Razlika između verzija stranice "Frekvencija alela"

[pregledana izmjena]

Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj

U redovima

Verzija na dan 5 april 2015 u 15:58

Frekvancija alela (Alelna frekvencija) ili genske frekvencije ili relativna frekvencija gena je proporcija određenog alela (variane datog gena) među alelnim kopijama odgovarajućeg genskog lokusa. Može se prikazati i kao procentna učestalost tog alelogena u genskom fondu date populacije.^[1]^[2]

Drugim riječima, to je broj kopija određenog alela podijeljen brojem kopija svih alela na datom genskom mjestu (lokusu) u populaciji. U populacijskoj genetici, alelne frekvencije se koriste za opisivanje iznosa od genetičke raznolikosti na razini individua, populacija i vrsta. To je ujedno i relativni udio svih alela gena koji su određenog tipa.

Procjene relativne učestalosti alela polaze od slijedećih pretpostavki.

Populacija je u genetičkoj ravnoteži.
Određeni lokus na hromosomu i gen zauzimaju dato mjesto.
Populacija N jedinki nosi n lokusa u svakoj svojoj tjelesnoj ćeliji (odnosno dva lokusa u ćelijama diploidnih vrsta koje imaju dva haploidna seta hromosoma).
Na datom lokusu postoje različiti aleli.
Jedan alel postoji u a kopija.

Tada su alelne frekvencije proporcija ili procenat pojave da dati lokus zauzima posmatrani alel (a): a/(n*N).

Na primjer, fekvencije od 20% zmači da toliko jedinkiu datoj populaciji nosi taj alel.

Kalkulacija alelnih frekvenca prema genotipovima

Kalkulacije relativne učetalostu alela ovise o šloidiji vrsta sa autosomnim genima.

Monoploidi

Frekvencija datog alela a j e rezultat dijeljenja broja negovih kopija sa veličinom populacije ili uzorka.

Diploidi

Ako su $f(AA)$ , $f(Aa)$ , i $f(aa)$ frekvencije tri moguća genotip a po datom lokusu sa dva alela, tada se rekvencija p alela A i frekvuencija q oalela a dobije brojanjem. Pošto homozigoti AA sadrže samo alel A, a heterozigoti Aa polovinu A alela, ukupna frekvencija p (alela A) iznosi:

p=f(\mathbf {AA} )+{\frac {1}{2}}f(\mathbf {Aa} )={\mbox{frequency of A}}

Similarly, the frequency q of the a-allele is given by

q=f(\mathbf {aa} )+{\frac {1}{2}}f(\mathbf {Aa} )={\mbox{frequency of a}}

Prema očekivanju suma p + q = 1, pa je zato:

p+q=f(\mathbf {AA} )+f(\mathbf {aa} )+f(\mathbf {Aa} )=1

Iz čega slijedi:

q=1-p

and

p=1-q

Ako postoji više od dva različita alelna oblika, frekvenciju za svaki alel je jednostavno naći na osnovu učestalosti pripadajućih homozigota plus pola zbir frekvencija svih heterozigota u kojima se pojavljuje.

Frekvenciji alela se uvijek može izračunati i iz genotipskih frekvencija, što ne mora odgovarati relacijama prema Hardy-Weinbergovom principu koji počiva na uvjetima [[panmiksija|slučajnog parenja u populaciji. To je dijelom zbog tri genotipske frekvencije i frekvencije dva alela. Jednostavnije je smanjenje sa tri na dvije kategorije.

Primjer populacije

Zamislimo populaciju sa 10 individua i dati lokus sa dva moguća alela: A i a. Consider a population of ten individuals and a given locus with two possible alleles, A and a. Zatim pretpostavimo da su genotipovi jedinki kako slijedi:

AA, Aa, AA, aa, Aa, AA, AA, Aa, Aa, i AA

Tada su frekvencije alela A a:

p=prob_{A}={\frac {2+1+2+0+1+2+2+1+1+2}{2*10}}=0.7

q=prob_{a}={\frac {0+1+0+2+1+0+0+1+1+0}{2*10}}=0.3

,

Tako, akoje lokus slučajan, vjerovatnoća je 70% pojave slela A, a 30% šanse je za alel a.

Reference

^ King R. C., Stansfield W. R., Mullign P. K. (2006): Dictionary of Genetics'. 7th ed, Oxford University Press, Oxford, ISBN 978-0-321-79578-6
^ Hadžiselimović R. (2005): Bioantropologija – Biodiverzitet recentnog čovjeka. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-2-6.

Također pogledajte

[1] King R. C., Stansfield W. R., Mullign P. K. (2006): Dictionary of Genetics'. 7th ed, Oxford University Press, Oxford, ISBN 978-0-321-79578-6

[2] Hadžiselimović R. (2005): Bioantropologija – Biodiverzitet recentnog čovjeka. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-2-6.

[1]

[2]

@@ Red 13: / Red 13: @@
 Na primjer, fekvencije od 20%  zmači da toliko [[jedinka|jedinki]]u datoj  populaciji nosi taj alel.
+== Kalkulacija alelnih frekvenca prema  genotipovima==
+Kalkulacije relativne učetalostu alela ovise o [[ploidija|šloidiji]] [[vrsta]] sa [[autosom]]nim genima.
+===Monoploidi===
+Frekvencija datog alela  ''a''  j e rezultat dijeljenja broja negovih kopija sa veličinom populacije ili uzorka.
+===Diploidi===
+Ako su <math>f(AA)</math>, <math>f(Aa)</math>, i <math>f(aa)</math> frekvencije tri moguća [[genotip]] a po datom [[gen|lokusu]] sa dva alela, tada se rekvencija  ''p'' alela ''A'' i frekvuencija ''q'' oalela ''a'' dobije brojanjem. Pošto [[homozigot]]i ''AA'' sadrže samo alel ''A'', a [[heterozigot]]i ''Aa'' polovinu  ''A'' alela, ukupna frekvencija ''p'' (alela ''A'') iznosi:
+:<math>p=f(\mathbf{AA})+	\frac{1}{2}f(\mathbf{Aa})= \mbox{frequency of A}</math>
+Similarly, the frequency ''q'' of the a-allele is given by
+:<math>q=f(\mathbf{aa})+ \frac{1}{2}f(\mathbf{Aa})= \mbox{frequency of a}</math>
+Prema očekivanju   suma ''p''  + ''q'' = '''1''', pa je zato:
+:<math>p+q=f(\mathbf{AA})+f(\mathbf{aa})+f(\mathbf{Aa})=1</math>
+Iz čega slijedi:
+:<math>q=1-p</math> and <math>p=1-q</math>
+Ako postoji više od dva različita alelna oblika, frekvenciju za svaki alel je jednostavno naći na osnovu učestalosti pripadajućih  homozigota plus pola zbir frekvencija svih  heterozigota u kojima se pojavljuje.
+Frekvenciji alela se uvijek može izračunati i iz [[genotip|genotipskih frekvencija]], što ne mora odgovarati  relacijama prema [[Hardy-Weinbergov princip|Hardy-Weinbergovom principu]] koji počiva na uvjetima [[panmiksija|slučajnog parenja u populaciji. To je dijelom zbog ''tri'' genotipske frekvencije i  frekvencije ''dva'' alela. Jednostavnije je smanjenje  sa tri na dvije kategorije.
+===Primjer populacije===
+Zamislimo populaciju sa 10  [[individua]] i dati lokus sa dva moguća alela: ''A'' i ''a''. Consider a population of ten individuals and a given locus with two possible alleles, ''A'' and ''a''. Zatim pretpostavimo da su  [[genotip]]ovi jedinki kako slijedi:
+:''AA'', ''Aa'', ''AA'', ''aa'', ''Aa'', ''AA'', ''AA'', ''Aa'', ''Aa'', i ''AA''
+Tada su frekvencije alela ''A''  ''a'':
+:<math>p=prob_A=\frac{2+1+2+0+1+2+2+1+1+2}{2*10}=0.7</math>
+:<math>q=prob_a=\frac{0+1+0+2+1+0+0+1+1+0}{2*10}=0.3</math>,
+Tako, akoje lokus slučajan, vjerovatnoća je  70%  pojave slela  ''A'', a  30%  šanse  je za alel  ''a''.
 ==Reference==
 {{reference}}