TMEM98

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
TMEM98
Identifikatori
AliasiTMEM98
Vanjski ID-jeviOMIM: 615949 MGI: 1923457 HomoloGene: 9185 GeneCards: TMEM98
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za TMEM98
Genomska lokacija za TMEM98
Bend17q11.2Početak32,927,910 bp[1]
Kraj32,945,106 bp[1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_015544
NM_001033504
NM_001301746

NM_029537

RefSeq (bjelančevina)

NP_001028676
NP_001288675
NP_056359

NP_083813

Lokacija (UCSC)Chr 17: 32.93 – 32.95 Mbn/a
PubMed pretraga[2][3]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Transmembrabski protein 98 je jednoprolazni membranaki protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM98.[4][5] Funkcija ovog proteina još uvijek nije poznata. TMEM98 je poznat i kao UNQ536/PRO1079.[6]

Gen[uredi | uredi izvor]

Ovaj gen se nalazi na plus lancu hromosoma 17 u lokusu 17q11.2.[5] Prostire se iz baznih parova 31,254,928 to 31,272,124.[7]

Varijante[uredi | uredi izvor]

Dvije su poznate varijante transkripta, koje kodiraju TMEM98. Varijanta jedan odgovara dužoj od ove dvije, a ima osam egzona i duga je 1.808 baza.[8] Varijantna dva kodira isti protein, ali je nešto kraća kod egzona 2 i nedostaje joj egzon 3; duga je 1732 baze.[9] Ova nedostajuća regija odgovara dužini od 85 baznih parova pri kraju 5'UTR.[9] Variant one is more abundant than Varijanta dva sa 17 puta većom količinom iRNK ekstrahirana je u raznim eksperimentima na ljudskom tkivu.[10]

Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]

Awadalla et al. (2014) identificirali su TMEM98 unutar regije hromosoma 17 povezanih s autosomno dominantnim nanoftalmom (NNO4). Izvijestili su da TMEM98 kodira dvije varijante koje se razlikuju samo po svojim UTR-ovima s pet glavnih mjesta. Oba transkripta kodiraju izvedeni protein od 226 aminokiselina, koji je bogat leucinom (13,3%) i visoko kiseo. RT-PCR analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju obje varijante prerade TMEM98 u svim ispitivanim očnim tkivima (endotel [[rožnjača|rožnjače, iris, cilijarno tijelo, bionjače, očni živac, glava vidnog živca i mrežnjača). Analiza baza podataka potvrdila je ekspresiju u nekoliko ovih očnih tkiva i također pokazala ekspresiju u svih 16 ispitivanih neočnih ljudskih tkiva, sa ekspresijom proteina TMEM98 i u jedru i u citoplazmi. Ortolozi TMEM98 otkriveni su u nekoliko kičmenjaka, sa najvećom konzerviranošću kod sisara. Hartz (2014) mapirala je gen TMEM98 na hromosomskoj poziciji 17q11.2 na osnovu poravnanja sekvence TMEM98 (GenBank AL117619) sa genomskom sekvencom (GRCh38).

Molekulska genetika[uredi | uredi izvor]

U velikoj kavkazoidnoj porodici sa pet generacija s mapirtanjem nanoftalmosa na hromosom 17p12-q12 (NNO4), Awadalla et al. (2014) izvršili su sekvenciranje cijelog egzona i identificirali heterozigotnu misens mutaciju u genu TMEM98 (A193P) koja se u potpunosti odvojila od bolesti i nije pronađena u kontrolama.

Sekvenciranjem cijelog egzma i sangera u dvije višegeneracijske porodice, jedna njemačkog porijekla koja živi u SAD-u, a druga mikronezijskog nasljeđa koja živi na Marijanskim otocima, s autosomno dominantnim nanoftalmusom na hromosomskoj sekvenci 17p12-q12, Khorram et al. (2015) identificirali su heterozigotne mutacije u genu TMEM98, koje su se razlikovale od očekivanog fenotipa u svakoj porodici.[11][12]

Evolucija[uredi | uredi izvor]

Paralozi[uredi | uredi izvor]

Nisu poznati paralozi za TMEM98.[7] Iako nisu funkcionalni, postoje dva pseudogena na hromozomima 6 i 14 u Homo sapiens.[13]

Ortolozi[uredi | uredi izvor]

Transmembranski protein 98 izuzetno je konzerviran kod riba, vodozemaca, gmizavaca, ptica i drugih sisara koji nisu ljudi. Samo je malo konzerviran i kod beskičmenjaka, uključujući i insekte, i ne nalazi se kods bakterija, archaea, protista, biljaka ili gljiva

Rod i vrsta Uobičajeno ime Razred Pristup Identitet (%)
Pan paniscus Bonobo Mammalia XP_003818064.1 99%
Felis catus Domaća mačka Mammalia XP_003996602 99%
Mus musculus Miš Mammalia NP_083813.1 99%
Myotis davidii Mišouhi šišmiš Mammalia ELK33053.1 95%
Heterocephalus glaber Goli krtičasti pacov Mammalia EHB09150.1 94%
Anolis carolinensis Šumski gušter Reptilia XP_003222593 85%
Taeniopygia guttata Zebrasta zeba Aves XP_002193870.1 78%
Tetraodon nigrovirdis Zelenopjegava pufer-riba Actinopterygii CAG07250.1 78%
Bombus impatiens Obični istočni bumar Insecta XP_003489307.1 42%
Harpegnathos saltator Skakajući mrav Insecta EFN84682.1 40%
Trichinella spiralis Parazitska nematoda Annelida XP_003372303.1 37%

Filogenija[uredi | uredi izvor]

Grafikon postotka promjene tokom vremena kreiran je pomoću vremenskog stabla.[14]

Postotak promjrna tokom vremena

Protein[uredi | uredi izvor]

Obje varijante (jedan i dva) kodiraju isti protein od 226 aminokiselina.[5] Protein ima 24,6 kdal s izoelektričnom tačkom 4,26.[15] i molekulskom težinom od 24.611,[16].

1020304050
METVVIVAIGVLATIFLASFAALVLVCRQRYCRPRDLLQRYDSKPIVDLI
GAMETQSEPSELELDDVVITNPHIEAILENEDWIEDASGLMSHCIAILKI
CHTLTEKLVAMTMGSGAKMKTSASVSDIIVVAKRISPRVDDVVKSMYPPL
DPKLLDARTTALLLSVSHLVLVTRNACHLTGGLDWIDQSLSAAEEHLEVL
REAALASEPDKGLPGPEGFLQEQSAI

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

Domeni[uredi | uredi izvor]

U ovom proteinu nema signalnih peptida.[17] Transmembranski domen dug je 22 aminokiseline, 6-28. Aminokiseline na N-krajnjoj strani nalaze se izvan ćelije, a aminokiseline na C-krajevoj strani su izvan ćelije.[18]

Parologni domen Grap2 i interakcija ciklin-D (pfam13324) obuhvataju 81-151 i vrlo su konzervirani u ortolozima.[19] This region is involved in the regulation of proliferation and cell differentiation using Grap2 and cyclin-d-mediated signaling pathways.[20]

Sekundarna struktura[uredi | uredi izvor]

TMEM98 se sastoji od 7 alfa-heliksa, kako je predvidio NCBI CBLAST, sa e-vrijednošću od 9x10−7.[21]

Regulacija[uredi | uredi izvor]

Nivo iRNK[uredi | uredi izvor]

Promotorska regija duga je is 901 bazni par. Ispod su prikazani najkonzerviraniji predviđeni faktori transkripcije.[22]

Transkripcijski faktor Startni Stop Lanac Sekvenca
GC-boksni faktori SP1/GC 58 74 + gtagGGGGtgtgtgttt
C2H2 transkripcijski faktor 5 cinkovog prsta 102 116 + tgtatgGGATggagt
C2H2 transkripcijski faktor 2 cinkovog prsta 48 70 - acacaCCCCctaccctgccatcc
Sastavljeni motiv od mjesta vezanja za pluripotenciju ili faktore matičnih ćelija 151 169 + gggctctGCATttgtactc
Kalcij-odgovorni element 352 362 + agaccGAGGca
CP2-eritrocitni faktor oslobođen u Drosophila Elf1 II B 386 404 - cTCTGccactcactagcta
GC-boksni faktori SP1/GC 500 516 + gcccgGGGCggggcgca
Faktor transkripcije induciran metalom 505 519 - gcctGCGCcccgccc
Protein 57 KRAB domena cinkovog prsta 543 555 + gtcTGCCgcccgg
Pleomorfni adenomski gen 567 589 + cgGGGGcgcgaggaaggggtgtt
Porodica gena CTCF i BORIS, transkripcijski regulatori 615 641 + tgccccggccgccgGGGGgcctggcgg
Induciran protein C i faktor oslobađanja EGR/faktora nervnog rasta 695 713 + gggcgcggGGGCgcgaggc
E2F-myc aktivator i regulator ćelijskog ciklusa 663 679 - ggcccgcgcCAAAtccc
Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II 670 676 - ccgCGCC
Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II 696 702 - ccgCGCC
Jedarni respiracijski faktor 1 694 710 - tcgcGCCCccgcgcccc
Selenocistein-tRNK aktivacijski faktor 725 755 + ggccgcggcgcttCCCGgcatgctccgctgc
Jedarni respiracijski faktor 1 758 774 + gcccGCGCccgcgcccg
Histonski jedarni faktor P 771 783 + ccCGGActttgcc
Jedarni respiracijski faktor 1 759 775 - ccggGCGCgggcgcggg
Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II 886 892 - ccgCGCC

Moguće matične petlje

UTR 5'ima dvije moguće osovinske petlje. Nalaze se od 279-303 i 342-372. U 3 'UTR postoji moguća petlja sa pertzeljkom locirirana na 1487-1502.[23]

Vezna mjesta mikroRNK Kako je predviđeno programom TargetScan, u 3' UTR, postoji jedno mjesto vezanja miRNK.[24][25] This miRNA, hsa-miR-4782-3p, may play a role in breast cancer.[26]

Proteinska razina[uredi | uredi izvor]

TMEM98 ima četiri predviđena mjesta glikacije, na aminokiselinama 44, 118, 120 i 133.[27] Postoje i mjesta serinske fosforilacije na pozicijama 60, 122, 124, 136, 145 i 191, a treoninska mjesta fosforilacije na 55, 105 i 160.[28] Sva su ova mjesta na N-terminalnoj strani transmembranskog područja i nalaze se unutar ćelijskog citosola.

Klinički značaj[uredi | uredi izvor]

Mutacije u TMEM98 uzrokuju autosomno dominantni nanoftalmus.[29]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000006042 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (Mar 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
  5. ^ a b c "Entrez Gene: TMEM98 transmembrane protein 98".
  6. ^ Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (oktobar 2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
  7. ^ a b "Ensembl genome browser 75: Homo sapiens - Summary - Gene: TMEM98 (ENSG00000006042)".
  8. ^ "Homo sapiens transmembrane protein 98 (TMEM98), transcript variant 1, - Nucleotide - NCBI". 23. 6. 2018. journal zahtijeva |journal= (pomoć)
  9. ^ a b "Homo sapiens transmembrane protein 98 (TMEM98), transcript variant 2, - Nucleotide - NCBI". 23. 6. 2018. journal zahtijeva |journal= (pomoć)
  10. ^ "AceView: Gene:TMEM98, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView".
  11. ^ Awadalla, M. S., Burdon, K. P., Souzeau, E., Landers, J., Hewitt, A. W., Sharma, S., Craig, J. E. Mutation in TMEM98 in a large white kindred with autosomal dominant nanophthalmos linked to 17p12-q12. JAMA Ophthal. 132: 970-977, 2014. [PubMed]: 24852644
  12. ^ Khorram, D., Choi, M., Roos, B. R., Stone, E. M., Kopel, T., Allen, R., Alward, W. L. M., Scheetz, T. E., Fingert, J. H. Novel TMEM98 mutations in pedigrees with autosomal dominant nanophthalmos. Molec. Vision 21: 1017-1023, 2015. PubMed: 26392740
  13. ^ "TMEM98 Gene - GeneCards | TMM98 Protein | TMM98 Antibody".
  14. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life".
  15. ^ "SDSC Biology Workbench".
  16. ^ "UniProt, Q9Y2Y6". Pristupljeno 12. 6. 2021.
  17. ^ "SignalP 4.1 Server".
  18. ^ "harrier.nagahama-i-bio.ac.jp". Arhivirano s originala, 27. 5. 2021. Pristupljeno 13. 6. 2021.
  19. ^ "NCBI Conserved Domain Search".
  20. ^ Xia C, Bao Z, Tabassam F, Ma W, Qiu M, Hua S, Liu M (juli 2000). "GCIP, a novel human grap2 and cyclin D interacting protein, regulates E2F-mediated transcriptional activity". J. Biol. Chem. 275 (27): 20942–8. doi:10.1074/jbc.M002598200. PMID 10801854.
  21. ^ "Welcome to NCBI Related Structure Search".
  22. ^ "Genomatix - NGS Data Analysis & Personalized Medicine". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 13. 6. 2021.
  23. ^ "The Mfold Web Server | mfold.rit.albany.edu".
  24. ^ "TargetScanHuman 6.2".
  25. ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12. 8. 2015). "Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs". eLife (jezik: engleski). 4: e05005. doi:10.7554/eLife.05005. ISSN 2050-084X. PMC 4532895. PMID 26267216.
  26. ^ Persson H, Kvist A, Rego N, et al. (januar 2011). "Identification of new microRNAs in paired normal and tumor breast tissue suggests a dual role for the ERBB2/Her2 gene". Cancer Res. 71 (1): 78–86. doi:10.1158/0008-5472.CAN-10-1869. PMID 21199797.
  27. ^ "NetGlycate 1.0 Server".
  28. ^ "NetPhos 2.0 Server".
  29. ^ Awadalla, M. S.; Burdon, K. P.; Souzeau, E; Landers, J; Hewitt, A. W.; Sharma, S; Craig, J. E. (2014). "Mutation in TMEM98 in a Large White Kindred with Autosomal Dominant Nanophthalmos Linked to 17p12-q12". JAMA Ophthalmology. 132 (8): 970–7. doi:10.1001/jamaophthalmol.2014.946. PMID 24852644.