Razlika između verzija stranice "DEAH-kutijska helikaza 8"
| [pregledana izmjena] | [pregledana izmjena] |
Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj
Nova stranica: {{Infokutija gen}} '''DEAH-kujtijska helikaza 8''', jest protein/enzim koji je kod ljudi kodiran genom '''DHX8''' sa hromosoma 17. Ovaj protein je član porodice polipepti DEAH-kutije. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His).<ref>{{cite web|url=https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DHX8|title=DHX8 Gene - GeneCards {{!}} DHX8 Protein {{!}... oznaka: linkovi ka čvor-člancima |
m razne ispravke |
||
| Red 1: | Red 1: | ||
{{Infokutija gen}} |
{{Infokutija gen}} |
||
'''DEAH-kujtijska [[helikaza]] 8''', jest [[protein]]/[[enzim]] koji je kod [[ljudi]] [[kodon|kodiran]] [[gen]]om '''DHX8''' sa [[hromosom 17|hromosoma 17]]. Ovaj protein je član porodice polipepti [[DEAD/DEAH-kutijska helikaza|DEAH-kutije]]. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His).<ref>{{cite web|url=https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DHX8|title=DHX8 Gene - GeneCards {{!}} DHX8 Protein {{!}} DHX8 Antibody|website=www.genecards.org|access-date= |
'''DEAH-kujtijska [[helikaza]] 8''', jest [[protein]]/[[enzim]] koji je kod [[ljudi]] [[kodon|kodiran]] [[gen]]om '''DHX8''' sa [[hromosom 17|hromosoma 17]]. Ovaj protein je član porodice polipepti [[DEAD/DEAH-kutijska helikaza|DEAH-kutije]]. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His).<ref>{{cite web|url=https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DHX8|title=DHX8 Gene - GeneCards {{!}} DHX8 Protein {{!}} DHX8 Antibody|website=www.genecards.org|access-date=20. 10. 2019}}</ref> Širok spektar [[RNK]]-[[helikaza]] pripada ovoj porodici. Konkretno, DHX8 djeluje kao [[ATP]]-zavisna RNK-helikaza, uključena u [[splajsing]] i regulaciju oslobađanja prerađenih i[[RNK]] iz [[splajsosom]]a iz jedra.<ref>{{cite web |url= https://www.uniprot.org/uniprot/Q14562 |title=DHX8 - ATP-dependent RNA helicase DHX8 - Homo sapiens (Human) - DHX8 gene & protein| work = UniProt |access-date=20. 10. 2019 }}</ref> Objavljene studije su pokazale posljedice [[mutacija]] DHX8, aneke od njih su kritične za biološke procese kao što je [[hematopoeza]] i povezane su s nekim bolestima..<ref name = "English_2012">{{cite journal | vauthors = English MA, Lei L, Blake T, Wincovitch SM, Sood R, Azuma M, Hickstein D, Liu PP | display-authors = 6 | title = Incomplete splicing, cell division defects, and hematopoietic blockage in dhx8 mutant zebrafish | journal = Developmental Dynamics | volume = 241 | issue = 5 | pages = 879–89 | date = maj 2012 | pmid = 22411201 | pmc = 3328592 | doi = 10.1002/dvdy.23774 }}</ref><ref name = "Dziuba_2012">{{cite journal | vauthors = Dziuba N, Ferguson MR, O'Brien WA, Sanchez A, Prussia AJ, McDonald NJ, Friedrich BM, Li G, Shaw MW, Sheng J, Hodge TW, Rubin DH, Murray JL | display-authors = 6 | title = Identification of cellular proteins required for replication of human immunodeficiency virus type 1 | journal = AIDS Research and Human Retroviruses | volume = 28 | issue = 10 | pages = 1329–39 | date = oktobar 2012 | pmid = 22404213 | pmc = 3448097 | doi = 10.1089/aid.2011.0358 }}</ref> |
||
==Aminokiselinska sekvenca== |
==Aminokiselinska sekvenca== |
||
Dužina [[polipeptid]]nog lanca je 1.220 [[aminokiselina]], a [[molekularna masa|molekulska težina]] 139.315 [[Dalton (jedinica)|Da]]. |
Dužina [[polipeptid]]nog lanca je 1.220 [[aminokiselina]], a [[molekularna masa|molekulska težina]] 139.315 [[Dalton (jedinica)|Da]].<ref name="UniProt">{{cite web|url=http://www.uniprot.org/uniprot/Q14562#sequences |title=UniProt, Q14562 |language=en |access-date=7. 1. 2022}}</ref> |
||
{{legenda aminokiselina}} |
{{legenda aminokiselina}} |
||
<table style="font-family:monospace;"> |
<table style="font-family:monospace;"> |
||
| Red 33: | Red 33: | ||
<tr style="background-color: #eee;"><td>LYNRYEEPNA</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>WRISRAFRRR</td></tr> |
<tr style="background-color: #eee;"><td>LYNRYEEPNA</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>WRISRAFRRR</td></tr> |
||
</table> |
</table> |
||
== Struktura == |
== Struktura == |
||
[[slika:Protein Sequence.jpg|thumb|left|Aminokiselinska sekvenca |
[[slika:Protein Sequence.jpg|thumb|left|Aminokiselinska sekvenca DHX8 i njegova [[sekundarna struktura]].<ref name="Felisberto-Rodrigues_2019"/>]] |
||
Protein DHX8 je dio [[proteinski kompleks|proteinskog kompleksa]] zvanog [[splajsosom]], koji je zadužen za preradu pre-iRNK. Splajsosom ima osam glavnih funkcionalnih stanja, svako sa različitim sastavom i strukturom; pet od osam stanje je strukturno okarakterisano.<ref>{{cite journal | vauthors = Zhang X, Zhan X, Yan C, Zhang W, Liu D, Lei J, Shi Y | title = Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon | journal = Cell Research | volume = 29 | issue = 4 | pages = 274–285 | date = |
Protein DHX8 je dio [[proteinski kompleks|proteinskog kompleksa]] zvanog [[splajsosom]], koji je zadužen za preradu pre-iRNK. Splajsosom ima osam glavnih funkcionalnih stanja, svako sa različitim sastavom i strukturom; pet od osam stanje je strukturno okarakterisano.<ref>{{cite journal | vauthors = Zhang X, Zhan X, Yan C, Zhang W, Liu D, Lei J, Shi Y | title = Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon | journal = Cell Research | volume = 29 | issue = 4 | pages = 274–285 | date = april 2019 | pmid = 30728453 | pmc = 6461851 | doi = 10.1038/s41422-019-0143-x }}</ref> |
||
DHX8 ima različite domene: [[S1-domen|S1-RNK vezujući domen]] (DEAD/DEAH kutija), helikazni konzervirani [[C-terminal]]ni domen, domen povezan s helikazom (HA2) i [[oligonukleotid]]/[[oligosaharid]]-vezujući OB)- preklopni domen (svaki prerađen sa unutrašnje poremećenim regijana).<ref>{{cite web |url= http://pfam.xfam.org/protein/Q14562 |title=Protein: DHX8_HUMAN (Q14562) |work=Pfam }}</ref> |
DHX8 ima različite domene: [[S1-domen|S1-RNK vezujući domen]] (DEAD/DEAH kutija), helikazni konzervirani [[C-terminal]]ni domen, domen povezan s helikazom (HA2) i [[oligonukleotid]]/[[oligosaharid]]-vezujući OB)- preklopni domen (svaki prerađen sa unutrašnje poremećenim regijana).<ref>{{cite web |url= http://pfam.xfam.org/protein/Q14562 |title=Protein: DHX8_HUMAN (Q14562) |work=Pfam }}</ref> |
||
| Red 52: | Red 51: | ||
== Funkcija == |
== Funkcija == |
||
DHX8 je lokalizovan u ćelijskom jedu i stimuliran prisustvom [[RNK]]. Ovaj protein je komponenta splajsosoma, tako da učestvuje u [[prerada RNK|pereradipre-iRNK]].<ref name="Felisberto-Rodrigues_2019">{{PDB|6HYU}}; {{cite journal | vauthors = Felisberto-Rodrigues C, Thomas JC, McAndrew C, Le Bihan YV, Burke R, Workman P, van Montfort RL | title = Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release | journal = The Biochemical Journal | volume = 476 | issue = 18 | pages = 2521–2543 | date = |
DHX8 je lokalizovan u ćelijskom jedu i stimuliran prisustvom [[RNK]]. Ovaj protein je komponenta splajsosoma, tako da učestvuje u [[prerada RNK|pereradipre-iRNK]].<ref name="Felisberto-Rodrigues_2019">{{PDB|6HYU}}; {{cite journal | vauthors = Felisberto-Rodrigues C, Thomas JC, McAndrew C, Le Bihan YV, Burke R, Workman P, van Montfort RL | title = Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release | journal = The Biochemical Journal | volume = 476 | issue = 18 | pages = 2521–2543 | date = septembar 2019 | pmid = 31409651 | doi = 10.1042/BCJ20190383 | doi-access = free }}</ref> Splajsing je proces spajanja [[egzon]]a iz [[primarni transkript|primarnih transkripata]] [[iRNK]] i eliminacije [[intron]]skih sekvenci, pomoću splajsosomnog mehanizma, tako da je proizvedena iRNK bez introna, koja se sastoji isključivo od spojenih egzona.<ref>{{cite web|url=https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/GO:0000398|title=mRNA splicing, via spliceosome |url-status=live | work = Gene Ontology and GO Annotations | publisher = European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)}}</ref> Prerada se završava rastavljanjem splajsosomnog kompleksa i oslobađanjem rezultirajućih zrelih RNK-a do vanjskog dijela jedra, ovisno o [[ATP]]-u.<ref>{{cite web |url= https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/GO:0000390 |title=Spliceosomal Complex Disassembly |url-status=live | work = Gene Ontology and GO Annotations | publisher = European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) }}</ref> Splajsosom zahtijeva konformacijske promjene da bi mogao katalizirati reakcije spajanja i kasnije zrelih iRNK koje se oslobađaju na vanjski dio jedra. Jedna od ATP-ovisnih helikaza potrebnih za ove konformacijske promjene je DHX8. Nadalje, DHX8 ima ključnu ulogu u oslobađanju, olakšavanju jedarnog eksporta prerađene iRNK. Karakterizacija proteina je pokazala da DHX8 ima prednost vezanja za RNK bogate [[adenin]]om. Ovo vezivanje je praćeno hidrolizom ATP-a i time oslobađanjem [[ADP]]-a.<ref name="Felisberto-Rodrigues_2019" />{{clear}} |
||
== Reference == |
== Reference == |
||
| Red 60: | Red 59: | ||
* {{PDBe-KB2|Q14562|ATP-dependent RNA helicase DHX8}} |
* {{PDBe-KB2|Q14562|ATP-dependent RNA helicase DHX8}} |
||
{{enzimi}} |
{{enzimi}} |
||
[[Kategorija:Geni na hromosomu 17]] |
[[Kategorija:Geni na hromosomu 17]] |
||
[[Kategorija:Enzimi]] |
[[Kategorija:Enzimi]] |
||
[[Kategorija:Ljudski proteini]] |
|||
[[Kategorija:Proteomika]] |
|||
Trenutna verzija na dan 12 januar 2022 u 14:30
DEAH-kujtijska helikaza 8, jest protein/enzim koji je kod ljudi kodiran genom DHX8 sa hromosoma 17. Ovaj protein je član porodice polipepti DEAH-kutije. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His).[5] Širok spektar RNK-helikaza pripada ovoj porodici. Konkretno, DHX8 djeluje kao ATP-zavisna RNK-helikaza, uključena u splajsing i regulaciju oslobađanja prerađenih iRNK iz splajsosoma iz jedra.[6] Objavljene studije su pokazale posljedice mutacija DHX8, aneke od njih su kritične za biološke procese kao što je hematopoeza i povezane su s nekim bolestima..[7][8]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 1.220 aminokiselina, a molekulska težina 139.315 Da.[9]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAVAVAMAGA | LIGSEPGPAE | ELAKLEYLSL | VSKVCTELDN | HLGINDKDLA | ||||
| EFVISLAEKN | TTFDTFKASL | VKNGAEFTDS | LISNLLRLIQ | TMRPPAKPST | ||||
| SKDPVVKPKT | EKEKLKELFP | VLCQPDNPSV | RTMLDEDDVK | VAVDVLKELE | ||||
| ALMPSAAGQE | KQRDAEHRDR | TKKKKRSRSR | DRNRDRDRDR | ERNRDRDHKR | ||||
| RHRSRSRSRS | RTRERNKVKS | RYRSRSRSQS | PPKDRKDRDK | YGERNLDRWR | ||||
| DKHVDRPPPE | EPTIGDIYNG | KVTSIMQFGC | FVQLEGLRKR | WEGLVHISEL | ||||
| RREGRVANVA | DVVSKGQRVK | VKVLSFTGTK | TSLSMKDVDQ | ETGEDLNPNR | ||||
| RRNLVGETNE | ETSMRNPDRP | THLSLVSAPE | VEDDSLERKR | LTRISDPEKW | ||||
| EIKQMIAANV | LSKEEFPDFD | EETGILPKVD | DEEDEDLEIE | LVEEEPPFLR | ||||
| GHTKQSMDMS | PIKIVKNPDG | SLSQAAMMQS | ALAKERRELK | QAQREAEMDS | ||||
| IPMGLNKHWV | DPLPDAEGRQ | IAANMRGIGM | MPNDIPEWKK | HAFGGNKASY | ||||
| GKKTQMSILE | QRESLPIYKL | KEQLVQAVHD | NQILIVIGET | GSGKTTQITQ | ||||
| YLAEAGYTSR | GKIGCTQPRR | VAAMSVAKRV | SEEFGCCLGQ | EVGYTIRFED | ||||
| CTSPETVIKY | MTDGMLLREC | LIDPDLTQYA | IIMLDEAHER | TIHTDVLFGL | ||||
| LKKTVQKRQD | MKLIVTSATL | DAVKFSQYFY | EAPIFTIPGR | TYPVEILYTK | ||||
| EPETDYLDAS | LITVMQIHLT | EPPGDILVFL | TGQEEIDTAC | EILYERMKSL | ||||
| GPDVPELIIL | PVYSALPSEM | QTRIFDPAPP | GSRKVVIATN | IAETSLTIDG | ||||
| IYYVVDPGFV | KQKVYNSKTG | IDQLVVTPIS | QAQAKQRAGR | AGRTGPGKCY | ||||
| RLYTERAYRD | EMLTTNVPEI | QRTNLASTVL | SLKAMGINDL | LSFDFMDAPP | ||||
| METLITAMEQ | LYTLGALDDE | GLLTRLGRRM | AEFPLEPMLC | KMLIMSVHLG | ||||
| CSEEMLTIVS | MLSVQNVFYR | PKDKQALADQ | KKAKFHQTEG | DHLTLLAVYN | ||||
| SWKNNKFSNP | WCYENFIQAR | SLRRAQDIRK | QMLGIMDRHK | LDVVSCGKST | ||||
| VRVQKAICSG | FFRNAAKKDP | QEGYRTLIDQ | QVVYIHPSSA | LFNRQPEWVV | ||||
| YHELVLTTKE | YMREVTTIDP | RWLVEFAPAF | FKVSDPTKLS | KQKKQQRLEP | ||||
| LYNRYEEPNA | WRISRAFRRR |
Struktura[uredi | uredi izvor]
Protein DHX8 je dio proteinskog kompleksa zvanog splajsosom, koji je zadužen za preradu pre-iRNK. Splajsosom ima osam glavnih funkcionalnih stanja, svako sa različitim sastavom i strukturom; pet od osam stanje je strukturno okarakterisano.[11]
DHX8 ima različite domene: S1-RNK vezujući domen (DEAD/DEAH kutija), helikazni konzervirani C-terminalni domen, domen povezan s helikazom (HA2) i oligonukleotid/oligosaharid-vezujući OB)- preklopni domen (svaki prerađen sa unutrašnje poremećenim regijana).[12]
Postoje neke regije proteina koji su veoma važne za njegovu aktivnost, kao što je R620 i regioni sa kukom i zaokretom. Također, DHX8Δ547 je katalitskki aktivno jezgro proteina DHX8. Sastoji se od dva RecA domena i C-terminalnog WH, ustavljački OB-nabrani domena i N-terminalnu regiju.[10]
Ukupna težina DHX8 strukture je 156580,13 Da.
- 36% alfa-heliksa: 26 heliksa i 246 ostataka
- 16% beta-listova: 29 lanaca i 110 ostataka.[10]
Funkcija[uredi | uredi izvor]
DHX8 je lokalizovan u ćelijskom jedu i stimuliran prisustvom RNK. Ovaj protein je komponenta splajsosoma, tako da učestvuje u pereradipre-iRNK.[10] Splajsing je proces spajanja egzona iz primarnih transkripata iRNK i eliminacije intronskih sekvenci, pomoću splajsosomnog mehanizma, tako da je proizvedena iRNK bez introna, koja se sastoji isključivo od spojenih egzona.[13] Prerada se završava rastavljanjem splajsosomnog kompleksa i oslobađanjem rezultirajućih zrelih RNK-a do vanjskog dijela jedra, ovisno o ATP-u.[14] Splajsosom zahtijeva konformacijske promjene da bi mogao katalizirati reakcije spajanja i kasnije zrelih iRNK koje se oslobađaju na vanjski dio jedra. Jedna od ATP-ovisnih helikaza potrebnih za ove konformacijske promjene je DHX8. Nadalje, DHX8 ima ključnu ulogu u oslobađanju, olakšavanju jedarnog eksporta prerađene iRNK. Karakterizacija proteina je pokazala da DHX8 ima prednost vezanja za RNK bogate adeninom. Ovo vezivanje je praćeno hidrolizom ATP-a i time oslobađanjem ADP-a.[10]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000067596 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034931 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "DHX8 Gene - GeneCards | DHX8 Protein | DHX8 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 20. 10. 2019.
- ^ "DHX8 - ATP-dependent RNA helicase DHX8 - Homo sapiens (Human) - DHX8 gene & protein". UniProt. Pristupljeno 20. 10. 2019.
- ^ English MA, Lei L, Blake T, Wincovitch SM, Sood R, Azuma M, et al. (maj 2012). "Incomplete splicing, cell division defects, and hematopoietic blockage in dhx8 mutant zebrafish". Developmental Dynamics. 241 (5): 879–89. doi:10.1002/dvdy.23774. PMC 3328592. PMID 22411201.
- ^ Dziuba N, Ferguson MR, O'Brien WA, Sanchez A, Prussia AJ, McDonald NJ, et al. (oktobar 2012). "Identification of cellular proteins required for replication of human immunodeficiency virus type 1". AIDS Research and Human Retroviruses. 28 (10): 1329–39. doi:10.1089/aid.2011.0358. PMC 3448097. PMID 22404213.
- ^ "UniProt, Q14562" (jezik: engleski). Pristupljeno 7. 1. 2022.
- ^ a b c d e PDB 6HYU; Felisberto-Rodrigues C, Thomas JC, McAndrew C, Le Bihan YV, Burke R, Workman P, van Montfort RL (septembar 2019). "Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release". The Biochemical Journal. 476 (18): 2521–2543. doi:10.1042/BCJ20190383. PMID 31409651.
- ^ Zhang X, Zhan X, Yan C, Zhang W, Liu D, Lei J, Shi Y (april 2019). "Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon". Cell Research. 29 (4): 274–285. doi:10.1038/s41422-019-0143-x. PMC 6461851. PMID 30728453.
- ^ "Protein: DHX8_HUMAN (Q14562)". Pfam.
- ^ "mRNA splicing, via spliceosome". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).
- ^ "Spliceosomal Complex Disassembly". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).