SUPT20H

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
SUPT20H
Identifikatori
AliasiSUPT20H
Vanjski ID-jeviOMIM: 613417 HomoloGene: 133929 GeneCards: SUPT20H
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 13 (čovjek)
Hrom.Hromosom 13 (čovjek)[1]
Hromosom 13 (čovjek)
Genomska lokacija za SUPT20H
Genomska lokacija za SUPT20H
Bend13q13.3Početak37,009,312 bp[1]
Kraj37,059,713 bp[1]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
GO:0001104 transcription coregulator activity
Ćelijska komponenta SAGA-type complex
SAGA complex
jedro
fibrillar center
Biološki proces Autofagija
multicellular organism development
Gastrulacija
regulation of nucleic acid-templated transcription
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001014286
NM_001278480
NM_001278481
NM_001278482
NM_017569

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_001014308
NP_001265409
NP_001265410
NP_001265411
NP_060039

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 13: 37.01 – 37.06 Mbn/a
PubMed pretraga[2]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Homolog SPT20 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SUPT20H.[3][4][5] Primjenom fluerecentne hibridizacije in situ i radijaciono -hibridne analize, gen FAM48A mapiran je na hromosomu 13, sekvenca q13.3.

Koristeći diferencijalni prikaz PCR-a za identifikaciju gena snižene ekspresije u malignom tkivu prostate, nakon čega slijedi skrining biblioteke cDNK prostate i 5' RACE, Schmidt et al. (2001) klonirali su FAM48A, koju su označili kao C13. Transkript sadrži kratki uzvodni ORF i glavni ORF koji kodira izvedeni protein sa 733 aminokiseline s izračunatom molekulskom masom od 80 kD. Protein ima N-terminalni jedarni signalni peptid, praćen domenom bogatim alfa-heliksima, PEST motivom i C-terminalnim glutaminom. Također ima nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacija serina. Northern blot analiza otkrila je transkripte od 3,0 i 4,4 kb u svim pregledanim tkivima. Northern blot i analize niza ekspresija pokazale su najveću ekspresiju u sjemenicima, zatim u različitim regijama mozga odraslih i nekoliko fetusnih tkiva, uključujući pluća, mozak, slezenu, timus i bubrege. In situ hibridizacija normalne ljudske prostate otkrila je FAM48A uglavnom u epitelu.[6] Zohn i et al. (2006) primijetili su da ljudski FAM48A, koga su nazvali p38IP, sadrži dva C-terminalna domena bogate serinom. Nasuprot tome, mišji protein s 530 aminokiselina ima samo jedan domen bogat serinom.

Funkcija gena[uredi | uredi izvor]

Zohn et al. (2006) pokazali su da su endogeni p38 (MAPK14) i p38IP u interakciji u ćelijama bubrega čovjeka. Dvo-hibridna analiza kvasca potvrdila je interakciju u HeLa ćelijama. p38IP nije bio u interakciji s drugim ispitivanim MAP-kinazama. Analiza mutacije otkrila je da je C-terminalna polovina p38IP, uključujući dvadomena bogata serinom, potrebna za interakciju s p38.[7]

Životinjski model[uredi | uredi izvor]

Zohn et al. (2006) uradili su skrining za mutagenezu N-etil-N-nitrozoureje. Drey mutirani miševi pokazali su nedostatke nepotpune penetracije u zatvaranju nervne cijevi, razvoju očiju i gastrulaciji. Pokazali su da je drey mutacija na mjestu prerade u p38ip uvela preuranjeni stop kodon. Drey mutirani miševi proizveli su mali dio transkripata divljeg tipa, vjerovatno objašnjavajući nepotpunu penetraciju. Drey mutant p38ip nije vezao p38, što je dovelo do oslabljene aktivacije p38 i njegovih nizvodnih supstrata u embrionskim tkivima. Rakođer su identificirali homozigotne miševe za ozbiljniju mutaciju p38ip, p38ip (RRK), koja je rezultirala potpuno penetrantnim defektima gastrulacije u kojima je bila otežana migracija mezoderma dalje od primitivne sekvence. Homozigotni miševi za p38ip (RRK) nisu aktivirali p38 u primitivnoj sekvenci, što je rezultiralo neuspjehom regulacije E-kadherina (CDH1), koji je blokirao prijelaz epitela u mezenhim potreban za normalnu migraciju mezoderma i gastrulaciju.

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 779 aminokiselina, a molekulska težina 85.789 Da.[8].

1020304050
MQQALELALDRAEYVIESARQRPPKRKYLSSGRKSVFQKLYDLYIEECEK
EPEVKKLRRNVNLLEKLVMQETLSCLVVNLYPGNEGYSLMLRGKNGSDSE
TIRLPYEEGELLEYLDAEELPPILVDLLEKSQVNIFHCGCVIAEIRDYRQ
SSNMKSPGYQSRHILLRPTMQTLICDVHSITSDNHKWTQEDKLLLESQLI
LATAEPLCLDPSIAVTCTANRLLYNKQKMNTRPMKRCFKRYSRSSLNRQQ
DLSHCPPPPQLRLLDFLQKRKERKAGQHYDLKISKAGNCVDMWKRSPCNL
AIPSEVDVEKYAKVEKSIKSDDSQPTVWPAHDVKDDYVFECEAGTQYQKT
KLTILQSLGDPLYYGKIQPCKADEESDSQMSPSHSSTDDHSNWFIIGSKT
DAERVVNQYQELVQNEAKCPVKMSHSSSGSASLSQVSPGKETDQTETVSV
QSSVLGKGVKHRPPPIKLPSSSGNSSSGNYFTPQQTSSFLKSPTPPPSSK
PSSIPRKSSVDLNQVSMLSPAALSPASSSQRTTATQVMANSAGLNFINVV
GSVCGAQALMSGSNPMLGCNTGAITPAGINLSGLLPSGGLLPNALPSAMQ
AASQAGVPFGLKNTSSLRPLNLLQLPGGSLIFNTLQQQQQQLSQFTPQQP
QQPTTCSPQQPGEQGSEQGSTSQEQALSAQQAAVINLTGVGSFMQSQAAV
LSQLGSAENRPEQSLPQQRFQLSSAFQQQQQQIQQLRFLQHQMAMAAAAA
QTAQLHHHRHTGSQSKSKMKRGTPTTPKF
Simboli

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102710 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ Gomes I, Sharma TT, Edassery S, Fulton N, Mar BG, Westbrook CA (Jun 2002). "Novel transcription factors in human CD34 antigen-positive hematopoietic cells". Blood. 100 (1): 107–19. doi:10.1182/blood.V100.1.107. PMID 12070015.
  4. ^ Kunze D, Fuessel S, Meye A, Wirth MP, Schmidt U (maj 2006). "Functional analyses of C13orf19/P38IP in prostate cell lines". Oncol Rep. 15 (6): 1599–604. doi:10.3892/or.15.6.1599. PMID 16685401.
  5. ^ "Entrez Gene: FAM48A family with sequence similarity 48, member A".
  6. ^ Schmidt, U., Fiedler, U., Pilarsky, C. P., Ehlers, W., Fussel, S., Haase, M., Faller, G., Sauter, G., Wirth, M. P. Identification of a novel gene on chromosome 13 between BRCA-2 and RB-1. Prostate 47: 91-101, 2001. PubMed: 11340631
  7. ^ Zohn, I. E., Li, Y., Skolnik, E. Y., Anderson, K. V., Han, J., Niswander, L. p38 and a p38-interacting protein are critical for downregulation of E-cadherin during mouse gastrulation. Cell 125: 957-969, 2006. PubMed: 16751104
  8. ^ "UniProt, Q8NEM7". Pristupljeno 5. 8. 2021.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]