OTOF

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
OTOF
Identifikatori
AliasiOTOF
Vanjski ID-jeviOMIM: 603681 MGI: 1891247 HomoloGene: 12892 GeneCards: OTOF
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 2 (čovjek)
Hrom.Hromosom 2 (čovjek)[1]
Hromosom 2 (čovjek)
Genomska lokacija za OTOF
Genomska lokacija za OTOF
Bend2p23.3Početak26,457,203 bp[1]
Kraj26,558,756 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 5 (miš)
Hrom.Hromosom 5 (miš)[2]
Hromosom 5 (miš)
Genomska lokacija za OTOF
Genomska lokacija za OTOF
Bend5|5 B1Početak30,524,406 bp[2]
Kraj30,619,276 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija calcium ion binding
molecular function
Ćelijska komponenta integral component of membrane
citosol
međućelijske veze
Ćelijska membrana
basolateral plasma membrane
sinapsa
synaptic vesicle membrane
endoplasmic reticulum membrane
Endoplazmatski retikulum
membrana
GO:0016023 citoplazmatska vezikula
Biološki proces membrane fusion
sensory perception of sound
synaptic vesicle exocytosis
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001287489
NM_004802
NM_194248
NM_194322
NM_194323

NM_001100395
NM_001286421
NM_031875
NM_001313767

RefSeq (bjelančevina)

NP_001274418
NP_004793
NP_919224
NP_919303
NP_919304

NP_001093865
NP_001273350
NP_001300696
NP_114081

Lokacija (UCSC)Chr 2: 26.46 – 26.56 MbChr 5: 30.52 – 30.62 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Otoferlin jest protein koji je kod ljudi kodiran genom OTOF sa hromosoma 2.[5][6][7]

Amiokiselininska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 1.997 aminokiselina, a molkekulska težina 226.753 Da.[8]

1020304050
MALLIHLKTVSELRGRGDRIAKVTFRGQSFYSRVLENCEDVADFDETFRW
PVASSIDRNEMLEIQVFNYSKVFSNKLIGTFRMVLQKVVEESHVEVTDTL
IDDNNAIIKTSLCVEVRYQATDGTVGSWDDGDFLGDESLQEEEKDSQETD
GLLPGSRPSSRPPGEKSFRRAGRSVFSAMKLGKNRSHKEEPQRPDEPAVL
EMEDLDHLAIRLGDGLDPDSVSLASVTALTTNVSNKRSKPDIKMEPSAGR
PMDYQVSITVIEARQLVGLNMDPVVCVEVGDDKKYTSMKESTNCPYYNEY
FVFDFHVSPDVMFDKIIKISVIHSKNLLRSGTLVGSFKMDVGTVYSQPEH
QFHHKWAILSDPDDISSGLKGYVKCDVAVVGKGDNIKTPHKANETDEDDI
EGNLLLPEGVPPERQWARFYVKIYRAEGLPRMNTSLMANVKKAFIGENKD
LVDPYVQVFFAGQKGKTSVQKSSYEPLWNEQVVFTDLFPPLCKRMKVQIR
DSDKVNDVAIGTHFIDLRKISNDGDKGFLPTLGPAWVNMYGSTRNYTLLD
EHQDLNEGLGEGVSFRARLLLGLAVEIVDTSNPELTSSTEVQVEQATPIS
ESCAGKMEEFFLFGAFLEASMIDRRNGDKPITFEVTIGNYGNEVDGLSRP
QRPRPRKEPGDEEEVDLIQNASDDEAGDAGDLASVSSTPPMRPQVTDRNY
FHLPYLERKPCIYIKSWWPDQRRRLYNANIMDHIADKLEEGLNDIQEMIK
TEKSYPERRLRGVLEELSCGCCRFLSLADKDQGHSSRTRLDRERLKSCMR
ELENMGQQARMLRAQVKRHTVRDKLRLCQNFLQKLRFLADEPQHSIPDIF
IWMMSNNKRVAYARVPSKDLLFSIVEEETGKDCAKVKTLFLKLPGKRGFG
SAGWTVQAKVELYLWLGLSKQRKEFLCGLPCGFQEVKAAQGLGLHAFPPV
SLVYTKKQAFQLRAHMYQARSLFAADSSGLSDPFARVFFINQSQCTEVLN
ETLCPTWDQMLVFDNLELYGEAHELRDDPPIIVIEIYDQDSMGKADFMGR
TFAKPLVKMADEAYCPPRFPPQLEYYQIYRGNATAGDLLAAFELLQIGPA
GKADLPPINGPVDVDRGPIMPVPMGIRPVLSKYRVEVLFWGLRDLKRVNL
AQVDRPRVDIECAGKGVQSSLIHNYKKNPNFNTLVKWFEVDLPENELLHP
PLNIRVVDCRAFGRYTLVGSHAVSSLRRFIYRPPDRSAPSWNTTVRLLRR
CRVLCNGGSSSHSTGEVVVTMEPEVPIKKLETMVKLDATSEAVVKVDVAE
EEKEKKKKKKGTAEEPEEEEPDESMLDWWSKYFASIDTMKEQLRQQEPSG
IDLEEKEEVDNTEGLKGSMKGKEKARAAKEEKKKKTQSSGSGQGSEAPEK
KKPKIDELKVYPKELESEFDNFEDWLHTFNLLRGKTGDDEDGSTEEERIV
GRFKGSLCVYKVPLPEDVSREAGYDSTYGMFQGIPSNDPINVLVRVYVVR
ATDLHPADINGKADPYIAIRLGKTDIRDKENYISKQLNPVFGKSFDIEAS
FPMESMLTVAVYDWDLVGTDDLIGETKIDLENRFYSKHRATCGIAQTYST
HGYNIWRDPMKPSQILTRLCKDGKVDGPHFGPPGRVKVANRVFTGPSEIE
DENGQRKPTDEHVALLALRHWEDIPRAGCRLVPEHVETRPLLNPDKPGIE
QGRLELWVDMFPMDMPAPGTPLDISPRKPKKYELRVIIWNTDEVVLEDDD
FFTGEKSSDIFVRGWLKGQQEDKQDTDVHYHSLTGEGNFNWRYLFPFDYL
AAEEKIVISKKESMFSWDETEYKIPARLTLQIWDADHFSADDFLGAIELD
LNRFPRGAKTAKQCTMEMATGEVDVPLVSIFKQKRVKGWWPLLARNENDE
FELTGKVEAELHLLTAEEAEKNPVGLARNEPDPLEKPNRPDTSFIWFLNP
LKSARYFLWHTYRWLLLKLLLLLLLLLLLALFLYSVPGYLVKKILGA

Funkcija[uredi | uredi izvor]

Mutacije u ovom genu uzrok su neurosenzorne nesindromske recesivna gluhoće, DFNB9. Kratki oblik kodiranog proteina ima tri C2 domena, jedan karboksi-terminal, transmembranski domen koji se nalazi iu faktoru spermatogeneze C. elegans FER-1 i ljudskom disferlinu, dok duga obrazac ima šest C2 domena. Homologni proteini otoferlina kod ljudi za koje se pokazalo da su povezani s ljudskim bolestima su disferlin i mioferlin. I disferlin i mioferlin imaju po sedam C2 domena. C2A u dužem obliku otoferlina sa šest C2 domena je strukturno sličan disferlinu C2A. Međutim, petlja 1 na mjestu vezivanja za kalcij otoferlina C2A je značajno kraća od homologne petlje u domenima disferlina i mioferlina C2A. Zbog toga se ne može vezati za kalcij. Otoferlin C2A također nije u stanju da se veže za fosfolipide i stoga je strukturno i funkcionalno drugačiji od drugih C2 domena.[9] Homologija sugerira da ovaj protein može biti uključen u fuziju vezikulske membrane. Slično disferlinu i mioferlinu, otoferlin ima FerA domen i pokazalo se da njegov FerA domen stupa u interakciju sa blizanci-ionskim lipidima na način ovisan o kalciju i s negativno nabijenim lipidima na način koji ne ovisi o kalciju.[10] Procijenjeni naboj FerA domena među proteinima ferlina značajno varira. Na pH 7, procijenjeni naboj disferlina je –8,4 dok je otoferlin FerA +8,5.[10] Za ovaj gen nađeno je nekoliko varijanti transkripta koje kodiraju više izoformi.[7]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000115155 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000062372 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Yasunaga S, Grati M, Cohen-Salmon M, El-Amraoui A, Mustapha M, Salem N, El-Zir E, Loiselet J, Petit C (april 1999). "A mutation in OTOF, encoding otoferlin, a FER-1-like protein, causes DFNB9, a nonsyndromic form of deafness". Nature Genetics. 21 (4): 363–9. doi:10.1038/7693. PMID 10192385. S2CID 19269361.
  6. ^ Rodríguez-Ballesteros M, Reynoso R, Olarte M, Villamar M, Morera C, Santarelli R, Arslan E, Medá C, Curet C, Völter C, Sainz-Quevedo M, Castorina P, Ambrosetti U, Berrettini S, Frei K, Tedín S, Smith J, Cruz Tapia M, Cavallé L, Gelvez N, Primignani P, Gómez-Rosas E, Martín M, Moreno-Pelayo MA, Tamayo M, Moreno-Barral J, Moreno F, del Castillo I (juni 2008). "A multicenter study on the prevalence and spectrum of mutations in the otoferlin gene (OTOF) in subjects with nonsyndromic hearing impairment and auditory neuropathy". Human Mutation. 29 (6): 823–31. doi:10.1002/humu.20708. PMID 18381613. S2CID 19170712.
  7. ^ a b "Entrez Gene: OTOF otoferlin".
  8. ^ "UniProt, Q9HC10" (jezik: engleski). Pristupljeno 14. 11. 2021.
  9. ^ Helfmann S, Neumann P, Tittmann K, Moser T, Ficner R, Reisinger E (februar 2011). "The crystal structure of the C₂A domain of otoferlin reveals an unconventional top loop region". Journal of Molecular Biology. 406 (3): 479–90. doi:10.1016/j.jmb.2010.12.031. PMID 21216247.
  10. ^ a b Harsini FM, Chebrolu S, Fuson KL, White MA, Rice AM, Sutton RB (juli 2018). "FerA is a Membrane-Associating Four-Helix Bundle Domain in the Ferlin Family of Membrane-Fusion Proteins". Scientific Reports. 8 (1): 10949. doi:10.1038/s41598-018-29184-1. PMC 6053371. PMID 30026467.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]

Šablon:Ostali proteini ćelijske membrane