TNRC6A
Protein sa trinukleotidnim ponavljanjem gena 6A je protein koji je kod ljudi kodiran genom TNRC6A.[5][6]
Ovaj gen kodira člana trinukleotidnog ponavljanja koji sadrži porodica proteina 6. Protein funkcionira u utišanju gena nakon transkripcije, putem RNK-interferencija (RNKi) i mikroRNK puteva. Protein se povezuje sa iRNK i argonaut proteinima u citoplazmatskim tijelima poznatim kao GW-tijela ili P-tijela. Inhibiranje ekspresije ovog gena delokalizira druge proteine GW-tijela i narušava RNKi i mikroRNK-inducirani gen za utišavanje.[6]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 1962 aminokiseline, a molekulska težina 210.297 Da.[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MRELEAKATK | DVERNLSRDL | VQEEEQLMEE | KKKKKDDKKK | KEAAQKKATE | ||||
| QKIKVPEQIK | PSVSQPQPAN | SNNGTSTATS | TNNNAKRATA | NNQQPQQQQQ | ||||
| QQQPQQQQPQ | QQPQPQPQQQ | QPQQQPQALP | RYPREVPPRF | RHQEHKQLLK | ||||
| RGQHFPVIAA | NLGSAVKVLN | SQSESSALTN | QQPQNNGEVQ | NSKNQSDINH | ||||
| STSGSHYENS | QRGPVSSTSD | SSTNCKNAVV | SDLSEKEAWP | SAPGSDPELA | ||||
| SECMDADSAS | SSESERNITI | MASGNTGGEK | DGLRNSTGLG | SQNKFVVGSS | ||||
| SNNVGHGSST | GPWGFSHGAI | ISTCQVSVDA | PESKSESSNN | RMNAWGTVSS | ||||
| SSNGGLNPST | LNSASNHGAW | PVLENNGLAL | KGPVGSGSSG | INIQCSTIGQ | ||||
| MPNNQSINSK | VSGGSTHGTW | GSLQETCESE | VSGTQKVSFS | GQPQNITTEM | ||||
| TGPNNTTNFM | TSSLPNSGSV | QNNELPSSNT | GAWRVSTMNH | PQMQAPSGMN | ||||
| GTSLSHLSNG | ESKSGGSYGT | TWGAYGSNYS | GDKCSGPNGQ | ANGDTVNATL | ||||
| MQPGVNGPMG | TNFQVNTNKG | GGVWESGAAN | SQSTSWGSGN | GANSGGSRRG | ||||
| WGTPAQNTGT | NLPSVEWNKL | PSNQHSNDSA | NGNGKTFTNG | WKSTEEEDQG | ||||
| SATSQTNEQS | SVWAKTGGTV | ESDGSTESTG | RLEEKGTGES | QSRDRRKIDQ | ||||
| HTLLQSIVNR | TDLDPRVLSN | SGWGQTPIKQ | NTAWDTETSP | RGERKTDNGT | ||||
| EAWGSSATQT | FNSGACIDKT | SPNGNDTSSV | SGWGDPKPAL | RWGDSKGSNC | ||||
| QGGWEDDSAA | TGMVKSNQWG | NCKEEKAAWN | DSQKNKQGWG | DGQKSSQGWS | ||||
| VSASDNWGET | SRNNHWGEAN | KKSSSGGSDS | DRSVSGWNEL | GKTSSFTWGN | ||||
| NINPNNSSGW | DESSKPTPSQ | GWGDPPKSNQ | SLGWGDSSKP | VSSPDWNKQQ | ||||
| DIVGSWGIPP | ATGKPPGTGW | LGGPIPAPAK | EEEPTGWEEP | SPESIRRKME | ||||
| IDDGTSAWGD | PSKYNYKNVN | MWNKNVPNGN | SRSDQQAQVH | QLLTPASAIS | ||||
| NKEASSGSGW | GEPWGEPSTP | ATTVDNGTSA | WGKPIDSGPS | WGEPIAAASS | ||||
| TSTWGSSSVG | PQALSKSGPK | SMQDGWCGDD | MPLPGNRPTG | WEEEEDVEIG | ||||
| MWNSNSSQEL | NSSLNWPPYT | KKMSSKGLSG | KKRRRERGMM | KGGNKQEEAW | ||||
| INPFVKQFSN | ISFSRDSPEE | NVQSNKMDLS | GGMLQDKRME | IDKHSLNIGD | ||||
| YNRTVGKGPG | SRPQISKESS | MERNPYFDKD | GIVADESQNM | QFMSSQSMKL | ||||
| PPSNSALPNQ | ALGSIAGLGM | QNLNSVRQNG | NPSMFGVGNT | AAQPRGMQQP | ||||
| PAQPLSSSQP | NLRAQVPPPL | LSPQVPVSLL | KYAPNNGGLN | PLFGPQQVAM | ||||
| LNQLSQLNQL | SQISQLQRLL | AQQQRAQSQR | SVPSGNRPQQ | DQQGRPLSVQ | ||||
| QQMMQQSRQL | DPNLLVKQQT | PPSQQQPLHQ | PAMKSFLDNV | MPHTTPELQK | ||||
| GPSPINAFSN | FPIGLNSNLN | VNMDMNSIKE | PQSRLRKWTT | VDSISVNTSL | ||||
| DQNSSKHGAI | SSGFRLEESP | FVPYDFMNSS | TSPASPPGSI | GDGWPRAKSP | ||||
| NGSSSVNWPP | EFRPGEPWKG | YPNIDPETDP | YVTPGSVINN | LSINTVREVD | ||||
| HLRDRNSGSS | SSLNTTLPST | SAWSSIRASN | YNVPLSSTAQ | STSARNSDSK | ||||
| LTWSPGSVTN | TSLAHELWKV | PLPPKNITAP | SRPPPGLTGQ | KPPLSTWDNS | ||||
| PLRIGGGWGN | SDARYTPGSS | WGESSSGRIT | NWLVLKNLTP | QIDGSTLRTL | ||||
| CMQHGPLITF | HLNLPHGNAL | VRYSSKEEVV | KAQKSLHMCV | LGNTTILAEF | ||||
| ASEEEISRFF | AQSQSLTPSP | GWQSLGSSQS | RLGSLDCSHS | FSSRTDLNHW | ||||
| NGAGLSGTNC | GDLHGTSLWG | TPHYSTSLWG | PPSSSDPRGI | SSPSPINAFL | ||||
| SVDHLGGGGE | SM |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane fetusne moždane biblioteke cDNK, Nagase et al . (2000) klonirali su TNRC6A, koji su označili kao KIAA1460. RT-PCR ELISA-test otkrio je ekspresiju TNRC6A u svim ispitivanim tkivima i specifičnim regijama mozga, sa najvećom ekspresijom u cijelom mozgu odrasle osobe.
Korištenjem autoimunih seruma pacijenta sa motornom i senzornom polineuropatijom za pregled biblioteke cDNK HeLa ćelija, nakon čega slijede analiza baze podataka i PCR, Eystathioy et al. (2002) klonirali su TNRC6A pune dužine, koji su nazvali GW182. Izvedeni protein od 1.709 aminokiselina ima izračunatu molekulsku masu od 182 kD. Sadrži signal centralne jedarne lokalizacije, motiv prepoznavanja C-terminalne RNK, brojna ponavljanja glicina/triptofana (GW) i višestruka mjesta fosforilacija. Northern blot analizom otkriven je transkript GW182 od 7,5 kb u svim ispitivanim tkivima, s najvećom ekspresijom u srcu. Označavanje radioaktivnim fosfatom ukazalo je da je GW182 fosfoprotein. Imunolokalizacija u HepG2 ćelijama pokazala je GW182 u jedinstvenim tijelima citoplazme bez membrana koje su Eystathioy et al. (2002) opisali pod nazivom GW tijela. Broj GW tijela kretao se od 0 u mitotskim ćelijama do 30 u nekim interfaznim ćelijama i varirali su u veličini.
Schneider et al. (2006) pbjavili su da protein GW182 sa 1.690 aminokiselina ima N-terminalni domen bogat GW-om, središnju regiju bogatu glutaminom i motiv prepoznavanja R-C-terminalne RNK.
Funkcija gena[uredi | uredi izvor]
Eystathioy et al. (2002) otkrili su da antitijela na GW182 imunoprecipitiraju širok spektar iRNK. Predložili su da su tijela GW ribonukleoproteinski kompleksi koji mogu biti uključeni u regulaciju transkripata potrebnih za rast ćelija i homeostazu.[8] Eystathioy et al. (2003) otkrili su da je najčešća klinička dijagnoza pacijenata sa antitijelima na GW182 bio Sjogrenov sindrom, praćen mešovitom motornom/senzornom neuropatijom i sistemskim eritematoznim [[lupus ggom (SLE).[9]
Koristeći imunogold elektronsku mikroskopiju, Yang et al. (2004) pokazali su da su tijela GW promjera 100 do 300 nm i da im nedostaje lipidna membrana. Činilo se da strukture sadrže nakupine niti promjera 8 do 10 nm.[10]
Upotrebom sinhroniziranih HeLa ćelija, otkrili su da su GW tijela mala u ranoj S fazi i veća tokom kasne S i G2 faze ćelijskog ciklusa. Većina GW tijela rastavljena je prije mitoze, a mala GW tijela ponovno sastavljena početkom G1 faze. Proliferirajuće mišje ćelije sadržavale su veća, svjetlija i brojnija GW tijela i imale su do pet puta više ukupnog proteina Gw182 od ćelija u mirovanju. Nokdaun Gw182 in vitro doveo je do nestanka tijela GW.
Jakymiw et al (2005) otkrili su da su endogeni AGO2 (EIF2C2) i transficirali male molekuke interferirajuće RNK (siRNA) akumulirane u GW tijelima u HeLa ćelijama, te da je GW182 komunicirao s AGO2. N-terminalni fragment GW182 nije se lokalizirao na GW tijelima, a ova konstrukcija je poremetila GW tijela u HeLa ćelijama i ometala sposobnost utišavanja siRNK specifične za lamin-A/C. Zaključili su da GW182 i/ili mikrookruženje citoplazmatskih GW tijela doprinose RNK-induciranom kompleksu za utišavanje i utišavanju RNK.[11]
Schneider et al. (2006) otkrili su ortolog kod Drosophila iz ljudske porodice GW182, lokaliziran u tačkasta citoplazmatska žarišta, zavisana od RNK. Smanjivanje neuobičajene aktivnosti mutacijom ili ubrizgavanjem antitijela tokom razvoja sincicijskog embriona dovelo je do abnormalnih jedarnih podjela, što je pokazalo ranu potrebu za regulacijom cRM cRO, posredovane tjelesnim gelom.[12]
Analizom mikromreža, Behm-Ansmant et al. (2006) otkrili su da je iscrpljivanje Gw182 dovelo do promjena u profilu ekspresije iRNK u ćelijama Drosophila S2 sličnih onima uočenim nakon iscrpljivanja Ago1. Kada je Gw182 vezan za transkript reporter, utišao je svoju ekspresiju, zaobilazeći potrebu za Ago1, a Gw182 je potiskivao ekspresiju proteina i promovirao raspadanje iRNK. Također su pokazali da su N-terminalni GW ponavlja Gw182, u interakciji sa PIWI domenom Ago1. Zaključili su da GW182 povezuje put mikroRNK s degradacijom iRNK, interakcijom sa AGO1.[13]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c ENSG00000288130 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000090905, ENSG00000288130 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000052707 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Margolis RL, Abraham MR, Gatchell SB, Li SH, Kidwai AS, Breschel TS, Stine OC, Callahan C, McInnis MG, Ross CA (Jul 1997). "cDNAs with long CAG trinucleotide repeats from human brain". Hum Genet. 100 (1): 114–22. doi:10.1007/s004390050476. PMID 9225980. S2CID 25999127.
- ^ a b "Entrez Gene: TNRC6A trinucleotide repeat containing 6A".
- ^ "UniProt, Q8NDV7". Pristupljeno 9. 7. 2021.
- ^ Eystathioy, T., Chan, E. K. L., Tenenbaum, S. A., Keene, J. D., Griffith, K., Fritzler, M. J. A phosphorylated cytoplasmic autoantigen, GW182, associates with a unique population of human mRNAs within novel cytoplasmic speckles. Molec. Biol. Cell 13: 1338-1351, 2002. PubMed: 11950943
- ^ Eystathioy, T., Chan, E. K. L., Takeuchi, K., Mahler, M., Luft, L. M., Zochodne, D. W., Fritzler, M. J. Clinical and serological associations of autoantibodies to GW bodies and a novel cytoplasmic autoantigen GW182. J. Molec. Med. 81: 811-818, 2003. PubMed: 14598044
- ^ Yang, Z., Jakymiw, A., Wood, M. R., Eystathioy, T., Rubin, R. L., Fritzler, M. J., Chan, E. K. L. GW182 is critical for the stability of GW bodies expressed during the cell cycle and cell proliferation. J. Cell Sci. 117: 5567-5578, 2004. PubMed: 15494374
- ^ Jakymiw, A., Lian, S., Eystathioy, T., Li, S., Satoh, M., Hamel, J. C., Fritzler, M. J., Chan, E. K. L. Disruption of GW bodies impairs mammalian RNA interference. Nature Cell Biol. 7: 1267-1274, 2005. Note: Erratum: Nature Cell Biol. 8: 100 only, 2006. PubMed: 16284622
- ^ Schneider, M. D., Najand, N., Chaker, S., Pare, J. M., Haskins, J., Hughes, S. C., Hobman, T. C., Locke, J., Simmonds, A. J. Gawky is a component of cytoplasmic mRNA processing bodies required for early Drosophila development. J. Cell Biol. 174: 349-358, 2006. PubMed: 16880270
- ^ Behm-Ansmant, I., Rehwinkel, J., Doerks, T., Stark, A., Bork, P., Izaurralde, E. mRNA degradation by miRNAs and GW182 requires both CCR4:NOT deadenylase and DCP1:DCP2 decapping complexes. Genes Dev. 20: 1885-1898, 2006. PubMed: 16815998
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Yamagata K, Takeda J, Menzel S, et al. (1996). "Searching for NIDDM susceptibility genes: studies of genes with triplet repeats expressed in skeletal muscle". Diabetologia. 39 (6): 725–730. doi:10.1007/BF00418545. PMID 8781769. S2CID 41411039.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, et al. (2000). "Shotgun sequencing of the human transcriptome with ORF expressed sequence tags". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (7): 3491–3496. doi:10.1073/pnas.97.7.3491. PMC 16267. PMID 10737800.
- Nagase T, Kikuno R, Ishikawa K, et al. (2000). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Res. 7 (2): 143–150. doi:10.1093/dnares/7.2.143. PMID 10819331.
- Eystathioy T, Chan EK, Tenenbaum SA, et al. (2002). "A phosphorylated cytoplasmic autoantigen, GW182, associates with a unique population of human mRNAs within novel cytoplasmic speckles". Mol. Biol. Cell. 13 (4): 1338–1351. doi:10.1091/mbc.01-11-0544. PMC 102273. PMID 11950943.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Eystathioy T, Chan EK, Mahler M, et al. (2004). "A panel of monoclonal antibodies to cytoplasmic GW bodies and the mRNA binding protein GW182". Hybrid. Hybridomics. 22 (2): 79–86. doi:10.1089/153685903321947996. PMID 12831532.
- Eystathioy T, Jakymiw A, Chan EK, et al. (2003). "The GW182 protein colocalizes with mRNA degradation associated proteins hDcp1 and hLSm4 in cytoplasmic GW bodies". RNA. 9 (10): 1171–1173. doi:10.1261/rna.5810203. PMC 1370480. PMID 13130130.
- Eystathioy T, Chan EK, Takeuchi K, et al. (2004). "Clinical and serological associations of autoantibodies to GW bodies and a novel cytoplasmic autoantigen GW182". J. Mol. Med. 81 (12): 811–818. doi:10.1007/s00109-003-0495-y. PMID 14598044. S2CID 31604559.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–45. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Yang Z, Jakymiw A, Wood MR, et al. (2005). "GW182 is critical for the stability of GW bodies expressed during the cell cycle and cell proliferation". J. Cell Sci. 117 (Pt 23): 5567–5578. doi:10.1242/jcs.01477. PMID 15494374.
- Sen GL, Blau HM (2005). "Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies". Nat. Cell Biol. 7 (6): 633–636. doi:10.1038/ncb1265. PMID 15908945. S2CID 6085169.
- Rehwinkel J, Behm-Ansmant I, Gatfield D, Izaurralde E (2005). "A crucial role for GW182 and the DCP1:DCP2 decapping complex in miRNA-mediated gene silencing". RNA. 11 (11): 1640–1647. doi:10.1261/rna.2191905. PMC 1370850. PMID 16177138.
- Jakymiw A, Lian S, Eystathioy T, et al. (2006). "Disruption of GW bodies impairs mammalian RNA interference". Nat. Cell Biol. 7 (12): 1167–1174. doi:10.1038/ncb1334. PMID 16284622. S2CID 36630239.
- Liu J, Rivas FV, Wohlschlegel J, et al. (2006). "A role for the P-body component GW182 in microRNA function". Nat. Cell Biol. 7 (12): 1161–1166. doi:10.1038/ncb1333. PMC 1804202. PMID 16284623.
- Lian S, Jakymiw A, Eystathioy T, et al. (2007). "GW bodies, microRNAs and the cell cycle". Cell Cycle. 5 (3): 242–245. doi:10.4161/cc.5.3.2410. PMID 16418578.
- Behm-Ansmant I, Rehwinkel J, Doerks T, et al. (2006). "mRNA degradation by miRNAs and GW182 requires both CCR4:NOT deadenylase and DCP1:DCP2 decapping complexes". Genes Dev. 20 (14): 1885–1898. doi:10.1101/gad.1424106. PMC 1522082. PMID 16815998.
- Schneider MD, Najand N, Chaker S, et al. (2006). "Gawky is a component of cytoplasmic mRNA processing bodies required for early Drosophila development". J. Cell Biol. 174 (3): 349–358. doi:10.1083/jcb.200512103. PMC 2064231. PMID 16880270.