TRIL
| TRIL | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TRIL | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 613356 MGI: 1914123 HomoloGene: 69404 GeneCards: TRIL | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 7: 28.95 – 28.96 Mb | Chr 6: 53.79 – 53.8 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
KIAA0644, znan i kao TRIL ili interaktor TLR4 sa leucinski bogatim ponavljanjima, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom KIAA0644.[5]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 811 aminokiselina, а molekulska težina 88.723 Da.[6] Sastoji se prvenstveno od ostataka leucina (17%), alanina i arginina (~ 10%) i glicina (~ 8,5%). Predviđa se da se proteinska sekvenca sastoji uglavnom od α-heliksa i nekoliko β-listova
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEAARALRLL | LVVCGCLALP | PLAEPVCPER | CDCQHPQHLL | CTNRGLRVVP | ||||
| KTSSLPSPHD | VLTYSLGGNF | ITNITAFDFH | RLGQLRRLDL | QYNQIRSLHP | ||||
| KTFEKLSRLE | ELYLGNNLLQ | ALAPGTLAPL | RKLRILYANG | NEISRLSRGS | ||||
| FEGLESLVKL | RLDGNALGAL | PDAVFAPLGN | LLYLHLESNR | IRFLGKNAFA | ||||
| QLGKLRFLNL | SANELQPSLR | HAATFAPLRS | LSSLILSANN | LQHLGPRIFQ | ||||
| HLPRLGLLSL | RGNQLTHLAP | EAFWGLEALR | ELRLEGNRLS | QLPTALLEPL | ||||
| HSLEALDLSG | NELSALHPAT | FGHLGRLREL | SLRNNALSAL | SGDIFAASPA | ||||
| LYRLDLDGNG | WTCDCRLRGL | KRWMGDWHSQ | GRLLTVFVQC | RHPPALRGKY | ||||
| LDYLDDQQLQ | NGSCADPSPS | ASLTADRRRQ | PLPTAAGEEM | TPPAGLAEEL | ||||
| PPQPQLQQQG | RFLAGVAWDG | AARELVGNRS | ALRLSRRGPG | LQQPSPSVAA | ||||
| AAGPAPQSLD | LHKKPQRGRP | TRADPALAEP | TPTASPGSAP | SPAGDPWQRA | ||||
| TKHRLGTEHQ | ERAAQSDGGA | GLPPLVSDPC | DFNKFILCNL | TVEAVGADSA | ||||
| SVRWAVREHR | SPRPLGGARF | RLLFDRFGQQ | PKFHRFVYLP | ESSDSATLRE | ||||
| LRGDTPYLVC | VEGVLGGRVC | PVAPRDHCAG | LVTLPEAGSR | GGVDYQLLTL | ||||
| ALLTVNALLV | LLALAAWASR | WLRRKLRARR | KGGAPVHVRH | MYSTRRPLRS | ||||
| MGTGVSADFS | GFQSHRPRTT | VCALSEADLI | EFPCDRFMDS | AGGGAGGSLR | ||||
| REDRLLQRFA | D |
Gensko susjedstvo[uredi | uredi izvor]
Gen KIAA0644 susjedi je sa genom za vezanje elemenata koji reagiraju na iRNK–cAMP nizvodno i genom za karboksipeptidaznu iRNK i serin-karboksipeptidazu uzvodno.[7][8]
Funkcija[uredi | uredi izvor]
Tačna funkcija KIAA0644 nije poznata. Međutim, član je porodice proteina leucinom bogatog ponavljanja, za koje je poznato da su uključeni u interakcije protein-protein. Poznato je da ovaj protein stupa u interakciju s proteinom TLR4.
TRIL je komponenta kompleksa TLR4 i u brojnim tipovima ćelija induciran je lipopolisaharidom (LPS).[9]
Homologija[uredi | uredi izvor]
KIAA0644 dobro je konzerviran među sisarima, ali se može naći u svim hordatima s nižim identitetom sekvence.
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000255690 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000043496 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: TRIL TLR4 interactor with leucine rich repeats". Pristupljeno 13. 5. 2010.
- ^ "UniProt, Q7L0X0" (jezik: engleski). Pristupljeno 29. 9. 2021.
- ^ "NCBI Entrez". Pristupljeno 13. 5. 2010.
- ^ Ishikawa K, Nagase T, Suyama M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (juni 1998). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. X. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which can code for large proteins in vitro". DNA Res. 5 (3): 169–176. doi:10.1093/dnares/5.3.169. PMID 9734811.
- ^ Carpenter S, Carlson T, Dellacasagrande J, Garcia A, Gibbons S, Hertzog P, Lyons A, Lin LL, Lynch M, Monie T, Murphy C, Seidl KJ, Wells C, Dunne A, O'Neill LA (septembar 2009). "TRIL, a functional component of the TLR4 signaling complex, highly expressed in brain". J. Immunol. 183 (6): 3989–3995. doi:10.4049/jimmunol.0901518. PMID 19710467.
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR, et al. (2003). "Human Chromosome 7: DNA Sequence and Biology". Science. 300 (5620): 767–772. doi:10.1126/science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
- Büssow K, Cahill D, Nietfeld W, et al. (1998). "A method for global protein expression and antibody screening on high-density filters of an arrayed cDNA library". Nucleic Acids Res. 26 (21): 5007–5008. doi:10.1093/nar/26.21.5007. PMC 147919. PMID 9776767.
- Wheeler HE, Metter EJ, Tanaka T, et al. (2009). Gibson G (ured.). "Sequential Use of Transcriptional Profiling, Expression Quantitative Trait Mapping, and Gene Association Implicates MMP20 in Human Kidney Aging". PLOS Genet. 5 (10): e1000685. doi:10.1371/journal.pgen.1000685. PMC 2752811. PMID 19834535.