Idi na sadržaj

InterPro

S Wikipedije, slobodne enciklopedije

InterPro je baza podataka proteinskih familija, domena i funkcionalnih mjesta u kojima se prepoznatljive karakteristike pronađene u poznatim proteinima mogu primijeniti na nove sekvence proteina[1] kako bi ih funkcionalno karakterizirali.[2] [3]

Sadržaj InterPro-a sastoji se od dijagnostičkih potpisa i proteina s kojima se značajno podudaraju. Signature se sastoje od modela (jednostavnih tipova, kao što su regularni izrazi ili složenijih, kao što su Skriveni Markovljevi modeli) koji opisuju proteinske porodice, domene ili lokacije. Modeli se grade od sekvenci aminokiselina poznatih familija ili domena i kasnije se koriste za pretraživanje nepoznatih sekvenci (kao što su one koje proizlaze iz novog sekvenciranja genoma) kako bi se klasificirali. Svaka baza podataka članica InterPro-a doprinosi različitoj niši, od klasifikacija na vrlo visokom nivou, zasnovanih na strukturi ( SUPERFAMILY i CATH-Gene3D) do sasvim specifičnih klasifikacija podporodica (PRINTS i PANTHER).

Namjera InterPro-a je da obezbijedi višestruku klasifikaciju proteina, na jednom mjestu, gdje se svi potpisi proizvedeni iz različitih baza podataka članova unose u InterPro baze podataka. Potpisi koji predstavljaju ekvivalentne domene, stranice ili porodice stavljaju se u isti unos, a unosi mogu biti povezani jedni s drugima. Dodatne informacije kao što su opis, konzistentna imena i termini genske ontologije (GO) su povezani sa svakim unosom, gdje je to moguće.

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D306-12. January 2012. doi:10.1093/nar/gkr948. PMC 3245097. PMID 22096229. Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)
  2. ^ "The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites". Nucleic Acids Research. 29 (1): 37–40. January 2001. doi:10.1093/nar/29.1.37. PMC 29841. PMID 11125043. Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)
  3. ^ "InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites". Bioinformatics. 16 (12): 1145–50. December 2000. doi:10.1093/bioinformatics/16.12.1145. PMID 11159333. Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]