LRRC23

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
LRRC23
Identifikatori
AliasiLRRC23
Vanjski ID-jeviMGI: 1315192 HomoloGene: 5082 GeneCards: LRRC23
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za LRRC23
Genomska lokacija za LRRC23
Bend12p13.31Početak6,873,569 bp[1]
Kraj6,914,241 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 6 (miš)
Hrom.Hromosom 6 (miš)[2]
Hromosom 6 (miš)
Genomska lokacija za LRRC23
Genomska lokacija za LRRC23
Bend6 F2|6 59.17 cMPočetak124,746,826 bp[2]
Kraj124,756,690 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija molecular function
Ćelijska komponenta ćelijska komponenta
citoplazma
citosol
Biološki proces GO:0022610 biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_201650
NM_001135217
NM_006992
NM_181613

NM_013588
NM_001302555

RefSeq (bjelančevina)

NP_001128689
NP_008923
NP_964013

NP_001289484

Lokacija (UCSC)Chr 12: 6.87 – 6.91 MbChr 6: 124.75 – 124.76 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Leucinski bogati protein 23 sa ponavljanjem je protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRC23.[5][6][7]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 343 aminokiseline, a molekulska težina 39.761 Da.[8]

1020304050
MSDEDDLEDSEPDQDDSEKEEDEKETEEGEDYRKEGEEFPEEWLPTPLTE
DMMKEGLSLLCKTGNGLAHAYVKLEVKERDLTDIYLLRSYIHLRYVDISE
NHLTDLSPLNYLTHLLWLKADGNRLRSAQMNELPYLQIASFAYNQITDTE
GISHPRLETLNLKGNSIHMVTGLDPEKLISLHTVELRGNQLESTLGINLP
KLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLSGFSREMKSLQYL
NLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYLE
RLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
Simboli

Protein[uredi | uredi izvor]

Trodimenzijska struktura LRRC23, prema BLAST-u

Iako je stvarna struktura LRRC23 nepoznata, usporedba sa kristalnim strukturama različitih sličnih proteina, poput 2OMW A (e-vrijednost 1,00e-17) otkriva strukturu tipsku za druge proteine bogate leucinom. Naizmjenični beta-listovi i zavojnice stvaraju spiralni peptidni lanac koji tvori lučni oblik s beta-listovima koji zauzimaju konkavnu površinu.[9]

Poravnata struktura 2OMW_A s LRRC23 obuhvata aminokiseline 72-272 proteina LRRC23. Konzervirane sekvence označeni su žutom bojom, pokazujući pravilnost razmaka i unutar ponovljajuće strukture. Ovaj model je nastao korišćenjem softvera Cn3D koji je obezbedio Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI).

Funkcija[uredi | uredi izvor]

Funkcija LRRC23 je nepoznata. Član je proteinskih ponavljanja bogatog leucinom, koji su poznati po učešću u interakcijama protein-protein. Eksperimentalni dokazi ukazuju na to da LRRC23 stupa u interakciju s proteinom CD28, na putu koji je povezan sa imunskim sistemom i razvojem regulatornih T-ćelija koje kontroliraju spontanu autoimunsku bolest.[10]

Ljudski genom proizvodi tri poznate varijante LRRC23.[7] Najveća prerađena varijanta, varijanta 3, sadrži osam egzona. Varijante 1 i 2 koriste alternativne prve egzone, a varijanta 2 isključuje sedmi egzon, dajući mu ukupno sedam egzona koji čine iRNK.

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000010626 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030125 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Tzachanis D, Berezovskaya A, Nadler LM, Boussiotis VA (Feb 2002). "Blockade of B7/CD28 in mixed lymphocyte reaction cultures results in the generation of alternatively activated macrophages, which suppress T-cell responses". Blood. 99 (4): 1465–73. doi:10.1182/blood.V99.4.1465. PMID 11830501.
  6. ^ Chang TT, Kuchroo VK, Sharpe AH (Feb 2002). "Role of the B7-CD28/CTLA-4 pathway in autoimmune disease". Signal Transduction Pathways in Autoimmunity. Current Directions in Autoimmunity. 5. str. 113–30. doi:10.1159/000060550. ISBN 3-8055-7308-1. PMID 11826754.
  7. ^ a b "Entrez Gene: LRRC23 leucine rich repeat containing 23".
  8. ^ "UniProt, Q53EV4". Pristupljeno 11. 8. 2021.
  9. ^ NCBI Structure CBlast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/cblast.cgi?client=entrez&query_gi=206725447&hit=149242643&hsp=1&output=html&pagenum=1&epp=20&sort=evalue&view=graphic&subset=allmmdb
  10. ^ Salomon B, Lenschow DJ, Rhee L, Ashourian N, Singh B, Sharpe A, Bluestone JA (Apr 2000). "B7/CD28 costimulation is essential for the homeostasis of the CD4+CD25+ immunoregulatory T cells that control autoimmune diabetes". Immunity. 12 (4): 431–40. doi:10.1016/S1074-7613(00)80195-8. PMID 10795741.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]