INTS6

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
INTS6
Identifikatori
AliasiINTS6
Vanjski ID-jeviOMIM: 604331 MGI: 1202397 HomoloGene: 8121 GeneCards: INTS6
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 13 (čovjek)
Hrom.Hromosom 13 (čovjek)[1]
Hromosom 13 (čovjek)
Genomska lokacija za INTS6
Genomska lokacija za INTS6
Bend13q14.3Početak51,354,077 bp[1]
Kraj51,454,264 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 14 (miš)
Hrom.Hromosom 14 (miš)[2]
Hromosom 14 (miš)
Genomska lokacija za INTS6
Genomska lokacija za INTS6
Bend14|14 D1Početak62,913,779 bp[2]
Kraj62,998,618 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
PBB GE INTS6 218819 at fs.png

PBB GE INTS6 222239 s at fs.png
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
transmembrane signaling receptor activity
Ćelijska komponenta integrator complex
actin cytoskeleton
Nukleoplazma
Jedro
Biološki proces snRNA processing
snRNA transcription by RNA polymerase II
GO:0072468 signal transduction
snRNA 3'-end processing
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001039937
NM_001039938
NM_001306091
NM_012141

NM_008715

RefSeq (bjelančevina)

NP_001035026
NP_001035027
NP_001293020
NP_036273

NP_032741

Lokacija (UCSC)Chr 13: 51.35 – 51.45 MbChr 14: 62.91 – 63 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Podjedinica 6 integratorskog kompleksa je protein koji je kod ljudi kodiran genom INTS6, koji je lociran na hromosomu 13, sekvenca 13q14.3, u rasponu bazbih parova od 51,354.077 do 51,454.264 bp[5][6][7]

Proteini DEAD-kutija, karakterizirani konzerviranim motivom Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), pretpostavljene su RNK-helikaze. Protein kodiran ovim genom je DEAD boksni protein, koji je dio kompleksa koji stupa u interakciju sa C-terminalom RNK-polimeraze II i uključen je u 3' završnu preradu snRNK. Osim toga, ovaj gen je kandidat kao supresorski gen tumora i nalazi se u kritičnoj regiji gubitka heterozigotnosti (LOH). Za ovaj gen su pronađene tri varijante transkripta koje kodiraju dvije različite izoforme.[7]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 887 aminokiselina, a molekulska težina 100.390 Da.[8]

1020304050
MPILLFLIDTSASMNQRSHLGTTYLDTAKGAVETFMKLRARDPASRGDRY
MLVTFEEPPYAIKAGWKENHATFMNELKNLQAEGLTTLGQSLRTAFDLLN
LNRLVTGIDNYGQGRNPFFLEPAIIITITDGSKLTTTSGVQDELHLPLNS
PLPGSELTKEPFRWDQRLFALVLRLPGTMSVESEQLTGVPLDDSAITPMC
EVTGGRSYSVCSPRMLNQCLESLVQKVQSGVVINFEKAGPDPSPVEDGQP
DISRPFGSQPWHSCHKLIYVRPNPKTGVPIGHWPVPESFWPDQNSPTLPP
RTSHPVVKFSCTDCEPMVIDKLPFDKYELEPSPLTQFILERKSPQTCWQV
YVSNSAKYSELGHPFGYLKASTALNCVNLFVMPYNYPVLLPLLDDLFKVH
KAKPTLKWRQSFESYLKTMPPYYLGPLKKAVRMMGAPNLIADSMEYGLSY
SVISYLKKLSQQAKIESDRVIGSVGKKVVQETGIKVRSRSHGLSMAYRKD
FQQLLQGISEDVPHRLLDLNMKEYTGFQVALLNKDLKPQTFRNAYDIPRR
NLLDHLTRMRSNLLKSTRRFLKGQDEDQVHSVPIAQMGNYQEYLKQVPSP
LRELDPDQPRRLHTFGNPFKLDKKGMMIDEADEFVAGPQNKHKRPGEPNM
QGIPKRRRCMSPLLRGRQQNPVVNNHIGGKGPPAPTTQAQPDLIKPLPLH
KISETTNDSIIHDVVENHVADQLSSDITPNAMDTEFSASSPASLLERPTN
HMEALGHDHLGTNDLTVGGFLENHEEPRDKEQCAEENIPASSLNKGKKLM
HCRSHEEVNTELKAQIMKEIRKPGRKYERIFTLLKHVQGSLQTRLIFLQN
VIKEASRFKKRMLIEQLENFLDEIHRRANQINHINSN
Simboli

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102786 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035161 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Wieland I, Arden KC, Michels D, Klein-Hitpass L, Bohm M, Viars CS, Weidle UH (Oct 1999). "Isolation of DICE1: a gene frequently affected by LOH and downregulated in lung carcinomas". Oncogene. 18 (32): 4530–7. doi:10.1038/sj.onc.1202806. PMID 10467397.
  6. ^ Baillat D, Hakimi MA, Naar AM, Shilatifard A, Cooch N, Shiekhattar R (Oct 2005). "Integrator, a multiprotein mediator of small nuclear RNA processing, associates with the C-terminal repeat of RNA polymerase II". Cell. 123 (2): 265–76. doi:10.1016/j.cell.2005.08.019. PMID 16239144.
  7. ^ a b "Entrez Gene: INTS6 integrator complex subunit 6".
  8. ^ "UniProt, Q9UL03". Pristupljeno 2017-09-11. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]