SSR4
| SSR4 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | SSR4 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 300090 MGI: 1099464 HomoloGene: 4573 GeneCards: SSR4 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr X: 153.79 – 153.8 Mb | Chr X: 72.83 – 72.83 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Translokon-pridružena podjedinica delta je protein koji je kod ljudi kodiran genom SSR4.[5][6]
Pretpostavlja se da je SSR4, znan i kao TRAPD, uključen je u lučenje proteina. Nalazi se u Xq28 regiji hromosoma X, kompaktno raspoređen, glava-uz-glavu sa genom IDH3G. Ova dva gena pokreće dvosmjerni promotor, smješten između njih i kodiraju proteine koji su uključeni u nepovezane biohemijske puteve u različitim odjeljcima ćelije. Netranskripirano intergeno područje predstavlja samo 133 bp i ugrađeno je u CpG otok. Ovaj otok funkcionira kao dvosmerni promotor za pokretanje transkripcije oba funkcijski nepovezana gena sa različitim ekspresijskim obrascima. SSR4 se sastoji od šest egzona i približno je dug 70 kb, telomerno prema genu ALD. Iako alternativna prerada egzona 5 nije otkrivena u ljudskom SSR4, varijante transkripata kojima nedostaje regija homologna ljudskom egzonu 5 otkrivene su i u Xenopus laevis i Mus musculus.[6]
Reference
[uredi | uredi izvor]- 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000180879 - Ensembl, maj 2017
- 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000002014 - Ensembl, maj 2017
- ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ↑ Brenner V, Nyakatura G, Rosenthal A, Platzer M (Nov 1997). "Genomic organization of two novel genes on human Xq28: compact head to head arrangement of IDH gamma and TRAP delta is conserved in rat and mouse". Genomics. 44 (1): 8–14. doi:10.1006/geno.1997.4822. PMID 9286695.
- 1 2 "Entrez Gene: SSR4 signal sequence receptor, delta (translocon-associated protein delta)".
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Holthuis JC, van Riel MC, Martens GJ (1996). "Translocon-associated protein TRAP delta and a novel TRAP-like protein are coordinately expressed with pro-opiomelanocortin in Xenopus intermediate pituitary". Biochem. J. 312 ( Pt 1) (Pt 1): 205–13. doi:10.1042/bj3120205. PMC 1136246. PMID 7492314.
- Hartmann E, Görlich D, Kostka S, et al. (1993). "A tetrameric complex of membrane proteins in the endoplasmic reticulum". Eur. J. Biochem. 214 (2): 375–81. doi:10.1111/j.1432-1033.1993.tb17933.x. hdl:11858/00-001M-0000-0015-3BD2-F. PMID 7916687.
- Wang L, Dobberstein B (1999). "Oligomeric complexes involved in translocation of proteins across the membrane of the endoplasmic reticulum". FEBS Lett. 457 (3): 316–22. doi:10.1016/S0014-5793(99)01075-3. PMID 10471800.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA Cloning Using In Vitro Site-Specific Recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Miyazaki K, Fujita T, Ozaki T, et al. (2004). "NEDL1, a novel ubiquitin-protein isopeptide ligase for dishevelled-1, targets mutant superoxide dismutase-1". J. Biol. Chem. 279 (12): 11327–35. doi:10.1074/jbc.M312389200. PMID 14684739.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Wang Z, VandeBerg JL (2005). "Cloning and molecular characterization of a human ortholog of Monodelphis TRAPD in ultraviolet B-induced melanoma". Melanoma Res. 14 (2): 107–14. doi:10.1097/00008390-200404000-00005. PMID 15057039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to Biology: A Functional Genomics Pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.