NDFIP2

NDFIP2
Identifikatori
Aliasi	NDFIP2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610041 MGI: 1923523 HomoloGene: 12636 GeneCards: NDFIP2
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 13 (čovjek)
Kraj	79,556,077 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 14 (miš)
Kraj	105,546,732 bp
Obrazac RNK ekspresije
	Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• signal transducer activity; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • WW domain binding;
Ćelijska komponenta	• citoplazma; • integral component of membrane; • endozom; • Golđijev aparat; • multivesicular body membrane; • intracellular membrane-bounded organelle; • membrana; • Golđijeva membrana; • Endoplazmatski retikulum; • mitohondrija; • perinuklearno područje citoplazme; • endosome membrane;
Biološki proces	• negative regulation of gene expression; • negative regulation of protein transport; • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling; • positive regulation of protein ubiquitination; • negative regulation of transporter activity; • GO:0072468 Transdukcija signala; • vacuolar transport; • GO:0070839 metal ion transport;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	54602
	76273
	ENSG00000102471
	ENSMUSG00000053253
	Q9NV92
	Q91ZP6
	NM_001161407; NM_019080; NM_001394685
	NM_001190989; NM_029561
	NP_001154879; NP_061953
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Protein 2 porodice NEDD4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NDFIP2 sa hromosoma 13. Citogenetička lokacija gena je 13q31.1, a genomske koordinate (GRCh38): 13:79,481.154 – 79,556.076 (prema NCBI).

Utvrđeno je da gen NDFIP2 sadrži sedam egzona i raspon od 69,8 kb. Promotorska regija ima više mjesta vezivanja za transkripcijske faktore, uključujući NFAT1 (NFATC2) i ELK1.^[5]^[6]^[7]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 36.390 Da.^[8]

10	20	30	40	50
MARRRSQRVC	ASGPSMLNSA	RGAPELLRGT	ATNAEVSAAA	AGATGSEELP
PGDRGCRNGG	GRGPAATTSS	TGVAVGAEHG	EDSLSRKPDP	EPGRMDHHQP
GTGRYQVLLN	EEDNSESSAI	EQPPTSNPAP	QIVQAASSAP	ALETDSSPPP
YSSITVEVPT	TSDTEVYGEF	YPVPPPYSVA	TSLPTYDEAE	KAKAAAMAAA
AAETSQRIQE	EECPPRDDFS	DADQLRVGND	GIFMLAFFMA	FIFNWLGFCL
SFCITNTIAG	RYGAICGFGL	SLIKWILIVR	FSDYFTGYFN	GQYWLWWIFL
VLGLLLFFRG	FVNYLKVRNM	SESMAAAHRT	RYFFLL

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]

Sekvenciranjem klonova dobijenih iz biblioteke cDNK frakcionirane veličine mozga, Hirosawa et al. (1999) klonirali NDFIP2, koji su označili kao KIAA1165. 3' UTR cDNK sadrži kratki isprekidani jedarni element. RT-PCR ELISA test otkrio je umjerenu ekspresiju u mozgu, jetri, bubrezima i kimenoj moždini odraslih, te u fetusnom mozgu i jetri. Ekspresija je bila niska u srcu odraslih, skeletnim mišićima, gušterači i jajnicima, s malo ili bez ekspresije u plućima, slezeni i sjemenicima. Visoka ekspresija otkrivena je u kaudalnom jezgru i hipokampusu, s umjerenim nivoima u svim drugim specifičnim regijama mozga. Hirosawa, M., Nagase, T., Ishikawa, K., Kikuno, R., Nomura, N., Ohara, O. Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain. DNA Res. 6: 329-336, 1999. PubMed: 10574461</ref>

Analizom mikročipova, Cristillo et al. (2003) identifikovali su NDFIP2, koji su nazvali N4WBP5A, kao gen koji je reguliran nakon aktivacije T-ćelija i snižen imunosupresivnim agensima. Klonirali su N4WBP5A analizom baze podataka i RT-PCR-om ukupne RNK leukocita ljudske periferne krvi. Izvedeni protein od 242 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 27,1 kD. Ima tri navodna transmembranska segmenta u C-terminalnoj polovini, dva pretpostavljena motiva vezana za WW bogata prolinom (PPxY), nekoliko mjesta vezivanja SH2 i SH3 i nekoliko mjesta fosforilacije serina i treonina. Northern blot analiza otkrila je transkript od 4,4 kb u mozgu i plućima te transkripte od 4,4 i 2,4 kb u srcu, skeletnim mišićima, bubrezima, jetri i posteljici. Ekspresija nije otkrivena u leukocitima periferne krvi u mirovanju. Fluorescento označeni i endogeni N4WBP5A kolokaliziran je s Golgijevim markerom i djelimično kolokaliziran s mitohondrijama i markerima endoplazmatskog retikuluma. Western blot analiza otkrila je N4WBP5A, pri prividnoj molekulskoj masi od 29 kD.

Konstas et al. (2002) klonirani mišji N4wbp5a. Mišji i ljudski proteini dijele više od 90% identiteta. Northern blot analiza otkrila je najveću ekspresiju N4wbp5a u mozgu, jetri, bubrezima i testisima miša. Imunohistokemijska analiza bubrega štakora otkrila je N4wbp5a u distalnim izuvijanim tubulama i ćelijama [[sabirni kanaal|sabirnćih kanala, gdje se lokalizirao u citosolu, uglavnom na bazolateralnoj strani. Bojenje je također otkriveno u perijedarnim regijama i unutar struktura nalik vezikulama. Vanjski i unutrašnji medulski sabirni kanali također su pokazali snažno unutarćelijsko obojenje.^[9]

Funkcija gena[uredi | uredi izvor]

Koristeći eksperimente koimunoprecipitacije, Cristillo et al. (2003) pokazali su da N4WBP5A stupa u interakciju s WW domenima NEDD4, ubikvitin-ligaze E3. Budući da je N4WBP5A bio pojačano reguliran u aktiviranim T-limfocitima, sugerirali su da N4WBP5A može imati regulatornu ulogu u moduliranju aktivnosti NEDD4 u T-ćelijama Golgijevog aparata.^[10]

Konstas et al (2002) otkrili su da ekspresija sisarskog N4wbp5a u oocitima u rodu Xenopus povećava površinsku ekspresiju amilorid-osjetljivog epitelnog natrijevog kanala (ENaC), smanjenjem brzine pronalaženja ENaC-a. N4wbp5a je spriječio natrijsku povratnu inhibiciju ENaC-a, vjerovatno ometajući regulaciju ENaC-a, posredovanu Nedd4-2 (NEDD4L). Predložili su da N4WBP5A regulira dostupnost i promet NEDD4/NEDD4-2, a Shearwin-Whyatt et al. (2004) pokazali su da su oba PPxY motiva N4wbp5a sisara vezana za WW domen Nedd4 i nekoliko proteina porodice Nedd4. Sveprisutnost N4wbp5a pojačana je Nedd4-om i Nedd4-2, ali ubikvitinacija nije značajno utjecala na promet proteina N4wbp5a. Ektopijskna ekspresija N4wbp5a u HeLa želijama inhibirala je receptor-posredovanu endocitozu obilježenog epidermalnog faktora rasta (EGF), a prekomjerna ekspresija N4wbp5a inhibirala je nakupljanje EGF-a u velikim endocitnim/lizosomnim vezikulama. Shearwin-Whyatt et akl. (2004) predložili su da N4WBP5A djeluje kao adapter za regrutiranje ubikvitin-proteinskih ligaza iz porodice NEDD4 u mehanizmima za promet proteina.^[11]

Interakcije[uredi | uredi izvor]

Pokazano je da NDFIP2 komuniciraju sa NEDD4.^[12]

Reference[uredi | uredi izvor]

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102471 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000053253 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Hirosawa M, Nagase T, Ishikawa K, Kikuno R, Nomura N, Ohara O (Jan 2000). "Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 6 (5): 329–36. doi:10.1093/dnares/6.5.329. PMID 10574461.
^ Konstas AA, Shearwin-Whyatt LM, Fotia AB, Degger B, Riccardi D, Cook DI, Korbmacher C, Kumar S (Aug 2002). "Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein". J Biol Chem. 277 (33): 29406–16. doi:10.1074/jbc.M203018200. PMID 12050153.
^ "Entrez Gene: NDFIP2 Nedd4 family interacting protein 2".
^ "UniProt, Q9NV92". Pristupljeno 3. 8. 2021.
^ Konstas, A.-A., Shearwin-Whyatt, L. M., Fotia, A. B., Degger, B., Riccardi, D., Cook, D. I., Korbmacher, C., Kumar, S. Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein. J. Biol. Chem. 277: 29406-29416, 2002. PubMed: 12050153
^ Cristillo, A. D., Nie, L., Macri, M. J., Bierer, B. E. Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes. J. Biol. Chem. 278: 34587-34597, 2003. PubMed: 12796489
^ Shearwin-Whyatt, L. M., Brown, D. L., Wylie, F. G., Stow, J. L., Kumar, S. N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking. J. Cell Sci. 117: 3679-3689, 2004. PubMed: 15252135
^ Cristillo, Anthony D; Nie Linghu; Macri Mirtha J; Bierer Barbara E (Sep 2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. ISSN 0021-9258. PMID 12796489.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Matsuda A, Suzuki Y, Honda G, et al. (2003). "Large-scale identification and characterization of human genes that activate NF-kappaB and MAPK signaling pathways". Oncogene. 22 (21): 3307–18. doi:10.1038/sj.onc.1206406. PMID 12761501.
Cristillo AD, Nie L, Macri MJ, Bierer BE (2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. PMID 12796489.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 13". Nature. 428 (6982): 522–8. Bibcode:2004Natur.428..522D. doi:10.1038/nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
Shearwin-Whyatt LM, Brown DL, Wylie FG, et al. (2005). "N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking". J. Cell Sci. 117 (Pt 16): 3679–89. doi:10.1242/jcs.01212. PMID 15252135.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102471 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000053253 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[pmid10574461-5] Hirosawa M, Nagase T, Ishikawa K, Kikuno R, Nomura N, Ohara O (Jan 2000). "Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 6 (5): 329–36. doi:10.1093/dnares/6.5.329. PMID 10574461.

[pmid12050153-6] Konstas AA, Shearwin-Whyatt LM, Fotia AB, Degger B, Riccardi D, Cook DI, Korbmacher C, Kumar S (Aug 2002). "Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein". J Biol Chem. 277 (33): 29406–16. doi:10.1074/jbc.M203018200. PMID 12050153.

[entrez-7] "Entrez Gene: NDFIP2 Nedd4 family interacting protein 2".

[UniProt-8] "UniProt, Q9NV92". Pristupljeno 3. 8. 2021.

[9] Konstas, A.-A., Shearwin-Whyatt, L. M., Fotia, A. B., Degger, B., Riccardi, D., Cook, D. I., Korbmacher, C., Kumar, S. Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein. J. Biol. Chem. 277: 29406-29416, 2002. PubMed: 12050153

[10] Cristillo, A. D., Nie, L., Macri, M. J., Bierer, B. E. Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes. J. Biol. Chem. 278: 34587-34597, 2003. PubMed: 12796489

[11] Shearwin-Whyatt, L. M., Brown, D. L., Wylie, F. G., Stow, J. L., Kumar, S. N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking. J. Cell Sci. 117: 3679-3689, 2004. PubMed: 15252135

[pmid12796489-12] Cristillo, Anthony D; Nie Linghu; Macri Mirtha J; Bierer Barbara E (Sep 2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. ISSN 0021-9258. PMID 12796489.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]