RMND5B
| RMND5B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | RMND5B | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1913339 HomoloGene: 100777 GeneCards: RMND5B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 5: 178.13 – 178.15 Mb | Chr 11: 51.51 – 51.53 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Homolog 5 mejotske diobe jedra 5 (S. cerevisiae), znan i kao RMND5B, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RMND5B sa hromosoma 5.[5] Ima domen cinkovog prsta i visoko je konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima.
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Ovaj protein je bogat leucinom (14,0%) i može pripadati porodici proteina ponavljanja bogata leucinom.
Dužina polipeptidnog lanca je 393 aminokiseline, а molekulska težina 44.414 Da.[6]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEQCACVERE | LDKVLQKFLT | YGQHCERSLE | ELLHYVGQLR | AELASAALQG | ||||
| TPLSATLSLV | MSQCCRKIKD | TVQKLASDHK | DIHSSVSRVG | KAIDRNFDSE | ||||
| ICGVVSDAVW | DAREQQQQIL | QMAIVEHLYQ | QGMLSVAEEL | CQESTLNVDL | ||||
| DFKQPFLELN | RILEALHEQD | LGPALEWAVS | HRQRLLELNS | SLEFKLHRLH | ||||
| FIRLLAGGPA | KQLEALSYAR | HFQPFARLHQ | REIQVMMGSL | VYLRLGLEKS | ||||
| PYCHLLDSSH | WAEICETFTR | DACSLLGLSV | ESPLSVSFAS | GCVALPVLMN | ||||
| IKAVIEQRQC | TGVWNHKDEL | PIEIELGMKC | WYHSVFACPI | LRQQTSDSNP | ||||
| PIKLICGHVI | SRDALNKLIN | GGKLKCPYCP | MEQNPADGKR | IIF |
Homologija[uredi | uredi izvor]
CAD28476 je visoko konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima, što sugerira da ima primarnu ulogu u mejozi tj. u transgeneracijskom nasljeđivanju.
Ortolozi[uredi | uredi izvor]
| Taksonomsko ime | Uobičajeno ime | Pristup bazi NCBI | Postotak sličnosti sekvence | Dužina (A–A) | Komentar |
| Homo sapiens | Čovjek | [1] | 100% | 393 | Pretpostavljeni protein za mejozu |
| Pan troglodytes | Obični čimpanza | [2] | 99,7% | 393 | Homolog B potreban za mejotsku diobu fedra izoforma 5 |
| Macaca mulatta | Rezus-makak | [3] | 98,5% | 393 | Sličan izoformi 11 CG3295-PA |
| Rattus norvegicus | Smeđi pacov | [4] | 98,2% | 393 | Sličan RIKEN cDNK 0610039K22 |
| Mus musculus | Kućni miš | [5] | 97,7% | 393 | Homolog B potreban za mejotsku diobu jedra Requ 5 |
| Equus caballus | Konj | [6] | 97,7% | 273 | PREDICTED: Sličan homologu B |
| Bos taurus | Govedo | [7] | |||
| Danio rerio | Zebrica | [8] | 72,8% | 391 | Homolog B potrebnom za mejotsku diobu jedra 5 |
| Xenopus laevis | Afrička kandžasta žaba | [9] | 70% | 391 | Protein MGC84431 |
| Canis lupus familiaris | Pas | [10] | 70% | 391 | Predviđanje: sličan izoformi A CG3295-PA |
| Tetraodon nigroviridis | Pjegava zelena pufer-riba | [11] | 68,5% | 417 | Neimenovani proteinski proizvod |
| Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | [12] | 64,5% | 389 | |
| Branchiostoma floridae | Floridska kopljača | [13] | 57% | 491 | Pretpostavljeni protein BRAFLDRAFT_126901 |
| Nematostella vectensis | Morska sasa | [14] | 50,1% | 389 | |
| Culex quinquefasciatus | Južni kućni komarac | [15] | 48,5% | 392 | Pretpostavljeni konzervirani protein |
| Aedes aegypti | Komarfac žute groznice | [16] | 48,2% | 392 | Pretpostavljeni protein AaeL_AAEL009407 |
| Strongylocentrotus purpuratus | Ljubičasti morski jež | [17] | 48,2 | 405 | Predviđanje: Sličan proteinu MGC88921 |
| Drosophila virilis | Vinska mušica | [18] | 41,5% | 437 | GJ20343 |
| Drosophila melanogaster | Vinska mušica | [19] | 40,3% | 431 | CG3295 |
| Acyrthosiphon pisum | Akritosifon | [20] | 39,5% | 366 | Predviđanje: Homolog A potreban za mejotsku diobu jedra 5 |
| Oryza sativa | Riža | [21] | 32,2% | 386 | Membranski proteinoliki protein |
Domen cinkovog prsta[uredi | uredi izvor]
Program [BLIMPS] je predvidio da u proteinu postoje dva domena,[7] od kojih jedan sadrži domen cinkovog prsta.
Cinkoprstni domen pomažu vezivanje proteina za nukleinske kiseline. Ovo ukazuje na direktnu interakciju CAD28476 sa DNK tokom mejoze. Poređenjem CAD28476 sa srodnim proteinom cinkovog prsta[8] u lokalnom poravnanju sekvence pomoću LALIGN,[9] aminokiselina His359, Cys381 i Cys384 mogu se pripisati domenu cinkovih prstiju. Ova struktura cinkovih prstiju nije uobičajena jer uključuje jedan histidin umjesto dva.
Ekspresija[uredi | uredi izvor]
Podaci mikročipova pokazuju da je CAD28476 visoko eksprimiran u tkivu gdje se javlja mejoza kao u testisima i jajnicima. Štaviše, također je visoko eksprimiran u mozgu oko hipotalamusa.
Transkripcijska regulacija[uredi | uredi izvor]
Analiza regije promotora (alati na stranici rVista.[10] ) pokazuje da postoji nekoliko mjesto vezivanja transkripcijskog faktora lokalizirano u očuvanim regijama.
Vrlo je vjerovatno da su transkripcijski faktori Ets-1 koji pripada porodici transkripcijskih faktora EST i njegov faktor vezanja jezgra CBF uključeni u regulaciju transkripcije budući da oba imaju nezavisna mjesta vezanja.
Interaktivni poteini[uredi | uredi izvor]
Predviđena su dva proteina u interakciji sa CAD28476.[11]
| Protein | Pristup bazui Uniprot | Podaci o genu |
|---|---|---|
| Regija preloma Ewingovog sarkoma 1, izoforma CRA_a | [22] | Gen kodira pretpostavljeni protein koji veže RNK. Poznato je da mutacije ovog gena, posebno translokacija t (11; 22) (q24; q12), uzrokuju Ewingov, kao i neuroektodermne i razne druge tumore. |
| Homolog 4 majke protiv dekapentaplegije h | [23] | SMAD4 |
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000145916 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001054 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: RMND5B required for meiotic nuclear division 5 homolog B (S. cerevisiae)".
- ^ "UniProt, Q96G75" (jezik: engleski). Pristupljeno 20. 10. 2021.
- ^ Jorja Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview AV N, A1-162, PO Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 FAX: 206-667-5889
- ^ Miyamoto, K.; Tochio, N.; Sato, M.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Yokoyama, S. (2005). "PDB entry of 2ct2". To be Published. doi:10.2210/pdb2ct2/pdb. Pristupljeno 12. 5. 2009.
- ^ © 1997 by William R. Pearson and the University of Virginia (This is from distribution "fasta20u66", version 2.0u66, Sep., 1998, sale or incorporation into a commercial product expressly forbidden without permission)
- ^ "rvista Home Page". Pristupljeno 12. 5. 2009.
- ^ "homepage of Genecard". Pristupljeno 12. 5. 2009.
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Colland F, Jacq X, Trouplin V, et al. (2004). "Functional proteomics mapping of a human signaling pathway". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10.1101/gr.2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Pope SN, Lee IR (2005). "Yeast two-hybrid identification of prostatic proteins interacting with human sex hormone-binding globulin". J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 94 (1–3): 203–8. doi:10.1016/j.jsbmb.2005.01.007. PMID 15862967. S2CID 9746088.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.