ZC3H12B

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
ZC3H12B
Identifikatori
AliasiZC3H12B
Vanjski ID-jeviOMIM: 300889 MGI: 2442133 HomoloGene: 19395 GeneCards: ZC3H12B
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom X
Hrom.Hromosom X[1]
Hromosom X
Genomska lokacija za ZC3H12B
Genomska lokacija za ZC3H12B
BendXq11.2-q12Početak65,366,638 bp[1]
Kraj65,507,887 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom X (miš)
Hrom.Hromosom X (miš)[2]
Hromosom X (miš)
Genomska lokacija za ZC3H12B
Genomska lokacija za ZC3H12B
BendX|X C3Početak94,755,284 bp[2]
Kraj94,976,243 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001010888

NM_001034907

RefSeq (bjelančevina)

NP_001010888

n/a

Lokacija (UCSC)Chr X: 65.37 – 65.51 MbChr X: 94.76 – 94.98 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

ZC3H12B, znan i kao CXorf32 ili MCPIP2, je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZC3H12B, lociranom na poziciji Xq12.

Gen[uredi | uredi izvor]

Gen ZC3H12B sadrži 19.709 baznih parova (bp), sa pet egzona. Nalazi se na X-hromosomu na poziciji q12 plus-lanca .

ZC3H12B sadrži domen ribonukleaza, kao i cinkov domen cinkovog prsta CCCH tipa. Ribonukleaze (RNaze) razgrađuju RNK i uključene su u proces sazrijevanja RNK. One su također linija obrane od virusne RNK. Cinkovi prsti tipa CCCH povezani su s destabilizacijom iRNK. Pokazalo se da cinkovi prsti tipa CCCH okreću iRNK, bez uklanjanja PolyA repa. ZC3H12B i njegovi paralozi ZC3H12A, ZC3H12C i ZC3H12D sadrže cink-domene cinkovih prstiju tipa CCCH, koji su povezani s ćelijskim ciklusom i faznim prijelazima u eukariota (InterPro).

Promotor[uredi | uredi izvor]

Program Genomatix ElDorado predvidio je promotor od 601 bp uzvodno od gena ZC3H12B, sa više mjesta vezanja za faktor transkripcije, uključujući jedarni faktor aktiviranih T-ćelija i protein cinkovog prsta MOK-2, povezan s ribonukleoproteinom (poznat i kao ZNF239.

iRNK[uredi | uredi izvor]

ZC3H12B sadrži iRNK sa 7.273 bp. Aceview ima samo jedan predviđeni transkript. Nisu predviđeni oblici presavijanja (Mfold). Postoje za introne izrezane pomoću enzima ZC3H12B.ZC3H12B

Protein[uredi | uredi izvor]

ZC3H12B je vjerovatna ribonukleaza koja sadrži CCCH-domen cinkova domena i ribonukleazu.

Aminokiselinski, protein 836 ima predviđenu molekulsku težinu od 94,2 kdal. Ne sadrži signalni peptid ili transmembransku regiju. Program PSORTII je predvidio 65,2% vjerovatnoće za jedarnu lokaciju. Cinkovi prsti i ribonukleaze tipa CCCH smješteni su u jezgru za cijepanje RNK, a posebno cijepanje ukosničke RNK.

Strukturna obilježja[uredi | uredi izvor]

Sekundarna struktura proteina mješavina je alfa-heliksa i beta-listova. Do sada identificirana dva domena su domeni cinkovih prstiju tipa ribonukleaze i CCCH.

Dolje je prikazana konzervirani domen paraloga ZC3H12B, Mcpip1 (ili ZC3H12A). U poređenju sa BLAST-strukturom, bilo je 82% podudaranja identiteta sa 24% pokrivenosti upita, s predviđenom e-vrijednošću 2e-118.

Posttranslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]

Fobijev program je predvidio lokaciju necitoplazmatskih proteina. NetPhos 2.0. predvidio 63 mjesta fosforilacije u ZC3H12B, koja su označena na konceptnom prijevodu. YinOYang1.2. predvidio je tri mjesta vezanja za 0-Beta-GlcNAc, koja se natječu sa mjestima za fosforilaciju. 0-Beta-GlcNAc je vjerovatno jedini tip glikozilacije koji se javlja u ćelijskom jedrui i/ili citoplazmi . Primjetna je veza između aktivacije antigena u limfocitima i dinamičke 0-B-glikozilacije u jedarnim proteinima. NetNGlyc je predvidio mjesta glikozilacije; međutim, ta mjesta su isključena, jer je protein vjerojatno jedarni i ne bi prošao ovaj oblik glikozilacije. Nije bilo predviđenih mjesta acetilacije na N-kraju proteina. To je neobično, jer se približno 85% ljudskih proteina acetilira na N kraju za sintezu, stabilizaciju i lokalizaciju proteina. Nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih nakupina naboja. Nisu otkriveni hidrofobni segmenti (SAPS SDSC Biology Workbench). Program MitoProtII nije otkrio nikakve signale za iznošenje mitohondrija. Ovi post-translacijski testovi sugeriraju da se protein nalazi u jedru i podvrgava se dinamičkoj fosforilaciji i 0-Beta-GlcNAc modifikacijama.

Evolucija[uredi | uredi izvor]

Odabrani domeni ZC3H12B konzervirani su u većini kičmenjaka, člankonožaca i člankovitih glista. Ne postoje konzervirani domeni u domenima bakterija ili arheja. Nije bilo značajnih konzerviranih domena kod kvasca, biljaka ili protista.

Paralozi[uredi | uredi izvor]

Postoje tri paraloga ZC3H12B, koji se nalaze u istoj porodici cinkovih prstiju tipa CCCH, a svi oni održavaju više od 50% identiteta ZC3H12B, na osnovu BLAST analize (NCBI)

Ime VrstA Pristupni broj za NCBI Dužina (AA) Proteinsi identitet
ZC3H12B Homo sapiens NM_001010888.3 836aa 100%
ZC3H12A Homo sapiens NM_025079.2 599aa 68%
ZC3H12C Homo sapiens NM_033390.1 883aa 53%
ZC3H12D Homo sapiens NM_207360.2 527aa 61%

Ortolozi[uredi | uredi izvor]

ZC3H12B je konzerviran kod sisara, ptica, insekata i nematoda (BLAST). U tabeli ispod je sažetak ortologa ZC3H12B kod ljudi.

Vrsta Uobičajeno ime Divergencija
(prije miliona godina)
Pristupni broj za NCBI (protein) Dućina (aminokiselina) Proteinski identiget Sličnost
Homo sapiens Čovjek n/a NP_001010888.3 836aa 100% 100%
Pan paniscus Čimpanza 6.3 XP_003816967.1 836aa 99% 99%
Pongo abelii Orangutan 15.7 XP_002831786.1 836aa 99% 99%
Macaca mulatta Rezus majmun 29 XP_002806307.1 836aa 99% 99%
Callithrix jacchus Marmozet 42.6 XP_002762992.2 836aa 98% 98%
Mus musculus Miš 92.3 NP_001030079.2 835aa 91% 94%
Sus scrofa Svinja 94.2 XP_003360389.1 836aa 93% 96%
Gallus gallus Kokoš 296 XP_003641177.1 837aa 77% 85%
Chrysemys picta bellii Pjegava kornjača 296 XP_005279572.1 838aa 78% 86%
Oryzias latipes Medaka 400.1 XP_004076599.1 845aa 67% 77%
Gadus morhua Atlantski bakalar 400.1 AFK76491.1 842aa 29% 44%
Danio rerio Zebrica 400.1 XP_001342172.3 982aa 68% 77%
Petromyzon marinus Lampetra 535.7 ABO21295.1 222aa 44% 58%
Branchiostoma floridae Kopljača 713.2 XP_002598834.1 492aa 66% 79%
Ciona intestinalis Peharasta tunikata 722.5 XP_002125834.1 863aa 54% 66%
Strongylocentrotus purpuratus Purpurni morski jež 742.9 XP_787030.3 974aa 58% 72%
Aplysiomorpha californica Morski zec 782.7 XP_005113312.1 1269aa 51% 69%
Drosophila grimshawi Hawaiiska voćna mušica 782.7 XP_001994140.1 548aa 51% 69%
Anopheles gambiae Komarac 782.7 XP_321880 637aa 59% 75%
Apis mellifera Medonosna pčela[ 782.7 XP_397264 652aa 58% 73%
Caenorhabditis elegans Obla glista (nematoda) 937.5 NP_491985.4 634aa 46% 64%

Ekspresija i funkcija[uredi | uredi izvor]

Mikrfomreža u normalnom profiliranju ekspresije tkiva pokazuje povećanu ekspresiju gena u pankreasu, prostati, mozgu, kičmenoj moždini i timusu (GEO). Za razliku od paraloga, on nije izražen u tkivima aktiviranim makrofazima, što ukazuje na paralognu vezu sa upalnim odgovorom. ZC3H12B se privremeno eksprimira u tkivima mozga, timusa i testisa (EST).

Interakcije[uredi | uredi izvor]

Predviđene interakcije po Ingenuity Systems-u nisu pokazale molekule koji ciljaju lijek u putu i niti jednu poznatu metu lijeka. Navedene glavne funkcije i bolesti bili su rak, ozljede organizma i abnormalnosti, bolest reproduktivnog sistema. Predviđeno je nekoliko interakcija miRNK. Predviđene ciljeve miRNK tek treba uskladiti sa sekvencom ZC3H12B, a nejasno je postoji li interakcija između njih. Testovi poput Forsterovog rezonantnog prijenosa energije (FRET), ko-imunooprecipitacije, dvo-hibridne selekcije, hidropatske komplementarnosti, klaster-mikro-sekvence i ChiP-a mogli bi se koristiti u budućnosti za ispitivanje novih interakcija proteina/hromatina sa ZC3H12B.

Klinički značaj[uredi | uredi izvor]

Delecije lokusa Xq12 rezultirale su u nekoliko poremećaja kao što su neosjetljivost na androgen, osjetljivost na rak prostate, kičmena i bulbusna mišićna atrofija i Kennedyjevu mentalnu retardaciju; međutim, nije pronađena veza između ovih bolesti i ZC3H12B (NCBI).

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102053 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035045 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]