogne veze.[25] Sekvence su izvučene iz pretrage BLAST-a kod ljudi sa proteinom C1orf106. MSA sugerira da proteini dijele homologni domen, DUF3338, koji se nalazi kod eukariota. Dio višestrukog poravnavanja je prikazan ispod. Osim DUF domena (uokviren zelenom bojom), bilo je malo konzerviranosti. DUF3338 domen nema nikakva izvanredna fizička svojstva; međutim, značajan je nalaz da se predviđa da svaki od proteina u MSA ima dva signala jedarne lokalizacije. Predviđa se da će se svi proteini u MSA lokalizirati u jedru.[16] U tabeli prikazano jr i poređenje konduciranih fizičnih svojstava proteina i SAPS-a.[14]
![Fizička svojstva potencijalnih [[paralog]a]]](http://bs.wikipedia.org/wiki/Datoteka:Paralog_Properties_(C1orf106.png)
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]U genskoj regiji INAVA identificirano je ukupno 556 jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), od kojih je 96 povezano s kliničkim uzrokom.[26] Rivas et al.[27] dentificirali su četiri i SNP-a, prikazana u tabeli ispod, koji mogu biti povezani sa upalnom bolešću crijeva i Crohnovom bolešću. Prema GeneCards, druge asocijacije bolesti mogu uključivati multiplu sklerozu i ulcerozni kolitis.[28]
| Ostatak | Promjena | Napomana |
|---|---|---|
| 333 (rs41313912) | Tirozin ⇒ fenilalanin | Fosforilizizan , omjereno konzerviran |
| 376 | Arginin ⇒ cistein | Umjereno konzerviran |
| 397 | Arginin ⇒ treonin | Nekonzerviran |
| 554 (rs61745433) | Arginin ⇒ cistein | Umjereno konzerviran |
Modelni organizmi
[uredi | uredi izvor]U proučavanju funkcije INAVA korišteni su modelni organizmi . Uslovna nokaut-mišja linija pod nazivom 5730559C18Riktm2a(EUCOMM)Wtsi generirana je na Institutu Wellcome Trust Sanger.[29] Mužjaci i ženke su podvrgnuti standardizovanom fenotipskom pregledu[30] za određivanje efekata delecija.[31][32][33][34] Urađeni su dodatni pregledi: Dubinska imunološka fenotipizacija[35] kostiju i hrskavice.[36]
| Svojstvo | Fenotip |
|---|---|
| Svi podaci su zaspoloživi na:[30][35][36] | |
| Leukociti periferne krvi 6 sedmica | Normalan |
| Insulin | Normalan |
| Hematologija 6 sedmica | Normalan |
| Vijabilnost homozigota na P14 | Normalan |
| Plodnost homozigota | Normalan |
| Tjelesna težina | Normalan |
| Neurološla procjena | Normalan |
| Snaga stiska | Normalan |
| Dismorfologija | Normalan |
| Indirektna kalorimetrija | Normalan |
| Test tolerancije glukoze | Normalan |
| Slušni odgovor moždanog stabla | Normalan |
| DEXA | Normalan |
| Radiografija | Normalan |
| Morfologija oka | Normalan |
| Klinička hemija | Normalan |
| Hematologija 16 sedmica | Normalan |
| Leukociti periferne krvi 16 sedmica | Normalan |
| Težina srca | Normalan |
| Salmonella infekcija | Normalan |
| Funkcija citotoksičnih T-ćelija | Normalan |
| Imunofenotipizacija slezene | Normalan |
| Imunofenotipizacija mezenternog limfnog čvora | Normalan |
| Imunofenotipizacija koštane srži | Normalan |
| Kompozicija epidermne imunosti | Normalan |
| Izazov gripe | Normalan |
Reference
[uredi | uredi izvor]- 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000163362 - Ensembl, maj 2017
- 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000041605 - Ensembl, maj 2017
- ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- 1 2 3 4 "NCBI Gene 55765". Pristupljeno 10. 2. 2014.
- ↑ "UniProt, Q3KP66" (jezik: en.). Pristupljeno 12. 12. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
- ↑ "ExPASy COILS". Arhivirano s originala, 22. 4. 2014. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "SOPMA". Pristupljeno 27. 4. 2014.
- ↑ "Genomatix: MatInspector". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 6. 3. 2014.
- 1 2 "GEO Profiles". Pristupljeno 6. 3. 2014.
- 1 2 "Aceview". Pristupljeno 6. 3. 2014.
- ↑ "Softberry". Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "TargetScanHuman 6.2". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- 1 2 "Statistical Analysis of Protein Sequences". Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "Compute pI/Mw tool". Pristupljeno 10. 4. 2014.
- 1 2 "PSORTII". Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "cNLS Mapper". Arhivirano s originala, 22. 11. 2021. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "NetNES". Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "NETPhos". Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ↑ "Swiss Institute of Bioinformatics: PROSITE".
- ↑ "STRING". Arhivirano s originala, 15. 5. 2013. Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ↑ "MINT". Pristupljeno 15. 4. 2014.
- ↑ "BLAST". Pristupljeno 8. 3. 2014.
- ↑ "BLAT". Pristupljeno 8. 3. 2014.
- ↑ "SDSC Biology Workbench: ClustalW". Pristupljeno 12. 3. 2014.
- ↑ "dbSNP". Pristupljeno 22. 4. 2014.
- ↑ Rivas MA; et al. (2011). "Deep resequencing of GWAS loci identifies independent rare variants associated with inflammatory bowel disease". Nature Genetics. 43 (11): 1066–1073. doi:10.1038/ng.952. PMC 3378381. PMID 21983784.
- ↑ "GeneCards". Pristupljeno 1. 5. 2014.
- ↑ Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: high throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- 1 2 "International Mouse Phenotyping Consortium".
- ↑ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (Jun 2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
- ↑ Dolgin E (Jun 2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
- ↑ Collins FS, Rossant J, Wurst W (Jan 2007). "A mouse for all reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ↑ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Sanger Institute Mouse Genetics Project, Tannahill D, Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (2013). "Genome-wide generation and systematic phenotyping of knockout mice reveals new roles for many genes". Cell. 154 (2): 452–64. doi:10.1016/j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.
- 1 2 "Infection and Immunity Immunophenotyping (3i) Consortium". Arhivirano s originala, 21. 5. 2015. Pristupljeno 12. 12. 2021.
- 1 2 "OBCD Consortium". Arhivirano s originala, 12. 8. 2020. Pristupljeno 12. 12. 2021.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma C1orf106 i stranica sa detaljima o genu C1orf106 u UCSC Genome Browseru.