PAX3

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
PAX3
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

3CMY

Identifikatori
AliasiPAX3
Vanjski ID-jeviOMIM: 606597 MGI: 97487 HomoloGene: 22494 GeneCards: PAX3
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 2 (čovjek)
Hrom.Hromosom 2 (čovjek)[1]
Hromosom 2 (čovjek)
Genomska lokacija za PAX3
Genomska lokacija za PAX3
Bend2q36.1Početak222,199,887 bp[1]
Kraj222,298,998 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 1 (miš)
Hrom.Hromosom 1 (miš)[2]
Hromosom 1 (miš)
Genomska lokacija za PAX3
Genomska lokacija za PAX3
Bend1 C4|1 39.79 cMPočetak78,077,904 bp[2]
Kraj78,173,771 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• HMG box domain binding
• vezivanje sa DNK
• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
• sequence-specific DNA binding
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
• GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta• jedro
• nukleoplazma
Biološki proces• animal organ morphogenesis
• GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
• multicellular organism development
• muscle organ development
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
• transcription by RNA polymerase II
• sensory perception of sound
• transcription, DNA-templated
• nervous system development
• GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
• GO:0097285 apoptoza
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

5077

18505

Ensembl

ENSG00000135903

ENSMUSG00000004872

UniProt

P23760

P24610

RefSeq (mRNK)
NM_000438
NM_001127366
NM_013942
NM_181457
NM_181458

NM_181459
NM_181460
NM_181461

NM_001159520
NM_008781

RefSeq (bjelančevina)
NP_000429
NP_001120838
NP_039230
NP_852122
NP_852123

NP_852124
NP_852125
NP_852126
NP_852122.1

NP_001152992
NP_032807

Lokacija (UCSC)Chr 2: 222.2 – 222.3 MbChr 1: 78.08 – 78.17 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

PAX3 (gen 3 uparene kuitije) jest gen koji se kod ljudi balazi na hromosomu 2. Kodira člana uparene kutije ili porodice PAX transkripcijskih faktora.[5] Porodica PAX sastoji se od devet ljudskih (PAX1-PAX9) i devet mišjih (Pax1-Pax9) članova raspoređenih u četiri potporodice. Ljudski PAX3 i mišji Pax3 prisutni su u podporodici zajedno sa visoko homolognim ljudskim PAX7 i mišjim Pax7 genima. Ljudski PAX3 gen nalazi se u hromozomskoj regiji 2q36.1 i sadrži 10 egzona unutar 100 kb regiona.

Prerada transkripta[uredi | uredi izvor]

Alternativna prerafa i obrada generira višestruke PAX3 izoforme koje su otkrivene na nivou iRNK.[6] PAX3e je najduža izoforma i sastoji se od 10 egzona koji kodiraju protein od 505 aminokiselina. Kod drugih vrsta sisara, uključujući miša, najduže iRNK odgovaraju izoformama PAX3c i PAX3d čovjeka, koje se sastoje od prvih osam ili devet egzona gena PAX3. Kraće PAX3 izoforme uključuju iRNK koje preskaču egzon 8 (PAX3g i PAX3h) i iRNK koje sadrže četiri ili pet egzona (PAX3a i PAX3b). U ograničenim studijama koje upoređuju ekspresiju izoforme, PAX3d je izražen na najvišim nivoima. ]Sa funkcionalnog stanovišta, PAX3c, PAX3d i PAX3h stimulišu aktivnosti kao što je rast ćelija, dok PAX3e i PAX3g inhibiraju ove aktivnosti, a PAX3a i PAX3b ne pokazuju nikakvu aktivnost ili inhibiraju ove krajnje tačke.

Uobičajea [[alternativna prerada koja utiče na PAX3 iRNK uključuje sekvencu CAG na 5' kraju egzona 3.[7] Ovaprerada ili uključuje ili isključuje ove tri baze, što rezultira prisustvom ili odsustvom glutamin]skih ostataka u motivu uparene kutije. Ograničene studije sekvenciranja ljudskih cDNK pune dužine identificirale su ovaj događaj prerade kao varijantu izoforme PAX3d, a ova prerašđena izoforma je odvojeno nazvana PAX3i izoforma. Q+ i Q- izoforme PAX3 općenitoo se koeksprimiraju u ćelijama. Na funkcionalnom nivou, Q+ izoforma pokazuje slično ili manje vezivanje DNK i aktivaciju transkripcije od Q- izoforme.

Amiokiselininska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 479 aminokiselina, a molekulska težina 52.968 Da.[8]

1020304050
MTTLAGAVPRMMRPGPGQNYPRSGFPLEVSTPLGQGRVNQLGGVFINGRP
LPNHIRHKIVEMAHHGIRPCVISRQLRVSHGCVSKILCRYQETGSIRPGA
IGGSKPKQVTTPDVEKKIEEYKRENPGMFSWEIRDKLLKDAVCDRNTVPS
VSSISRILRSKFGKGEEEEADLERKEAEESEKKAKHSIDGILSERASAPQ
SDEGSDIDSEPDLPLKRKQRRSRTTFTAEQLEELERAFERTHYPDIYTRE
ELAQRAKLTEARVQVWFSNRRARWRKQAGANQLMAFNHLIPGGFPPTAMP
TLPTYQLSETSYQPTSIPQAVSDPSSTVHRPQPLPPSTVHQSTIPSNPDS
SSAYCLPSTRHGFSSYTDSFVPPSGPSNPMNPTIGNGLSPQVMGLLTNHG
GVPHQPQTDYALSPLTGGLEPTTTVSASCSQRLDHMKSLDSLPTSQSYCP
PTYSTTGYSMDPVTGYQYGQYGQSKPWTF

Struktura i funkcija proteina[uredi | uredi izvor]

'Struktura PAX3 gena, iRNK i proteina: Egzoni u DNK i iRNK dijagramima su numerisani, a horizontalna strelica na DNK dijagramu pokazuje promotor i pravac transkripcije. Startni i stop kodoni prikazani su na dijagramu iRNK vertikalnim strelicama. Konzervirane regije su označene otvorenim okvirima u dijagramu proteina, a funkcionalni domeni su označeni debelim horizontalnim linijama iznad dijagrama proteina. Reprezentativne veličine su prikazane tankim horizontalnim segmentima u dijagramima DNK, iRNK i proteina. Skraćenice: PB = upareni bokutijski domen; HD = homeodomen; PST = regija bogata prolinom, serinom i treoninom; DBD= DNK vezujući domen; TAD = domen aktivacije transkripcije.

PAX3 kodira faktor transkripcije sa N-terminalnim DNK vezujućim domenom- koji se sastoji od uparene kutije (PD) kodiranog egzonima 2, 3 i 4, i oktapeptida i kompletnog homeodomena (HD) kodiranpg egzonima 5 i 6.[9] Pored toga, PAX3 protein ima domen transkripcijske aktivacije C-terminala kodiran egzonima 7 i 8. Visoko konzervirani PD sastoji se od regiona od 128 aminokiselina koji se vezuje za DNK sekvence povezane sa TCACGC/G motivom.[10] HD motiv se obično sastoji od 60 aminokiselina i veže se za sekvence koje sadrže motiv jezgra TAAT.[11] The combination of these two DNA binding domains enable the PAX3 protein to recognize longer sequences containing PD and HD binding sites.[12] U C-terminalu PAX3, nalazi se regija bogata prolinom, serinom i treoninom (PST) koja mjeri 78 aminokiselina i stimulira transkripcijsku aktivnost..[13] Postoje i domeni represije transkripcije u HD i N-terminalnom regionu (uključujući prvu polovinu PD), koji potiskuju domen C-terminalne transkripcione aktivacije.[14]

PAX3 funkcionira kao aktivator transkripcije za većinu ciljnih gena, ali također može potisnuti manji podskup ciljnih gena.[15] Ove promene ekspresije se vrše vezivanjem PAX3 za specifična mesta prepoznavanja, koja se nalaze na različitim genomskim lokacijama.[16]

Tabeta 1: Reprezentativni PAX3 transkripcijski ciljni geni

Proteinska kategoroja Naziv Fenotipska aktivnost
Molekula ćelijske adhezije NRCAM Međućelijka adhezija
Hemokinski receptor CXCR4 Pokretljivost
Receptor tirozin-kinaza FGFR4 Proliferacija, diferencijacija, migracija
MET Proliferacija, migracija, preživljavanje
RET Prolifercija, migracija, diferecijacija
Transkripcijsi faktor MITF Diferencijacija, proliferacija, preživljavanje
MYF5 Diferencijacija
MYOD1 Diferencijacija

Napomene[uredi | uredi izvor]

Greška: Imena pokazatelja stanja stranice ne smiju biti prazna.

{{{tekst}}}

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000135903 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000004872 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Stuart ET, Kioussi C, Gruss P (1994). "Mammalian Pax genes". review. Annual Review of Genetics. 28: 219–36. doi:10.1146/annurev.ge.28.120194.001251. PMID 7893124.
  6. ^ Wang Q, Fang WH, Krupinski J, Kumar S, Slevin M, Kumar P (decembar 2008). "Pax genes in embryogenesis and oncogenesis". review. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 12 (6A): 2281–94. doi:10.1111/j.1582-4934.2008.00427.x. PMC 4514106. PMID 18627422.
  7. ^ Vogan KJ, Underhill DA, Gros P (decembar 1996). "An alternative splicing event in the Pax-3 paired domain identifies the linker region as a key determinant of paired domain DNA-binding activity". primary. Molecular and Cellular Biology. 16 (12): 6677–86. doi:10.1128/mcb.16.12.6677. PMC 231670. PMID 8943322.
  8. ^ "UniProt, P23760" (jezik: engleski). Pristupljeno 18. 11. 2021.
  9. ^ Baldwin CT, Hoth CF, Macina RA, Milunsky A (august 1995). "Mutations in PAX3 that cause Waardenburg syndrome type I: ten new mutations and review of the literature". review. American Journal of Medical Genetics. 58 (2): 115–22. doi:10.1002/ajmg.1320580205. PMID 8533800.
  10. ^ Jun S, Desplan C (septembar 1996). "Cooperative interactions between paired domain and homeodomain". primary. Development. 122 (9): 2639–50. doi:10.1242/dev.122.9.2639. PMID 8787739.
  11. ^ Wilson D, Sheng G, Lecuit T, Dostatni N, Desplan C (novembar 1993). "Cooperative dimerization of paired class homeo domains on DNA". primary. Genes & Development. 7 (11): 2120–34. doi:10.1101/gad.7.11.2120. PMID 7901121.
  12. ^ Phelan SA, Loeken MR (juli 1998). "Identification of a new binding motif for the paired domain of Pax-3 and unusual characteristics of spacing of bipartite recognition elements on binding and transcription activation". primary. The Journal of Biological Chemistry. 273 (30): 19153–9. doi:10.1074/jbc.273.30.19153. PMID 9668101.
  13. ^ Bennicelli JL, Fredericks WJ, Wilson RB, Rauscher FJ, Barr FG (juli 1995). "Wild type PAX3 protein and the PAX3-FKHR fusion protein of alveolar rhabdomyosarcoma contain potent, structurally distinct transcriptional activation domains". primary. Oncogene. 11 (1): 119–30. PMID 7624119.
  14. ^ Bennicelli JL, Edwards RH, Barr FG (maj 1996). "Mechanism for transcriptional gain of function resulting from chromosomal translocation in alveolar rhabdomyosarcoma". primary. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (11): 5455–9. doi:10.1073/pnas.93.11.5455. PMC 39267. PMID 8643596.
  15. ^ Mayanil CS, George D, Freilich L, Miljan EJ, Mania-Farnell B, McLone DG, Bremer EG (decembar 2001). "Microarray analysis detects novel Pax3 downstream target genes". primary. The Journal of Biological Chemistry. 276 (52): 49299–309. doi:10.1074/jbc.M107933200. PMID 11590174.
  16. ^ Soleimani VD, Punch VG, Kawabe Y, Jones AE, Palidwor GA, Porter CJ, Cross JW, Carvajal JJ, Kockx CE, van IJcken WF, Perkins TJ, Rigby PW, Grosveld F, Rudnicki MA (juni 2012). "Transcriptional dominance of Pax7 in adult myogenesis is due to high-affinity recognition of homeodomain motifs". primary. Developmental Cell. 22 (6): 1208–20. doi:10.1016/j.devcel.2012.03.014. PMC 3376216. PMID 22609161.

Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]


Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=PAX3&oldid=3392253"