OTOR
| OTOR | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | OTOR | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 606067 MGI: 1888678 HomoloGene: 10600 GeneCards: OTOR | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 20: 16.75 – 16.77 Mb | Chr 2: 142.92 – 142.92 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Otoraplin je protein koji je kod ljudi kodiran genom i OTOR.[5][6]
Protein koji kodiran ovim genom izlučuje se putem Golgijevog aparata i može funkcionirati u razvoju i održavanju hrskavice. Česti polimorfizam u početku translacije kodona ovog gena može ukinuti prevođenje i može biti povezan sa oblicima gluhoće. Ovaj gen je član porodice gena aktivnosti koji inhibiraju melanom. Pored toga, postoje alternativna, poliA mjesta za ovaj gen..[6]
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Tokom velike analize EST sekvencija ljudske fetusne pužnice, Robertson et al. (2000) identificirali su novi gen, nazvan OTOR. Također su izolirali ortologne gene kod miša, kokoši i žabe, skriningom biblioteka cDNK unutrašnjeg uha. Rendtorff et al. (2001) nezavisno su identificirali OTOR, koji su nazvali MIA (MIA), tokom potrage za EST klasterima specifičnim za pužnice. Cohen-Salmon et al. (2000) klonirali su mišji gen Otor, koji su nazvali protein izveden iz fibrocita (Fdp), koristeći biblioteku cDNK mišje pužnice i RACE sa 5 glavnih primeraka. Ljudski OTOR kodira protein od 128 aminokiselina, s predviđenim signalnim peptidom sekrecije. Protein dijeli visok identitet sekvence s ortolozima miša (90%), kokoši (80%), žaba (60%) i srodnim ljudskim CDRAP / MIA proteinom (601340) (43%).
Ekspresijom OTOR-a u kulturama sisarskih ćelija sisara, Rendtorff el al. (2001) pokazali su da se OTOR prevodi kao približno 15-kD polipeptid koji je sastavljen u kovalentno povezan homodimer, modificiran sulfacijom i izlučen iz ćelija putem Golgijevog aparata. Analizom Northern blot-a, Robertson et al. (2000) detektirali su ekspresiju glavnih 1,1-kb i manjih 1,8- i 4-kb OTOR transkripata u ljudskoj pužnici. Koristeći RT-PCR i hibridizaciju in situ, Rendtorff et al. (2001) otkrili su ekspresiju OTOR specifičnu za ćelijski sloj ispod senzornog epitela pužnice i predvorja unutrašnjeg uha ljudskog fetusa.
Koristeći hibridizaciju in situ na pužničnim presjecima piletine, Robertson et al. (2000) otkrili su OTOR u područjima vanćelijskog matriksa koji podržava susjedne senzorne ćelije dlake. Ova područja kokošjeg gena analogna su spiralnom limbusu sisara, koštanoj spiralnoj lamini i spiralnom ligamentu. Koristeći RT-PCR, Cohen-Salmon et al. (2000) otkrili su mišju ekspresiju OTOR-a u pužnici, sa slabom ekspresijom u očima, hrskavicama i mozgu. Otkrili su embrionsku ekspresiju. od E10,5 nadalje u mezenhimu koji okružuje epitel. Hibridizacijom in situ otkrili su ekspresiju OTOR-a na E17,5 u fibrocitima koji okružuju pužnicu i vestibulski kanal. Nakon rođenja, ekspresija je otkrivena u svim tipovimaa fibrocita u spiralnom ligamentu iza stria vascularis. Cohen-Salmon et al. (2000) tretirali su mikrodisecirane kulture Otor antisens oligonukleotidima što je rezultiralo značajnim smanjenjem hondrogeneze. Zaključili su da Otor može imati ulogu u ranoj hondrogenezi periočnog mezenhima i može biti kandidat za oblike gluhoće povezane sa malformacijama očne kapsule. Rendtorff et al. (2001) izvijestili su jo čestom polimorfizmu u inicijacijskom kodonu prevođenja OTOR-a (ACG umjesto ATG). Od 505 analiziranih nepovezanih osoba, bilo je 9,5% heterozigotnih ACG / ATG. Alel ACG nije uspio usmjeriti sintezu OTOR proteina u transficiranim ćelijama. Zaključili su da OTOR može doprinijeti disfunkciji unutarnjeg uha kod ljudi.
Mapiranje
[uredi | uredi izvor]Pomoću FISH-tehnologije, Robertson et al. (2000) lokalizirali su OTOR gen na hromosomskoj pozuiciji 20p11.23-p12.1. Robertson et al. (2000) i Rendtorff et al. (2001) identificirali su OTOR sekvencu u ljudskom genomskom klonu preslikanom na hromosom 20p11.22-p12.2. Koristeći analizu STS sekvence, Cohen-Salmon et al. (2000) lokaliziralio su OTOR na hromosom 20p11. Interspecifičnom povratnom analizom, Cohen-Salmon et al. (2000) lokalizirali su Otor gen miša na područje sintetske homologije na hromosomu 2.[7][8][9]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MARILLLFLP | GLVAVCAVHG | IFMDRLASKK | LCADDECVYT | ISLASAQEDY | ||||
| NAPDCRFINV | KKGQQIYVYS | KLVKENGAGE | FWAGSVYGDG | QDEMGVVGYF | ||||
| PRNLVKEQRV | YQEATKEVPT | TDIDFFCE |
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin: K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Reference
- 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000125879 - Ensembl, maj 2017
- 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027416 - Ensembl, maj 2017
- ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ Robertson NG, Heller S, Lin JS, Resendes BL, Weremowicz S, Denis CS, Bell AM, Hudspeth AJ, Morton CC (Sep 2000). "A novel conserved cochlear gene, OTOR: identification, expression analysis, and chromosomal mapping". Genomics. 66 (3): 242–8. CiteSeerX 10.1.1.327.2446. doi:10.1006/geno.2000.6224. PMID 10873378.
- 1 2 "Entrez Gene: OTOR otoraplin".
- ↑ Cohen-Salmon, M., Frenz, D., Liu, W., Verpy, E., Voegeling, S., Petit, C. Fdp, a new fibrocyte-derived protein related to MIA/CD-RAP, has an in vitro effect on the early differentiation of the inner ear mesenchyme. J. Biol. Chem. 275: 40036-40041, 2000. [PubMed]: 10998416
- ↑ Rendtorff, N. D., Frodin, M., Attie-Bitach, T., Vekemans, M., Tommerup, N. Identification and characterization of an inner ear-expressed human melanoma inhibitory activity (MIA)-like gene (MIAL) with a frequent polymorphism that abolishes translation. Genomics 71: 40-52, 2001. [PubMed]: 11161796
- ↑ Robertson, N. G., Heller, S., Lin, J. S., Resendes, B. L., Weremowicz, S., Denis, C. S., Bell, A. M., Hudspeth, A. J., Morton, C. C. A novel conserved cochlear gene, OTOR: identification, expression analysis, and chromosomal mapping. Genomics 66: 242-248, 2000. [PubMed: 10873378.
Dopunska literatura
- Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, et al. (1995). "Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening". Genomics. 23 (1): 42–50. doi:10.1006/geno.1994.1457. PMID 7829101.
- Cohen-Salmon M, Frenz D, Liu W, et al. (2001). "Fdp, a new fibrocyte-derived protein related to MIA/CD-RAP, has an in vitro effect on the early differentiation of the inner ear mesenchyme". J. Biol. Chem. 275 (51): 40036–41. doi:10.1074/jbc.M002876200. PMID 10998416.
- Rendtorff ND, Frödin M, Attié-Bitach T, et al. (2001). "Identification and characterization of an inner ear-expressed human melanoma inhibitory activity (MIA)-like gene (MIAL) with a frequent polymorphism that abolishes translation". Genomics. 71 (1): 40–52. doi:10.1006/geno.2000.6409. PMID 11161796.
- Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- Zhang Z, Henzel WJ (2005). "Signal peptide prediction based on analysis of experimentally verified cleavage sites". Protein Sci. 13 (10): 2819–24. doi:10.1110/ps.04682504. PMC 2286551. PMID 15340161.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.