Proser1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Proser1
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviHomoloGene: 13463 GeneCards: [1]
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za Proser1
Genomska lokacija za Proser1
Bend3|3 CPočetak53,371,087 bp
Kraj53,389,176 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija molecular function
Ćelijska komponenta ćelijska komponenta
Biološki proces GO:0022610 biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_173382

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_775558

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 3: 53.37 – 53.39 Mbn/a
PubMed pretraga[1]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

PROSER1 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER1 sa hromosoma 13.[2]

Nomenklatura[uredi | uredi izvor]

PROSER1 ima nekoliko alijasa: C13orf23, KIAA2032 i protein bogat prolinom i serinom 1.[3] [4]

Gen[uredi | uredi izvor]

Lokasija gena PROSER1 na hromosomu 13.

Lokacija[uredi | uredi izvor]

PROSER1 nalazi se na negativnom (obrnutom) lancu hromosoma 13 na poziciji 13q13.3. Proteže se od 39,009.865 baznih parova od ptera do 39,038.095 bp od ptera, sa veličinom od 28.231 baze [5] U neprerfađenom primarnom traskriptu PROSER1 ima ukupno 13 egzona iRNK od 5,185 bp. Ima dvije izoforme, obje u rfasponu od 5.000 bp.[6]

Gensko susjedstvo[uredi | uredi izvor]

Geni STOML3 i NHLRC3 susedni su sa PROSER1 na hromosomu 13.[7]

Tkivna distribucija[uredi | uredi izvor]

Dijagram nivoa ekspresije PROSER1 u različitim dijelovima ljudskog tijela.

Mapiranje ekspresije ekspresije PROSER1 pokazuje da ima posebno visoku ekspresiju u limfnom, embrionskom tkivu, timusu i maternici. Ima umjerenu ekspresiju u sjemenicima, larinksu, nervima, krvi i mjestima masnog tkiva.[8] Prema Atlasu ljudskih proteina, PROSER1 ima opću citoplazmatsku ekspresiju i eksprimiran je u svim kategorijama tkivne RNK.[9]

Homologija[uredi | uredi izvor]

Paralozi[uredi | uredi izvor]

PROSER1 nema paraloge.[10]

Ortolozi[uredi | uredi izvor]

PROSER1 je visoko konzerviran među sisarima. Manje je konzerviran, iako je pronađen kod riba, ptica i nekih beskičmenjaka. Ne eksprimira se u bakterijama, biljkama ili gljivama.[11] Prikaz ortologa u donjoj tabeli je prema NCBI-u.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje of divergencije (od H. sapiens) u milionima godina Prostupni broj Dužina proteinske sekvence (broj aminokiselina) Identitet sekvence Sličnost sekvence
Homo sapiens Čovjek NP_079414.3 944
Gorilla gorilla Gorila 8,9 XP_004054459 994 99% 99%
Colobus angolensis palliatus Angolski kolobus 29,1 XP_011798372 947 97% 97%
Nannospalax galili Spalaks 90.9 MYA XP_008847583 916 aa 80% 85%
Cricetulus griseus Kineski hrčak 90.9 MYA XP_007626898 912 aa 79% 84%
Panthera tigris altaica Sibirski tigar 975 XP_007097793 665 85% 89%
Acinonyx jubatus Gepard 97,5 XP_014926409 770 79% 83%
Tursiops truncatus Obični boconosi delfin 975 XP_004332367 1064 77% 83%
Ornithorhynchus anatinus Kljunar 179,2 XP_007666895 888 69% 74%
Chelonia mydas Zelena morska kornjača 320,5 XP_007070970 936 75% 83%
Pygoscelis adeliae Adeli pingvin 320,5 XP_009318201 938 75% 83%
Calidris (philomachus) pugnax Grgeč 320,5 XP_014821534 899 74% 83%
Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 320,5 XP_008175998 825 73% 82%
Aquila chrysaetos canadensis Zlatni orao 320,5 XP_011579121 916 73% 81%
Alligator sinensis Kineski aligator 320,5 XP_014376376 940 72% 81%
Gekko japonicus Japanski gekon 320,5 XP_015281837 1053 65% 75%
Python bivittatus Mjanmarski piton 320,5 XP_007438154 924 65% 75%
Anolis carolinensis Karolinska anola 320,5 XP_008124125 920 64% 75%
Xenopus tropicalis Zapadna kanžasta žaba 355,7 XP_012813331 944 51% 63%
Lepisosteus oculatus Pjegava riba gar 429,6 XP_015197497 885 47% 58%
Callorhinchus milii Australijska duh-ajkula 482,9 XP_007889503 965 64% 75%

Protein[uredi | uredi izvor]

Opća svojstva[uredi | uredi izvor]

Prevedeni PROSER1 protein ima 944 aminokiseline. Njegova predviđena molekulska težina je 95,7 kdal.[12] PROSER1 ima izoelektričnu tački od 9[13], a nalazi se u jedru.[14]

Kompozicija[uredi | uredi izvor]

Sekvenca je bogata prolinom i serinom i nije posebno niska u bilo kojoj drugoj aminokiselini.

Domeni[uredi | uredi izvor]

PROSER1 sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF 4476, dio pfam14771. DUF se proteže od 26 do 26 121 aminokiseline.[2] Molekulska težina DUF 4476 je 11,1 kdal.

Detalji lokacije DUF 4476 na PROSER1.

Sekundarna struktura[uredi | uredi izvor]

aPROSER1 se sastoji prvenstveno od alfa-heliks, beta-listova i zavojnica. Protein je u velikoj mjeri umotan. DUF se sastoji uglavnom od alfa-heliksa i zavojnica. Ima nešto manje beta-listova u odnosu na protein u cjelini.[15]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  2. ^ "GeneCards". Human Gene Database.
  3. ^ "BioCompare". BioCompare.
  4. ^ "Ensembl". Ensembl.
  5. ^ "GeneCards". Human Gene Database.
  6. ^ "NCBI Gene". NCBI.
  7. ^ "NCBI Gene". NCBI.
  8. ^ "Uniprot". Uniprot.
  9. ^ "Tissue Atlas". The Human Protein Atlas.
  10. ^ "Ensembl". Ensembl.
  11. ^ "Ensembl". Ensembl.
  12. ^ "Uniprot". Uniprot.
  13. ^ "Expasy". Expasy.
  14. ^ "PSORT II Prediction". PSORT II.
  15. ^ "SDSC Biology Workbench". SDSC.