Polinukleotid-fosforilaza

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Jump to navigation Jump to search
Polinukleotid-fosforilaza
Crystal structure 1E3P.jpg
Identifikatori
EC broj 2.7.7.8
CAS broj 9014-12-4
baze podataka
IntEnz IntEnz pregled
BRENDA BRENDA odrednica
ExPASy NiceZyme pregled
KEGG KEGG odrednica
MetaCyc metabolički put
PRIAM profil
PDB strukture RCSB PDB PDBe PDBsum
Ontologija gena AmiGO / EGO

Polinukleotid-fosforilaza (PNPaza) je dvofunkcijski enzim sa fosforolitskom 3' ka 5' egzoribonukleaznom i 3'-terminalnom oligonukleotidnom polimeraznom aktivnošću.[1] Ona rastavlja RNK lanac, počevši od 3 'kraja prema 5' kraju. Stoga sintetizira duge, visoko heteropolimerne repove in vivo. Ovaj enzim čini u svim posmatranim preostalim poliadenilacijskim sojima Escherichia coli kojima nedostaje normalan poliadenilacijski enzim.[2] Severo Ochoa, otkro je 1951., RNK-polimerizacijsku aktivnost PNPaze i u početku vjerovao da je odgovorna za sintezu iRNK, ovisne o DNK; ovaj pojam je opovrgnut u kasnim 1950-im.[3][2]

Polinukleotid-fosforilaza je uključena preradu RNK i degradaciju kod bakterija, biljaka,[2][4] i ljudi.[5]

Kod ljudi, ovaj enzim je kodiran genom PNPT1. U svojom aktivnom obliku, kodirani protein je prstenaste strukture koja sadrtži tri molekule PNPaze. Svaka od njih sastoji se od dva RNaza PH domena, jedan vezan za S1 RNK i K-homologni domen. Protein se nalazi u bakterijama, hloroplastima[1] i mitohondrijama[6] nekih eukariotskih ćelija. Kod eukariota i archaea, postoje structurno i evolucijski srodni kompleksi, zvani egzosomi.[6] Ista skraćenica (PNPaza) također se upotrebljava i za drugi, inače nepovezani enzim, purin-nukleozid fosforilaza.

Modelni organizmi[uredi | uredi izvor]

Modelni organizmi su upotrebljeni u studiji funkcije PNPT1. Uvjetna nokout miš linija, pod nazivom Pnpt1tm1a(KOMP) Wtsi[11][12] was generated as part of the International Knockout Mouse Consortium program — a high-throughput mutagenesis project to generate and distribute animal models of disease to interested scientists.[13][14][15] Muška i ženske životinje prošle su standardizirani fenotipski snimak kako bi se utvrdili efekti delecije brisanja.[9][16]

Obavljeno je 26 testova na mutantima miševa, a uočene su dvije značajne abnormalnosti.[9] Niti jedan homozigotni mutantni embrion nije identificiran tokom trudnoće, a samim tim i nijedan preživjeli do odbijanje. Preostali testovi su izvedeni na heterozigotnim mutantima odraslih miševa; dodatne značajnije abnormalnosti nisu uočene u ovih životinja.[9][2]

Ljudska PNPaza I
Identifikatori
Simbol PNPaza
Alt. simboli PNPaza, OLD35, old-35
Entrez 87178
HUGO 23166
OMIM 610316
PDB 1E3P (RCSB PDB PDBe PDBj)
RefSeq NM_033109
UniProt Q8TCS8
Ostali podaci
EC broj 2.7.7.8
Lokus Chr. 2 p15

Također pogledajte[uredi | uredi izvor]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b Yehudai-Resheff S, Hirsh M, Schuster G (August 2001). "Polynucleotide phosphorylase functions as both an exonuclease and a poly(A) polymerase in spinach chloroplasts". Mol. Cell. Biol. 21 (16): 5408–16. PMC 87263. PMID 11463823. doi:10.1128/MCB.21.16.5408-5416.2001. 
  2. ^ a b c d Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8. 
  3. ^ http://www.jbc.org/content/281/15/e12.full.pdf
  4. ^ Yehudai-Resheff S, Zimmer SL, Komine Y, Stern DB (March 2007). "Integration of chloroplast nucleic acid metabolism into the phosphate deprivation response in Chlamydomonas reinhardtii". Plant Cell 19 (3): 1023–38. PMC 1867357. PMID 17351118. doi:10.1105/tpc.106.045427. 
  5. ^ Sarkar D, Fisher PB (May 2006). "Human polynucleotide phosphorylase (hPNPase old-35): an RNA degradation enzyme with pleiotrophic biological effects". Cell Cycle 5 (10): 1080–4. PMID 16687933. doi:10.4161/cc.5.10.2741. 
  6. ^ a b Schilders G, van Dijk E, Raijmakers R, Pruijn GJ (2006). "Cell and molecular biology of the exosome: how to make or break an RNA". Int. Rev. Cytol. 251: 159–208. PMID 16939780. doi:10.1016/S0074-7696(06)51005-8. 
  7. ^ "Salmonella infection data for Pnpt1". Wellcome Trust Sanger Institute. 
  8. ^ "Citrobacter infection data for Pnpt1". Wellcome Trust Sanger Institute. 
  9. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. 
  10. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  11. ^ "International Knockout Mouse Consortium". 
  12. ^ "Mouse Genome Informatics". 
  13. ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (June 2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature 474 (7351): 337–42. PMC 3572410. PMID 21677750. doi:10.1038/nature10163. 
  14. ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature 474 (7351): 262–3. PMID 21677718. doi:10.1038/474262a. 
  15. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell 128 (1): 9–13. PMID 17218247. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. 
  16. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism.". Genome Biol 12 (6): 224. PMC 3218837. PMID 21722353. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. 

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]