TMEM117

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
TMEM117
Identifikatori
AliasiTMEM117
Vanjski ID-jeviMGI: 2444580 HomoloGene: 12992 GeneCards: TMEM117
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za TMEM117
Genomska lokacija za TMEM117
Bend12q12Početak43,835,967 bp[1]
Kraj44,389,762 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 15 (miš)
Hrom.Hromosom 15 (miš)[2]
Hromosom 15 (miš)
Genomska lokacija za TMEM117
Genomska lokacija za TMEM117
Bend15|15 E3Početak94,527,113 bp[2]
Kraj94,993,979 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija molekularna funkcija
Ćelijska komponenta Endoplazmatski retikulum
integral component of membrane
membrana
ćelijska membrana
Biološki proces intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001286211
NM_001286212
NM_001286213
NM_032256

NM_178789

RefSeq (bjelančevina)

NP_001273140
NP_001273141
NP_001273142
NP_115632

NP_848904

Lokacija (UCSC)Chr 12: 43.84 – 44.39 MbChr 15: 94.53 – 94.99 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Transmembranski protein 117 je protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM117.[5][6]

Projekt Zbirke gena sisara (MGC) Nacionalnog instituta za zdravlje (SAD) osmišljen je za generiranje i sekvenciranje javno dostupnog izvora cDNK koji sadrži potpuni otvoreni okvir čitanja (ORF) za svaki gen čovjeka i miša. Projekt je u početku koristio slučajnu strategiju za odabir klonova iz velikog broja biblioteka cDNK iz različitih tkiva. Klonovi kandidati izabrani su na osnovu 5'-EST sekvenci, a zatim su potpuno sekvencirani do velike tačnosti i analizirani algoritmima razvijenim za ovaj projekt. Sada je više od 11.000 ljudskih i mišjih 10.000 gena zastupljeno u MGC-u, s najmanje jednim klonom s punim ORF-om.

Pristup nasumičnom izboru sada dostiže točku zasićenja, a prijelaz na protokole usmjerene na transkripte koji nedostaju sada je potreban za kompletiranje mišjih i ljudskih zbirki. Usporedba sekvence MGC klonova s referentnim sekvencama genoma otkriva da je većina klonova cDNK vrlo visokog kvaliteta sekvence, iako je vjerojatno da neke cDNK mogu nositi pogrešne varijante kao posljedicu eksperimentalnih artefakata, kao što su PCR, kloniranje ili greške reverzne transkriptaze. Nedavno je projektu dodana komponenta cDNK pacova, a tekući projekti cDNK žabe (Xenopus) i zebrice (Danio) prošireni su kako bi se iskoristili prednosti visokopropusnog MGC kanala.[7]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 514 aminokiselina, a molekulska težina 60.185 Da.[8]

1020304050
MGKDFRYYFQHPWSRMIVAYLVIFFNFLIFAEDPVSHSQTEANVIVVGNC
FSFVTNKYPRGVGWRILKVLLWLLAILTGLIAGKFLFHQRLFGQLLRLKM
FREDHGSWMTMFFSTILFLFIFSHIYNTILLMDGNMGAYIITDYMGIRNE
SFMKLAAVGTWMGDFVTAWMVTDMMLQDKPYPDWGKSARAFWKKGNVRIT
LFWTVLFTLTSVVVLVITTDWISWDKLNRGFLPSDEVSRAFLASFILVFD
LLIVMQDWEFPHFMGDVDVNLPGLHTPHMQFKIPFFQKIFKEEYRIHITG
KWFNYGIIFLVLILDLNMWKNQIFYKPHEYGQYIGPGQKIYTVKDSESLK
DLNRTKLSWEWRSNHTNPRTNKTYVEGDMFLHSRFIGASLDVKCLAFVPS
LIAFVWFGFFIWFFGRFLKNEPRMENQDKTYTRMKRKSPSEHSKDMGITR
ENTQASVEDPLNDPSLVCIRSDFNEIVYKSSHLTSENLSSQLNESTSATE
ADQDPTTSKSTPTN
Simboli

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000139173 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000063296 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (Mar 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
  6. ^ "Entrez Gene: TMEM117 transmembrane protein 117".
  7. ^ Daniela S Gerhard, Lukas Wagner, Elise A Feingold, Carolyn M Shenmen, Lynette H Grouse, Greg Schuler, Steven L Klein, Susan Old, Rebekah Rasooly, Peter Good, Mark Guyer, Allison M Peck, Jeffery G Derge, David Lipman, Francis S Collins, Wonhee Jang, Steven Sherry, Mike Feolo, Leonie Misquitta, Eduardo Lee, Kirill Rotmistrovsky, Susan F Greenhut, Carl F Schaefer, Kenneth Buetow, Tom I Bonner, David Haussler, Jim Kent, Mark Kiekhaus, Terry Furey, Michael Brent, Christa Prange, Kirsten Schreiber, Nicole Shapiro, Narayan K Bhat, Ralph F Hopkins, Florence Hsie, Tom Driscoll, M Bento Soares, Tom L Casavant, Todd E Scheetz, Michael J Brown-stein, Ted B Usdin, Shiraki Toshiyuki, Piero Carninci, Yulan Piao, Dawood B Dudekula, Minoru S H Ko, Koichi Kawakami, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, C E Gruber, M R Smith, Blake Simmons, Troy Moore, Richard Waterman, Stephen L Johnson, Yijun Ruan, Chia Lin Wei, S Mathavan, Preethi H Gunaratne, Jiaqian Wu, Angela M Garcia, Stephen W Hulyk, Edwin Fuh, Ye Yuan, Anna Sneed, Carla Kowis, Anne Hodgson, Donna M Muzny, John McPherson, Richard A Gibbs, Jessica Fahey, Erin Helton, Mark Ketteman, Anuradha Madan, Stephanie Rodrigues, Amy Sanchez, Michelle Whiting, Anup Madari, Alice C Young, Keith D Wetherby, Steven J Granite, Peggy N Kwong, Charles P Brinkley, Russell L Pearson, Gerard G Bouffard, Robert W Blakesly, Eric D Green, Mark C Dickson, Alex C Rodriguez, Jane Grimwood, Jeremy Schmutz, Richard M Myers, Yaron S N Butterfield, Malachi Griffith, Obi L Griffith, Martin I Krzywinski, Nancy Liao, Ryan Morin, Diana Palmquist, Anca S Petrescu, Ursula Skalska, Duane E Smailus, Jeff M Stott, Angelique Schnerch, Jacqueline E Schein, Steven J M Jones, Robert A Holt, Agnes Baross, Marco A Marra, Sandra Clifton, Kathryn A Makowski, Stephanie Bosak, Joel Malek (2006): The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 16(6):804pmcid: pmc528928; doi: 10.1101/gr.2596504
  8. ^ "UniProt, Q9H0C3". Pristupljeno 14. 8. 2021.

Dopunska literatuar[uredi | uredi izvor]