Do 2001. godine su postojala tri odvojena saveza, koja su organizovala posebna takmičenja. Ranija takmičenja od 1998. odigravala su se razigravanjem pobjednika kupskih takmičenja saveza sa sjedištem u Sarajevu i Mostaru. U sezoni 2000. u razigravanju igra i pobjednik kupskog takmičenja iz Republike Srpske, dok slijedeće godine zbog nesporazuma među savezima, timovi iz Republike Srpske ne učestvuju u takmičenju. Od 2001. godine dolazi do organizovanja zajedničkog takmičenja.
Nakon četvrtine finala, četiri najbolje ekipe nastavljaju takmičenje u nekom od izabranih gradova, igrajući polufinale i finale. Najuspješniji klub u muškoj konkurenciji je Borac Banja Luka.
^Evropska rukometna federacija (EHF) je priznala samo prvenstvo kupa, pod organizacijom saveza čije je sjedište u Sarajevu, time je RK Bosna Visoko proglašena za pobjednika Kupa Bosne i Hercegovine, koji su u finalu pobjedili RK Gračanicu