Reprezentativnu karijeru započeo je 2010. godine a u dresu Švicarske nogometne reprezentacije nastupio je 72 puta i postigao 21 pogodak. Nastupao je na svjetskim prventvima 2010., 2014. i 2018. kao i na Evropskom prvenstvu održanom 2016. godine u Francuskoj.[3]
Shaqiri je nogomet započeo igrati za omladinske ekipe SV Augsta i FC Basela. Dok je igrao za Baselovu omladinsku ekipu, nastupio je na Nike Cupu 2007. (za igrače do 15 godina) pri čemu je proglašen za najboljeg igrača turnira. Iako je nekoliko drugih klubova pokušalo da ga angažuje ostaje u Baselu gdje u periodu od 2007. do 2009. igra za rezervi tim u 1. švicarskoj (nižerazrednoj) nogometnoj ligi. 2. januara 2009. potpisao je prvi profesionalni ugovor sa Baselom, koji mu je osigurao ostanak na St. Jakob-Parku do juna 2014. godine.
Za Basel je debitovao kao zamjena 12. jula 2009. na Baselovom otvaranju sezone 2009/10. protiv FC St. Gallena na AFG Areni. Četiri mjeseca kasnije, 9. novembra 2009. godine, postigao je svoj prvi gol za Basel u pobjedi 4:1 protiv Neuchâtela Xamaxa.
U prvoj profesionalnoj sezoni osvaja titulu prvaka Švicarske a isti uspjeh ponavlja i naredne sezone kada osvaja također i švicarski kup.
