ZC3H12B
| ZC3H12B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | ZC3H12B | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 300889 MGI: 2442133 HomoloGene: 19395 GeneCards: ZC3H12B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr X: 65.37 – 65.51 Mb | Chr X: 94.76 – 94.98 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
ZC3H12B, znan i kao CXorf32 ili MCPIP2, je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZC3H12B, lociranom na poziciji Xq12.
Gen
[uredi | uredi izvor]Gen ZC3H12B sadrži 19.709 baznih parova (bp), sa pet egzona. Nalazi se na X-hromosomu na poziciji q12 plus-lanca .
ZC3H12B sadrži domen ribonukleaza, kao i cinkov domen cinkovog prsta CCCH tipa. Ribonukleaze (RNaze) razgrađuju RNK i uključene su u proces sazrijevanja RNK. One su također linija obrane od virusne RNK. Cinkovi prsti tipa CCCH povezani su s destabilizacijom iRNK. Pokazalo se da cinkovi prsti tipa CCCH okreću iRNK, bez uklanjanja PolyA repa. ZC3H12B i njegovi paralozi ZC3H12A, ZC3H12C i ZC3H12D sadrže cink-domene cinkovih prstiju tipa CCCH, koji su povezani s ćelijskim ciklusom i faznim prijelazima u eukariota (InterPro).
Promotor
[uredi | uredi izvor]Program Genomatix ElDorado predvidio je promotor od 601 bp uzvodno od gena ZC3H12B, sa više mjesta vezanja za faktor transkripcije, uključujući jedarni faktor aktiviranih T-ćelija i protein cinkovog prsta MOK-2, povezan s ribonukleoproteinom (poznat i kao ZNF239.
Predviđeno mjesto vezanja transkripcijskog faktora i promotoru ZC3H12B-a.
iRNK
[uredi | uredi izvor]ZC3H12B sadrži iRNK sa 7.273 bp. Aceview ima samo jedan predviđeni transkript. Nisu predviđeni oblici presavijanja (Mfold). Postoje za introne izrezane pomoću enzima ZC3H12B.ZC3H12B
Prikaz predviđene signalne varijante RNK u ZC3H12B.
Protein
[uredi | uredi izvor]ZC3H12B je vjerovatna ribonukleaza koja sadrži CCCH-domen cinkova domena i ribonukleazu.
Aminokiselinski, protein 836 ima predviđenu molekulsku težinu od 94,2 kdal. Ne sadrži signalni peptid ili transmembransku regiju. Program PSORTII je predvidio 65,2% vjerovatnoće za jedarnu lokaciju. Cinkovi prsti i ribonukleaze tipa CCCH smješteni su u jezgru za cijepanje RNK, a posebno cijepanje ukosničke RNK.
Strukturna obilježja
[uredi | uredi izvor]Sekundarna struktura proteina mješavina je alfa-heliksa i beta-listova. Do sada identificirana dva domena su domeni cinkovih prstiju tipa ribonukleaze i CCCH.
Dolje je prikazana konzervirani domen paraloga ZC3H12B, Mcpip1 (ili ZC3H12A). U poređenju sa BLAST-strukturom, bilo je 82% podudaranja identiteta sa 24% pokrivenosti upita, s predviđenom e-vrijednošću 2e-118.
Cn3D prikaz konzerviranog domena Mcpip1, sa motivom cinkovog prsta
Fobijev program je predvidio lokaciju necitoplazmatskih proteina. NetPhos 2.0. predvidio 63 mjesta fosforilacije u ZC3H12B, koja su označena na konceptnom prijevodu. YinOYang1.2. predvidio je tri mjesta vezanja za 0-Beta-GlcNAc, koja se natječu sa mjestima za fosforilaciju. 0-Beta-GlcNAc je vjerovatno jedini tip glikozilacije koji se javlja u ćelijskom jedrui i/ili citoplazmi . Primjetna je veza između aktivacije antigena u limfocitima i dinamičke 0-B-glikozilacije u jedarnim proteinima. NetNGlyc je predvidio mjesta glikozilacije; međutim, ta mjesta su isključena, jer je protein vjerojatno jedarni i ne bi prošao ovaj oblik glikozilacije. Nije bilo predviđenih mjesta acetilacije na N-kraju proteina. To je neobično, jer se približno 85% ljudskih proteina acetilira na N kraju za sintezu, stabilizaciju i lokalizaciju proteina. Nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih nakupina naboja. Nisu otkriveni hidrofobni segmenti (SAPS SDSC Biology Workbench). Program MitoProtII nije otkrio nikakve signale za iznošenje mitohondrija. Ovi post-translacijski testovi sugeriraju da se protein nalazi u jedru i podvrgava se dinamičkoj fosforilaciji i 0-Beta-GlcNAc modifikacijama.
Evolucija
[uredi | uredi izvor]Odabrani domeni ZC3H12B konzervirani su u većini kičmenjaka, člankonožaca i člankovitih glista. Ne postoje konzervirani domeni u domenima bakterija ili arheja. Nije bilo značajnih konzerviranih domena kod kvasca, biljaka ili protista.
Paralozi
[uredi | uredi izvor]Postoje tri paraloga ZC3H12B, koji se nalaze u istoj porodici cinkovih prstiju tipa CCCH, a svi oni održavaju više od 50% identiteta ZC3H12B, na osnovu BLAST analize (NCBI)
| Ime | VrstA | Pristupni broj za NCBI | Dužina (AA) | Proteinsi identitet |
|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | Homo sapiens | NM_001010888.3 | 836aa | 100% |
| ZC3H12A | Homo sapiens | NM_025079.2 | 599aa | 68% |
| ZC3H12C | Homo sapiens | NM_033390.1 | 883aa | 53% |
| ZC3H12D | Homo sapiens | NM_207360.2 | 527aa | 61% |
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]ZC3H12B je konzerviran kod sisara, ptica, insekata i nematoda (BLAST). U tabeli ispod je sažetak ortologa ZC3H12B kod ljudi.
| Vrsta | Uobičajeno ime | Divergencija (prije miliona godina) | Pristupni broj za NCBI (protein) | Dućina (aminokiselina) | Proteinski identiget | Sličnost | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | n/a | NP_001010888.3 | 836aa | 100% | 100% | |
| Pan paniscus | Čimpanza | 6.3 | XP_003816967.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Pongo abelii | Orangutan | 15.7 | XP_002831786.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Macaca mulatta | Rezus majmun | 29 | XP_002806307.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Callithrix jacchus | Marmozet | 42.6 | XP_002762992.2 | 836aa | 98% | 98% | |
| Mus musculus | Miš | 92.3 | NP_001030079.2 | 835aa | 91% | 94% | |
| Sus scrofa | Svinja | 94.2 | XP_003360389.1 | 836aa | 93% | 96% | |
| Gallus gallus | Kokoš | 296 | XP_003641177.1 | 837aa | 77% | 85% | |
| Chrysemys picta bellii | Pjegava kornjača | 296 | XP_005279572.1 | 838aa | 78% | 86% | |
| Oryzias latipes | Medaka | 400.1 | XP_004076599.1 | 845aa | 67% | 77% | |
| Gadus morhua | Atlantski bakalar | 400.1 | AFK76491.1 | 842aa | 29% | 44% | |
| Danio rerio | Zebrica | 400.1 | XP_001342172.3 | 982aa | 68% | 77% | |
| Petromyzon marinus | Lampetra | 535.7 | ABO21295.1 | 222aa | 44% | 58% | |
| Branchiostoma floridae | Kopljača | 713.2 | XP_002598834.1 | 492aa | 66% | 79% | |
| Ciona intestinalis | Peharasta tunikata | 722.5 | XP_002125834.1 | 863aa | 54% | 66% | |
| Strongylocentrotus purpuratus | Purpurni morski jež | 742.9 | XP_787030.3 | 974aa | 58% | 72% | |
| Aplysiomorpha californica | Morski zec | 782.7 | XP_005113312.1 | 1269aa | 51% | 69% | |
| Drosophila grimshawi | Hawaiiska voćna mušica | 782.7 | XP_001994140.1 | 548aa | 51% | 69% | |
| Anopheles gambiae | Komarac | 782.7 | XP_321880 | 637aa | 59% | 75% | |
| Apis mellifera | Medonosna pčela[ | 782.7 | XP_397264 | 652aa | 58% | 73% | |
| Caenorhabditis elegans | Obla glista (nematoda) | 937.5 | NP_491985.4 | 634aa | 46% | 64% |
Ekspresija i funkcija
[uredi | uredi izvor]Mikrfomreža u normalnom profiliranju ekspresije tkiva pokazuje povećanu ekspresiju gena u pankreasu, prostati, mozgu, kičmenoj moždini i timusu (GEO). Za razliku od paraloga, on nije izražen u tkivima aktiviranim makrofazima, što ukazuje na paralognu vezu sa upalnim odgovorom. ZC3H12B se privremeno eksprimira u tkivima mozga, timusa i testisa (EST).
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Predviđene interakcije po Ingenuity Systems-u nisu pokazale molekule koji ciljaju lijek u putu i niti jednu poznatu metu lijeka. Navedene glavne funkcije i bolesti bili su rak, ozljede organizma i abnormalnosti, bolest reproduktivnog sistema. Predviđeno je nekoliko interakcija miRNK. Predviđene ciljeve miRNK tek treba uskladiti sa sekvencom ZC3H12B, a nejasno je postoji li interakcija između njih. Testovi poput Forsterovog rezonantnog prijenosa energije (FRET), ko-imunooprecipitacije, dvo-hibridne selekcije, hidropatske komplementarnosti, klaster-mikro-sekvence i ChiP-a mogli bi se koristiti u budućnosti za ispitivanje novih interakcija proteina/hromatina sa ZC3H12B.
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Delecije lokusa Xq12 rezultirale su u nekoliko poremećaja kao što su neosjetljivost na androgen, osjetljivost na rak prostate, kičmena i bulbusna mišićna atrofija i Kennedyjevu mentalnu retardaciju; međutim, nije pronađena veza između ovih bolesti i ZC3H12B (NCBI).
Reference
[uredi | uredi izvor]- 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102053 - Ensembl, maj 2017
- 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035045 - Ensembl, maj 2017
- ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Liang J, Wang J, Azfer A, Song W, Tromp G, Kolattukudy PE, Fu M (mart 2008). "A novel CCCH-zinc finger protein family regulates proinflammatory activation of macrophages". The Journal of Biological Chemistry. 283 (10): 6337–46. doi:10.1074/jbc.m707861200. PMID 18178554.
- Van Damme P, Hole K, Pimenta-Marques A, Helsens K, Vandekerckhove J, Martinho RG, Gevaert K, Arnesen T (juli 2011). "NatF contributes to an evolutionary shift in protein N-terminal acetylation and is important for normal chromosome segregation". PLoS Genetics. 7 (7): e1002169. doi:10.1371/journal.pgen.1002169. PMC 3131286. PMID 21750686.