MAP11

MAP11
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jevi	GeneCards: [1]
Ortolozi
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	n; a
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

MAP11 (skr. od: Mikroubula-asocirani protein 11) je protein koji je kod ljudi kodiran genom MAP11. Ranije je vio poznat pod generičkim imenom C7orf43.^[1] C7orf43 nema drugi ljudski pseudonim, ali se u miševa može naći kao BC037034.^[2]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 580 aminokiselina, а molekulska težina 62.597 Da.^[3].

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MESQCDYSMY	FPAVPLPPRA	ELAGDPGRYR	ALPRRNHLYL	GETVRFLLVL
RCRGGAGSGT	GGGPGLGSRG	AWAELATALA	ALASVSAGGG	MPGGGGAGDQ
DSEPPGGGDP	GGGGLFRGCS	PLLTHGPGPA	TSGGATTLPV	EEPIVSTDEV
IFPLTVSLDR	LPPGTPKAKI	VVTVWKREIE	APEVRDQGYL	RLLQTRSPGE
TFRGEQSAFK	AQVSTLLTLL	PPPVLRCRQF	TVAGKHLTVL	KVLNSSSQEE
ISIWDIRILP	NFNASYLPVM	PDGSVLLVDN	VCHQSGEVSM	GSFCRLPGTS
GCFPCPLNAL	EEHNFLFQLR	GGEQPPPGAK	EGLEVPLIAV	VQWSTPKLPF
TQSIYTHYRL	PSVRLDRPCF	VMTASCKSPV	RTYERFTVTY	TLLNNLQDFL
AVRLVWTPEH	AQAGKQLCEE	ERRAMQAALD	SVVCHTPLNN	LGFSRKGSAL
TFSVAFQALR	TGLFELSQHM	KLKLQFTASV	SHPPPEARPL	SRKSSPSSPA
VRDLVERHQA	SLGRSQSFSH	QQPSRSHLMR	SGSVMERRAI	TPPVASPVGR
PLYLPPDKAV	LSLDKIAKRE	CKVLVVEPVK

Genski lokus[uredi | uredi izvor]

Kod ljudi, MAP11 nalazi se u dugom kraku hromosoma 7 (7q22.1), i nalazi se na negativnom (antisens) lancu.^[1] Geni koji se nalaze oko C7orf43 uključuju GAL3ST4, LAMTOR4, GPC2.^[1] Kod ljudi, C7orf43 ima devet otkrivenih uobičajenih jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), koji se svi nalaze u nekodirajućim regijama i stoga ne utiču na aminokiselinsku sekvencu.^[4]

Gensko susjedstvo gena C7orf43 na ljudskom hromosomu 7

iRNK[uredi | uredi izvor]

Prerađene varijante[uredi | uredi izvor]

MAP11 kodira dvije izoforme, dužu C7orf43 izoformu 1, od 2.585 sa 11 egzona i 10 intron.^[1] C7orf43 izoforma 1 kodira protein dug 580 aminokiselina s samo jednim mjestom poliadenilacije.^[1] C7orf43 izoformA 2 duga je 2.085 parova baza i kodira protein od 311 aminokiselina. U više navrata prijavljene su dvije dodatne izoforme koje kodiraju proteine sa 199 i 206 aminokiselina.^[5]

Protein[uredi | uredi izvor]

Sastav i domeni[uredi | uredi izvor]

Ljudski protein MAP11 ima izoelektričnu tačku od 8,94. MAP11 također ima glicin-bogato područje koje obuhvata aminokiseline 54 do 134.^[6] Analiza pomoću alata SAPS SDSC Biology Workbencha pokazala je da ovo područje bogato glicinom nije konzervirano u smislu specifičnih položaja ostataka glicina, ali je dobro konzervirano u ukupnom sadržaju glicina u sisara i gmizavaca, iako ne u košljoriba.^[7]^[8] C7orf43 uglavnom je nenaelektrisan, a ova neutralna raspodjela naboja očuvana je kod sisara i gmizavaca, ali košljoribe imaju najmanje jednu skupinu negativnog naboja ^[7]^[8] Predviđeno je da C7orf43 nema signalni peptid u svojih prvih 70 aminokiselinskih ostataka. Međutim, predviđa se da vakuolno ciljani motiv u ljudskom proteinu počinje od ostatka 258.^[9] Pokazalo se da je ovaj motiv vakuolnog ciljanja konzerviran kod sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca i košljoriba.

Tkivna ekspresija[uredi | uredi izvor]

MAP11 ima široko rasprostranjenu umjerenu ekspresiju sa varijabilnošću tkiva do tkiva kod ljudi i kod ostalih sisarskih vrsta.^[10]^[11] Pokazalo se da je mišji ortolog C7orf43 sveprisutno izražen u mozgu,^[12] kao i kod mišjeg embrionskom centralnog nervnog sistema.^[13]

Regulacija[uredi | uredi izvor]

MAP11 ima jednu promotorsku regiju, uzvodno od svog mjesta za transkripciju, kako je predviđeno Genomatix. Ovaj promotor je dug 657 parova baza i nalazi se na pozicijama 99756182 do 99756838 pb u negativnom lancu hromosoma 7.^[14] Postoji nekoliko mjesta vezanja transkripcijskog faktora. koja se nalaze u ovom promotoru, uključujući mjesta vezanja za cinkov prst i faktore transkripcije slične Kruppelu.^[15] 20 najboljih mjesta vezivanja transkripcije koje je predvidio ElDorado iz Genomatixa navedeno je u sljedećoj tablici.

Detaljni podaci o porodici	Detaljni podaci o matriksu	Početni položaj	Položaj kraja	Sidreni položaj	Lanac	Rezultat sličnosti matriksa	Sekvenca
Brachyury gen, faktor razvoja mezoderma	T-kutijski transkripcijski faktor TBX20	617	645	631	+	1	agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga
C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 2	KRAB-proteion 300 sa cinkovim prstom	596	618	607	+	1	ccggccgCCCCagccgggcgcag
Domenski faktori replikacijske viljuške	Alternativno prerađena varijanta FOXP1, aktivirana u ESC-ovima	37	53	45	–	1	aaaaaaaAACAaccctt
Gen pleomorfnog adenoma	Gen 1 pleomorfnog adenoma	411	433	422	–	1	[[DNK	gaGGGGgcggggtcccgctgctc]]
Gen pleomorfnog adenoma	Pleomorphic adenoma gene 1	464	486	475	–	1	gaGGGGgcgtggccgccgaggcc
Transkripcijski faktor II B RNK-polimeraze II	Transkripcijski faktor II B (TFIIB) element prepoznavanja	197	203	200	+	1	ccgCGCC
Protein TGF-beta indicirane apoptoze	Cistein-serin-bogati jedarni protein 1 (AXUD1, AXIN1 nadregulirani 1)	73	79	76	–	1	AGAGtga
GC-kutijski faktori SP1/GC	Stimulirajući protein 1, sveprisutni faktor transkripcije cinkovih prstiju	418	434	426	–	0,998	ggaggGGGCggggtccc
Ljudski i mišji faktori ETS1	Ets varijanta 3	486	506	496	–	0,996	gagaaacaGGAAgcggaaggg
Kruepeloliki transkripcijski faktori	Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima / KLF4	469	485	477	–	0,994	agggggcGTGGccgccg
Dvošaki homeodomen transkripcijskih faktora cinkovog prsta	AREB6 (Atp1a1 regulatorni faktor vezanja elementa 6)	495	507	501	+	0,994	ttcctGTTTctct
Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta, proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1	Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta , proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1). RU49 pokazuje snažnu sklonost vezivanju za tandemska ponavljanja minimalnog mjesta vezivanja za konsenzusni RU49.	522	528	525	+	0,994	cAGTAcc
Krueppeloliki transkripcijski faktori	Sržni promotor-vezujući protein (CPBP) sa 3 Krueppel-tipom cinkovih prstiju (KLF6, ZF9)	418	434	426	–	0,992	ggagGGGGcggggtccc
C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 7	Protein 263 cinkovog prsta, ZKSCAN12 (zinc protein cinkovog prrsta 12 sa domenima KRAB i SCAN )	425	439	432	+	0,99	cgccccCTCCtccac
C2H2 transkrippcijski faktori cinkovog prsta 6	Protein cinkovog prsta i BTB sa domenom 7, oroto-onkogen FBI-1, Pokémon (preferira sekundarno vezanje DNK)	252	264	258	–	0,989	caaGACCaccctg
Krueppeloliki transkripcijski faktori	Kruppeloliki faktor 7 (sveprisutni, UKLF)	416	432	424	–	0,989	agggGGCGgggtcccgc
GC-kutijski faktori SP1/GC	Transkripcijski faktor Sp4	471	487	479	–	0,986	ggagggGGCGtggccgc
Krueppeloliki transkripcijski faktori	Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima	137	153	145	+	0,986	gggctcAAAGgatcctc
Krueppeloliki transkripcijski faktori	Krueppeloliki faktor 2 (plućni) (LKLF)	641	657	649	–	0,986	cgctaGGGTgggtccag
Ljudska i mišja varijanta and faktora ETS1	Ets varijanta 1	6	26	16	–	0,984	ttctcccaGGAAgattctcca

Reference[uredi | uredi izvor]

^ ^a ^b ^c ^d ^e "C7orf43 chromosome 7 open reading frame 43 [ Homo sapiens (human) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
^ "BC037034 cDNA sequence BC037034 [ Mus musculus (house mouse) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
^ "UniProt, Q8WVR3". Pristupljeno 26. 9. 2021.
^ "C7orf43 UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 1. 5. 2015.
^ "Q8WVR3 -CG043_HUMAN". UniProt. Pristupljeno 8. 5. 2015.
^ "Uncharacterized protein C7orf43 [Homo sapiens]". NCBI Protein. Pristupljeno 8. 5. 2015.
^ ^a ^b Brendel, V.; Bucher, P.; Nourbakhsh, I.R.; Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. PMID 1549558. Pristupljeno 26. 4. 2015.
^ ^a ^b "SDSC Biology Workbench". Department of Bioengineering. University of California Sand Diego. Pristupljeno 1. 5. 2015.
^ Nakai, K; Horton, P (januar 1999). "PSORT: a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization". Trends in Biochemical Sciences. 24 (1): 34–6. doi:10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID 10087920.
^ "C7orf43-Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
^ "C7orf43-Multiple normal tissues". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
^ "BC037034-sagittal". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 2. 4. 2015.
^ "BC037034 expression". GenePaint. Arhivirano s originala, 26. 9. 2021. Pristupljeno 2. 4. 2015.
^ "C7orf43 promoter GXP_116482". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.^{[mrtav link]}
^ "C7orf43-promoter binding sites". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.^{[mrtav link]}

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR, et al. (2003). "Human chromosome 7: DNA sequence and biology". Science. 300 (5620): 767–72. doi:10.1126/science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]

Lokacija ljudskog genoma C7orf43 i stranica sa detaljima o genu C7orf43 u UCSC Genome Browseru.

[ncbi-1] "C7orf43 chromosome 7 open reading frame 43 [ Homo sapiens (human) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.

[ncbi2-2] "BC037034 cDNA sequence BC037034 [ Mus musculus (house mouse) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.

[UniProt-3] "UniProt, Q8WVR3". Pristupljeno 26. 9. 2021.

[ucsc_genome-4] "C7orf43 UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 1. 5. 2015.

[5] "Q8WVR3 -CG043_HUMAN". UniProt. Pristupljeno 8. 5. 2015.

[ncbi-prot-6] "Uncharacterized protein C7orf43 [Homo sapiens]". NCBI Protein. Pristupljeno 8. 5. 2015.

[SAPS-7] Brendel, V.; Bucher, P.; Nourbakhsh, I.R.; Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. PMID 1549558. Pristupljeno 26. 4. 2015.

[Workbench-8] "SDSC Biology Workbench". Department of Bioengineering. University of California Sand Diego. Pristupljeno 1. 5. 2015.

[PSORT-9] Nakai, K; Horton, P (januar 1999). "PSORT: a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization". Trends in Biochemical Sciences. 24 (1): 34–6. doi:10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID 10087920.

[10] "C7orf43-Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.

[11] "C7orf43-Multiple normal tissues". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.

[12] "BC037034-sagittal". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 2. 4. 2015.

[13] "BC037034 expression". GenePaint. Arhivirano s originala, 26. 9. 2021. Pristupljeno 2. 4. 2015.

[14] "C7orf43 promoter GXP_116482". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.^{[mrtav link]}

[15] "C7orf43-promoter binding sites". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.^{[mrtav link]}

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]