SARS-CoV-2 Omikron varijanta

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu
Omicron varijanta i druge glavne ili prethodne varijante zabrinutosti SARS-CoV-2 prikazane na stablu radijalno skaliranom genetskom razdaljinom, izvedene iz Nextstrain-a 1. decembra 2021.

Varijanta ima mnogo mutacija, od kojih su neke zabrinjavale naučnike.[1] Omicron varijanta ima ukupno 60 mutacija u poređenju sa referentnom/predak varijantom: 50 nesinonimnih mutacija, 8 sinonimnih mutacija i 2 nekodirajuće mutacije.[2] Trideset i dvije mutacije utječu na spajk protein, glavnu antigenu metu antitijela nastalih infekcijama i mnogih vakcina koje se široko primjenjuju. Mnoge od tih mutacija nisu uočene kod drugih sojeva.[3][4] Ovu varijantu karakteriše 30 promjena aminokiselina, tri male delecije i jedna mala insercija u šiljcima proteina u poređenju sa originalnim virusom, od kojih je 15 locirano u domenu za vezanje receptora (ostaci 319-541). Također nosi niz promjena i brisanja u drugim genomskim regijama. Dodatno, varijanta ima tri mutacije na mjestu cijepanja furina.[5] Mjesto cijepanja furina povećava infektivnost SARS-CoV-2.[6]

Veza sa HIV infekcijom može objasniti veliki broj mutacija u sekvenci Omikron varijante.[7]  Zaista, da bi bio pogođen tako velikim brojem mutacija, virus je morao biti u stanju da evoluira dugo vremena bez da ubije svog domaćina, niti da bude eliminiran. Jedna takva situacija se dešava kod ljudi sa oslabljenim imunološkim sistemom, ali koji primaju dovoljno medicinske njege da prežive.[8] To je slučaj sa HIV pacijentima u Južnoj Africi, koji predstavljaju više od 20% populacije.[9] Zbog nedostatka pristupa klinikama, straha od stigmatizacije i poremećene zdravstvene zaštite, milioni koji žive sa HIV-om u regionu nisu na efikasnoj terapiji HIV-a. Prevencija HIV-a mogla bi biti ključna za smanjenje rizika od nekontroliranog HIV-a koji dovodi do pojave varijanti Covida.[10]

Osim toga, vjeruje se da je jedna od ovih mnogih mutacija, koja sadrži sekvencu od 9 nukleotida, možda stečena od drugog koronavirusa (poznatog kao HCoV-229E ), odgovornog za prehladu.[11] Ovo nije sasvim neočekivano,  s vremena na vrijeme, virusi unutar tijela preuzimaju i zamjenjuju segmente genetskog materijala jedni od drugih, a to je jedan od uobičajenih načina mutacije.[11]

Jedna hipoteza koja objašnjava nove mutacije je da se SARS-CoV-2 prenosio s ljudi na miševe i da je mutirao u populaciji miševa negdje između sredine 2020. i kraja 2021. prije nego što je ponovo zarazio ljude.[12]

Podloze i BA.2 podvarijanta

Istraživači su utvrdili postojanje tri podloze Omikrona. 'Standardna' podloza se sada naziva BA.1 , a druge dvije podloze poznate su kao BA.2 i BA.3.[13] Oni dijele mnoge mutacije, ali se i značajno razlikuju. BA.1 i BA.2 dijele 32 mutacije, ali se razlikuju za 28.[14] Ovo ih čini jednako različitim kao i neke druge glavne varijante,[15] i predloženo je da BA.2 dobije svoje ime na osnovu grčkog alfabeta.[14]

Pogođene zemlje i prenosivost

Prva poznata sekvenca BA.2 bila je u uzorku od 15. novembra 2021.[16] Sredinom decembra 2021., BA.2 se još uvijek činio rijetkim s relativno malo sekvenci iz polovine zemalja koje su učitane u GISAID, ali se broj kasnije brzo povećao. Od 17. januara 2022. BA.2 je otkriven u najmanje 40 zemalja i na svim kontinentima osim Antarktika.[17][18] Do 31. januara otkriven je u najmanje 57 zemalja.[19]

Znakovi i simptomi

Jedinstveni prijavljeni simptom Omicron varijante je noćno znojenje. Također, gubitak ukusa i mirisa se čini neuobičajenim u poređenju sa drugim sojevima.[20][21]

Studija koju je od 1. do 7. decembra sproveo Centar za kontrolu bolesti pokazala je da su: "Najčešći prijavljeni simptomi kašalj, umor i začepljenost ili curenje iz nosa" što ga čini teškim za razlikovanje od manje štetne varijante ili drugog virusa.[22]

Istraživanje objavljeno u Londonu 25. decembra 2021. sugerira da su najčešći simptomi koje navode korisnici aplikacije Zoe Covid "curenje iz nosa, glavobolje, umor, kihanje i grlobolja".

Reference

  1. ^ "What we know so far about the B.1.1.529 'Omicron' COVID variant causing concern". Euronews. 26. 11. 2021. Arhivirano s originala, 26. 11. 2021. Pristupljeno 26. 11. 2021.
  2. ^ William A. Haseltine (2. 12. 2021). "Omicron Origins". Forbes. Arhivirano s originala, 3. 12. 2021. Pristupljeno 4. 12. 2021.
  3. ^ "What we know about Omicron variant that has sparked global alarm". Financial Times. 26. 11. 2021. Arhivirano s originala, 26. 11. 2021. Pristupljeno 26. 11. 2021.
  4. ^ "Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert". Nature. 600 (7887): 21. decembar 2021. Bibcode:2021Natur.600...21C. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. PMID 34824381 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć). Arhivirano s originala, 26. 11. 2021. Pristupljeno 26. 11. 2021.
  5. ^ "New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work". The New York Times. 26. 11. 2021. Arhivirano s originala, 26. 11. 2021. Pristupljeno 26. 11. 2021.
  6. ^ "Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O-glycosylation". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118 (47): e2109905118. novembar 2021. doi:10.1073/pnas.2109905118. PMC 8617502 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34732583 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć). Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)
  7. ^ "The birth of Omicron: Did HIV play a role?". www.medicalnewstoday.com (jezik: engleski). 6. 12. 2021. Arhivirano s originala, 15. 12. 2021. Pristupljeno 11. 12. 2021.
  8. ^ "The mystery of where omicron came from — and why it matters". NPR. 1. 12. 2021. Arhivirano s originala, 9. 12. 2021. Pristupljeno 8. 12. 2021.
  9. ^ "HIV and AIDS in South Africa". Avert. 21. 7. 2015. Arhivirano s originala, 16. 10. 2015. Pristupljeno 8. 12. 2021.
  10. ^ "Why uncontrolled HIV may be behind the emergence of Omicron". The Guardian (jezik: engleski). 11. 12. 2021. Arhivirano s originala, 20. 12. 2021. Pristupljeno 12. 12. 2021.
  11. ^ a b "Fact Check-Omicron is not the common cold 'rebranded'". Reuters. 10. 12. 2021. Arhivirano s originala, 21. 12. 2021. Pristupljeno 25. 12. 2021 – preko www.reuters.com.
  12. ^ "Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant". Journal of Genetics and Genomics = Yi Chuan Xue Bao. 48 (12): 1111–1121. decembar 2021. doi:10.1016/j.jgg.2021.12.003. PMC 8702434 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34954396 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
  13. ^ "Lineage B.1.1.529". PANGOLIN. 19. 12. 2021. Arhivirano s originala, 20. 12. 2021. Pristupljeno 19. 12. 2021.
  14. ^ a b "What is 'stealth Omicron'? The rise of the subvariant is alarming some scientists who say it needs its own Greek letter". Fortune. 21. 1. 2022. Arhivirano s originala, 23. 1. 2022. Pristupljeno 23. 1. 2022.
  15. ^ "En subvariant af omikron, BA.2, udgør nu knap halvdelen af alle danske omikrontilfælde" [A subvariant of Omicron, BA.2., now comprises almost half of all Danish Omicron cases] (jezik: danski). Statens Serum Institut. 19. 1. 2022. Arhivirano s originala, 20. 1. 2022. Pristupljeno 20. 1. 2022.
  16. ^ "BA.2 Lineage Report, India". outbreak.info (Scripps Research). 4. 2. 2022. Pristupljeno 5. 2. 2022.
  17. ^ "BA.2 Lineage Report". outbreak.info (Scripps Research). 21. 1. 2022. Arhivirano s originala, 13. 12. 2021. Pristupljeno 21. 1. 2022.
  18. ^ "COVID-19 variants identified in the UK". UK Health Security Agency. 21. 1. 2022. Arhivirano s originala, 23. 1. 2022. Pristupljeno 21. 1. 2022.
  19. ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 77" (PDF). World Health Organization. 1. 2. 2022. Arhivirano (PDF) s originala, 3. 2. 2022. Pristupljeno 2. 2. 2022.
  20. ^ "Omicron Symptoms: Here's How They Differ From Other Variants". NBC Chicago. Arhivirano s originala, 24. 1. 2022. Pristupljeno 30. 1. 2022.
  21. ^ Slater, Jack (23. 1. 2022). "Is a change to your taste or smell a sign of Omicron?". Metro (jezik: engleski). Arhivirano s originala, 26. 1. 2022. Pristupljeno 30. 1. 2022.
  22. ^ CDC COVID-19 Response Team (decembar 2021). "SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) Variant - United States, December 1-8, 2021". MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. Center for Disease Control. 70 (50): 1731–1734. doi:10.15585/mmwr.mm7050e1. PMC 8675659 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34914670 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć). Arhivirano s originala, 20. 12. 2021. Pristupljeno 17. 12. 2021.