CXorf66

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
CXorf66
Identifikatori
AliasiCXorf66
Vanjski ID-jeviMGI: 3779666 HomoloGene: 82551 GeneCards: CXorf66
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom X
Hrom.Hromosom X[1]
Hromosom X
Genomska lokacija za CXorf66
Genomska lokacija za CXorf66
BendXq27.1Početak139,955,728 bp[1]
Kraj139,965,521 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom X (miš)
Hrom.Hromosom X (miš)[2]
Hromosom X (miš)
Genomska lokacija za CXorf66
Genomska lokacija za CXorf66
BendX A6|XPočetak59,481,241 bp[2]
Kraj59,582,855 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

347487

631784

Ensembl

ENSG00000203933

ENSMUSG00000079583

UniProt

Q5JRM2

n/a

RefSeq (mRNK)

NM_001013403

NM_001039240
NM_001382307

RefSeq (bjelančevina)

NP_001013421

n/a

Lokacija (UCSC)Chr X: 139.96 – 139.97 MbChr X: 59.48 – 59.58 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

CXorf66, znan i kao protein otvorenog čitanja 66 hromosoma X, je 361aa protein koji je kod ljudi kodiran genom CXorf66. Predviđa se da je kodirani protein tip 1 transmembranski protein; međutim, njegova tačna funkcija još uvijek nije poznata.[5] CXorf66 has one alias: RP11-35F15.2.[5]

Postoji patent za CXorf66 pod fajlom US 8586006, koji izdaje Institut za biologiju sistema (Institute for Systems Biology) i kompanija Integrated Diagnostics, Inc.[6]

Protein CXorf66 potencijalni je novi biomarker raka.[7]

Gen[uredi | uredi izvor]

CXorf66 se nalazi na hromosomu X, pozicija Xq27.1, na komplementnom lancu.[8] The CXorf66 gene is located between ATP11C ATPase, MIR505, and HNRNPA3P3.[8] Pored toga, prema OMIM-u, CXorf66 se nalazi između SOX3, SPANXB1 i CDR1.[9]

iRNK[uredi | uredi izvor]

Varijante prerade[uredi | uredi izvor]

CXorf66 se sastoji samo od jedne poznate preradne varijante s tri egzona (1-117, 118-271 i 272-1288bp) i dva introna.[10] Lokacije veza javljaju se na položajima 30aa [G] i 81aa [M].[10]

Prerada proizvoda gena CXorf66

Utvrđeno je da CXorf66ima samo jedno poliadenilacijsko mjesto.[11]

Protein[uredi | uredi izvor]

Sasatav[uredi | uredi izvor]

Sa 57 serina i 42 lizina, protein CXorf66 bogat je i prvim i drugim.[12] CXorf66 ima molekulsku težinu od 39,9kdal, a izoelektrična tačka mu je 9,89.[12]

Domeni[uredi | uredi izvor]

Protein CXorf66 ima predviđeni signalni peptid od 1. do 19. aminokiseline (aa), topološki domen od 20-47aa, transmembranski domen od 48-68aa i drugi topološki domen od 69-361aa.[13] A signal peptide cleavage site is predicted to occur between the 17-18aa.[14] Analizirajući sastav proteina (bogat serinom i lizinom) i posttranslacijske modifikacije (visoki nivoi fosforilacije), predviđa se da je prvi topološki domen [20-47aa] vanćelijski, dok je topološk domen [69- 361aa] citoplazmatski. Vizuelni prikaz može se vidjeti na slici II.[15]

Slika I: Kandidatsko mjesto fosforilacije ljudskog proteina CXorf66
Slika II: SOSUI predviđanje transmembranske topologije proteina CXorf66

Tri ponovljena motiva DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] i PKRS [161-164 i 245-248aa] pronađena su u ljudskom proteinu CXorf66. Ova ponavljanja su konzervirana kod drugih primata, kao što su Gorilla gorilla gorilla i Macaca mulatta, ali ih nema kod drugih sisara.[16]

Jednonukleotidni polimorfizmi[uredi | uredi izvor]

Postoji jedna prirodna varijanta populacije (frekvencija 0,436) kod 233aa, od prolina do leucina u proteinu CXorf66, s prolinom koji je predački kodirana aminokiselina. Efekti ove misens mutacije nisu primijećeni.[13][17]

Interaktivni proteini[uredi | uredi izvor]

  • Slika III: STRING-predviđene interakcije proteina ljudskog proteina CXorf66
    Slika III: STRING-predviđene interakcije proteina ljudskog proteina CXorf66

Na osnovu predviđene interakcije proteina u programu STRING, CXorf66 ima bodovanje srednjeg nivoa za povezanost s proteinima navedenim na slici III.[18] Važno je napomenuti da svi navedeni proteini nisu eksperimentalno određeni.

Regulacija[uredi | uredi izvor]

Transkripcija[uredi | uredi izvor]

Promotor[uredi | uredi izvor]

Poznat je samo je jedan promotor kojeg je Genomatix predvidio za protein CXorf66 na negativnom lancu iz 139047554-139048298, čija je dužina 745 bp.[19] Kada se za generirani promotor CXorf66 koristi BLAT-poravnavanje, pronađeni su brojni pogoci s visokim identitetom za različite gene na različitim hromodsomima. Slijedi nekoliko generiranih rezultata pretraživanja s najboljim bodovanjem koji dijele visok postotak poklapanja identiteta:[20]

Ime Genski ID Rezultat Raspon (bp) van 745 Identitet Hromosom Lanac Start Kraj
ZBTB8A 653121 282 656 88,2% 1 - 32994892 32995547
TESK2 10420 263 624 90,3% 1 - 45843093 45843716
TBCK 93627 244 639 91,5% 4 + 107146630 107147268
USP48 84196 241 631 89,0% 1 + 22014725 22015355
PTPN22 26191 227 281 90,0% 1 - 114365307 114365587
PSPH 5723 220 605 90,6% 7 - 56098319 56098923

Jedinstveno, TESK2 je testis-specifična protein-kinaza, koja korelira s predviđenom ekspresijom tkivnog CXorf66.

Faktori transkripcije[uredi | uredi izvor]

Korištenjem Genomatixa, stvorena je tabela sa 20 glavnih transkripcijskih faktora i njihovih mjesta vezanja u promotoru CXorf66 (vidi sliku IV)

Slika IV: Generirana lista of mjesta vezanja transcripcijskih faktora u promotoru CXorf66-a

Translacija[uredi | uredi izvor]

CXorf66 ima dvije miRNK, hsa-mir-1290 Arhivirano 5. 3. 2021. na Wayback Machine i hsa-miR-4446-5p Arhivirano 4. 3. 2016. na Wayback Machine predviđene za vezanje sa 3' UTR regijom iRNK.[21]

Posttranslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]

Expasyjevim programom predviđeno je jedno N-glikozilacijsko mjesto NetNGlyc na NGSS [24aa] sa sekundarnim mestom također moguće na NGTN [21aa].[22] Primjenom NetPhos, predviđeno je ukupno 48 fosforijacijskih mjesta (41 serin, 2 treonina i 5 tirozina), koja se sva događaju nakon predviđenog transmembranskog domena, sugerirajući citoplazmatsku topologiju.[23] Upotrebom YinOYang, many O-GlcNAc predviđena su mjesta. Sve što uključuje visoki potencijal javlja se nakon transmembranske regije 48-68aa.[24] SUMO plot analiza provedena za protein CXorf66 vrste Homo sapiens, otkrila je veliku vjerovatnoću motiva sumolizacije na položaju K241, zajedno s motivima male vjerovatnoće na K316 i K186. Budući da sumoilacija ima ulogu u različitim ćelijskim procesima, kao što su jedarno-citosolni transport i regulacija transkripcije, očekuje se da je CXorf66 posttranslacijom modificirani SUMO protein.[25]

Subćelijska lokalizacija[uredi | uredi izvor]

Slika V: Jedarna lokalizacija siglala homologa CXorf66

Koristeći PSORT II, nađeno je da postoji signal jedarne lokalizacije od PYKKKHL na 268aa.[26] Može se vidjeti da se ovaj signal kozervira kod primata; međutim, nije prisutan kod drugih sisara. Pored toga, slijedeći SASC kNN-Prediction SDSC-ovog Biology Workbencha, ljudski protein CXorf66 i homolog miša imaju 47,8% vjerovatnoće da završe u jedarnom dijeli ćelije. Za udaljenije homologe, poput onoh kod Bos taurus, koji nemaju jedarne lokalizacijske signale, međutim, CXorf66 ima vjerovatnoću 34,8% da završi u vanćelijskom prostoru, uključujući regiju ćelijskog zida ili plazmatske membrane. Za prikaz nekoliko homologa i njihovih signala nuklearne lokalizacije, pogledati sliku V.

Homologija[uredi | uredi izvor]

CXorf66 nema poznate paraloge kod ljudi; međutim konzervirao je homologe širom carstva Mammalia. Izuzetno konzerviran je kod primata, po čemu je uočljiva brza evolucija za CXorf66, vidi sliku VI, objašnjavajući veći broj ortologa kod sisara, a ne kod beskičmenjaka, ptica i gmizavaca.[27]

Slika VI: Divergencija proteinskih homologa CXorf66
CXorf66-ov protein Vrsta Datiranje divergencije (milioni godina) [28] ncbi accession Number query cover Vrijednost Identitet
CXorf66 homolog Čimpanze (Pan troglodytes) 6,3 XP_001139133.1 100% 0 98%
CXorf66 homolog Gorila (Gorilla gorilla gorilla) 8,8 XP_004065002.1 100% 0 98%
LOC631784 isoform X1 Miš (Mus musculus) 92,3 XP_006528296.1 98% 2E-41 34%
CXorf66-like isoform X1 Pacov (Rattus norvegicus) 92,3 XP_001068529.2 84% 6E-32 32%
CXorf66 homolog Govedo (Bos taurus) 94,2 XP_005200949.1 96% 2.00E-46 35%
CXorf66 homolog Bijeli nosorog (Ceratotherium simum simum) 94,2 XP_004441715.1 100% 8.00E-86 48%
CXorf66 homolog Konj (Equus caallus) 94,2 XP_005614614.1 96% 8.00E-58 44%
Polipeptid srednjeg neurofilamenta Zebrica (Taeniopygia guttata) 296 XP_002197538.1 44% 2.00E-08 30%
Triadinoliki, djelimični Aligator (Alligator mississippiensis) 296 XP_006271227.1 53% 2.00E-12 23%
LOC590028 Morski jež (Strongylocentrotus purpuratus) 742.9 XP_794743.3 45% 2.00E-05 35.40%
Alfa-L-fukozidaza Bakterija Streptococcus mitis 2535.8 WP_001083113.1 47% 7.00E-38 22%

Ekspresija[uredi | uredi izvor]

Iz Unigeneovog EST cDNK iz obilja tkiva i Atlasa proteina, CXorf66 ima umjereno visoke nivoe ekspresije u testisima, uz viši nivo ekspresije u fetusnom tkivu, u odnosu na druge razvojne faze.[29][30] Protein CXorf66 također ima primjetno slabo prisustvo ukupne RNK u kontrolnom endometriju i endometriozi.[31] CXorf66 has been portrayed to have notable presence in the plasma and platelet.[5] Na osnovu podataka PaxDb-a, utvrđeno je da se CXorf66 svrstava u prvih 5% za jedno istraživanje ljudske plazme i među 25% za drugo istraživanje provedeno na ljudskim trombocitima.[32] Pored toga, primjetno je prisustvo 60–100% proteina CXorf66 i u tkivu oštećenog septuma i u dilatacijskoj kardiomiopatiji.[33] Nadalje, CXorf66 ima ~75% proteinskog prisustva u jednojedarnim ćelijama periferne krvi.[34]

Unigene EST-ovi tkivni podaci za ljudski protein CXorf66
GeneCards-ova predviđena tkivna ekspresija ljudskog proteina CXorf66
  • Prisustvo protrina CXorf66 u septumskom tkivu dilatacijske kardiomiopatije
    Prisustvo protrina CXorf66 u septumskom tkivu dilatacijske kardiomiopatije
  • Prisustvo proteina CXorf66 u mononukleusnim ćelijama periferne krvi
    Prisustvo proteina CXorf66 u mononukleusnim ćelijama periferne krvi
  • Prisustvo proteina CXorf66 u ukupnoj RNK endometrioze
    Prisustvo proteina CXorf66 u ukupnoj RNK endometrioze

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000203933 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000079583 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c GeneCard za CXorf66
  6. ^ Leroy Hood; Patricia M. Beckmann; Richard Johnson; Marcello Marelli; Xiaojun Li. "Organ-specific proteins and methods of their use". US8586006 Patent. Institute For Systems Biology, Integrated Diagnostics, Inc. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  7. ^ Delgado AP, Hamid S, Brandao P, Narayanan R (2014). "A novel transmembrane glycoprotein cancer biomarker present in the X chromosome". Cancer Genomics & Proteomics. 11 (2): 81–92. PMID 24709545.
  8. ^ a b "NCBI CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  9. ^ "OMIM CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  10. ^ a b "NCBI AceView CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  11. ^ "Softberry". Softberry.com. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  12. ^ a b Department of Bioengineering. "SDSC Biology Workbench". University of California, San Diego. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  13. ^ a b "UniProtKB/Swiss-Prot Q5JRM2". UniProt consortium. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  14. ^ Thomas Nordahl Petersen; Søren Brunak; Gunnar von Heijne; Henrik Nielsen. "SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions". Nature Methods. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  15. ^ Hirokawa T.; Boon-Chieng S.; Mitaku S. "SOSUI: classification and secondary structure prediction system for membrane proteins". Journal of Bioinformatics. Arhivirano s originala, 27. 5. 2021. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  16. ^ Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, I.R., Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Pristupljeno 11. 3. 2015.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
  17. ^ "dbSNP". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  18. ^ "CXorf66 Protein Interactions". STRING - Known and Predicted Protein-Protein Interactions. String-db.org. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  19. ^ Genomatix Software. "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  20. ^ Jim Kent. "BLAT". UCSC Genome Bioinformatics. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  21. ^ "miRBase: the microRNA database". University of Manchester. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  22. ^ Blom, N.; Gammeltoft, S.; Brunak, S. "Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  23. ^ R Gupta. "Prediction of glycosylation sites in proteomes: from post-translational modifications to protein function". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  24. ^ Qi Zhao; Yubin Xie; Yueyuan Zheng; Shuai Jiang; Wenzhong Liu; Weiping Mu; Yong Zhao; Yu Xue; Jian Ren. "GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs". Nucleic Acids Research. Arhivirano s originala, 10. 5. 2013. Pristupljeno 3. 4. 2021.
  25. ^ Paul Horton. "PSORT II". Psort.hgc.jp. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  26. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  27. ^ "The Timescale of Life". TimeTree. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  28. ^ "Unigene". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  29. ^ Uhlen M, Oksvold P, Fagerberg L, Lundberg E, Jonasson K, Forsberg M, Zwahlen M, Kampf C, Wester K, Hober S, Wernerus H, Björling L, Ponten F. "Towards a knowledge-based Human Protein Atlas". The Human Protein Atlas. Nat Biotechnology. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  30. ^ "CXorf66 -Endometriosis". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  31. ^ Wang, M.; et al. "PaxDb CXorf66". PaxDb: Protein Abundance Across Organisms. Mol Cell Proteomics. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  32. ^ "CXorf66 - Dilated cardiomyopathy: septum". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  33. ^ "Occupational benzene exposure: peripheral blood mononuclear cells (HumanRef-8)". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=CXorf66&oldid=3580307"