PRR4

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
PRR4
Identifikatori
AliasiPRR4
Vanjski ID-jeviOMIM: 605359 HomoloGene: 48512 GeneCards: PRR4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za PRR4
Genomska lokacija za PRR4
Bend12p13.2Početak10,845,849 bp[1]
Kraj10,849,475 bp[1]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_007244
NM_001098538

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_001092008
NP_009175

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 12: 10.85 – 10.85 Mbn/a
PubMed pretraga[2]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Prolinom bogati protein 4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom PRR4.[3][4] Suzni prolinom bogati protein i je član porodice prolinom bogatih proteina kojoj nedostaje konzervirani ponavljajući domen. Može imati ulogu u zaštitnim funkcijama oka.

Analizom 1.780.295 5'-krajnjih sekvenci ljudskih cDNK pune dužine izvedenih iz 164 vrste biblioteka cDNK sa oligokapom, identificirano je 269.774 nezavisnih položaja transkripcijskih početnih lokacija (TSS) za 14.628 ljudskih gena RefSeq. Ovi TSS -ovi su grupirani u 30.964 klastera koji su međusobno odvojeni za više od 500 bp i stoga će vrlo vjerojatno predstavljati međusobno različite alternativne promotere. Na iznenađenje, najmanje 7.674 (52%) ljudskih gena RefSeq podložno je regulaciji putem navodnih alternativnih promotora (PAP). U prosjeku, bilo je 3,1 PAP po genu, sa sastavom jednog promotora koji sadrži CpG-ostrvo na 2,6 promotora bez CpG. U 17% lokusa koji sadrže PAP uočena je upotreba PAP-a specifična za tkivo. Najbogatiji tkivni izvori tkivno specifičnih PAP-ova bili su sjemenici i mozak.

Također je bilo zanimljivo da su promotori koji sadrže PAP bili obogaćeni genima koji kodiraju proteine povezane sa transdukcijom signala i bili su rjeđi u genima koji kodiraju vanćelijske proteine, što je vjerojatno odražavalo različite funkcionalne zahtjeve za i ograničenu ekspresiju tih kategorija gena. Obrasci prvih egzona također su bili veoma različiti. U prosjeku, bilo je 7,7 različitih tipova prerade prvih egzona po lokusu, djelomično proizvedenih PAP–ovima, što sugerira da se ovim mehanizmom može postići veliki broj transkripata. Nalazi ukazuju na to da bi upotreba zamjenskih promotora i posljedična alternativna upotreba prvih egzona trebali imati ključnu ulogu u stvaranju složenosti potrebne za visoko razrađene molekulske sisteme kod ljudi.[5]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 134 aminokiseline, a molekulska težina 15.097 Da.[6]

1020304050
MLLVLLSVVLLALSSAQSTDNDVNYEDFTFTIPDVEDSSQRPDQGPQRPP
PEGLLPRPPGDSGNQDDGPQQRPPKPGGHHRHPPPPPFQNQQRPPRRGHR
QLSLPRFPSVSLQEASSFFQRDRPARHPQEQPLW
Simboli

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c ENSG00000282269, ENSG00000263247 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000111215, ENSG00000282269, ENSG00000263247 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ Dickinson DP, Thiesse M (Oct 1995). "A major human lacrimal gland mRNA encodes a new proline-rich protein family member". Invest Ophthalmol Vis Sci. 36 (10): 2020–31. PMID 7544782.
  4. ^ "Entrez Gene: PRR4 proline rich 4 (lacrimal)".
  5. ^ Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
  6. ^ "UniProt, Q16378". Pristupljeno 13. 8. 2021.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]