PubChem

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na: navigaciju, pretragu

Šablon:Infokutija baza podataka

PubChem je baza podataka hemijskih molekula i njihovih aktivnosti protiv bioloških testova. Sistem održava Nacionalni centar za biotehnološke informacije (National Center for Biotechnology Information) (NCBI), komponenta Nacionalne biblioteke za medicinu (National Library of Medicine), koja je dio Nacionalnog instituta za zdravlje (National Institutes of Health) (NIH), SAD. PubChem-u se može pristupiti besplatno putem web korisničkog interfejsa. Milioni složenih struktura i opisnih baza podataka mogu se slobodno preuzeti putem FTP. PubChem sadrži opise supstanci i malih molekula koje sadrže manje od 1000 atoma i 1000 veza. Rastućoj bazi podataka PubChem-a doprinosi više od 80 dobavljačkih baza podataka.[1]

Baze podataka[uredi | uredi izvor]

PubChem se sastoji od tri dinamične primarne baze. Od 28. januara 2016 ima:

  • Spojevi: 82,6 miliona unosa[2] (više od 54 miliona zapisa u septembru 2014), sadrži čiste i okarakterizirana kemijske spojeve,[3]
  • Subptance: 198 miliona unosa[4] sa, u septembru 2014., preko 163 miliona unosa,[5]), a sadrži i smjese ekstrakte, hemijske komplekse i nekarakterizirane supstance.
  • Bioesaji, bioaktivnost rezultirali su u 1,1 milion[6] (više od 6000 u septembru 2014.[7]) programa visoko propusnog skrininga sa nekoliko miliona vrijednosti.

Pretraživanje[uredi | uredi izvor]

Pretraživanje baze podataka moguće je za širok spektar svojstava, uključujući hemijski sastav, ime fragmenta, hemijsku formulu, molekulsku težinu, XLogP i brojeve donore i akceptorw vodikovih veza

PubChem sadrži sopstveni online molekulski editor sa SMILES/SMARTS i InChI podrškom koja omogućava unos i ispis svih zajedničkih formata hemijskih datoteka za traženje strukture i fragmenata.

Svaki klik pruža informacije o sinonimima, hemijskim svojstvima i strukturi, uključujući SMILES i InChI nizove, bioaktivnost i linkove za strukturno srodne spojeve i druge NCBI baze podataka, kao što je PubMed. U pretraživnju teksta, formiraju se polja baze podataka koja se mogu pretraživati dodavati prema njihovom imenu u uglastim zagradama na traženi pojam. Numerički opseg predstavlja dva broja odvojena dvotačkom. Pojmovi za pretragu i imena polja su neosjetljivi na dati slučaj. Mogu se koristiti zagrade i logički operatori I (AND), ILI (OR) i NE (NO). I (AND) je pretpostvka, ako se ne koristi operator.

Primjer: (Pravilo pet Lipinskog):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Historija[uredi | uredi izvor]

PubChem je realiziran u 2004.[8]

Zabrinutost ACS[uredi | uredi izvor]

Američko hemijsko društvo (American Chemical Society: ASC) je izrazilo zabrinutost zbog javne podrške PubChem bazi podataka, jer mu se činilo da se direktno natječe sa njegovim postojećim Servisom hemijskih apstrakata (Chemical Abstracts Service).[9] Oni imaju jak interes u tom pitanju jer Chemical Abstracts Service stvara veliki postotak prihoda društva. U zastupaju svoje pozicije u odnosu na bazu podataka PubChem, ACS je aktivno lobiralo u američkom Kongresu.

Ubrzo nakon kreiranja PubChem, American Chemical Society je lobiralo u Kongresu Sjedinjenih Američkih Država da se ograniči rad PubChem, za koji su tvrdili da je u sukobu interesa sa njegovim Chemical Abstracts Service.[10]

Polja baze podataka[uredi | uredi izvor]


Identifikacijski brojevi
Identifikacijski broj u sadašnjoj bazi podataka [UID]
Identifikacijski broj supstance [SID]
Identifikacijski broj spoja [CID]
Identifikacijski broj bioeseja [BAID], [AID]

Opće
Bilo koje polje baze podataka [ALL]
Kommentar [CMT]
Datum depozicije [DDAT], [DEPDAT]
Vanjski ID deponenta [SRID], [SRCID]
Ime izvora [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
Datum objavljivanja zvora [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
Medical Subject Heading (MeSH) termin [MSHT], [MESHT]
Čvor MeSH stabla [MSHN], [MESHTN]
MeSH farmakoloških akcija [PHMA], [PHARMA]

Svojstva supstance
Sinonimi supstance [SYNO]
IUPAC ime [UPAC], [IUPAC]
Međunarodni hemijski identifikator (InChI) [INCHI]
Molekulska težina [MW], [MWT], [MOLWT]
Hemijski elementi [ELMT], [EL]
Ne-vodikovi atomi [HAC], [HACNT]
Broj izotopa [IAC], [IACNT]
Ukupni formalni naboj [TFC], [CHG], [CHRG]
Broj hiralnih atoma [ACC], [ACCNT]
Definirani broj hiralnih atoma [ACDC], [ACDCNT]
Nedefinirani broj hiralnih atoma [ACUC], [ACUCNT]
Broj akceptora vodikove veze [HBAC], [HBACNT]
Broj donora vodikove veze [HBDC], [HBDCNT]
Broj tautomera [TC], [TCNT], [TTMC]
Broj rortacijskih veza [RBC], [RBCNT]
XLogP[11] [XLGP], [LOGP]

Svojstva spoja
Sinonimi spoja [CSYN], [CSYNO]
Broj spoja [CC], [CCNT]
Broj kovalentnih jedimica(molekula) [CUC], [CUCNT]
Broj ukupnebioactivnosti [TAC]

Također pogledajte[uredi | uredi izvor]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "PubChem Source Information". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. 
  2. ^ "Search Results for all compounds". Pristupljeno 28 January 2016. 
  3. ^ "all[filt] - PubChem Compound Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 7 January 2011. 
  4. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 28 January 2016. 
  5. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 7 January 2011. 
  6. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 28 January 2016. 
  7. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 7 January 2011. 
  8. ^ "About PubChem". Pristupljeno 3 May 2014. 
  9. ^ Kaiser J (May 2005). "Science resources. Chemists want NIH to curtail database". Science 308 (5723): 774. PMID 15879180. doi:10.1126/science.308.5723.774a. 
  10. ^ "PubChem and the American Chemical Society". Reshaping Scholarly Communication. USA: University of California. 
  11. ^ Cheng T (2007). "Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge". Journal of Chemical Information and Modeling 47 (6): 2140–2148. PMID 17985865. doi:10.1021/ci700257y. 

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]