Izvorni kôd stranice ATG101

{{Infokutija gen}}
'''Autofagno srodni protein 101''', znan i kao '''ATG101''' je [[protein]] koji je kod [[ljudi]] [[kodon|kodiran]] [[gen]]om '''C12orf44'''  ([[otvoreni okvir čitanja]] [[hromosom 12|hromosoma 12]]).<ref name="entrez">{{cite web | title = Entrez Gene: chromosome 12 open reading frame 44| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=60673}}</ref>

[[Autofagija]] je proces stvaranja [[vakuole]] oko proteina i [[nukleinske kiseline|nukleinskih kiselina]] koje treba razgraditi u [[lizosom]]ima. Transkribirana sekvenca [[iRNK]]  kao C12orf44 ima 1.287 [[bazni par|parova baza]], a nakon translacije sekvenca je duga tek 218 [[aminokiselina]]. Protein ATG101 je lokaliziran u [[citoplazma|citoplazmi]], ali se može naći i vezan za strukturu poznatu kao [[fagofor]], uključenu u autofagiju. Gen je visoko konzerviran među [[sisari]]ma, kao i kod većine [[eukariot]]a. Smatra se da je u direktnoj interakciji sa proteinom povezanim sa [[ATG13]] u kompleksu [[ULK1]], što može biti važno za aktiviranje fagofora.

==Aminokiselinska sekvenca==
Dužina [[polipeptid]]nog lanca je  218 [[aminokiselina]], a  [[molekularna masa|molekulska težina]]   25.003 [[dalton (jedinica)|Da]].<ref name="UniProt">{{cite web|url=http://www.uniprot.org/uniprot/Q9BSB4#sequences |title=UniProt, Q9BSB4 |access-date=7. 8. 2021}}</ref>.

<table  style="font-family:monospace;">
<tr style="text-align:right;"><th>10</th><th></th><th>20</th><th></th><th>30</th><th></th><th>40</th><th></th><th>50</th></tr>
<tr style="background-color: #eee;"><td>MNCRSEVLEV</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>SVEGRQVEEA</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>MLAVLHTVLL</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>HRSTGKFHYK</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>KEGTYSIGTV</td></tr>
<tr style="background-color: #eee;"><td>GTQDVDCDFI</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>DFTYVRVSSE</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>ELDRALRKVV</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>GEFKDALRNS</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>GGDGLGQMSL</td></tr>
<tr style="background-color: #eee;"><td>EFYQKKKSRW</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>PFSDECIPWE</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>VWTVKVHVVA</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>LATEQERQIC</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>REKVGEKLCE</td></tr>
<tr style="background-color: #eee;"><td>KIINIVEVMN</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>RHEYLPKMPT</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>QSEVDNVFDT</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>GLRDVQPYLY</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>KISFQITDAL</td></tr>
<tr style="background-color: #eee;"><td>GTSVTTTMRR</td><td style="background-color: #f9f9f9;"></td><td>LIKDTLAL</td></tr>
</table>
{{Legenda aminokiselina}}

== Funkcija ==

ATG101 je novootkriveni važan protein vezan za [[autofagija|autofagiju]], među mnogim drugim proteinima odgovornim za ovaj proces, koji je dobro konzerviran među većinom eukariotskih organizama. Međutim, ATG101 nije [[homolog]]an niti jednom od drugih ATG proteina. ATG101 stupa u interakciju s esencijalnim proteinom autofagije [[ATG13]] u [[sisar]]a, koji je u interakciji sa proteinom [[ULK1]].<ref name="pmid19287211">{{cite journal |vauthors=Mercer CA, Kaliappan A, Dennis PB | title = A novel, human Atg13 binding protein, Atg101, interacts with ULK1 and is essential for macroautophagy | journal = Autophagy | volume = 5 | issue = 5 | pages = 649–62 |date=juli 2009 | pmid = 19287211 | doi = 10.4161/auto.5.5.8249| doi-access = free }}</ref>  Smatra se da je ULK1 ([[kinaza]] 1 slična unc-51) važna za aktiviranje makroautofagije kod sisara. Predlaže se da ATG101 štiti ATG13 od [[proteasom]]ske degradacije, stabilizujući nivo ATG13 koji se nalazi u ćelijama i regulira nivoe makroautofagije.<ref name="pmid19597335">{{cite journal |vauthors=Hosokawa N, Sasaki T, Iemura S, Natsume T, Hara T, Mizushima N | title = Atg101, a novel mammalian autophagy protein interacting with Atg13 | journal = Autophagy | volume = 5 | issue = 7 | pages = 973–9 |date=oktobar 2009 | pmid = 19597335 | doi = 10.4161/auto.5.7.9296| doi-access = free }}</ref> Prema objavljenim radovima, za ATG101 se smatra da se lokalizira na izolacijskoj membrani, poznatoj i kao fagofor. Ova vezanost za fagofor mogla bi objasniti mjesto palmitoilacije koje se nalazi na trećoj aminokiselini, a to je [[cistein]]. Fagofori su odgovorni za prepoznavanje i okolne materijale koji se trebaju razgraditi u [[lizosom]]u, formiranjem membrane koja potpuno okružuje materijale koji se razgrađuju.

== Svojstva proteina ==
{{Infokutija protein
| Symbol = DUF1649
| Ime = Protein DUF1649 nepoznate funkcije 
| image = 
| width = 
| caption = 
| Pfam = PF07855
| Pfam_clan = 
| InterPro = IPR012445
| SMART = 
| PROSITE = 
| SCOP = 
| TCDB = 
| OPM family = 
| OPM protein = 
| PDB = 
}}
[[slika:High conservation.jpg|thumb|325px|Međusobno poravnavanje konzerviranih sekvenci različitih sisara, uključujući [[pas|psa]], [[govedo]], [[miš]]a, [[pacov]]a i [[čimpanze]].]]
[[slika:ATG101 similar structure.jpg|thumb|Struktura proteina kontrolne tačke sklopa vretena Mad2, predviđena za 95% sličnosti ATG101. <br>Ovo je najbliža poznata procjena strukture novog proteina ATG101.]]
Protein ATG101 sadrži domen  DUF1649 (domen nepoznate funkcije 1649).

ATG101 je visoko konzerviran među većinom [[kičmenjak]]a, uključujući i [[životinje]], poput miševa, čiji se [[zajednički predak]] s ljudima divergirao prije 65 do 85 miliona godina. Ovo može biti dokaz da je ATG101 značajan na način da mora ostati strukturno konzerviran, kako bi zadržao funkciju. U sekvenci [[DNK]]  za ATG101 poznata su samo dva misens [[SNP|jednonukleotidna polimorfizma]] (SNP), što pokazuje da ne postoje druge verzije ovog proteina, što također ukazuje na njegovu strukturnu važnost.

U ovoj konceptnoj translaciji  može se vidjeti mjesto palmitoilacije na trećoj aminokiselini, kao i moguće mjesto [[fosforilacije]] prikazano  kao okruženo zagradama. Aminokiseline su poredane iznad [[kodirajuća RNK|kodirajuće regije iRNK]], koja je također numerirana sa strane. U ATG101, ovaj protein je bogat [[valin]]om.

== [[Ekspresija gena]] ==

Nema konkretnih podataka o uspostavljanju ATG101 u bilo kojem određenom području. Gledajući više skupova ekspresije i kod ljudi i kod miševa, pretpostavlja se da je sveprisutno iekspimiran u tkivima.

== Gensko susjedstvo ==

* '''GRASP GRP1''' (opći receptor za fosfoinozitide 1)-vezani skelski protein''<ref>NM_001098673.1. The NCBI handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; 2002 Oct. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books</ref> -
Kodovi općeg receptorskog proteina koji je relativno nepoznat, koji se nalazi na istom lancu kao i C12orf44, kako se vidi dolje, obuhvaća 8924 bp.
* '''[[Nervni faktor rasta IB|NR4A1]]'''(potporodica 4 jedarnih receptora, grupa A, član 1).
Ovaj gen kodira nervni [[faktor rasta]] IB koji je član natporodice steroidnih hormona štitnjače –retinoida. Ekspresija je inducirana [[fitohemaglutin]]inom u ljudskim limfocitima i serumskom stimulacijom zadržanih [[fibroblast]]a. Kodirani protein djeluje kao faktor jedarne transkripcije. Translokacija proteina iz jedra u [[mitohondrije]] izaziva [[apoptoza|apoptozu]]. Lokacija je na istoj strani kao i C12orf44, raspona 8097 bp.
* '''OR7E47P''' (mirisni receptor, porodica 7, potporodica E, [[pseudogen]]ski  član 47)
Olfaktorni receptori stupaju u interakciju s mirisnim molekulama u nosu, kako bi inicirali [[neuron]]ski odgovor koji pokreće percepciju mirisa. Proteini mirisnih receptora su članovi velike porodice receptora vezanih za G-protein (GPCR) koji proizlaze iz gena za jedan kodirajući [[egzon]]. Mirisni receptori dijele strukturu 7-[[transmembranski domen|transmembranskih domena]] s mnogim [[neurotransmiter]]ima i receptorima [[hormon]]a i odgovorni su za prepoznavanje i prijenos G-signala posredovanih G proteinima. Smješten nakon C12orf44 na hromosomu 12, nalazi se na istom lancu i ima 946 bp po dužini.
*'''[[KRT80]]''' ([[keratin]] 80) 
:Ovaj gen kodira [[epitel]]ni keratin koji je slabo eksprimiran u [[jezik]]u. Nalazi se na suprotnoj strani od C12orf44 i dug je 23.005 bp.

==Reference==
{{Reflist}}

==Vanjski linkovi==
* {{UCSC gene info|ATG101}}

[[Kategorija:Geni na hromosomu 12]]
[[Kategorija:Ljudski proteini]]
[[Kategorija:Proteomika]]