PRR12
| PRR12 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PRR12, KIAA1205, prolinom bogati protein 12 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 616633 MGI: 2679002 HomoloGene: 18957 GeneCards: PRR12 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 19: 49.59 – 49.63 Mb | Chr 7: 44.68 – 44.7 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Prolinom bogati protein 12 (PRR12) je protein nepoznate funkcije, koji je kod ljudi kodiran genom PRR12.
Gen[uredi | uredi izvor]
Gen PRR12 vrste Homo sapiens dug je 34.785 baznih parova, sa 14 egzona na lokusu 19q13.33.[5] Poznati dvojnici za PRR12 uključuju "prolin bogati 12" i KIAA1205.[6] Unutar svog genskog susjedstva, uz PRR12 nalaze se PRRG2 i SCAF1 na smislenom i RRAS i NOSIP na antisens lancu.[5] Protein koji reaguje sa sintazom dušik-oksida, NOSIP, regulira aktivnost i lokalizaciju njegove sintaze (endotelne i neuronske), kontrolirajući proizvodnju dušik-oksida.[7] Gla, bogata prolinom, PRRG2, ima Gla domen koji veže hijaluronan i povezan je s proteinima koji su prisutni u vanćelijskom matriksu uključeni u adheziju ćelija i migraciju ćelija..[8][9] Protein R-Ras povezan s RRAS, pripada porodici Ras i uključen je u organizaciju aktinskih filamenata unutar citoskeleta. SR-povezan je sa CTD-om[10] Protein R-Ras povezan s rasom, RRAS, pripada porodici Ras i uključen je u organizaciju aktinskih filamenata unutar citoskeleta.[11]
Promotor
Regija promotora PRR12 predviđena je pomoću ElDorada na Genomatixu.[12] Počinje na poziciji 50094408 i završava na 50095013 hromosoma 19. Ovaj promotorski set konzerviran je kod rezus majmuna, miša, pacova, konja, goveda, svinja, pasa i zebrica. Nije pronađen prepoznatljiv TATA okvir, B element prepoznavanja (BRE) ili CAAT okvir uzvodno od predviđene početne regije transkripcije. Budući da nije pronađen jasan TATA okvir, moguće je da PRR12 regulira promotor bez TATA, koji sadrži nizvodni element promotora (DPE). Međutim, predviđeni DPE je samo 15 bp nizvodno od početnog područja transkripcije, umjesto tipskih baznih parova od +25 do +32. Potrebno je više istraživanja kako bi se proširilo poznavanje 5 ’UTR transkripta PRR12 i potvrdilo gdje se nalazi ispravna promotorska regija.
Transkript[uredi | uredi izvor]
Sekvenca iRNK
Transkript iRNK PRR12-a dugačak je 6960 parova baza i sadrži nekoliko ponavljanja kratkih sekvenci. PRR12 Homo sapiens ima tri izoforme sa izoformom 3 koji sadrži otprilike hiljadu više aminokiselinskih ostataka od ostalih izoformi.[13] U evidenciji NCBI nije dat UTR za transkript PRR12 vrste Homo sapiens. Međutim, u ortologu Papio anubis određeno je sedam baznih parova 5 ’UTR. UTR 3 ’dug je 852 bazna para.[14]
Crvene strelice označavaju gdje određeni egzoni djelimično ili u potpunosti nisu prisutni u izooblicama 1 i 2.
Ekspresija[uredi | uredi izvor]
Gen je umjereno eksprimiran na ravnomjernom nivou u širokom spektru tipova tkiva.[6]
Protein[uredi | uredi izvor]
- Aminokiselinska sekvenca
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEQLPGVPPG | PPHPVRPPPP | PPPPMPLQLE | AHLRSHGLEP | AAPSPRLRPE | ||||
| ESLDPPGAMQ | ELLGALEPLP | PAPGDTGVGP | PNSEGKDPAG | AYRSPSPQGT | ||||
| KAPRFVPLTS | ICFPDSLLQD | EERSFFPTME | EMFGGGAADD | YGKAGPPEDE | ||||
| GDPKAGAGPP | PGPPAYDPYG | PYCPGRASGA | GPETPGLGLD | PNKPPELPST | ||||
| VNAEPLGLIQ | SGPHQAAPPP | PPPPPPPPAP | ASEPKGGLTS | PIFCSTKPKK | ||||
| LLKTSSFHLL | RRRDPPFQTP | KKLYAQEYEF | EADEDKADVP | ADIRLNPRRL | ||||
| PDLVSSCRSR | PALSPLGDID | FCPPNPGPDG | PRRRGRKPTK | AKRDGPPRPR | ||||
| GRPRIRPLEV | PTTAGPASAS | TPTDGAKKPR | GRGRGRGRKA | EEAGGTRLEP | ||||
| LKPLKIKLSV | PKAGEGLGTS | SGDAISGTDH | NSLDSSLTRE | KIEAKIKEVE | ||||
| EKQPEMKSGF | MASFLDFLKS | GKRHPPLYQA | GLTPPLSPPK | SVPPSVPARG | ||||
| LQPQPPATPA | VPHPPPSGAF | GLGGALEAAE | SEGLGLGCPS | PCKRLDEELK | ||||
| RNLETLPSFS | SDEEDSVAKN | RDLQESISSA | ISALDDPPLA | GPKDTSTPDG | ||||
| PPLAPAAAVP | GPPPLPGLPS | ANSNGTPEPP | LLEEKPPPTP | PPAPTPQPQP | ||||
| PPPPPPPQPA | LPSPPPLVAP | TPSSPPPPPL | PPPPPPAMPS | PPPPPPPAAA | ||||
| PLAAPPEEPA | APSPEDPELP | DTRPLHLAKK | QETAAVCGET | DEEAGESGGE | ||||
| GIFRERDEFV | IRAEDIPSLK | LALQTGREPP | PIWRVQKALL | QKFTPEIKDG | ||||
| QRQFCATSNY | LGYFGDAKNR | YQRLYVKFLE | NVNKKDYVRV | CARKPWHRPP | ||||
| VPVRRSGQAK | NPVSAGGSSA | PPPKAPAPPP | KPETPEKTTS | EKPPEQTPET | ||||
| AMPEPPAPEK | PSLLRPVEKE | KEKEKVTRGE | RPLRGERATS | GRQTRPERSL | ||||
| ATGQPATSRL | PKARPTKVKA | EPPPKKRKKW | LKEAGGNATA | GGGPPGSSSD | ||||
| SESSPGAPSE | DERAVPGRLL | KTRAMREMYR | SYVEMLVSTA | LDPDMIQALE | ||||
| DTHDELYLPP | MRKIDGLLNE | HKKKVLKRLS | LSPALQDALH | TFPQLQVEQS | ||||
| GEGSPEEGAV | RLRPAGEPYN | RKTLSKLKRS | VVRAQEFKVE | LEKSGYYTLY | ||||
| HSLHHYKYHT | FLRCRDQTLA | IEGGAEDLGQ | EEVVQQCMRN | QPWLEQLFDS | ||||
| FSDLLAQAQA | HSRCG |
Transkript PRR12 kodira protein dužimne 2.036 aminokiselinskih ostataka, sa molekulskom masom od 211.1 kdal i izoelektričnom tačkom oko 7.728.[15] Brojne baze podataka o bioinformatici također su predviđale da je PRR12 topivi protein bez transmembranskih domena.[15][16][17]
Jianping Chen navodi da je PRR12 "izuzetno ranjiv protein".[18] Ti proteini imaju regije bogate aminokiselinama koje su „loši zaštitnici“ vodikovih veza duž okosnice proteina, inhibirajući sposobnost tih proteina da se pravilno savijaju i dopuštajući mogućnost njihove agregacije. Ostaci poput G, A, S, Y i P navedeni su kao loši zaštitnici, a PRR12 je bogat i prolinom i glicinom.[15][18] Mnogi ostaci prolina smješteni su uzastopno u regijama male složenosti. Ova područja mogu ovom proteinu dati zanimljivu sekundarnu strukturu, jer nakupina prolina može formirati poliprolinski heliks.[19] PRR12 sadrži mogući signal za jedarni unos, počevši od P1794. Tipska sekvenca jedarne lokalizacije imala bi sljedeće ostatke: P-P-K-K-K-R-K-V.[20] PRR12 sadrži DUF4211 domen, počevši od V1836 koji pokazuje homologiju s domenom pfam13926.[21] Ovaj domenn dobro je konzerviran u ortolozima PRR12. PRR12 također sadrži dobro konzervirane AT-kuke, regije vezanja na P1168 i G1202. Ova područja omogućavaju proteinima da vežu DNK, dodatno podržavajući lokalizaciju PRR12 u jedru.
Konzervacija[uredi | uredi izvor]
Paralozi[uredi | uredi izvor]
Glutamin i serinom bogati proteini 1 (QSER1) jedini su usko povezani paralozi sa PRR12 (pristup NCBI: EAW68214). QSER1 nema poznatu funkciju i, poput PRR12, sadrži DUF4211 i signal jedarne lokalizacije. QSER1 ne sadrži područja vezanja AT ili antigen Epstein-Barrovog virusa koji se nalazi u PRR12.
Ortolozi[uredi | uredi izvor]
Najudaljeniji srodnik pronađen preko BLAST-a, sa značajnom sličnošću sa PRR12 je riba "Danio rerio". Ortolozi su pronađeni u riba, vodozemaca, gmizavaca i drugih sisara. Iako kod ptica nije pronađen ortolog PRR12, imale su ortologe QSER1, što je blisko paralognom ljudskom PRR12.[13]
Klinički značaj[uredi | uredi izvor]
Jedno istraživanje na Epstein-Barrovom virusu pronašlo je blisku homologiju između regije bogate prolinom u PRR12 i regije duge 65 aminokiselina na krajnjem kraju EBNA-2 (jedarni antigen virusa).[22] Ovaj antigen Epstein-Barrovog virusa povezan je s autoimunskim sistemskim bolesti vezivnog tkiva (CTD), uključujući sistemski eritematozni lupus (SLE), primarni Sjögrenov sindrom (SS), reumatoidni artritis (RA), sistemsku sklerozu (SSc) i sekundarni SS.[22] PRR12 nije samo bogat prolinom, već i glicinom, što upućuje na mogućnost postojanja veze sa kolagenom, koji je također bogat prolinom i glicinom. Odnos između njih mogao bi biti objašnjenje za pojavu autoimunskih CTD-a, nakon infekcija EBV-om. Međutim, ostaci glicina i prolina u kolagenu uglavnom slijede motiv G-P-X ili G-X-HidroksiP, što se ne događa značajno u PRR12.
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000126464 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000046574 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "PRR12 proline rich 12 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ a b "PRR12 Gene - GeneCards | PRR12 Protein | PRR12 Antibody". GeneCards. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ "NOSIP". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ "PRRG2". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ "GLA". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ "RRAS". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ "SCAF1". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ "Genomes and Annotation: ElDorado". Arhivirano s originala, 22. 5. 2021. Pristupljeno 26. 5. 2021.
- ^ a b "Proline-rich protein 12 - Homo sapiens (Human)". Uniprot.org. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ "Homo sapiens proline rich 12 (PRR12), mRNA". Pristupljeno 6. 11. 2014.
- ^ a b c http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!Šablon:Failed verification
- ^ "EMBOSS: antigenic". Emboss.bioinformatics.nl. Arhivirano s originala, 16. 8. 2013. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ "PSORT II Prediction". Psort.hgc.jp. 24. 11. 1999. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ a b Chen, Jianping (2009). Molecular Basis of Gene Dosage Sensitivity (Ph.D.). Rice University. ISBN 9781109217346. ProQuest 304989828.
- ^ Williamson MP (Jan 15, 1994). "The structure and function of proline-rich regions in proteins". The Biochemical Journal. 297 (Pt 2): 249–60. doi:10.1042/bj2970249. PMC 1137821. PMID 8297327.
- ^ Bruce Alberts; et al. (2008). Molecular biology of the cell (5th izd.). New York: Garland Science. ISBN 978-0-8153-4111-6.
- ^ "PRR12 protein [Homo sapiens] - Protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 12. 8. 2013. Pristupljeno 26. 1. 2014.
- ^ a b Yamazaki M, Kitamura R, Kusano S, Eda H, Sato S, Okawa-Takatsuji M, Aotsuka S, Yanagi K (mart 2005). "Elevated immunoglobulin G antibodies to the proline-rich amino-terminal region of Epstein-Barr virus nuclear antigen-2 in sera from patients with systemic connective tissue diseases and from a subgroup of Sjögren's syndrome patients with pulmonary involvements". Clinical & Experimental Immunology. 139 (3): 558–568. doi:10.1111/j.1365-2249.2004.02704.x. PMC 1809310. PMID 15730403.