TMEM260
| TMEM260 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 GeneCards: TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 14: 56.49 – 56.65 Mb | Chr 14: 48.68 – 48.76 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM260 je protein koji jr kod ljudi kodiran genom TMEM260 . TMEM260 poznat je i kao UPF0679, c14orf101 i FLJ0392, a njegova funkcija još uvijek nije dovoljno poznata.[5][6]
Gen[uredi | uredi izvor]
Lokacija[uredi | uredi izvor]
TMEM260 se nalazi na traci 22.3, na kratkom (p) krku ljudskog hromoaoma 14. Genomska sekvenca započinje na 56.955.072 bp i završava na 57.117.324 bp, a veličina enoma je 162.253 bp. Veličina iRNK za TMEM260 je 4.278 bp. i sastoji se od 15 egzona.[6]
Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]
Ta-Shma et al. (2017) klonirali su dvije glavne varijante prerade ljudskog TMEM260 koje su se razlikovale po 5-prim-egzonu. Analizom baze podataka identificirali su moguće dodatne varijante prerade TMEM260. Dva glavna transkripta kodiraju zaključene proteine od 707 i 409 aminokiselina. Obje izoforme imaju po pet predviđenih transmembranskih domena i DUF2723 domen, ali duža izoforma ima C-terminalni domen upredene zavojnice, koja nedostaje u kratkoj izoformi. RT-PCR analiza pokazala je ekspresiju dvba glavna transkripta u mozgu, srcu, bubrezima, jetri, plućima, gušterači i posteljici, ali ne i u skeletnim mišićima. U mišjim transficiranim ćelijama Neuro2a, duga izoforma bila je eksprimirana u citoplazmi, s koncentracijom blizu plazmamembrane, dok je kraća izoforma bila uglavnom perijedarna. Činilo se da je TMEM260 gotovo sveprisutan tokom evolucije kičmenjaka.
Molekulska genetika[uredi | uredi izvor]
U črtero oboljele djece iz dvije nepovezane porodice srodnika sa strukturnim srčanim mahanama i sindromom bubrežnih anomalija (SHDRA), Ta-Shma et al. (2017) identificirali su homozigotnost za besmislenu mutaciju (Q465X) i 4-bp deleciju u genu TMEM260.
Gensko susjedstvo[uredi | uredi izvor]
U susjedstvu TMEM260 postoje još četiri gena. Dva leže uzvodno od TMEM260, uključujući LINC00520, koji je dugi intergenski gen protein nekodirajuče RNK, gen 520 i PELI2 koji je gen dvije ubikvitinske proteinske ligaze pelino E3. Dolje nizvodno je jedan pseudogen, RPL36AP1 i gen OTX2, koji je ortodentni homeoboks gen 2.[7]
Konzervirani domeni[uredi | uredi izvor]
TMEM260 sadrži jedan konzervirani domen, DUF2723. Domen DUF2723 je konzerviran unatrag do bakterija i njegova funkcija nije poznata.
Homologija[uredi | uredi izvor]
TMEM260 je konzerviran u mnogim vrstama. Ortolozi mogu naći se u svim eukariotima, kod Viridiplantae, gljiva, protista, bakterija i eubakterija. Još nisu pronađeni paralozi.[8]
Izoforme[uredi | uredi izvor]
Postoje dvije poznate izoforme za TMEM260, koje se proizvode alternativnom preradom. Njihovi uniprot ID-ovi su Q9NX78-1 i Q9NX78-2. Izoforma 1 sastoji se od svih 707 aminokiselina u cijeloj proteinskoj sekvenci, koja se sastoji od 15 egzona. Izoform 2 je spojen na aminokiselinu 286 sa 3' krajnjim, tako da u sekvenci sadrži samo prvih sedam egzona. Teška je samo 30.707 Da.[6]
Protein[uredi | uredi izvor]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 707 aminokiselina, a molekulska težina 79.536 Da.[9]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSPHGDGRGQ | AQGRAVRVGL | RRSGGIRGGV | AVFAAVAAVF | TFTLPPSVPG | ||||
| GDSGELITAA | HELGVAHPPG | YPLFTLVAKL | AITLFPFGSI | AYRVNLLCGL | ||||
| FGAVAASLLF | FTVFRLSGSS | AGGILAAGVF | SFSRLTWQWS | IAAEVFSLNN | ||||
| LFVGLLMALT | VHFEEAATAK | ERSKVAKIGA | FCCGLSLCNQ | HTIILYVLCI | ||||
| IPWILFQLLK | KKELSLGSLL | KLSLYFSAGL | LPYVHLPISS | YLNHARWTWG | ||||
| DQTTLQGFLT | HFLREEYGTF | SLAKSEIGSS | MSEILLSQVT | NMRTELSFNI | ||||
| QALAVCANIC | LATKDRQNPS | LVWLFTGMFC | IYSLFFAWRA | NLDISKPLFM | ||||
| GVVERFWMQS | NAVVAVLAGI | GLAAVVSETN | RVLNSNGLQC | LEWLSATLFV | ||||
| VYQIYSNYSV | CDQRTNYVID | KFAKNLLTSM | PHDAIILLRG | DLPGNSLRYM | ||||
| HYCEGLRPDI | SLVDQEMMTY | EWYLPKMAKH | LPGVNFPGNR | WNPVEGILPS | ||||
| GMVTFNLYHF | LEVNKQKETF | VCIGIHEGDP | TWKKNYSLWP | WGSCDKLVPL | ||||
| EIVFNPEEWI | KLTKSIYNWT | EEYGRFDPSS | WESVANEEMW | QARMKTPFFI | ||||
| FNLAETAHMP | SKVKAQLYAQ | AYDLYKEIVY | LQKEHPVNWH | KNYAIACERM | ||||
| LRLQARDADP | EVLLSETIRH | FRLYSQKAPN | DPQQADILGA | LKHLRKELQS | ||||
| LRNRKNV |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Opća svojstva[uredi | uredi izvor]
Protein TMEM260 sastoji se od 707 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 79.536 Da. Protein ima izoelektričnu tačku od 8,4. TMEM260 je membranski protein s više prolaza koji uključuje osam spiralnih transmembranskih domena.[5][6]
Konzervacija[uredi | uredi izvor]
Aminokiselinska sekvenca za TMEM260 je visoko konzervirana u sisara, sa približno 86% do 100% sličnosti sekvence. Ptice, žabe i gušteri također imaju visok stepen sličnosti sa sekvencom ljudskog TMEM260, sa sličnostima između 76% i 83%. Ribe imaju sličnosti u sekvenci između 56% i 66%. Alge imaju oko 52% sličnosti sekvenci, dok diatomeje imaju samo 39%. Iako sisari sadrže vrlo visok stupanj sličnosti sekvenci, a druge životinje pokazuju prilično visok stupanj sličnosti, druge vrste, poput algi, diatomeje i bakterije imaju praznine i krnji 3' kraj. Segment sekvence TMEM260 koji je visoko konzerviran u organizmima još u vrijeme algi, dijatomeja i bakterija je konzervirani domen DUF2723.[10][11]
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristuoni broj bazi podataka BLAST[10] | Dužina sekvence (aminokiseline)[10] | Identitet sekvence sa ljudskim proteinom[10] | Slilnost sekvence sa ljudskim proteinom [10] |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | NP_060269 | 707 | ||
| Pan troglodytes | Čimpanza | XP_522861 | 707 | 99% | 99% |
| Canis familiaris | Pas | XP_003930546 | 707 | 91% | 95% |
| Loxodonta africana | Slon | XP_00340871 | 707 | 90% | 94% |
| Mus musculus | Miš | NP_76188 | 707 | 82% | 90% |
| Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | XP_001520783 | 549 | 75% | 86% |
| Taeniopygia guttata | Zebra sta zeba | XP_00200425 | 705 | 71% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Žaba | XP _002933788 | 687 | 66% | 81% |
| Anolis carolinensis | Gušter | XP_003228513 | 730 | 65% | 76% |
| Danio rerio | Zebrica | XP_688103 | 740 | 48% | 66% |
| Guillardia theta | Alga | EKX49772 | 733 | 36% | 52% |
| Thalassiosira pseudonana | Diatomeja | XP_972174.2 | 716 | 25% | 39% |
Posttraslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]
Protein TMEM260 prolazi kroz nekoliko različitih tipova posttranslacijskih modifikacija. Tu spadaju N-kraj acetilacija, N-glikozilacija i fosforilacija.[12]
Životinjski model[uredi | uredi izvor]
Ta-Shma et al. (2017) izvijestili su da zebricin tmem260 kodira jedan protein koji odgovara dugoj izoformi ljudskog TMEM260. Koristeći morfolinose koji blokiraju translaciju, otkrili su da je obaranje tmem260 u 3,5 dana postfertilizacije (dpf) zebrici smanjilo veličinu optičke tekte i broj intertektnih neurona, koji služe kao zamjena za veličinu glave, odnosno corpus callosum. Koinjekcija duge izoforme ljudskog TMEM260 i, u manjoj mjeri, kratke izoforme, značajno je spasila ove abnormalnosti. Primijetili su da je destrukcija tmem260 također rezultirala perikardnim edemom, defektom bubrežne filtracije i tupim prsnim perajama na dozno ovisan način, kao i smanjenom bubrežnom konvolucijom pri visokim dozama. Međutim, autori nisu uspjeli spasiti ove fenotipove pa se nisu mogli uvjeriti u njihovu specifičnost. Delecija tmem260 putem CRISPR/Cas9 rezultirala je sličnim nedostacima kod zebrice od 3,5 dpf.[13]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000070269 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036339 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "NCBI-nucleotide". Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ a b c d "GeneCards". Arhivirano s originala, 3. 2. 2014. Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ "TMEM260 transmembrane protein 260 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".
- ^ "BLAST-orthologs". Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ "UniProt, Q9NX78". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ a b c d e "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool".
- ^ "SDSC Biology Workbench".
- ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories".
- ^ Ta-Shma, A., Khan, T. N., Vivante, A., Willer, J. R., Matak, P., Jalas, C., Pode-Shakked, B., Salem, Y., Anikster, Y., Hildebrandt, F., Katsanis, N., Elpeleg, O., Davis, E. E. Mutations in TMEM260 cause a pediatric neurodevelopmental, cardiac, and renal syndrome. Am. J. Hum. Genet. 100: 666-675, 2017. PubMed: 28318500