LMBR1L

LMBR1L
Identifikatori
Aliasi	LMBR1L
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610007 MGI: 1289247 HomoloGene: 10011 GeneCards: LMBR1L
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 12 (čovjek) Bend 12q13.12 Početak 49,097,136 bp Kraj 49,110,900 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 15 (miš) Bend 15 F1|15 55.1 cM Početak 98,801,798 bp Kraj 98,816,112 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • transmembrane signaling receptor activity Ćelijska komponenta • membrana • integral component of membrane • ćelijska membrana • integral component of plasma membrane Biološki proces • Endocitoza • receptor-mediated endocytosis • GO:0072468 Transdukcija signala Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	55716	74775
Ensembl	ENSG00000139636	ENSMUSG00000022999
UniProt	Q6UX01	Q9D1E5
RefSeq (mRNK)	NM_001300750 NM_001300751 NM_018113 NM_001352161 NM_001352162 NM_001352163 NM_001352164 NM_001352165 NM_001352166 NM_001352167 NM_001352168	NM_029098
RefSeq (bjelančevina)	NP_001287679 NP_001287680 NP_060583 NP_001339090 NP_001339091 NP_001339092 NP_001339093 NP_001339094 NP_001339095 NP_001339096 NP_001339097	NP_083374
Lokacija (UCSC)	Chr 12: 49.1 – 49.11 Mb	Chr 15: 98.8 – 98.82 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Protein LMBR1L je protein koji je kod ljudi kodiran genom LMBR1L.

Konzorcij za prikupljanje gena sisara (MGC) (http://mgc.nci.nih.gov Arhivirano 25. 2. 2015. na Wayback Machine) nastoji uspostaviti javno dostupne zbirke potpunih ORF cDNK za nekoliko organizama od značaja za biomedicinska istraživanja, uključujući ljude, uključujući i protein LMBR1L. Do danas je identificirano više od 15.200 klonova ljudskih cDNK koji sadrže otvorene okvire čitanja (ORF) cijele dužine putem sistematske analize označenih oznaka sekvence (EST) različitog skupa biblioteka cDNK. Međutim, daljnja sistematska EST analiza više nije efikasan metod za identifikaciju novih cDNK. Kao dio uključivanja u program MGC, razvijen je skalabilni metod za ciljani oporavak klonova cDNK, kako bi se olakšao oporavak gena koji nedostaju iz zbirke MGC. cDNK se sintetizira se iz različitih RNK, nakon čega slijedi amplifikacija transkripata polimeraznom lančanom reakcijom (PCR) u pločama sa 96 komorica, koristeći parove prajmera specifične za gen sa strane ORF-a. Amplikoni se kloniraju u vektor sekvenciranja i dobijaju se sekvence cijele dužine. Sekvence se obrađuju i sastavljaju pomoću Phred-a i Phrap-a, te analiziraju koristeći Consed i brojne, već razrađene bioinformatičke metode. Sekvence se upoređuju sa bazom podataka referentne sekvence (RefSeq), a validacija odstupanja u sekvenci pokušava se upotrebom drugih baza podataka sekvenci, uključujući dbEST i dbSNP. Klonovi sa identičnom sekvencom kao RefSeq ili koji sadrže samo potvrđene promjene postat će dio kolekcije MGCljudskih gena. Također su identificirani klonovi koji sadrže nove varijante prerade ili polimorfizme.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 489 aminokiselina, a molekulska težina 55.209 Da..

10		20		30		40		50
MEAPDYEVLS		VREQLFHERI		RECIISTLLF		ATLYILCHIF		LTRFKKPAEF
TTVDDEDATV		NKIALELCTF		TLAIALGAVL		LLPFSIISNE		VLLSLPRNYY
IQWLNGSLIH		GLWNLVFLFS		NLSLIFLMPF		AYFFTESEGF		AGSRKGVLGR
VYETVVMLML		LTLLVLGMVW		VASAIVDKNK		ANRESLYDFW		EYYLPYLYSC
ISFLGVLLLL		VCTPLGLARM		FSVTGKLLVK		PRLLEDLEEQ		LYCSAFEEAA
LTRRICNPTS		CWLPLDMELL		HRQVLALQTQ		RVLLEKRRKA		SAWQRNLGYP
LAMLCLLVLT		GLSVLIVAIH		ILELLIDEAA		MPRGMQGTSL		GQVSFSKLGS
FGAVIQVVLI		FYLMVSSVVG		FYSSPLFRSL		RPRWHDTAMT		QIIGNCVCLL
VLSSALPVFS		RTLGLTRFDL		LGDFGRFNWL		GNFYIVFLYN		AAFAGLTTLC
LVKTFTAAVR		AELIRAFGLD		RLPLPVSGFP		QASRKTQHQ

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Dopunska literatura

• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Wojnar P, Lechner M, Redl B (2003). "Antisense down-regulation of lipocalin-interacting membrane receptor expression inhibits cellular internalization of lipocalin-1 in human NT2 cells". J. Biol. Chem. 278 (18): 16209–15. doi:10.1074/jbc.M210922200. PMID 12591932.
• Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The Secreted Protein Discovery Initiative (SPDI), a Large-Scale Effort to Identify Novel Human Secreted and Transmembrane Proteins: A Bioinformatics Assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
• Zhang Z, Kim SJ, Chowdhury B, et al. (2006). "Interaction of uteroglobin with lipocalin-1 receptor suppresses cancer cell motility and invasion". Gene. 369: 66–71. doi:10.1016/j.gene.2005.10.027. PMID 16423471.