Idi na sadržaj

Hromosom 3

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Hromosom 3
Kariogram para hromosoma 3
kod muškarca
Karakteristike
Dužina (bp)198,295,559 bp
(GRCh38)[1]
Br. gena1.024 (CCDS)[2]
VrstaAutosom
Pozicija centromereMetacentrik[3]
(90.9 Mbp[4])
Kompletan spisak gena
CCDSSpisak gena
HGNCSpisak gena
UniProtSpisak gena
NCBISpisak gena
Vanjski preglednici karata
EnsemblHromosom 3
EntrezHromosom 3
NCBIHromosom 3
UCSCHromosom 3
Potpune DNK sekvence
RefSeqNC_000003 (FASTA)
GenBankCM000665 (FASTA)

Hromosom 3 je jedan od 23 para hromosoma u hromosomskoj garnituri čovjeka (2n = 46). Ljudi normalno imaju dvije kopije ovoga hromosoma. Hromosom 3 sadrži oko 200 miliona baznih parova (bp), a njegov gradivni materijal predstavlja oko 6,5% ukupne DNK u ćeliji.

Identifikacija gena na svakom hromosomu je veoma aktivno područje genetičkih istraživanja. Pošto istraživači primijenjuju različite pristupe za predikciju broja gena na svakom hromosomu, procjena broja pripadajućih gena varira. Hromosom 3 vjerovatno sadrži između 1.100 and 1.500 gena.

Broj gena

[uredi | uredi izvor]

Slijede neke od procjena broja gena za ljudski hromosom 3. Budući da istraživači koriste različite pristupe anotacija genoma, njihova predviđanja broja gena na svakom od njih variraju (za tehničke detalje pogledajte predviđanje gena). Među raznim projektima, zajednički projekat konsenzusnog kodiranja (Projekt konsenzusnog označavanje sekvenci) (CCDS) zauzima izuzetno konzervativnu strategiju. Dakle, predviđanje broja gena prema CCDS-u predstavlja donju granicu ukupnog broja gena koji kodiraju ljudske proteine.[5]

Baza podataka Protein-kodirajući geni Geni nekodirajuće RNK Pseudogeni Izvor Datum objave
CCDS1.024 [2] 2016-09-08
HGNC1.036483761 [6] 2017-05-12
Ensembl1.0731.158761 [7] 2017-03-29
UniProt1,081 [8] 2018-02-28
NCBI1.0851.108902 [9][10][11] 2017-05-19

Lista gena

[uredi | uredi izvor]

Slijedi djelimična lista gena na ljudskom hromosomu 3. Potpunu listu pogledajte u informacijskom okviru s desne strane.

Kratki ili p krak

[uredi | uredi izvor]

Djelimična lista gena smještenih na (kratkom) p-kraku ljudskog hromosoma 3:

Dugi ili q krak

[uredi | uredi izvor]

Djelimična lista gena smještenih na (dugo) q-kraku ljudskog hromozoma 3:

Bolesti i poremećaji

[uredi | uredi izvor]

Sljedeće bolesti i poremećaji su neki od onih koji se odnose na gene na ljudskom hromosomu 3:

Lokacije na ljudskom hromozomu 3 povezanae su sa respiratornom insuficijencijom i vjerovatno sa povećanom ozbiljnošću u COVID-19[12][13]

Citogenetički bendovi (pruge)

[uredi | uredi izvor]
G-bendirani idiogrami ljudskog hromosoma 3
G-bendirani idiogram ljudskog hromosoma 3 u rezoluciji 850 bphs. Dužina bendova/pruga na ovom dijagramu proporcionalna je dužini baznog para. Ovaj tip ograma obično se koristi u pretraživačima genoma (npr. Ensembl, UCSC pretraživaču genoma.
Obrasci G-pruga ljudskog hromosoma 3 u tri različite rzolucije (400,[14] 550[15] and 850[4]). Band length in this diagram is based on the ideograms from ISCN (2013).[16] Ovaj tip idiograma predstavlja stvarnu relativnu dužinu pruga uočenih pod mikroskopom u različitim fazama tokom procesa mitotoze.[17]
G-pruge ljudskog hromosoma 3 u rezoluciji 850 bphs[4]
Hromosom Krak – p: krtatki, q: dugi Pruga ISCN
Start[18]
ISCN
stop[18]
Bazni par
Start
Bazn par
Stop
Gustoća
3p 26.3017512.800.000 gpos50
3p 26.21752632.800.0014.000.000 gneg
3p 26.12634084.000.0018.100.000 gpos50
3p 25.34086428.100.00111.600.000 gneg
3p 25.264275911.600.00113.200.000 gpos25
3p 25.175996313.200.00116.300.000 gneg
3p 24.3963126916.300.00123.800.000 gpos100
3p 24.21269135723.800.00126.300.000 gneg
3p 24.11357156126.300.00130.800.000 gpos75
3p 231561175130.800.00132.000.000 gneg
3p 22.31751192632.000.00136.400.000 gpos50
3p 22.21926201336.400.00139.300.000 gneg
3p 22.12013218839.300.00143.600.000 gpos75
3p 21.332188245143.600.00144.100.000 gneg
3p 21.322451262644.100.00144.200.000 gpos50
3p 21.312626323944.200.00150.600.000 gneg
3p 21.23239338550.600.00152.300.000 gpos25
3p 21.13385367652.300.00154.400.000 gneg
3p 14.33676391054.400.00158.600.000 gpos50
3p 14.23910414358.600.00163.800.000 gneg
3p 14.14143436263.800.00169.700.000 gpos50
3p 134362456669.700.00174.100.000 gneg
3p 12.34566481474.100.00179.800.000 gpos75
3p 12.24814494679.800.00183.500.000 gneg
3p 12.14946507783.500.00187.100.000 gpos75
3p 11.25077513587.100.00187.800.000 gneg
3p 11.15135526687.800.00190.900.000 acen
3q 11.15266542790.900.00194.000.000 acen
3q 11.25427560294.000.00198.600.000 gvar
3q 12.15602576298.600.001100.300.000 gneg
3q 12.257625850100.300.001101.200.000 gpos25
3q 12.358505996101.200.001103.100.000 gneg
3q 13.1159966229103.100.001106.500.000 gpos75
3q 13.1262296361106.500.001108.200.000 gneg
3q 13.1363616594108.200.001111.600.000 gpos50
3q 13.265946682111.600.001113.700.000 gneg
3q 13.3166826871113.700.001117.600.000 gpos75
3q 13.3268716973117.600.001119.300.000 gneg
3q 13.3369737148119.300.001122.200.000 gpos75
3q 21.171487294122.200.001124.100.000 gneg
3q 21.272947440124.100.001126.100.000 gpos25
3q 21.374407674126.100.001129.500.000 gneg
3q 22.176747936129.500.001134.000.000 gpos25
3q 22.279368053134.000.001136.000.000 gneg
3q 22.380538228136.000.001139.000.000 gpos25
3q 2382288461139.000.001143.100.000 gneg
3q 2484618811143.100.001149.200.000 gpos100
3q 25.188119001149.200.001152.300.000 gneg
3q 25.290019162152.300.001155.300.000 gpos50
3q 25.3191629264155.300.001157.300.000 gneg
3q 25.3292649366157.300.001159.300.000 gpos50
3q 25.3393669453159.300.001161.000.000 gneg
3q 26.194539803161.000.001167.900.000 gpos100
3q 26.298039949167.900.001171.200.000 gneg
3q 26.31994910183171.200.001176.000.000 gpos75
3q 26.321018310329176.000.001179.300.000 gneg
3q 26.331032910489179.300.001183.000.000 gpos75
3q 27.11048910620183.000.001184.800.000 gneg
3q 27.21062010737184.800.001186.300.000 gpos25
3q 27.31073710883186.300.001188.200.000 gneg
3q 281088311175188.200.001192.600.000 gpos75
3q 291117511700192.600.001198.295.559 gneg
Napomene: gpos: pozitivno obojena regija G-bendova, općenito AT-bogata] i genima siromašna; gneg: regija sa negativno oojenoim G-prugama, općenito CG– i genima bogata; acen centromere. var: variabilne regije; stalk: drška.

Također pogledajte

[uredi | uredi izvor]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. "Human Genome Assembly GRCh38 – Genome Reference Consortium". National Center for Biotechnology Information (jezik: engleski). 24. 12. 2013. Pristupljeno 4. 3. 2017.
  2. 1 2 "Search results – 3[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("has ccds"[Properties] AND alive[prop]) – Gene". NCBI. CCDS Release 20 for Homo sapiens. 8. 9. 2016. Pristupljeno 28. 5. 2017.
  3. Tom Strachan; Andrew Read (2. 4. 2010). Human Molecular Genetics. Garland Science. str. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
  4. 1 2 3 Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-06-03. Retrieved 2017-04-26.
  5. Pertea M, Salzberg SL (2010). "Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes". Genome Biol. 11 (5): 206. doi:10.1186/gb-2010-11-5-206. PMC 2898077. PMID 20441615.
  6. "Statistics & Downloads for chromosome 3". HUGO Gene Nomenclature Committee. 12. 5. 2017. Arhivirano s originala, 29. 6. 2017. Pristupljeno 19. 5. 2017.
  7. "Chromosome 3: Chromosome summary – Homo sapiens". Ensembl Release 88. 29. 3. 2017. Pristupljeno 19. 5. 2017.
  8. "Human chromosome 3: entries, gene names and cross-references to MIM". UniProt. 28. 2. 2018. Pristupljeno 16. 3. 2018.
  9. "Search results – 3[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) – Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  10. "Search results – 3[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ( ("genetype miscrna"[Properties] OR "genetype ncrna"[Properties] OR "genetype rrna"[Properties] OR "genetype trna"[Properties] OR "genetype scrna"[Properties] OR "genetype snrna"[Properties] OR "genetype snorna"[Properties]) NOT "genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) – Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  11. "Search results – 3[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype pseudo"[Properties] AND alive[prop]) – Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  12. "Scientists pinpoint genes common among people with severe coronavirus infections".
  13. Severe Covid-19 GWAS Group; et al. (2020). "Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure". New England Journal of Medicine. 383 (16): 1522–1534. doi:10.1056/NEJMoa2020283. PMC 7315890. PMID 32558485.
  14. Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (400 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-03-04. Retrieved 2017-04-26.
  15. Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (550 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2015-08-11. Retrieved 2017-04-26.
  16. International Standing Committee on Human Cytogenetic Nomenclature (2013). ISCN 2013: An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7.
  17. Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). "Estimation of band level resolutions of human chromosome images". In Computer Science and Software Engineering (JCSSE), 2012 International Joint Conference on: 276–282. doi:10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8.
  18. 1 2 These values (ISCN start/stop) are based on the length of bands/ideograms from the ISCN book, An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Arbitrary unit.

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]
  • National Institutes of Health. "Chromosome 3". Genetics Home Reference. Arhivirano s originala, 8. 4. 2010. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  • "Chromosome 3". Human Genome Project Information Archive 1990–2003. Pristupljeno 6. 5. 2017.