ZNF592
Protein cinkovog prsta 592 je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZNF592.[5]
Nicolas et al. (2010) utvrdili su da gen ZNF592 sadrži 11 egzona u rasponu od približno 20 kb.[6] Hartz (2010) mapirala je gen ZNF592 u hromosomu 15, sekvenca q25.3, na osnovu poravnanja sekvence ZNF592 (GenBank BC094688) sa genomskom sekvencom.[7]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 1.267 aminokiselina, a molekulska težina 137.528 Da.[8]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MGDMKTPDFD | DLLAAFDIPD | PTSLDAKEAI | QTPSEENESP | LKPPGICMDE | ||||
| SVSLSHSGSA | PDVPAVSVIV | KNTSRQESFE | AEKDHITPSL | LHNGFRGSDL | ||||
| PPDPHNCGKF | DSTFMNGDSA | RSFPGKLEPP | KSEPLPTFNQ | FSPISSPEPE | ||||
| DPIKDNGFGI | KPKHSDSYFP | PPLGCGAVGG | PVLEALAKFP | VPELHMFDHF | ||||
| CKKEPKPEPL | PLGSQQEHEQ | SGQNTVEPHK | DPDATRFFGE | ALEFNSHPSN | ||||
| SIGESKGLAR | ELGTCSSVPP | RQRLKPAHSK | LSSCVAALVA | LQAKRVASVT | ||||
| KEDQPGHTKD | LSGPTKESSK | GSPKMPKSPK | SPRSPLEATR | KSIKPSDSPR | ||||
| SICSDSSSKG | SPSVAASSPP | AIPKVRIKTI | KTSSGEIKRT | VTRILPDPDD | ||||
| PSKSPVGSPL | GSAIAEAPSE | MPGDEVPVEE | HFPEAGTNSG | SPQGARKGDE | ||||
| SMTKASDSSS | PSCSSGPRVP | KGAAPGSQTG | KKQQSTALQA | STLAPANLLP | ||||
| KAVHLANLNL | VPHSVAASVT | AKSSVQRRSQ | PQLTQMSVPL | VHQVKKAAPL | ||||
| IVEVFNKVLH | SSNPVPLYAP | NLSPPADSRI | HVPASGYCCL | ECGDAFALEK | ||||
| SLSQHYGRRS | VHIEVLCTLC | SKTLLFFNKC | SLLRHARDHK | SKGLVMQCSQ | ||||
| LLVKPISADQ | MFVSAPVNST | APAAPAPSSS | PKHGLTSGSA | SPPPPALPLY | ||||
| PDPVRLIRYS | IKCLECHKQM | RDYMVLAAHF | QRTTEETEGL | TCQVCQMLLP | ||||
| NQCSFCAHQR | IHAHKSPYCC | PECGVLCRSA | YFQTHVKENC | LHYARKVGYR | ||||
| CIHCGVVHLT | LALLKSHIQE | RHCQVFHKCA | FCPMAFKTAS | STADHSATQH | ||||
| PTQPHRPSQL | IYKCSCEMVF | NKKRHIQQHF | YQNVSKTQVG | VFKCPECPLL | ||||
| FVQKPELMQH | VKSTHGVPRN | VDELSSLQSS | ADTSSSRPGS | RVPTEPPATS | ||||
| VAARSSSLPS | GRWGRPEAHR | RVEARPRLRN | TGWTCQECQE | WVPDRESYVS | ||||
| HMKKSHGRTL | KRYPCRQCEQ | SFHTPNSLRK | HIRNNHDTVK | KFYTCGYCTE | ||||
| DSPSFPRPSL | LESHISLMHG | IRNPDLSQTS | KVKPPGGHSP | QVNHLKRPVS | ||||
| GVGDAPGTSN | GATVSSTKRH | KSLFQCAKCS | FATDSGLEFQ | SHIPQHQVDS | ||||
| STAQCLLCGL | CYTSASSLSR | HLFIVHKVRD | QEEEEEEEAA | AAEMAVEVAE | ||||
| PEEGSGEEVP | METRENGLEE | CAGEPLSADP | EARRLLGPAP | EDDGGHNDHS | ||||
| QPQASQDQDS | HTLSPQV |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]
Sekvenciranjem klonova dobivenih iz biblioteke cDNK nezrelih mijeloidnih ćelija s nezrelom mijeloidnom ćelijom KG-1, Nagase et al. (1996) klonirali su ZNF592, koji su nazvali KIAA0211. Izvedeni protein od 1.267 aminokiselina ima predviđeni cinkov prst C2H2 i mjesto vezanja hema slično mjestu porodice citohroma c. Northern blot analizom otkrivena je ekspresija ZNF592 u svim ispitivanim tkivima, s najvišim nivoima u srcu i skeletnim mišićima.[9]
Nicolas et al. (2010) primijetili su da ZNF592 sadrži 13 domena cinkovih prstiju C2H2 i pronašli su sveprisutnu ekspresiju ZNF592 u svim ispitivanim ljudskim tkivima s visokom ekspresijom u skeletnim mišićima, pa mozgu i koži i vrlo niskim nivoima u jajnicima, maternici i pljuvačnim žlijezdama. ZNF592 je široko eksprimiran u mozgu, uključujući mali mozak i cerebelum, sa većom ekspresijom u substantia nigra. ZNF592 je također eksprimiran u ljudskom fetusm tkivu i vrlo rano u mišjem embrionu.
Najpoznatija alelna varijanta je rs150829393gnomAD: rs150829393RCV000000014. Ova varijanta, ranije nazvana autosomno recesivna spinocerebelumska ataksijaa 5, na osnovu izvještaja Nicolasa et al. (2010), prekvalificirana je na osnovu nalaza Vodopiutza et al. (2015).[10]
U pogođenih članova srodničke libanske porodice Druza s poremećajem neurorazvoja koji se karakteriše kongenitalnom cerebelarnom ataksijom i intelektualnom invalidnošču, o čemu su prvobitno izvještavali Delague et al. (2002), Nicolas et al. (2010) identificirali su homozigotnu tranziciju 3136G-A u egzonu 6 gena ZNF592, što je rezultiralo supstitucijom gli1046-u-arg (G1046R) u visoko konzerviranom ostatku u jedanaestom domenu cinkovog prsta C2H2, u osnovi petlje između dva konzervirana cisteina. Predviđalo se da će mutacija rezultirati stvaranjem nove vodikove veze, što bi moglo rezultirati destabilizirajućim učinkom i poremećajem cinkovog prsta. Mutacija nije pronađena u 444 libanska kontrolna hromosoma. Northern blot i kvantitativna RT-PCR analiza pokazale su da su pacijenti i heterozigotni otac imali viši nivo ZNF592 transkripta u odnosu na kontrolu, ali rezultati nisu mogli biti potvrđeni na nivou proteina. Pretpostavljali su da je mutacija prouzrokovala razvojni nedostatak, utičući na više nizvodnih ciljeva ZNF592.
U pogođenih članova iste srodničke libanske porodice sa cerebelumskom atrofijom, koju su prvobitno prijavili Delague et al. (2002), Vodopiutz et al. (2015) identificirali su homozigotnu misense mutaciju u genu WDR73 (H347Y). Nalazi su bili u skladu s dijagnozom Galloway-Mowatovog sindroma (GAMOS). Zaključili su da je mutacija WDR73 identificirana u ovoj porodici odgovorna za fenotip, ali doprinos varijante ZNF592 nije mogao biti isključen.[11]
Funkcija[uredi | uredi izvor]
Smatra se da ovaj gen ima ulogu u složenom razvojnom putu i regulaciji gena koji su uključeni u razvoj mozga. Mutacije u ovom genu povezane su s autosomno recesivnom spinocerebralnom ataksijom.
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166716 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000005621 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: Zinc finger protein 592". Pristupljeno 7. 3. 2016.
- ^ Nicolas, E., Poitelon, Y., Chouery, E., Salem, N., Levy, N., Megarbane, A., Delague, V. CAMOS, a nonprogressive, autosomal recessive, congenital cerebellar ataxia, is caused by a mutant zinc-finger protein, ZNF592. Europ. J. Hum. Genet. 18: 1107-1113, 2010. PubMed: 20531441
- ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 11/1/2010.
- ^ "UniProt, Q92610". Pristupljeno 18. 7. 2021.
- ^ Nagase, T., Seki, N., Ishikawa, K., Ohira, M., Kawarabayasi, Y., Ohara, O., Tanaka, A., Kotani, H., Miyajima, N., Nomura, N. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VI. The coding sequences of 80 new genes (KIAA0201-KIAA0280) deduced by analysis of cDNA clones from cell line KG-1 and brain. DNA Res. 3: 321-329, 1996. PubMed: 9039502
- ^ Vodopiutz, J., Seidl, R., Prayer, D., Khan, M. I., Mayr, J. A., Streubel, B., Steiss, J.-O., Hahn, A., Csaicsich, D., Castro, C., Assoum, M., Mueller, T., and 11 others. WDR73 mutations cause infantile neurodegeneration and variable glomerular kidney disease. Hum. Mutat. 36: 1021-1028, 2015. PubMed: 26123727
- ^ Delague, V., Bareil, C., Bouvagnet, P., Salem, N., Chouery, E., Loiselet, J., Megarbane, A., Claustres, M. A new autosomal recessive non-progressive congenital cerebellar ataxia associated with mental retardation, optic atrophy, and skin abnormalities (CAMOS) maps to chromosome 15q24-q26 in a large consanguineous Lebanese Druze family. Neurogenetics 4: 23-27, 2002. PubMed: 12030328
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Huang J, Zheng DL, Qin FS, Cheng N, Chen H, Wan BB, Wang YP, Xiao HS, Han ZG (2010). "Genetic and epigenetic silencing of SCARA5 may contribute to human hepatocellular carcinoma by activating FAK signaling". J. Clin. Invest. 120 (1): 223–41. doi:10.1172/JCI38012. PMC 2798676. PMID 20038795.