Interaktom

U molekularnoj biologiji, interaktom je čitav skup molekularnih interakcija u određenoj ćeliji. Izraz se posebno odnosi na fizičke interakcije između molekula (kao što su one između proteina, također poznate kao interakcije protein-protein, PPI; ili između malih molekula i proteina^[1]), ali također može opisati skupove indirektnih interakcija između gena (genetske interakcije).

Reč "interaktom" prvobitno je skovala 1999. godine grupa francuskih naučnika na čelu sa Bernard Jacqom.^[3] Matematički, interaktomi se općenito prikazuju kao grafovi. Iako se interaktomi mogu opisati kao biološke mreže, ne treba ih miješati s drugim mrežama kao što su neuronske mreže ili mreže hrane.

Alati za vizualizaciju Interactoma[uredi | uredi izvor]

GPS-Prot Web-bazirana vizualizacija podataka za interakcije proteina
PINV - Mrežni vizualizator interakcije proteina Arhivirano 3. 12. 2022. na Wayback Machine

Reference[uredi | uredi izvor]

^ Wang L, Eftekhari P, Schachner D, Ignatova ID, Palme V, Schilcher N, Ladurner A, Heiss EH, Stangl H, Dirsch VM, Atanasov AG. Novel interactomics approach identifies ABCA1 as direct target of evodiamine, which increases macrophage cholesterol efflux. Sci Rep. 2018 Jul 23;8(1):11061. doi: 10.1038/s41598-018-29281-1.
^ Reif, Andreas, ured. (2009). "The DISC1 pathway modulates expression of neurodevelopmental, synaptogenic and sensory perception genes". PLOS ONE. 4 (3): e4906. Bibcode:2009PLoSO...4.4906H. doi:10.1371/journal.pone.0004906. PMC 2654149. PMID 19300510.
^ Sanchez C; Lachaize C; Janody F (januar 1999). "Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database". Nucleic Acids Res. 27 (1): 89–94. doi:10.1093/nar/27.1.89. PMC 148104. PMID 9847149. Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)
^ "Master Regulator Analysis of the SARS-CoV-2/Human Interactome". Journal of Clinical Medicine. 9 (4): 982–988. 2020. doi:10.3390/jcm9040982. PMC 7230814. PMID 32244779.
^ Rajagopala, S. V.; Titz, B. R.; Goll, J.; Häuser, R.; McKevitt, M. T.; Palzkill, T.; Uetz, P. (2008). Hall, Neil (ured.). "The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete". PLOS ONE. 3 (5): e2292. Bibcode:2008PLoSO...3.2292T. doi:10.1371/journal.pone.0002292. PMC 2386257. PMID 18509523.

[1] Wang L, Eftekhari P, Schachner D, Ignatova ID, Palme V, Schilcher N, Ladurner A, Heiss EH, Stangl H, Dirsch VM, Atanasov AG. Novel interactomics approach identifies ABCA1 as direct target of evodiamine, which increases macrophage cholesterol efflux. Sci Rep. 2018 Jul 23;8(1):11061. doi: 10.1038/s41598-018-29281-1.

[pmid19300510-2] Reif, Andreas, ured. (2009). "The DISC1 pathway modulates expression of neurodevelopmental, synaptogenic and sensory perception genes". PLOS ONE. 4 (3): e4906. Bibcode:2009PLoSO...4.4906H. doi:10.1371/journal.pone.0004906. PMC 2654149. PMID 19300510.

[pmid9847149-3] Sanchez C; Lachaize C; Janody F (januar 1999). "Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database". Nucleic Acids Res. 27 (1): 89–94. doi:10.1093/nar/27.1.89. PMC 148104. PMID 9847149. Nepoznati parametar |displayauthors= zanemaren (prijedlog zamjene: |display-authors=) (pomoć)

[pmid32244779-4] "Master Regulator Analysis of the SARS-CoV-2/Human Interactome". Journal of Clinical Medicine. 9 (4): 982–988. 2020. doi:10.3390/jcm9040982. PMC 7230814. PMID 32244779.

[Titz2008-5] Rajagopala, S. V.; Titz, B. R.; Goll, J.; Häuser, R.; McKevitt, M. T.; Palzkill, T.; Uetz, P. (2008). Hall, Neil (ured.). "The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete". PLOS ONE. 3 (5): e2292. Bibcode:2008PLoSO...3.2292T. doi:10.1371/journal.pone.0002292. PMC 2386257. PMID 18509523.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]