TDRD3
Tudorski domenski protein 3 jeprotein koji je kod ljudi kodiran genom TDRD3 .[5] Goulet et al. (2008) navode da se gen TDRD3 nalazi u hromosomu 13, sekvenca 13q21.2. Utvrdili su da gen TDRD3 sadrži 14 egzona i da obuhvata oko 176,5 kb. Egzon 14 nije kodirajući.[6]
TDRD3 ije multifunkcijski protein koji djeluje kao as a transcripcijski koaktivator iu jedru i skelskim proteinima pri stresu citoplazmatskih granula (Yang et al., 2010). Sadrži tudorski i UBA proteinski domen i ima tri različite izoforme
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 651 aminokiselina, a molekulska težina 73.185 Da.[7].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLRLQMTDGH | ISCTAVEFSY | MSKISLNTPP | GTKVKLSGIV | DIKNGFLLLN | ||||
| DSNTTVLGGE | VEHLIEKWEL | QRSLSKHNRS | NIGTEGGPPP | FVPFGQKCVS | ||||
| HVQVDSRELD | RRKTLQVTMP | VKPTNDNDEF | EKQRTAAIAE | VAKSKETKTF | ||||
| GGGGGGARSN | LNMNAAGNRN | REVLQKEKST | KSEGKHEGVY | RELVDEKALK | ||||
| HITEMGFSKE | ASRQALMDNG | NNLEAALNVL | LTSNKQKPVM | GPPLRGRGKG | ||||
| RGRIRSEDEE | DLGNARPSAP | STLFDFLESK | MGTLNVEEPK | SQPQQLHQGQ | ||||
| YRSSNTEQNG | VKDNNHLRHP | PRNDTRQPRN | EKPPRFQRDS | QNSKSVLEGS | ||||
| GLPRNRGSER | PSTSSVSEVW | AEDRIKCDRP | YSRYDRTKDT | SYPLGSQHSD | ||||
| GAFKKRDNSM | QSRSGKGPSF | AEAKENPLPQ | GSVDYNNQKR | GKRESQTSIP | ||||
| DYFYDRKSQT | INNEAFSGIK | IEKHFNVNTD | YQNPVRSNSF | IGVPNGEVEM | ||||
| PLKGRRIGPI | KPAGPVTAVP | CDDKIFYNSG | PKRRSGPIKP | EKILESSIPM | ||||
| EYAKMWKPGD | ECFALYWEDN | KFYRAEVEAL | HSSGMTAVVK | FIDYGNYEEV | ||||
| LLSNIKPIQT | EAWEEEGTYD | QTLEFRRGGD | GQPRRSTRPT | QQFYQPPRAR | ||||
| N |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Funkcija gena[uredi | uredi izvor]
Linder et al. (2008) otkrili su da je izolirani UBA domen TDRD3 vezan za ubikvitinske veze preko lys48 u lancu tetraubikvitina, ali ne i za monoubikvitin, lys63-ubikvitin ili SUMO1 . Analiza kvaščeve 2-hibridne biblioteke cDNK ljudskog mozga otkrila je da je TDRD3 u interakciji s FXR1. Eksperimenti otpuštanja proteina i koimunoprecipitacije pokazali su da je TDRD3 također u interakciji s FMRP (FMR1) i FXR2. Prekomjerna ekspresija/nadekspresija TDRD3 ili izloženost arsenitu, u HeLa ćelijama uzrokovala je stvaranje stresnih granula koje sadrže TDRD3, FMRP, DAP5 (EIF4G2) i TIAR (TIAL1). Analiza mutacije otkrila je da je regija C-terminalna na tudorskom domenu TDRD3 u interakciji s dva neovisna domena u FMRP-u. Otkrili su da mutacija ile304-to-asn (I304N) u FMRP-u, koja je povezana sa sindromom fragilnog X , poništava interakciju između TDRD3 i FMRP-a.[8]
Nezavisno, Goulet et al. (2008) identificirali su TDRD3 kao komponentu granula citoplazmatskog stresa. TDRD3 nakupljen u granulama stresa nakon ćelijskog stresa izazvanog arsenitom i kolokaliziran s FMRP-om i proteinom G3BP koji veže RNK. I FMRP i TDRD3 slijedili su poliribosome izolirane iz normalnih i stresnih HeLa ćelija, duž kolone za isključivanje veličine. Analiza mutacije otkrila je da je tudorski domen TDRD3 neophodan i dovoljan za translokaciju TDRD3 u granule naprezanja nakon tretmana arsenitom. Eksperimenti smanjenja proteina pokazali su da je TDRD3 u interakciji s proteinima uključenim u obradu RNK, uključujući proteine bogate argininom i glicinom EWS (EWSR1), FUS, DDX3 (DDX3X), SERBP1 i EEF1A1. Objavili suda je tudorski domen tudora simetrični motiv vezanja dimetiliranog arginina (sDMA), te su otkrili in vitroda je izolirana tudor domen TDRD3 vezanog imobiliziranog sDMA. Mutacija glu691 u lys (E691K) unutar tudor domene TDRD3 poništila je ovu interakciju. Mutacija E691K je također eliminirala ili oslabila interakciju TDRD3 s EWS, FUS, DDX3 i EEF1A1 i smanjila regrutiranje TDRD3 u granule pod stresom.
Yang et al. (2010) pregledali su mikromrežu proteinskog domena na molekule koje mogu očitati oznake metilarginina povezane s transkripcijskom aktivacijom. Otkrili su da je TDRD3 vezan za aktivirajuću asimetričnu oznaku dimetilarginina na histonu H4 arg3 (H4R3me2a) kataliziranom pomoću PRMT1 i na H3R17me2a, uz katalizator CARM1. TDRD3 je prepoznao oznaku SDMA H4R3me2s, ali slabije. TDRD3 je funkcionirao kao koaktivator u reporterskim testovima ovisnim o reporterima, estrogenim receptorima (ER ili ESR1) i androgenim receptorima (AR). Analiza imunoprecipitacijske sekvence hromatina otkrila je da je TDRD3 općenito povezan s početnim mjestima transkripcije i da je povezan s promotorom pS2 (TFF1) na način ovisan o CARM1 u ćelijama MCF7 ljudskog raka dojke. Nokautiranje endogenog TDRD3 u MCF7 u ćelijama smanjilo je ER-ovisnu reportersku aktivnost i smanjilo ekspresiju TFF1, NRAS i DDX5. Zaključili su da je TDRD3 protein koji veže metilarginin i koji ima različite uloge u jedru i citoplazmi. Pretpostavili su da je u jedru TDRD3 efektorska molekula za metilne oznake generirane od CARM1 i PRMT1 i da funkcionira kao transkripcijski koaktivator. U citoplazmi, TDRD3 se akumulira u stresnim granulama, kao odgovor na stres i funkcionira kao molekula skele.[9]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000083544 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022019 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: TDRD3 tudor domain containing 3".
- ^ Goulet, Boisvenue, S., Mokas, S., Mazroui, R., Cote, J. TDRD3, a novel tudor domain-containing protein, localizes to cytoplasmic stress granules. Hum. Molec. Genet. 17: 3055-3074, 2008. PubMed: 18632687
- ^ "UniProt, Q9H7E2". Pristupljeno 5. 8. 2021.
- ^ Linder, B., Plottner, O., Kroiss, M., Hartmann, E., Laggerbauer, B., Meister, G., Keidel, E., Fischer, U. Tdrd3 is a novel stress granule-associated protein interacting with the fragile-X syndrome protein FMRP. Hum. Molec. Genet. 17: 3236-3246, 2008. PubMed: 18664458
- ^ Yang, Y., Lu, Y., Espejo, A., Wu, J., Xu, W., Liang, S., Bedford, M. T. TDRD3 is an effector molecule for arginine-methylated histone marks. Molec. Cell 40: 1016-1023, 2010. PubMed: 21172665
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.