Izvorni kôd stranice Molekularna evolucija

{{Evolucija|expanded=Procesi i ishodi}}
{{Genetika bočni stubac}}
'''Molekularna  evolucija''' je process mijenjanja sekvenci ćelijskih [[molekula]] iz sklopova kao što su [[DNK]], [[RNK]] i  [[protein]]i, tokom niza uzastopnih generacija. Istovremeno, tako se naziva i nauka koja ih proučava.<ref name="Hadziselimović">{{cite book |author=Hadžiselimović R |year=2005|title=Bioantropologija – Biodiverzitet recentnog čovjeka.|publisher= Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo|isbn=9958-9344-2-6}}</ref>

U objašnjavanju obrazaca tih promjena, molekularna evolucija koristi temeljne principe [[evolucijska biologija|evolucijske biologije]] i [[populacijska genetika|populacijske genetike]]. Glavne teme u molekularnoj evoluciji počivaju na: stopi uticaja promjena pojedinačnih [[nukleotid]]a, neutralnoj evoluciji u odnosu na [[prirodna selekcija|prirodno odabiranje]], nastanku novih [[gen]]a, genetičkoj prirodi kompleksnih osobina, genetičkim osnovama [[specijacija|specijacije]] i [[adaptacija|prilagodljivosti]] razvojne evolucije, načinima i putevima uticaja evolucijskih snaga na [[genom]]ske i [[fenotip]]ske promjene.<ref name="Hadziselimović-Pojskić">{{cite book |author=Hadžiselimović R., Pojskić N.|year=2005|title= Uvod u humanu imunogenetiku.|publisher= Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo|isbn=9958-9344-3-4}}</ref>

== Određujuće snage molekularne evolucije ==
Sadržaj i struktura [[genom]]a su proizvod djelovanja molekularnih i [[populacijska genetika|populacijskogenetičkih]] sila koje deluju na taj genom. Nove genetičke varijante nastaju [[mutacija]]ma, a širit će se i održavati u populacijama zbog uticaja [[genetički drift|genetičkog pomaka (drifta)]] i/ili [[prirodna selekcija|prirodnog odabiranja]].

=== Mutacije ===
{{Glavni|Mutacija}}
[[Datoteka:Hedgehog with Albinism.jpg|thumb|upright = 2.0|Depiogmentacija ježa je posljedica mutacije gena koji kontrolira sintezu [[melanin]]a.]]

Mutacije su trajne, prenosive promjene u [[DNK|genetičkom materijalu]] ([[DNK]] ili [[RNK]]) [[ćelije (biologija)|ćelija]] ili [[virus]]a. One su rezultat grešaka u [[replikacija DNK|replikaciji DNK]] u [[ćelijska dioba|ćelijskoj diobi]] i izlaganja [[UV zračenje|zračenju]], hemijskim agensima i drugim [[Ekologija|ekološkim]] opasnostima ili [[virus (biologija)|virusima]] i [[transpozon]]ima. Većina mutacija koje se javljaju su [[SNP|jednonukleotidni polimorfizmi]] koji izmijene jednu bazu u sekvenci DNK, što  dovodi do [[mutacija]]. Ostale vrste mutacija mijenjaju veće segmente DNK i mogu dovesti do duplikacije, insercije, delecije, inverzije i translokacije, odnosno [[hromosomske mutacije|strukturnih heomosomskih mutacija]]. Mutacije mogu zahvatiti i cijele [[hromosom]]e (numeričke [[hromosomske mutacije]]) ili cijele [[ploidija|haploidne]] [[hromosomska garniture|hromosomske garniture]] ([[genomska mutacija|genomske mutacije]]).<ref>{{cite book |author=Wen-Hsiung Li|year=2006 |title= Molecular Evolution |publisher=Sinauer|isbn=0-87893-480-4}}</ref><ref>{{cite book |author=Michael Lynch|year=2007|title= The Origins of Genome Architecture |publisher=Sinauer|isbn=0-87893-484-7}}</ref><ref>A. Meyer (Editor), Y. van de Peer,  Genome Evolution: Gene and Genome Duplications and the Origin of Novel Gene Functions, 2003, {{ISBN|978-1-4020-1021-7}}.</ref>

Većina organizama ispoljava snažnu podložnost mutacijama koje se javljaju sa jakim uticajem u G-C [[bazni par|para baza]]. [[Tranzicija (genetika)|Tranzicije]] (A ↔ G ili C ↔ T) su češće od [[transverzija]] [[purin]]a ([[adenin]]a ili [[guanin]]a) ↔ [[pirimidin]] ([[citozin]] ili [[timin]], a u [[RNK]], [[uracil]]) i da su manje šanse promjene [[aminokiselina|aminokiselinskih]] sekvenci [[protein]]a.

Mutacije su [[stohastika|stohastične]] i u [[gen]]ima se obično javljaju nasumično. Stope mutacija po jednom [[nukleotid]]nom mjestu, za većinu organizama su vrlo niske, oko 10<sup>x–9</sup> do 10<sup>−8</sup> po mjestu u generaciji, iako neki virusi imaju veće stope mutacijam, od  oko 10<sup>−6</sup>, po mjestu po generaciji. Među njima, neke će biti neutralne ili korisne i ostati u [[genom]]u, osim ako se izgube iz genoma, pod uticajem genetičkog pomaka i prironog odabiranja.

Zbog toga što su mutacije izuzetno rijetke, vrlo sporo se akumuliraju tokom niza generacija. Dok broj mutacija koje se pojavljuju u jednoj generacije može varirati, protokom  vrlo dugog vremenskog perioda, one će se pojaviti i akumulirati po redovnom tempu. Koristeći stopu mutacija po generaciji i broj nukleotidnih razlika između dva niza, vrijeme udaljavanja (vrsta, npr.) se može djelotvorno procijeniti preko [[molekularni sat|molekularnog sata]].

=== Rekombinacije ===
{{Glavni|Genetička rekombinacija}}
[[Datoteka:Chromosomal Recombination.svg|thumb|300px|Rekombinacija koja uključuje prekide i prespajanje dva [[hromosom]]a (M and F), što daje dva preuređena hromosoma (C1 i C2).]]
[[Genetičke rekombinacije]] su posljedica procesa koji dovodi do genetičke razmjene između [[hromosom]]a ili hromosomskih regija. Rekombinacije sprečavaju fizičku povezanost između susjednih [[gen]]a, čime se smanjuje [[genetičko autostopiranje]]. Nezavisno nasljeđivanje gena dovodi do uspješnijeg kombiniranja, što znači da će područja sa većim i učestalijim rekombinacijama imati manje štetne mutacije, odnosno imati povoljnije varijante, uz manje grešaka u replikaciji i popravkama [[DNK]]. Rekombinacije također mogu stvarati određene vrste mutacija, ako su homologni hromosomi u [[mejoza|mejozi]] pogrešno poravnati.

==== Promjena gena ==== 
[[Promjena gena]] je vrsta rekombinacije koja je proizvod [[reparacija DNK|popravke DNK]], gdje se oštetećeni nukleotid ispravlja pomoću [[Homologija (biologija)|homolognog]] [[genom]]skog područja kao matrice. Oštećene baze se prvo izbace iz oštećenog lanca, koji se zatim usklađuje sa neoštećenim homologom. Zatim sinteza [[reparacija DNK|DNK popravke]] izbacuje oštećeno područje pomoću neoštećenih lanaca kao vodiča.
 
Promjena gena je često odgovorna za homogeniziranje sekvence duplikatnih gena tokom dužeg vremenskog perioda, smanjujući udaljavanje  [[nukleotid]]a.

== Genetički pomak ==
{{Glavni|Genetički drift}}
'''Genetički drift''' (''genetičko pomjeranje'', ''genetičko-automatski procesi'', ''efekat slučaja'', ''efekat [[Sewall Wright|Sewalla Wrighta]]''), u novije vrijeme sve češće i ''usko grlo'', neadaptacijski, odnosno vanselekcijski je činilac [[evolucija|evolucijskog]] slučajnog favoriziranja [[fenotip]]ova, koji također može značajno učestvovati u nastanku prepoznatljivih [[genski fond|genskih fondova]] osobenih [[populacija]] [[život|živih]] bića.
Ovaj faktor, bez obzira na [[adaptivna vrijednost|adaptivnu vrijednost fenotipa]], u nekoj od ključnih etapa nastanka genskog fonda naredne generacije, sasvim slučajno, određuje relativno učešće pojedinih gena. Njegovim djelovanjem, posebno u uslovima reproduktivne izolacije, objašnjavaju se često drastične međupopulacijske razlike u frekvenciji određenih "prilagodbeno neutralnih [[osobina]]", koje obično nastaju kada:
*narednu generaciju ne reproducira sveukupna [[populacija]] nego njen manji ili veći dio.
*"igrom slučaja nema stvaranja reproduktivnih parova saglasno sa zakonima [[Vjerovatnoća|vjerovatnoće]], tj. njihovom relativnom učešću u populacije ili
*kada (bez uticaja selekcije), neki reproduktivni parovi imaju relativno više potomaka od ostalih, odnosno kada u genski fond naredne generacije ugrađuju veću količinu svojih [[gen]]a.
*slučajnim nastankom [[genski fond|genskog fonda]] pojedinih izolata i [[migracija|migrirajućih]] grupa. One po "principu osnivača" sačinjavaju genske fondove novih (sub)[[populacija]], genetičkog sastava koji u manjoj ili većoj mjeri (ali gotovo redovno) odstupa od aktuelnog stanja u matičnoj populaciji. Ukratko, [[gen]]ski fond bilo kojeg izdvojenog dijela matične populacije ne može biti minijatura njene [[genetička struktura populacije|genetičke strukture]].<ref name="Hadziselimovic">{{cite book |author=Hadžiselimović R.|year=1986|title= Uvod u teoriju antropogeneze|publisher=Svjetlost, Sarajevo|isbn=9958-9344-2-6}}</ref><ref name=Berberovic>{{cite book|author=Berberović Lj., Hadžiselimović R|year=1986|title=Rječnik genetike|publisher=Svjetlost, Sarajevo|isbn= 86-01-00723-6}}</ref>

[[Datoteka:Random sampling genetic drift.svg|thumb|right|400px|Simulacija djelovanja genetičkog pomaka: proces fiksiranja plavog "[[alel]]a" (odnosno uklanjanja crvenog) tokom pet generacija.]]

Između ostalog, tom "igrom slučaja" (genetičkim pomakom) u zahvaćenim malim populacijama može doći do fiksiranja izuzetno visoke ili niske učestalosti određenih gena, bez obzira na njihov početni doprinos prilagodbenoj vrijednosti fenotipa. S tim u vezi, isti gen može biti koristan u kombinaciji sa jednim, neutralan sa drugim, a štetan u kombinaciji sa trećim genom te da njihovi efekti nisu izloženi samo prilagođavanju spoljnoj sredini nego njihovom međudejstvu.

== Odabir (selekcija) ==
Selekcija se javlja kada organizmi sa većom [[fitnes|prilagodbenom vrijednošću]], odnosno većom sposobnošću da prežive ili ostave više potomaka koji imaju prednost u kasnijim generacijama. Time se povećava učešće njihovih osnovnih genetičkih varijanti u populaciji. Odabiranje može biti proizvod prirodne selekcije, vještačkog odabira ili [[seks]]ualne selekcije. Prirodna selekcija je proces odabira koji se javlja zbog različe prilagođenosti organizma na svoju okolinu. Za razliku od seksualne selekcije, koja je proizvod izbora partnera, pogodujući širenju genetičkih varijanti koje se ponašaju suprotno od prirodne selekcije, ali povećavaju želju ka suprotnom spolu ili povećavaju uspjeh parenja. Umjetna selekcija, također poznata kao selektivni uzgoj, nameće se izvan prirodnih entiteta što obično čine ljudi kako bi se povećala učestalost željenih osobina.
Principi populacijske genetike se odnose na isti način na sve vrste prirodne selekcije, iako zapravo svaki može proizvesti različite efekte zbog grupisanja gena sa različitim ulogama u različitim dijelovima [[genom]]a, ili zbog različitih svojstava [[gen]]a u određenim ulogama datih klasa. Naprimjer, spolna selekcija može češće uticati na molekularnu evoluciju spolnih hromosoma, zbog grupisanja posebnih spolnih gena na X, Y, Z ili W hromosomima koji određuju spolnu pripadnost.

Selekcija može djelovati na nivou gena na račun [[fitnes]]a organizma, što dovodi do selektivne prednosti za sebične genetičke elemente,  uprkos i o trošku organizma. Primjeri takvih sebičnih elemenata uključuju [[transpozon]]ske (prenosive) elemente tokom [[mejoza|mejoze]], ubice [[hromosom X (čovjek)|X hromosoma]], sebične [[mitohondrije]] i samoprenosivi [[intron]]i.

==Arhitektura genoma==
===Veličina genoma===
Veličina genoma utiče na količinu ponavljajućih sekvenci [[DNK]], kao i broja gena u organizmu. [[Paradoks C-vrijednosti]] odnosi se na nedostatak odnosa između 'složenosti' organizma i veličine [[genom]]a. Objašnjenja za tzv. paradoks su najmanje dvostruki. Prvo, ponavljajući genetički elementi čine veliki dio genoma mnogih organizama, čime "napuhuju" pokazatelje sadržaja DNK u [[ploidija|haploidnom genomu]]. Drugo, broj gena nije nužno pokazatelj broja razvojnih faza ili vrste [[Tkivo|tkiva]] u organizmu. [[Organizam]] sa nekoliko faza u razvoju ili vrste tkiva može imati veliki broj gena koji utiču na nerazdvajanje [[fenotip]]ova – napuhivanje sadržaja gena u odnosu na porodice gena koji kontroliraju razvoj.

Objašnjenja o neutralnosti veličine genoma pokazuju da kada je mala veličina [[populacije]], mnoge [[mutacije]] postaju gotovo neutralne. Dakle, u malim populacijama ponavljajući sadržaji i druge 'vezane' DNK mogu se akumulirati i bez stavljanja organizama u nezavidan položaj. Malo je dokaza koji ukazuju na to da je veličina genoma pod jako rasprostranjenom selekcijom kod višećelijskih [[eukarioti|eukariota]]. Veličina genoma, neovisno o sadržaju gena, slabo se uklapa sa većinom fizioloških [[osobina]] kod mnogih eukariota (uključujući [[sisar]]e) sa velikom količinom ponavljajućih elemenata DNK.

Međutim, [[ptice]] su vjerojatno prošle kroz snažnu selekciju za smanjenje veličine genoma, što je bio odgovor na promjenu energetskih  potreba za let. Za razliku od ljudi, ptice imaju [[crvena krvna zrnaca]] sa [[jedro]]m, a veće jedro omogućava niži nivo transporta [[kisik]]a. [[Metabolizam]] ptica je daleko veći nego kod sisara, uglavnom zbog letenja, a potrebe za kisikom su visoke. Većina ptica ima mali, kompaktan [[genom]] sa nekoliko ponavljajućih elemenata. Indirektni dokazi ukazuju na to da su ne-ptičji teropodni [[dinosaur]]ski preci modernih ptica također imali smanjenu veličinu genoma, u skladu sa [[Endotermija|endotermijom]] i visokim energetskim potrebama za brzo trčanje. Mnoge [[bakterije]] su također prošle kroz selekciju male veličine genoma, jer su vrijeme replikacije i potrošnja energije  čvrsto povezani sa [[fitnes]]om.
 
=== Ponavljajući elementi ===
Prenosivi elementi su samoreplicirajući, sebični genetički dijelovi koji su sposobni za razmnožavanje u [[genom]]ima domaćina. Mnogi od tih prenosivih elemenata su srodni [[virus]]ima i imaju nekoliko zajedničkih [[protein]]a.
DNK [[transpozon]]i se ponašaju po modelu "izrezati-zalijepiti" prenosive elemente koji isijecaju sekvence DNK i prenose ih na alternativne dijelove genoma. To su:
*ne-LTR retrotranspozoni,
*LTR retrotranspozoni, 
*helitroni,
''Alu'' elementi čine preko 10% ljudskog genoma, koji su kratke neautonomne ponavljajuće sekvence.

== Odnos broja hromosoma i složenost organizacije ==
Broj [[hromosom]]a u organizma nije nužno u odnosu sa količinom DNK u njegovom [[genom]]u. [[Mrav]] ''Myrmecia pilosula'' ima samo jedan par hromosoma, a [[paprat]] gujin jezik (''Ophioglossum reticulatum'') ima do 1.260 hromosoma. U genomu [[protozoa]], kao što su [[cilijate]], svaki gen je u posebnom hromosomu, što dovodi do organizacije fizički nepovezanog genoma. Smanjena povezanost stvaranjem dodatnih hromosoma treba djelotvorno povećati djelotvornost odabira.

Promjene u broju hromosoma mogu imati ključnu ulogu u [[specijacija|specijaciji]], jer različiti brojevi hromosoma mogu biti prepreka za [[reprodukcija|reprodukciju]] [[hibrid (biologija)|hibrida]]. Ljudski [[hromosom 2 (čovjek)|hromosom 2]] je nastao fuzijom dva hromosoma [[čimpanze|zajedničkog pretka sa čimpanzom]] i dalje sadrži centralnu [[telomera|telomeru]] kao i zakržljalu drugu centromeru. [[Poliploid]]ija, posebno [[alopoliploid]]ija, koja se često javlja kod [[biljka|biljaka]], također može dovesti do reprodukcijske  neusklađenosti sa roditeljskim vrstama. Plavi [[leptir]]i ''Agrodiatus'' imaju raznovrsne brojeve hromosoma u rasponu od ''n''=10 do ''n''=134, a dodatno imaju jednu od najviših stopa specijacije do sada identificirane.

=== Sadržaj i raspodjela gena ===
Različiti organizmi imaju različit broj [[gen]]a u okviru genoma, kao i različite obrasce u raspodjeli gena u njemu. Neki organizmi, kao što je većina [[bakterija]], ''[[Drosophila]]'' i ''[[Arabidopsis]]'' imaju posebno kompaktne genome, sa malo ponavljajućih sadržaja ili [[nekodirajuća DNK|nekodirjuće DNK]]. Ostali organizmi, poput [[sisar]]a ili [[kukuruz]]a, imaju velike količine ponavljajućih DNK, duge [[intron]]e, a i znatan razmak između različitih gena. Sadržaj i raspodjela gena unutar genoma mogu uticati na stopu po kojoj se javljaju određene vrste [[mutacija]] i mogu uticati na naknadnu evoluciju različitih vrsta. Geni sa dužim intronima se češće rekombiniraju zbog povećanih fizičkih udaljenosti kodirajućih sekvenci. Kao takvi, dugi introni mogu olakšati vanjske rekombinacije i dovesti do veće stope stvaranja novih gena.

=== Organele ===
Pored jedarnog genoma, [[endosimbioza|endosimbionetske]] [[organele]] sadrže svoj genetički materijal, koji je obično u obliku kružnih [[plazmid]]a. [[Mitohondrije]] i [[hloroplast]]i imaju [[DNK]] koja [[takson]]ski varira, ali membranski vezani proteini, posebno sastavnice transportnog lanca elektrona su najčešće kodirane u organele. Hloroplasti i mitohondrije, kod većine vrsta nasljeđuju se od  majke, tako da organele moraju proći kroz [[jaje]]. U rijetkim odstupanjima, za neke vrste dagnji se zna da se mitohondrije nasljeđuju od oca na sina.

==Porijeklo novih gena ==
Novi geni proističu iz nekoliko različitih genetičkih mehanizama, među kojima su: duplikacije gena, nastanak ''[[de novo]]'', retrotranspozicija, himerno stvaranje, aktiviranje nekodirajućih sekvenci i skraćivanje gena.
*'''Dupliranje gena''' obuhvata  kopiranje niza gena za stvaranje suviška uključenih gena. Duplirane genske sekvence onda mogu mutirati i razviti nove uloge ili se specijaliziraju tako da svaki novi gen obavlja podskup prvobitne predačke uloge. Pored dupliranja cijeliih gena, ponekad se duplira samo domen ili dio [[protein]]a, tako da je nastali gen izdužena verzija roditeljskog gena.
*'''Retrotranspozicija''' stvara novi gen kopiranjem [[iRNK]] na [[DNK]] i unošenjem u [[genom]]. Retrogeni se često ubacuju u nove genomske lokacije, a često i razvijaju nove obrasce i ispoljavaju nove radne uloge.
*'''[[Himerni geni]]''' nastaju [[duplikacija (genetika)|duplikacijom]], [[delecija (genetika)|delecijom]], ili nepotpunom retrotranspozicijom pričemu objedinjuju dijelove dvije različite kodirajuće sekvence za proizvodnju novih genskih sekvenci. Himere često uzrokuju regulacijske promjene i mogu proizvesti nasumične proteinske domene sa novim adaptacijskim ulogama.
Novi geni mogu nastati u odnosu na prethodno nekodirajuće [[DNK]]. Naprimjer, Levine i kolege prijavili su porijeklo pet novih gena u genomu ''[[vinska mušica|Drosophila melanogaster]]'', nastalih od nekodirajuće DNK. Slični ''de novo'' nastavci gena su također nađeni kod drugih organizama, kao što su: [[kvasac]], [[riža]] i [[čovjek]]. ''De novo'' geni mogu evoluirati iz transkripata koji su se već ispoljavali na niskoj razini. [[Mutacija]] [[stop kodon]]a u redovni [[kodon]] ili okvir čitanja, može dovesti do dužeg proteina koji uključuje prethodno nekodirajuću sekvencu.

== Molekularna filogenetika ==
{{Glavni|Filogenetika}} 
Molekularna biosistematika je proizvod interakcije klasične sistematike i [[molekularna genetika|molekularne genetike]]. Ona koristi [[DNK]], [[RNK]] ili [[protein]]ske sekvence za rješavanje sistematskih pitanja, težeći ka uspostavljanju realne naučne podjele ili taksonomije iz aspekta [[evolucijska biologija|evolucijske biologije]].

Molekularna sistematika je omogućila dostupnost tehnika za sekvenciranje DNK, koje omogućava određivanje tačne sekvence [[nukleotid]]a ili [[nukleobaza]] u DNK ili RNK. Danas je još uvijek dug i skup proces sekvenciranja čitavog genoma nekog organizma, pa je to učinjeno  samo za nekoliko [[vrsta]]. Međutim, sasvim je moguće da se utvrdi redoslijed definiranog prostora određenog [[hromosom]]a. Tipske molekularno-sistematske analize zahtijevaju poznavanje sekvenci od oko 1.000 [[bazni par|parova baza]].

== Pokretačke snage evolucije ==
U zavisnosti od relativne važnosti, razrađivane su različite snage evolucije, od kojih tri perspektive pružaju prihvatljiva objašnjenja za molekularnu evoluciju.

'''Selekcionistička hipoteza''' sa kojom se tvrdi da je prirodno odabiranje pokretačka snaga molekularne evolucije. Iako priznaju da su mnoge mutacije neutralne, promjene u frekvencijama neutralnih alela selektionisti pripisuju povezivanju neravnoteže sa drugim lokusima koji su pod udarom odabira, a ne slučajnom [[genetički drift|genetičkom odabiru]]. Pristrasnost u upotrebi [[kodon]]a se obično objašnjavaju sposobnošću čak i slabog odabira da oblikuje molekularne evoluciju.

'''Neutralistička hipoteza''' kojom se naglašava važnost [[mutacija]], [[selekcija|selekcijskog prečišćavanja]] i slučajnog genetičkog pomaka. Neutralnu teoriju je pokrenuo Kimura, a ubrzo zatim King i Jukes su izveli 'vlastite zaključke', što je dovelo do žestoke rasprave o relevantnosti [[neodarvinizam|neodarvinizma]] na nivou molekula. Ovom teorijom molekularne evolucije predlaže se da je većina mutacija u DNK na lokusima koji nisu važni za funkciju ili [[fitnes]]. Ove neutralnie promjene, genetički pomak (drift) vodi prema njihovoj fiksaciji unutar populacije. Pozitivne promjene će biti vrlo rijetke, pa neće značajno doprinijeti [[Polimorfizam (biologija)|polimorfizmu]] DNK. Štetne mutacije također ne doprinose mnogo raznolikosti DNK, jer negativno utiču na fitnes i tako neće  dugo ostati u [[genofond|genskom fondu]]. Ovom teorijom se daje okvir za molekularni sat.

'''Mituacionistička hipoteza''' kojom se naglašavaju efekti slučajnog genetičkog pomaka i ima predrasude prema mutacijskim obrascima.  Sueoka je bio prvi koji je predložio moderno mutacionističko gledanje. Predložio je da varijacije u sadržaju para G-C nisu proizvod pozitivnog odabira, već posljedica G-C mutacijskog pritiska.

== Evolucija proteina ==
[[Datoteka:Lipase Sequence Homology.png|thumb|centar| 720px|Ovaj prikaz uspoređuje sekvence identiteta različitih [[lipaza|lipaznih]] [[protein]]a u cijelom ljudskom tijelu.<br> Pokazuje kako proteini evoluiraju, držeći se u nekim područjima konzerviranim, dok su druge dramatično promijenjene.]]

'''Proteinska evolucija''' opisuje promjene tokom vremena u oblicima, strukturama i ulogama proteina. Putem količinske analize  i eksperimenata, naučnici su nastojali da shvate stope i uzroke evolucije proteina. Koristeći sekvence [[aminokiselina]] u [[hemoglobin]]u i [[citohrom c|citohromu c]] kod više vrsta, mogli su izvesti procjene stope evolucije proteina. Ono što su otkrili je to da stope nisu iste među proteinima. Svaki od njih ima svoju stopu, koja je stalna tokom [[filogeneza|filogeneze]] (tj, hemoglobin ne evoluira po istoj stopi kao citokrom c, ali hemoglobini kod ljudi, [[miš]]eva, itd. imaju uporedive stope evolucije). Nisu ni sve područja unutar proteina mutirala po istoj stopi. Važna područja sa radnim ulogama mutiraju sporije, a zamjene [[aminokiselina]] koje uključuju slične aminokiseline češće se javljaju nego različite zamjene. Sve u svemu, nivo [[polimorfizam (biologija)|polimorfizama]] u proteinima izgleda prilično konstantan. Nekoliko vrsta (uključujući i ljude, voćne mušice i miševe) imaju sličan nivo proteinskog polimorfizma.

== Odnosi sa evolucijom nukleinskih kiselina ==
Proteinska evolucija je neizbježno vezana za promjene i odabir [[DNK]] polimorfizama i mutacija, jer se proteinske sekvence mijenjaju kao odgovor na promjene u DNK sekvencama. Sekvence [[aminokiselina]] i nukleinskih kiselina ne mutiraju po istoj stopi. Zbog degenerirane prirode DNK, [[nukleobaza]] se može promijeniti bez uticaja na sekvencu aminokiselina. Naprimjer, postoji šest [[kodon]]a za [[leucin]]. Stoga je bez obzira na razlike u stopama mutacija, neophodno da se u raspravi o evoluciji proteina govori i o evoluciji nukleinskih kiselina. Krajem 1960-ih, dvije grupe naučnika – Kimura (1968) i King i Jukes (1969) – nezavisno su predložili da je većina evolucijskih promjena koje su uočene u proteinima bile neutralne. Od tada je u rasprevi proširena neutralistička teorija.
 
== Nesklad sa morfološkom evolucijom ==
Ponekad postoji nesklad između podataka o molekularnoj i morfološkoj evoluciji, koje se ogledaju u molekulskim i morfološkim sistematskim  istraživanjima, posebno [[bakterija]], [[archaea]] i [[eukarioti|eukariotskih]] [[mikrob]]a. Ove nepodudarnosti se mogu kategorizirati u dva vrste:
* '''jedna morfologija – više loza''' (npr. morfološko približavanje, kriptična vrsta) i 
*'''jedna loza – više morfologija''' (npr. [[fenotipska plastičnost]], više faza životnog ciklusa). U nekim slučajevima, pomenuti nesklad možda može objasniti neutralna evolucija.

== Časopisi i društva ==
Društvo za molekularnu biologiju i evolucija objavljuje časopise ''Molecular Biology and Evolution'' i ''Genome Biology and Evolution'' i ima godišnji međunarodni skup. Drugi časopisi koji su posvećeni molekularnoj evoluciji uključuju ''Journal of Molecular Evolution'' i ''Molecular Phylogenetics and Evolution''. Istraživanja u oblasti molekularne evolucije objavljuju se u časopisima iz više oblasti, kao što su: [[genetika]], [[molekularna biologija]], [[genomika]], [[sistematika]] i [[evolucijska biologija]].

== Reference ==
{{refspisak}}

== Vanjski linkovi ==
{{commonscat|Molecular evolution}}

{{Evolucijska biologija}}
{{Genetika}}

[[Kategorija:Evolucija]]
[[Kategorija:Evolucijska biologija]]